|
|
Analýza fluorescence organického barviva s využitím konfokální mikroskopie
Mocko, Štefan ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá dlouhodobou analýzou fluorescence rhodaminu, který je navázán na železité SPIO nanočástice. V první části seznamuje s nutným vědeckým základem pro pochopení fyzikálního jevu fluorescence. Dále se zaměřuje na použité hardwarové a softwarové vybavení pro dlouhodobou analýzu vývoje fluorescence u mezenchymálních kmenových buněk. V neposlední řadě je zde popsán analytický software pro práci s naměřenými daty, který byl vyvinut pro tuto práci.
|
|
|
Studium viability kardiomyocytů s využitím konfokální mikroskopie
Chutný, Pavel ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce popisuje zkoumání viability kardiomyocytů pomocí konfokální mikroskopie. Teoretický úvod zahrnuje základní principy fluorescence a využití fluorescenčních barviv v buněčné biologii. Dále se věnuje struktuře kardiomyocytů, izolaci jednotlivých buněk ze srdce a metodám měření jejich viability. V neposlední řadě je zde popsán konfokální mikroskop jako hlavní nástroj při zobrazování kardiomyocytů. Další kapitoly se pak již věnují vlastním experimentům a jejich vyhodnocování.
|
|
|
Lokalizace železitých nanočástic ve vnitřních organelách
Solař, Jan ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce popisuje chování železitých nanočástic v lidských mezenchymálních kmenových buňkách. V první části se zabývá metodou fluorescenčního značení organel a nanočástic a nastavením konfokálního mikroskopu pro jejich detekci. Dále je zde uveden popis metabolismu nanočástic a jejich akumulace v buňkách. V neposlední řadě se práce zabývá tvorbou softwaru pro lokalizaci a kvantifikační analýzu fluoreskujících organel a nanočástic v buněčných strukturách živých buněk.
|
|
|
Studium viability kardiomyocytů s využitím konfokální mikroskopie
Chutný, Pavel ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce popisuje zkoumání viability kardiomyocytů pomocí konfokální mikroskopie. Teoretický úvod zahrnuje základní principy fluorescence a využití fluorescenčních barviv v buněčné biologii. Dále se věnuje struktuře kardiomyocytů, izolaci jednotlivých buněk ze srdce a metodám měření jejich viability. V neposlední řadě je zde popsán konfokální mikroskop jako hlavní nástroj při zobrazování kardiomyocytů. Další kapitoly se pak již věnují vlastním experimentům a jejich vyhodnocování.
|
|
|
Vyhodnocení viability u kultivovaných mezenchymálních buněk
Jehličková, Jana ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá možnostmi určení viability buněk a jejího vyhodnocení. Teoreticky popisuje kultivaci buněk, různé metody značení vhodnými barvivy a možnosti zobrazení. V praktické části je uvedena příprava pozorovaného vzorku a ukázány příklady obrazů buněk vytvořené konfokálním mikroskopem. Dále je vytvořen algoritmus pro analýzu dat v prostředí programu Matlab. Pro nastavení vhodných parametrů k analýze je vytvořeno uživatelské rozhraní.
|
|
|
Hodnocení migrace značených buněk v tkáni
Solař, Jan ; Skopalík, Josef (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá rozborem moderních detekčních metod vizualizace, sledování a kvantifikace buněk v 3D prostoru. První část práce se zabývá optickými metodami detekce buněk. Je zde detailní rozbor problematiky fluorescenčního značení buněk a jejich detekce na konfokálním mikroskopu. Je zde popis vyvinutého algoritmu pro kvantifikaci celého buněčného objemu z mikroskopického obrazu. Díky tomu se porovnal signál fluorescence buněk v čase a podle jejich tvaru. Dále došlo k optimalizaci vizualizace vyvinutých tkáňových fantomů. Porovnaly se možnosti detekce buněk v těchto fantomech pomocí konfokální mikroskopie a OCT. Byl rovněž implementován algoritmus pro kvantifikaci buněk z OCT obrazů. Kromě konfokálního mikroskopu a OCT se buňky rovněž analyzovaly dalšími metodami. V poslední části je konkluze výsledků a srovnání jednotlivých použitých metod.
|
|
|
Měření parametrů textury povrchu výrobků kontaktní a bezkontaktní metodou
Harčarík, Matej ; Hammer, Miloš (oponent) ; Jankových, Róbert (vedoucí práce)
Diplomová práce obsahuje přehled profilové metody hodnocení textury povrchu dle norem ISO GPS i automobilních norem VDA a přehled plošné metody dle série norem ISO 25178 včetně návrhu vylepšení české terminologie. Na základě měření kontaktním profilometrem, koherenčním rastrovacím interferometrem a konfokálním mikroskopem byla posouzena vhodnost nasazení jednotlivých měřicích metod na portfolio vybraných automobilních součástí. Také byla zformulována některá další doporučení pro praxi v metrologii textury povrchu. Dále byla provedena regresní analýza vztahu mezi hodnotami vybraných profilových parametrů textury povrchu a jejich plošných ekvivalentů. Její výsledky mohou přispět k rozšíření plošného hodnocení textury povrchu do průmyslu.
|
|
|
Metody pro obrazovou analýzu populace fotosyntetických buněčných kultur
Vlachynská, Alžběta ; Búzová,, Diana (oponent) ; Červený,, Jan (vedoucí práce)
Tato práce byla řešena ve spolupráci s Oddělením adaptivních biotechnologií, Centra globální změny AV ČR. Zabývá se kvantitativní analýzou fotosyntetických buněčných kultur. Využívá obrazů nasnímaných pomocí konfokálního fluorescenčního mikroskopu pro automatické stanovení počtu buněk ve vzorku. Práce sestává z teoretického rozboru, kde stručně popisuje fluorescenční a konfokální mikroskopii. Krátce představuje i mikroskop Leica TCS SP8 X, pomocí kterého byly snímány data. Jedna kapitola je věnována teorii číslicového zpracování obrazů. Druhá část popisuje návrh algoritmu pro zpracování 3D dat a zjednodušený algoritmus pro zpracování 2D dat a jeho programovou realizaci v programovacím prostředí MATLAB R2013b. Podrobně je posáno vytvořené uživatelské prostředí programu. Na závěr jsou prezentována provedená měření. Je popsán sestavený protokol přípravy vzorků. Výsledky programu jsou porovnány s ručním počítáním. Pomocí programu byl stanoven počet buněk na 1ml ve vzorcích buněčných kultur Chenopodium rubrum (Cr) a Solanum lycopersicum (To).
|
|
|
Hodnocení doby života a změn konfokální mikroskopií
Rúbal, Radek ; Janoušek, Oto (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Práce se zabývá technikami pro zobrazení doby života fluorescence. Doba života fluorescence je počítána z dat získaných pomocí sekvenčního snímání konfokálním mikroskopem Leica TCS SP8X . V práci jsou uvedeny algoritmy výpočtu a software pro zobrazení a analýzu doby života fluorescence jak ve 2D tak ve 3D. Na konci jsou postupy použity pro zobrazení doby života fluorescence mezenchymálních buňek a fibroblastů obarvených komplexem SPIO-Rhodamine.
|
|
|
Softwarové řešení systému FLIM s využitím pulsního laditelného laseru v konfokální mikroskopii
Grund, Pavel ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Teoretická část této diplomové práce je zaměřena na rešerši konfokální mikroskopie a na metodu FLIM. Rozvádí principy a druhy konfokální mikroskopie a využití širokospektrálního laseru, jakožto základního zdroje světla u těchto mikroskopů. Přiblíží, co je to metoda FLIM a její využití nejen v buněčné biologii. Praktická část diplomové práce zahrnuje pořízení tří sad fluorescenčních intenzitních snímků s využitím aplikace pulsního laditelného laseru, funkce TimeGate a detekce hybridními detektory. Pro praktické zpracování této diplomové práce je v softwarovém prostředí Fiji vytvořen plugin, což je zdrojový kód v programovacím jazyku Java. Typy pluginů a jejich použití jsou popsány ve třetí kapitole práce. Tento plugin včetně grafického uživatelského prostředí ve formě dialogového okna zpracovává fluorescenční intenzitní snímky a vytváří z nich grafickou reprezentaci dat znázorňující dobu života fluorescence, tzv. pseudobarevnou mapu.
|
host ::
RSS.