|
|
Optimalizace metody PCR-RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek
Olivová, Radana ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá optimalizací metody PCR – RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek. Konvenční metody pro identifikaci kvasinek jsou časově náročné. Molekulárně biologické metody založené na PCR slouží k rychlé a precizní identifikaci v porovnání s tradičními fenotypovými metodami. V této práci byla použita molekulárně biologická metoda PCR – RFLP, která bere v úvahu , že v ribozomální DNA kvasinek se opakují konzervativní nekódující oblasti(tzv. spacery), jež jsou charakteristické pro každý druh i kmen. Pomocí PCR se amplifikovaly specifické úseky DNA, které byly štěpeny restrikčními endonukleázami a získané fragmenty jsou identifikovány pomocí horizontální elektroforézy. V literární rešerši jsou zpracovány informace o kvasinkách, jejich taxonomii a molekulárně biologických metodách.
|
|
|
Identifikace vinných kvasinek metodou PCR-RFLP
Šuranská, Hana ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek metodou PCR-RFLP. Identifikace a charakteristika kvasinek prodělala v posledních letech výrazné změny. Byly zavedeny nové metody taxonomického zařazování založené na molekulárních metodách, které směřují ke snadné a rychlé identifikaci. Jednou z těchto metod je metoda PCR-RFLP. Amplifikací oblasti 5•8S-ITS rDNA polymerázovou řetězovou reakcí za použití primerů ITS1 a ITS4 dojde k amplifikaci specifického úseku DNA. Takto namnožená DNA je po přečištění ethanolem a vysušení podrobena restrikční analýze. Použitím restrikčních endonukleáz dojde k naštípání DNA na specifické úseky charakteristické pro daný druh. Naštípané fragmenty lze oddělit v elektrickém poli v agarózovém gelu a následně vyhodnotit. V práci bylo použito 63 typových kvasinek, které byly analyzovány použitím sedmi restrikčních endonukleáz – HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, TaqI, AluI a MseI. Výsledný obraz štěpení typových kvasinek byl srovnán s výsledkem štěpení identifikovaných vinných kvasinek a tyto kvasinky byly následně taxonomicky zařazeny. Posouzení genetické podobnosti bylo provedeno pomocí programu BioNumerics a výsledkem jsou dendrogramy, k jejichž vytvoření byly využity Jaccardovy koeficienty.
|
|
|
Identifikace kvasinek rodu Saccharomyces během kvašení bílého vína
Zdeňková, Michaela ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací kvasinek rodu Saccharomyces účastnících se jednotlivých fází kvašení bílého vína. Rychlost, s jakou jsme schopni identifikovat druhy kvasinek, hraje důležitou roli pro posouzení kvality fermentačního procesu i kvality finálního produktu - vína. Rozvoj metod molekulární biologie postupně omezuje využití tradičních metod identifikace především z důvodu jejich časové náročnosti. V této práci byla použita molekulární metoda PCR-RFLP, jako nástroj k přesné a rychlé identifikaci jednotlivých druhů kvasinek. Specifický úsek DNA byl zmnožen pomocí PCR a následně podroben restrikční analýze. Restrikční endonukleasy rozštěpily DNA na fragmenty specifické pro daný druh kvasinky. Fragmenty byly detekovány pomocí horizontální elektroforézy. Srovnáním fragmentů s fragmenty typových kvasinek byla možná identifikace druhu kvasinek a jejich taxonomické zařazení. Literární rešerše obsahuje základní informace o kvasinkách a jejich využití, informace o výrobě vína a princip metody PCR-RFLP.
|
|
|
Identifikace kvasinek rodu Saccharomyces z listů, bobulí a moštu révy vinné
Škodová, Anna ; Štros, Michal (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací kvasinek rodu Saccharomyces z listů, bobulí a moštu bílého vína použitím metody PCR-RFLP. Je zde popsáno získávání čistých kultur kvasinek, izolace DNA, amplifikace charakteristických úseků DNA metodou PCR, štěpení těchto úseků restrikčními endonukleázami a detekce výsledných fragmentů zónovou elektroforézou. Určení mikroorganismů a jejich zařazení do systému nám umožňují právě délky fragmentů a počty štěpných míst, které jsou charakteristické pro každý druh. V teoretické části této práci jsou uvedeny základní informace o kvasinkovitých mikroorganismech a metodách molekulární biologie sloužících k jejich identifikaci. Část práce je věnována zpracování hroznů vinné révy a výrobě bílého vína.
|
|
|
Taxonomické zařazení kvasinek rodu Saccharomyces z vybraných matric
Mašitová, Lucie ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá optimalizací metod kultivace, izolace a identifikace jednotlivých kmenů kvasinek z vybraných matric využitím metod molekulární biologie. Jako matrice byly použity hrozny, listy vinné révy a půda z vinice. Protože kvasinky jsou nedílnou součástí fermentačních procesů, používají se tedy i při výrobě vína, u kterého ovlivňují organoleptické vlastnosti. K identifikaci kvasinkových kmenů byla použita metoda PCR-RFLP. Pro analýzu byly použity úseky kvasinkové DNA, které jsou specifické pro každý druh. Tyto úseky byly pomocí PCR naamplifikovány a následně podrobeny restrikční analýze pomocí specifických restrikčních endonukleas. Získané fragmenty byly detekovány horizontální elektroforesou. V literární rešerši jsou zpracovány základní informace o vinařství, kvasinkách, jejich kultivaci a izolaci, PCR, restrikční analýze a horizontální elektroforese.
|
|
| |
|
| |
|
|
Studium historického rozšíření linií pstruha obecného v ČR a na Slovensku pomocí vybraných znaků mitochondriální DNA
JAŠKOVÁ, Iva
Pstruh obecný (Salmo trutta) je ekologicky, ekonomicky a esteticky významný druh ryby, jehož nedostatečná ochrana v Evropě vyžaduje další pozornost a péči. Stále pokračující eroze genetických zdrojů populací pstruha obecného vlivem antropogenních činností žádá změny současných trendů. Studovali jsme genetickou diverzitu populací pstruha na území České republiky a Slovenska s využití genetických markerů. Na úsecích mitochondriální DNA (gen pro ND-5/6) a jaderné DNA (gen pro LDH1) namnožených pomocí PCR byly hledány rozdíly s využitím RFLP. V testovaných populacích bylo nalezeno celkem sedm haplotypů, čtyři z nich byly zastoupeny téměř ve všech populacích. {\clqq}Dunajské haplotypy`` byly striktně omezeny na povodí Dunaje a Visly, {\clqq}atlantické haplotypy`` dominovaly ve všech povodích, největší zdroj variací (72 %) byl uvnitř populací. Na úseku LDHC1٭ byly nalezeny dvě alely {--} původní ٭100 a ٭90 (při vysoké frekvenci výskytu). Tyto genomové změny jsou přičítány antropogenním vlivům.
|
|
|
Využití techniky PCR-RFLP pro hodnocení polymorfismu ITS regionu u kmenů \kur{Beauveria bassiana}
KOCKOVÁ, Lucie
Cílem této práce bylo posouzení vhodnosti techniky PCR-RFLP a analýzy ITS regionu pro účely hodnocení genetické variability entomopatogenních hub - Beauveria bassiana, Beauveria brongniartii a Isaria fumosorosea. Na základě analýzy ITS-RFLP kmeny B. bassiana původem z NP Šumava tvořily jednu homogenní skupinu, zatímco kmeny B.bassiana z jiných geografických lokalit vykazovaly vyšší stupeň polymorfismu a došlo k jasnému odlišení různých druhů entomopatogenních hub použitých v této studii.
|
|
|
Anylýza vybraných polymorfismů kura domácího
TYLLEROVÁ, Helena
U vybraných linií šlechtitelského programu DOMINANT CZ - Rhode Island Red (RIR), New Hampshire (NH) a finálních hybridů RIRxNH a NHxRIR, byl zkoumán gen kuřecího růstového hormonu. Analýza PCR - RFLP odhalila tři MspI štěpná místa na intronu 1. Tato štěpná místa poskytovala fragmenty o délce 540 bp, 390 bp, 270 bp, 240 bp, 150 bp a 120 bp. Na základě restrikčních vzorů byly ve sledovaných populacích popsány tři alely genu růstového hormonu. Z možných šesti genotypů byly nalezeny pouze čtyři. V linii RIR je nejvíce zastoupena alela A1 s frekvencí výskytu 0,925, u NH převažuje alela A3 s frekvencí výskytu 0,550. U finálních hybridů RIRxNH a NHxRIR převažují kříženci s alelou A1.
|
host ::
RSS.