|
|
Strukturní a funkční analýza katepsinu B1 z krevničky Schistosoma mansoni
Jílková, Adéla ; Mareš, Michael (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Mikeš, Libor (oponent)
Schistosomóza je závažné infekční onemocnění postihující více než 200 milionů lidí v oblasti tropů a subtropů. Původcem je parazit krevnička, který žije v cévách člověka a živiny získává degradací hemoglobinu z krve hostitele působením trávicích proteas. V současnosti je k dispozici pouze jediný lék proti schistosomóze a hrozba vzniku rezistence vyvolává potřebu vývoje nových terapeutik. Katepsin B1 (SmCB1) je klíčovou trávicí proteasou krevničky střevní (Schistosoma mansoni) a představuje cílovou molekulu pro terapeutický zásah. Tato práce podává komplexní charakterizaci SmCB1 zaměřenou na vztah struktury a aktivity a na inhibiční regulaci s využitím šesti vyřešených krystalografických struktur molekulárních forem a komplexů SmCB1. SmCB1 je syntetizován ve formě neaktivního zymogenu, ve kterém N-koncový propeptid působí jako přirozený intramolekulární inhibitor blokující aktivní místo. Detailní biochemickou a strukturní analýzou byl identifikován nový unikátní mechanismus procesu aktivace zymogenu, při kterém je propeptid odštěpen, a byla popsána regulace tohoto procesu pomocí glykosaminoglykanů. Studium proteolytické aktivity SmCB1 prokázalo, že se jedná o enzym působící jako endopeptidasa i exopeptidasa a představuje tak účinný nástroj pro trávení hemoglobinu hostitele. Významná část práce se...
|
|
|
Nutritional biology of synanthropic mites (Acari: Acaridida)
Erban, Tomáš ; Smrž, Jaroslav (vedoucí práce) ; Grubhoffer, Libor (oponent) ; Šustr, Vladimír (oponent)
NÁZEV DISERTAČNÍ PRÁCE Potravní biologie synantropních roztočů (Acari: Acaridida) ABSTRAKT V minulosti bylo provedeno několik pokusů o popsání potravní biologie akaroidních roztočů, nicméně plné porozumění těmto procesům pozbývá úplnosti. Cílem této disertační práce bylo rozšířit naše znalosti týkající se trávicí fyziologie skladištních a prachových roztočů a aplikovat tyto znalosti na jejich potravní biologii. Výzkumný přístup použitý v této disertační práci zahrnuje in vitro charakterizaci enzymové aktivity v celotělních extraktech (WME) a extraktech zbytkového růstového média (SGME), vyhodnocení enzymové aktivity s ohledem na fyziologické pH střeva, enzymatické inhibiční experimenty, in vivo lokalizaci enzymových aktivit ve střevě roztočů, určení efektů výživných nebo růst inhibujících aditiv v experimentálních dietách na populační růst roztočů a určení potravních preferencí synantropních roztočů na základě vyhodnocených in vitro a in vivo analýz. pH střeva dvanácti druhů synantropních akaroidních roztočů bylo determinováno v rozmezí pH 4 až 7 a ukázalo gradient v pH z předního do zadního střeva. pH v trávicím traktu synantropních akaroidních roztočů koresponduje aktivitám proteáz, α-glukosidáz, α-amyláz a bakteriolytických enzymů. Aktivita těchto enzymů reprezentuje hlavní trávicí aktivitu v roztočích,...
|
|
|
Inhibitors of mouse serine racemase
Vorlová, Barbora ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Serinracemasa je pyridoxal-5'-fosfát dependentní enzym zodpovědný za biosyntézu D-serinu v centrální nervové soustavě. D-serin je důležitý neurotrasmiter, který se podílí na aktivaci N- methyl-D-aspartátových receptorů pro glutamát. Nadměrná stimulace zmíněných receptorů může vést k různým neuropatologiím, jako je Alzheimerova choroba, amyotropní laterální skleróza, epilepsie a další. Pro zmírnění příznaků těchto onemocnění se v klinické praxi využívají přímé blokátory NMDA receptorů. Řada těchto látek ale způsobuje nežádoucí účinky a je tedy zapotřebí hledat méně škodlivé blokátory či regulátory působící na jiné cíle terapeutického zásahu, které přímo ovlivňují aktivaci NMDA receptorů. V této souvislosti se právě specifická inhibice serinracemasy zdá být slibnou strategií pro snížení nadměrné stimulace dotyčných receptorů. Myší serinracemasa sdílí 89% identitu se svým lidským ortologem, přičemž bylo prokázáno, že oba zmíněné enzymy vykazují podobné kinetické parametry a jsou inhibovány stejnými látkami s podobnou efektivitou. Pro hledání potentních inhibitorů lidské serinracemasy tedy mohou být využity myší modely. Nicméně, i přesto, že byla testována celá řada nejrůznějších látek, vysoce efektivní inhibitory serinracemasy ještě nebyly identifikovány. Tato studie měla za cíl navázat na výzkum...
|
|
|
Study of the cleavage kinetics of Gag polyprotein from HIV-1 virus by the viral proteinase
Krištofičová, Ivica ; Ingr, Marek (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Polyprotein Gag je prekurzorem strukturních proteinů viru HIV-1 nezbytných pro správné složení, pučení a zrání virové částice v průběhu životního cyklu viru HIV-1. Proces zrání do stádia infekčního virionu je závislý na štěpení polyproteinu Gag a GagPol virovou proteinasou na devíti přesně určených místech. Narušení tohoto štěpení je jedním z hlavních terapeutických cílů v léčbě nákazy HIV. Virus HIV-1 si však vytváří rezistenci k inhibitorům proteinasy vznikem mutací jak v proteinase samotné, tak v jejím substrátu. Štěpení Gagu HIV-1 proteinasou je proces s přesně daným pořadím a rychlostí jednotlivých kroků. Předchozí biochemické studie stanovily kinetické parametry těchto procesů s pomocí oligopeptidů reprezentujících přirozeně se vyskytující štěpicí místa. Tato práce popisuje štěpení samotného polyproteinu Gag, který je přirozeným substrátem HIV-1 proteinasy. Za tímto účelem byl rekombinantně připraven kompletní polyprotein Gag v bakteriálním expresním systému. Bylo provedeno jeho štěpení HIV-1 proteinasou a produkty tohoto štěpení byly analyzovány pomocí SDS-PAGE a Western blotu. Dále byla porovnána substrátová specifita proteinasy divokého typu a mutované varianty HIV-1 proteinasy vůči kompletnímu divokému typu Gag polyproteinu. Byly pozorovány podstatné rozdíly mezi rychlostmi jednotlivých kroků...
|
|
|
Role of STAT3 signalling in oncogenesis and cancer therapy
Machalová, Veronika ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
Velká pozornost je v dnešní době upírána na STAT3 (Signální transduktor a aktivátor transkripce 3) jako na možný cíl terapie rakoviny. Je dokázáno, že STAT3 je konstitutivně aktivován u mnoha typů rakoviny, jako je rakovina prsu či prostaty, a samotná tato konstitutivní aktivace stačí k rozvinutí nádorového bujení. Tento protein funguje jako transkripční faktor. Je aktivován fosforylací tyrosinu a následnou homodimerizací. Role STAT3 je nezastupitelná i v nenádorových buňkách; je transkripčním faktorem genů, jejichž proteinové přepisy se podílí na progresi buněčného cyklu, růstu a replikaci buňky, rovnováze mezi apoptotickými a anti-apoptotickými proteiny a dalších funkcích. Poměrně nově objevenou rolí STAT3 je modulace chodu mitochondrií a ochrana buňky před tvorbou kyslíkových radikálů. Tato bakalářská práce má za cíl shrnout podporující údaje, že STAT3 je perspektivním cílem nádorové terapie, a to zaměřením se na funkci tohoto proteinu v aspektech typických pro nádorové buňky. V této bakalářské práci je obsažena i kapitola věnovaná pokroku, kterého bylo dosaženo ve snaze vytvořit ideální STAT3 inhibitor. Klíčová slova: Signální transduktor a aktivátor transkripce 3 (STAT3), signální dráha JAK/STAT3, konstitutivní aktivace, rakovina, tumor, inhibitor, mitochondrie, apoptóza
|
|
| |
|
|
Zkoumání působení a možnosti ověřování schopností různých druhů inhibitorů koroze
Kroča, Michal ; Švehla, Vladimír (oponent) ; Drochytka, Rostislav (vedoucí práce)
Cílem práce je přiblížit problematiku degradace železobetonových konstrukcí a to z pohledu koroze ocelové výztuže. Základem je detailní průzkum a rozbor přísad obsahujících inhibitory koroze, určených ke zlepšení betonové matrice a zvýšení ochrany ocelové výztuže. Podstatnou částí je souhrn detekčních metod, jejichž účelem je ověřit přítomnost inhibičních látek v železobetonu (přímé metody) nebo jejich antikorozní účinek na ocelovou výztuž (nepřímé metody). Následně pak provést porovnání na trhu dostupných produktů a to na základě jejich vlastností a parametrů, nevyjímaje ceny a ekologického hlediska. Z těchto dosažených údajů je vypracován optimalizační výpočet, jehož výstupem je určení nevhodnějšího produktu pro ochranu ocelové výztuže, zabudované v železobetonových konstrukcích a to především na dávkování a ceně udávané výrobci.
|
|
| |
|
| |
|
|
A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
Brynda, Jiří ; Řezáčová, Pavlína ; Fábry, Milan ; Hořejší, Magdalena ; Štouračová, Renata ; Sedláček, Juraj ; Souček, M. ; Hradílek, M. ; Lepšík, M. ; Konvalinka, J.
The x-ray structure of a complex of HIV-1 protease (PR) with a phenylnorstatine inhibitor Z-Pns-Phe-Glu-Glu-NH2 has been determined at 1.03 A, the highest resolution so far reported for any HIV PR complex. The inhibiot shows subnanomolar Ki values for both the wild-type PR and the variant representing one of the most common mutations linked to resistance developoment. The structure displays a unique pattern of hydrogen bonding to the two catalytic aspartate residues. The high resolution permits to assess the donor/acceptor realtions of this hydrogen bonding and to indicate a proton shared by the two catalytic residues. Structural mechanism for the unimpaired ihnibition of the protease Val82Ala mutant is also suggested, based on energy calculations and analyses.
|
host ::
RSS.