|
|
Optimalizace izolace plazmidové DNA pomocí magnetických částic
Chlopková, Barbora ; Zemanová, Jana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Teoretická část práce shrnuje poznatky ohledně izolace a přečištění plasmidové DNA a nukleových kyselin jako takových. Plasmidová DNA se používá často v genovém inženýrství jako vektor pro přenos určitého genu do buňky. Její izolace a přečištění v dostatečné kvalitě je klíčovou pro další procesy s tímto spjaté. V experimentální části byla zkoumána izolace a přečištění pDNA pomocí magnetických nosičů v přítomnosti různých koncentrací PEG 8000 v kombinaci s 1M NaCl. Dále byla zkoumána izolace pDNA pomocí komerčních kitů.
|
|
|
Použití vysokorozlišovací analýzy křivek tání ke studiu baktérií mléčného kvašení
Knápková, Monika ; Němcová, Andrea (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
V současné době roste zájem o užívání probiotických výrobků a na trhu je jich celá řada. S rostoucím zájmem je kladen i větší důraz na identifikaci deklarovaných probiotických mikroorganismů. Přesná identifikace mikrobiálního složení je často nelehkým úkolem a je zapotřebí pokročilejších metod, zejména z oblasti molekulární diagnostiky. Diplomová práce byla zaměřena na ověření přítomnosti deklarovaných probiotických mikroorganismů v probiotických doplňcích stravy GS Laktobacily Forte 21, Biopron 9 Premium a Linex® Forte. DNA byla z komplexních matric izolována fenolovou extrakcí, komerčním kitem a magnetickými nosiči F79/L3-PLL v kvalitě vhodné pro PCR. Následně byla izolovaná DNA amplifikována polymerázovou řetězovou reakcí v reálném čase s využitím rodově a druhově specifických primerů. Specifický PCR produkt byl podroben agarózové gelové elektroforéze, přičemž druhová identifikace nebyla vždy v souladu s údaji deklarovanými výrobci. Další část práce se zabývala polymerázovou řetězovou reakcí s vysokorozlišovací analýzou křivek tání za účelem rozlišení bakteriálních kmenů patřících do skupiny Lactobacillus a za účelem identifikace probiotických mikroorganismů přítomných ve směsi v probiotických doplňcích stravy. Bylo testováno osm sad primerů (V1F HRM a V1R-HRM, CHAU-V3F a CHAU-V3R, CHAU-V6F a CHAU-V6R, LAC2 a LAC4, LAC1 a LAC2, P1V1 a P2V1, poxcDNAFw a poxPromRVC, poxcDNAFw a poxPromRVT). Jako nejvhodnější pro rozlišení bakteriálních kmenů rodu Lactobacillus byly vyhodnoceny tři dvojice primerů (V1F HRM a V1R-HRM, poxcDNAFw a poxPromRVC, poxcDNAFw a poxPromRVT).
|
|
|
Využití různých metod izolace DNA baktérií mléčného kvašení v molekulárně biologických metodách
Chvalkovská, Eva ; Skoumalová, Petra (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Předkládaná práce se zabývá probiotickými bakteriemi, izolací DNA z těchto baterií třemi různými metodami a vlivu izolace na identifikaci DNA pomocí molekulárně biologických metod. Probiotické bakterie jsou důležitou součástí trávícího traktu člověka. Mají důležitou roli pro funkci imunitního systému, a to díky adhezi na sliznici trávícího traktu, kde vytváří nehostinné prostředí pro patogeny. Probiotické baterie přijímáme běžně v potravě, ať už v mléčných výrobních nebo pomocí doplňků stravy. Díky nadužívání antibiotik ovšem hrozí riziko předání vnitřní rezistence, kterou probiotické bakterie mají kvůli udržení přirozené homeostáze trávícího traktu, patogenním bakteriím. Je tedy důležité efektivně identifikovat rizikové probiotické bakterie, které mají schopnost rezistenci přenášet a eliminovat tak jejich přítomnost v potravinách a potravinových doplňcích. V experimentální části byly zkoumány tři metody izolace DNA, metoda fenolové extrakce, izolace magnetickými částicemi a izolace komerčním kitem. DNA byla izolovaná ze tří doplňků stravy a to Biopron 9 premium, Linex forte a GS Laktobacily forte 21. Čistota a koncentrace izolované DNA byla zjištěna spektrofotometricky. Přítomnost jednotlivých kmenů DNA v potravinových doplňcích byla potvrzena metodou polymerázové řetězové reakce v reálném čase. Jako nejlepší metoda izolace, co se týče čistoty a koncentrace izolované DNA byla na základě RT–PCR a spektrofotometrie vyhodnocena metoda izolace komerčním kitem.
|
|
|
Fluorescenční detekce v analýze patogenů
Tomečková, Kristýna ; Kristýna, Zemánková (oponent) ; Bezděková, Jaroslava (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá izolací a detekcí bakterií a to pomocí metody zvané molekulový imprinting ve spojení s fluorescenční mikroskopií. Teoretická část práce se soustřeďuje na porovnání vyvinutémetody s dosud využívanými metodami. Praktická část byla zaměřena na přípravu a optimalizaci molekulově imprintovaných polymerů na dvou různých nosičích – multititrační destičce a magnetických částicích. Jako otiskovaný templát byla vybrána bakterie Enterococcusfaecalis a její kompetitor bakterie Staphylococcus aureus.
|
|
|
Tau protein, a biomarker of Alzheimer's disease: in vitro phosphorylation and tau-reactive antibodies characterization
Hromádková, Lenka ; Bílková, Zuzana (vedoucí práce) ; Fialová, Lenka (oponent) ; Krejsek, Jan (oponent)
Tau protein je s mikrotubuly asociovaný protein, který se nachází v axonech neuronů. Je klíčovou molekulou podílející se významně na patogenezi Alzheimerovy nemoci (AN), která je nejčastější příčinou stařecké demence. Tau patří do skupiny tzv. přirozeně nesbalených proteinů postrádajících globulární strukturu a vysoce náchylných k post-translačním modifikacím. Za patologických podmínek je tau protein abnormálně modifikován a chybně sbalován, což v důsledku vede k jeho oligomerizaci a agregaci do párově helikálních filament, které jsou základní jednotkou neurofibrilárních klubek, histopatologických útvarů typických pro AN. Současné léky používané v léčbě AN neurodegenerativní procesy pouze zpomalují a lék zcela zastavující vlastní rozvoj nemoci stále chybí. V současnosti je velmi slibným a rozvíjejícím se terapeutickým přístupem imunoterapie. Testována je také imunomodulace pomocí intravenózních imunoglobulinových preparátů (IVIG), které obsahují velké množství přirozených protilátek běžně se vyskytujících u zdravé populace. Objevení přirozeně se vyskytujících protilátek reaktivních s tau proteinem (nTau-Ab) v tělních tekutinách u pacientů s AD, zdravých kontrol, i jejich přítomnost v IVIG preparátech odstartovaly snahy lépe pochopit jejich úlohu u AN a jejich potenciální terapeutické využití....
|
|
|
Příprava vzorků pro analýzu DNA v potravinách rostlinného původu
Silná, Renata ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Izolace vysoce kvalitní rostlinné DNA je nezbytná pro mnoho aplikací molekulární biologie. Nicméně, rostlinná DNA a potraviny rostlinného původu obsahují velké množství polysacharidů, polyfenolů a jiných sekundárních metabolitů, které snižují výtěžnost a kvalitu izolované DNA. Cílem této diplomové práce byla příprava vzorků a různých potravinových matric pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Jednalo se o 5 druhů zeleniny a 10 druhů různě zpracovaných zeleninových potravinových výrobků. Homogenizace matric byla provedena v CTAB pufru. Izolace rostlinné DNA byla provedena magnetickými částicemi s navázanými karboxylovými skupinami. Veškerá DNA byla izolována v kvalitě vhodné pro konvenční PCR, testována dvěma sadami primerů umožňujících amplifikaci 700 bp amplikonů, u tepelně zpracovaných výrobků na 220 bp a pro PCR v reálném čase. Byla srovnána účinnost separace magnetických částic s navázanou DNA pomocí magnetického separátoru a magnetické jehly. DNA vyšší čistoty byla izolována magnetickou jehlou. Mikrometoda izolace rostlinné DNA z homogenátů s CTAB pomocí magnetických částic je vhodná pro různě zpracované potraviny.
|
|
|
Izolace DNA s použitím nově syntetizovaných magnetických nosičů
Machan, Radoslav ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Teoretická časť práce bola zameraná na poskytnutie prehľadu základných vlastností magnetických častíc, ich morfológie, základných spôsobov ich syntézy, interakcie s DNA a aplikácie v oblasti biotechnológií a biomedicíny. Cieľom praktickej časti práce bolo overiť použitie novo navrhnutých magnetických častíc pri izolácii laktobacilovej DNA a DNA z teľacieho týmu. Na izoláciu DNA boli použité dva druhy magnetických nosičov: hypersieťované poly(glycidyl methakrylát-co-[2-(methakryloyloxy) ethoxy]octová kyselina-co-ethylen dimethakrylát) mikročastice pokryté amínovými skupinami - P(GMA-MOEAA-EDMA)-NH2 a magnetické neporézne magnetické poly(2-hydroxyethyl methakrylátové) mikročastice pokryté karboxylovými skupinami – P(HEMA-co-GMA)-COOH. Pre každý typ častíc boli testované dva odlišné postupy prípravy separačnej zmesi a dve rôzne koncentrácie poly(etylénglykolu) 6000 (PEG 6000) ako kondenzačného činidla. Medzi oboma typmi magnetických častíc boli zistené rozdiely pri izolácii DNA. Pri oboch typoch častíc bolo dokázané, že za podmienok izolácie pri koncentrácii PEG 6000 8 % sú vhodné na izoláciu DNA v kvalite vhodnej pre PCR.
|
|
|
Izolace DNA z vybraných zeleninových výrobků (paprika)
Gőghová, Sabína ; Kuderová,, Alena (oponent) ; Kovařík, Aleš (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá mikroizolací rostlinné DNA z 10 různých technologicky zpracovaných potravinových výrobků obsahujících papriku (Capsicum annum). DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována z homogenátů připravených v lyzačním roztoku s CTAB pomocí magnetických částic PGMA funkcionalizovaných karboxylovými skupinami. Kvantita a kvalita DNA byla stanovena spektrofotometricky a ověřena metodami PCR s primery specifickými pro rostlinnou rDNA. Kvalita izolované DNA se lišila v závislosti na technologickém zpracování výrobků. DNA izolovaná z uzené mleté papriky a z tepelně ošetřených výrobků (s výjimkou jednoho výrobku) byla degradovaná a amplifikovala se jen s primery F_26S a R_26S (produkt PCR o velikosti 220 bp) na rozdíl od primerů F_18S a R_5.8S (produkt PCR 700 bp). DNA izolované z dalších potravinových výrobků se amplifikovaly s primery F_18S a R_5.8S (produkt PCR 700bp). PCR produkt z jedné mleté papriky (Žitavská paprika) byl klonován a sekvencován.
|
|
|
Využití magnetických částic při izolaci DNA z výrobků z obilovin
Starenkova, Anastasiia ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na testování mikroizolace DNA za pomocí magnetických částic z ereálních výrobků v kvalitě vhodné pro polymerázovou řetězovou reakci (PCR). Pro analýzu byly vybrány cereální sušenky a výrobky pro děti. Vzorky byly homogenizovány s použitím plastového kopistu v lyzačním roztoku s cetyltrimetylammonium bromidem (CTAB). Homogenáty byly purifikovány směsí chloroform-oktanol. Při přípravě homogenátu byl také testován vliv isopropanolu. Homogenáty byly použity pro izolaci DNA magnetickými částicemi. Byly testovány dva spůsoby separace magnetických částic s navázanou DNA (magnetický separátor a magnetická jehla). Izolovaná DNA byla analyzována spektrofotometricky - byla zjišťována její koncentrace a čistota. Poté byla ověřována amplifikovatelnost DNA v PCR. Pro amplifikaci byly použity dvě sady primerů specifických pro rostlinnou ribosomální DNA. Produkty PCR s očekávanou délkou 700 a 220 bp byly detegovány agarózovou gelovou elektroforézou. Bylo zjištěno, že DNA izolovaná ze zrn cereálií, nakličených zrn a cereálních výrobků pomocí testovaných magnetických nosičů byla v kvalitě vhodné pro PCR.
|
|
|
Mikroextrakce DNA z rostlinných tkání zeleniny
Cesnak, Filip ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Diplomová práca bola zameraná na porovnanie dvoch mikroizolačných metód DNA s využitím magnetických častíc z potravín rastlinného pôvodu. Vzorky mali rôznorodé, komplexné matrice a boli v surovom (brokolica, list z jahodníka obecného) alebo technologicky opracovanom stave (jahodový džem). Prvá metóda využíva na manipuláciu magnetických častíc magnetický separátor a slúžila ako štandart pri porovnaní. Druhá metóda využíva paramagnetickú ihlu, ktorej výhodou by mala byť možnosť izolácie DNA vo vyššej kvalite bez výraznej kontaminácie polyfenolickými látkami či proteínmi. Vhodnosť metódy bola vyhodnotená štatistickým porovnaním výsledkov získaných obidvomi metódami. Kvalita DNA bola posúdená testovaním amplifikovatelnosti izolovanej DNA pomocou PCR. Amplifikované produkty boli vizualizované na agarózovom gély pomocou elektroforézy.
|
host ::
RSS.