|
|
Prediction of the Effect of Mutation on Protein Solubility
Marko, Július ; Smatana, Stanislav (oponent) ; Hon, Jiří (vedoucí práce)
Protein solubility is a key problem in production of functional proteins. Prediction of the effect of mutation on protein solubility could save a lot of time and money, as it would provide in silico prediction of solubility enhancing mutations before performing deep mutational scanning in laboratory. In this work, new predictor of the effect of mutation on protein solubility SoluProtMut is introduced that is based on machine learning methods. Most of the existing predictors predict the effect from the amino acid sequence. In addition to the sequence, the tool presented in this work also uses the spatial structure of the protein, which can significantly increase it's accuracy.
|
|
|
Studium vlivu pomocných látek na disoluci léčiva z tablet
Ouzký, Miroslav ; Šklubalová, Zdeňka (vedoucí práce) ; Mužíková, Jitka (oponent)
1 Abstrakt Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Farmaceutické technologie Školitel: Konzultanti: doc. PharmDr. Zdeňka Šklubalová, Ph.D. Mgr. Jana Brokešová, Mgr. Daniel Pěček Posluchač: Miroslav Ouzký Název diplomové práce: Studium vlivu pomocných látek na disoluci léčiva z tablet Cílem této diplomové práce bylo studium vlivu pomocných látek na disoluci léčiva z tablet s vysokou dávkou aktivní látky. Tablety byly připraveny z granulátu získaného vlhkou granulací. Bylo připraveno celkem 11 šarží tablet, které se lišily použitím dvou různých plniv - mikrokrystalické celulosy nebo laktosy a extragranulárně přidaným disintegrantem - kroskarmelosou nebo krospovidonem ve třech koncentracích 2 %, 3,7 % nebo 5,4 %. Tablety byly adjustovány do PVC/Al blistrů. S využitím metody s pádlem bylo hodnoceno uvolňování léčiva z tablet do fosforečnanového pufru pH 7,2 po výrobě (čas 0) a po 1,5, 3 a 6 měsících stabilitního testu při 40 řC a 75 % relativní vlhkosti vzduchu. Výsledky ukazují, že tablety s mikrokrystalickou celulosou uvolňovaly léčivo rychleji než tablety s laktosou. Podobný efekt byl pozorován, když byla extragranulárně přidána kroskarmelosa v porovnání s krospovidonem. V průběhu stabilitního testu se navíc na povrchu tablet s krospovidonem objevily viditelné defekty....
|
|
|
Příprava a charakterizace sulfurizovaných polymerů pro elektrochemické zdroje proudu
Svoboda, Lukáš ; Kazda, Tomáš (oponent) ; Čech, Ondřej (vedoucí práce)
Baterie založené na lithno-sírové technologii mají potenciál ukládat několikanásobně vyšší množství energie při zachování stejné hmotnosti, než stávající lithno-iontové baterie. To je možné díky vysoké teoretické hustotě energie síry, která převyšuje hodnoty dosavadních materiálů používaných v bateriích. Tyto baterie však trpí několika nedostatky, které doposud brání praktickému využití. Využití amorfní síry místo její krystalické formy by mohlo vést ke zvýšení životnosti a nábojové účinnosti. Jako perspektivní metoda přípravy polymerní síry se jeví inverzní vulkanizace, která zabraňuje zpětné rekrystalizaci a amorfní formu síry stabilizuje. Cílem této práce je příprava a studium vlastností materiálů z inverzně vulkanizované síry.
|
|
|
Aprotické gelové elektrolyty s tetraalkylamonnými solemi
Michalec, Juraj ; Veselkova, Iuliia (oponent) ; Sedlaříková, Marie (vedoucí práce)
Podstatou tejto diplomovej práce je zhrnúť poznatky o aprotických gélových elektrolytoch.V diplomovej práci sú vysvetlené metódy pre meranie elektrochemických vlastností aprotických gélových elektrolytov. V teoretickej časti sa zameriavam na poznatky, ktoré súvisia s aprotickými gélovými elektrolytmi, ich históriou, vlastnosťami, prebiehajúcimi mechanizmami a využitím v praxi. V experimentálnej časti sa zaoberám prípravou vzoriek gélových polymérnych elektrolytov, u ktorých vyhodnocujem ich vlastnosti, elektrickú vodivosť a potenciálové okno.
|
|
|
Predikce rozpustnosti proteinů
Marušiak, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Hon, Jiří (vedoucí práce)
Proteínová rozpustnosť je úzko spojená s použiteľnosťou proteínov pre účely priemyselného využitia a vo výskume. Predikcia rozpustnosti by preto viedla k značnému ušetreniu finančných prostriedkov. V tejto práci je prezentovaný nový prediktor rozpustnosti Solpex založený na strojovom učení, ktorý na nezávislej testovacej sade dosiahol vyššiu presnosť ako porovnateľné existujúce prediktory. Realizácii prediktoru predchádzalo oboznámenie s biologickou podstatou rozpustnosti, preskúmanie existujúcich prístupov k predikcii, tvorba dátových sád, uskutočnenie experimentov a výber vlastností pre prediktor. Najpodstatnejšou z týchto častí je pravdepodobne tvorba dátových sád, ktoré sú kľúčové pre vytvorenie kvalitného prediktoru. V súvislosti s dátovými sadami je v tejto práci podrobne popísané spracovanie hlavného zdroja ich dát - databázy TargetTrack.
|
|
|
Synthesis of polysubstituted pyrimidines with potential anti-inflammatory properties
Kalčic, Filip ; Janeba, Zlatko (vedoucí práce) ; Dvořák, Dalimil (oponent)
Tato práce se zabývá syntézou polysubstituovaných pyrimidinů s potenciálními protizánětlivými účinky. Tyto látky jsou schopny inhibovat produkci prostaglandinu E2 (PGE2). Cílem této práce bylo zvýšení rozpustnosti a protizánětlivé účinnosti připravených derivátů pomocí strukturních modifikací vedoucí struktury WQE-134. Pro přípravu látek byl nejvíce využíván Suzuki-Miyaura coupling, nicméně i řada jiných postupů byla aplikována (Heckova reakce, kondenzace, borylace, ozonolýza, nukleofilní substituce, atd.). Celkem bylo připraveno 43 finálních látek. Protizánětlivá účinnost (inhibice produkce PGE2) byla úspěšně zvýšena u mnoha derivátů. Nejúčinnější látka dosáhla o tři řády vyšší aktivity než vedoucí struktura. Nebyl pozorován žádný obecný vliv délky substituentu v poloze C5 pyrimidinu (C5pyr) na protizánětlivou aktivitu látek. Významnou překážkou v dalším vývoji WQE-134 je nízká rozpustnost této látky a s tím spojená nízká biologická dostupnost. Rozpustnost látek byla úspěšně zvýšena pomocí zavedení skupin nesoucí heteroatom do C5pyr. Nejvíce rozpustná látka dosáhla o dva řády vyšší rozpustnosti než WQE-134 zatímco se biologická aktivita snížila pouze nepatrně. Dále byla syntetizována WQE-134 biotinylovaná v poloze C5pyr přes pegylovaný řetězec, která bude použita v tzv. pulldown experimentech za...
|
|
|
Metody stanovení rozpustnosti hydrofobních modelových karcinogenů ve vodném prostředí
Řeboun, Martin ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
2-Nitrobenzantrhron a 3-nitrobenzanthron jsou široce zastoupené polutanty v životním prostředí. Jejich zdrojem je automobilová doprava, ale i jiné spalovací procesy. 3- nitrobenzanthron je prokázaným mutagenem a karcinogenem v savčích i bakteriálních systémech. Po metabolické aktivaci tvoří adukty s purinovými bázemi v DNA. Zatímco příbuzný 2-NBA vykazuje o 3-4 řády nižší genotoxické působení. Jedním z cílů práce bylo stanovit rozpustnost 2-NBA, a také dalších dvou modelových karcinogenů - Sudanu I a ellipticinu ve vodném prostředí. Získané hodnoty porovnat mezi sebou a s již známou rozpustností 3-NBA. Rozpustnost by mohla být jedním z možných vysvětlení velmi nízkých genotoxických účinků 2-NBA oproti ostatním sledovaným látkám. Sudan I je běžné azobarvivo, které se běžně používá k barvení nejrůznějších látek, a je to prokázaný lidský karcinogen. Ellipticin, rostlinný alkaloid, je látka zajímavá zvláště díky svým protinádorovým účinkům, které pravděpodobně souvisí s její genotoxicitou. K dalším cílům patřilo stanovení rozpustnosti sledovaných látek v metanolu, získaní jejich extinkčních koeficientů a ověřit popřípadě vylepšit spektrofotometrické techniky, které byly použity pro tato stanovení. Ke stanovení byly použity dvě různé spektrofotometrické metody. Jedna byla založena na vymezení platnosti...
|
|
|
Rozpustnost modelových karcinogenů a její modulace v přítomnosti biomolekul
Řeboun, Martin ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
2-Nitrobenzanthron (2-NBA) a 3-nitrobenzanthron (3-NBA) jsou široce zastoupené polutanty v životním prostředí. Jejich zdrojem je automobilová doprava, ale i jiné spalovací procesy. 3-nitrobenzanthron je prokázaným mutagenem a karcinogenem v savčích i bakteriálních systémech. Po metabolické aktivaci tvoří adukty s purinovými bázemi v DNA. Zatímco příbuzný 2-NBA vykazuje o 3-4 řády nižší genotoxické působení. Jedním z cílů práce bylo stanovit rozpustnost 2-NBA, a také dalších dvou modelových karcinogenů - Sudanu I a ellipticinu ve vodném prostředí. Získané hodnoty porovnat mezi sebou a s již známou rozpustností 3-NBA. Rozpustnost by mohla být jedním z možných vysvětlení velmi nízkých genotoxických účinků 2-NBA oproti ostatním sledovaným látkám. Sudan I je azobarvivo, které se běžně používá k barvení nejrůznějších látek, a je to prokázaný lidský karcinogen. Ellipticin, rostlinný alkaloid, je látka zajímavá zvláště díky svým protinádorovým účinkům, které pravděpodobně souvisí s její genotoxicitou. Důležitým cílem bylo stanovit vliv albuminu, proteinu krevní plasmy na rozpustnost jednotlivých sledovaných látek. K dalším cílům patřilo stanovení rozpustnosti sledovaných látek v methanolu, získání jejich extinkčních koeficientů a ověřit, popřípadě vylepšit, spektrofotometrické techniky, které byly použity...
|
|
| |
|
|
Disociační chování přírodních biokoloidů
Karbanová, Kateřina ; Sedláček, Petr (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na studium disociačního chování přírodních biokoloidů, a to konkrétně huminových kyselin a fulvinových kyselin. Huminové a fulvinové kyseliny jsou přírodní, heterogenní, vysokomolekulární látky, které se chovají jako slabě kyselé polyelektrolyty a mají složitou doposud ne zcela přesně popsanou strukturu. Vznikají biochemickými přeměnami organických zbytků (převážně rostlinných). Jsou součástí půd, vod, rašelin, sedimentů nebo uhlí. Rozpustnost huminových kyselin je značně ovlivněna hodnotou pH, čím vyšší je hodnota pH, tím větší je i jejich rozpustnost. Fulvinové kyseliny jsou dobře rozpustné v celém rozsahu pH. Cílem této diplomové práce je stanovit disociační konstanty u pěti druhů huminových kyselin a čtyř druhů fulvinových kyselin, které byly izolovány z různých přírodních zdrojů, a které byly zakoupeny od společnosti IHSS. Disociační konstanty byly stanovovány pomocí metody konduktometrické a kombinací měření pH a obsahu kyselých funkčních skupin v Na2SO4. Metoda UV-VIS spektrofotometrie byla v této práci použita k charakterizaci kvality huminových a fulvinových kyselin.
|
host ::
RSS.