|
Antimikrobiální peptidy při infekcích gramnegativními bakteriemi
Tocháčková, Petra ; Jílek, Petr (vedoucí práce) ; Andrýs, Ctirad (oponent)
Bc. Petra Tocháčková Antimikrobiální peptidy při infekcích gramnegativními bakteriemi Diplomová práce - abstrakt Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Farmacie Cíl práce: Cílem práce je vypracování metodiky a stanovení možné genové aktivace antimikrobiálních peptidů (beta defensinů 1 a 2 - pBD1 a pBD2) v ileu při infekci gnotobiotických selat gramnegativními bakteriemi. Jako zástupce gramnegativních bakterií různé virulence byla zvolena Salmonela enterica serovar Typhimurium, kmen LT2 a její R mutanty (rfaG- a rfaL-). Metody: 1) Návrh systémů pro stanovení prasečích pBD1 a pBD2 (software), 2) Purifikace celkové RNA (komerční kolony), kvantifikace (spektrofotometricky) a odhad její čistoty (poměr A280/A260), 3) Reverzní transkripce (směs náhodných n- merů a oligo d(T)m), 4) Kvantifikace cDNA (polymerázová řetězová reakce v reálném - LNA sondy) a 5) Normalizace genového přepisu pro pBD1 a pBD2 vůči beta aktinu, cyklofilinu A nebo oběma kontrolním genům zároveň. Výsledky: Pro purifikaci celkové RNA a syntézu cDNA jsme použili metody, které snižují riziko kontaminace genomovou DNA a tím i falešně pozitivních výsledků. Navrhli jsme detekční systémy pro stanovení pBD1 a pBD2, jejichž efektivita byla okolo 100% (srovnatelná s efektivitami systémů pro kontrolní geny). Transkripce pBD1...
|
|
Srovnání vyspělosti firem v ČR z hlediska softwarového vývoje
Borský, Miroslav ; Král, Josef (oponent) ; Richta, Karel (vedoucí práce)
V České republice existuje mnoho firem vyvíjejících software. Kvalita samotných procesů vývoje je však velkou neznámou. Tato práce si proto klade za cíl zjistit úroveň těchto procesů a srovnat ji s velikostí firem. V rámci práce je sestaven dotazník na základě modelu CMMI (Capability Maturity Model Integration) a je zkoumáno patnáct českých firem, zabývajících se vývojem ekonomického software. K těmto firmám je vybrán tým jedné banky a jedna zahraniční firma pro porovnání. Sebraná data jsou graficky prezentována a slovně interpretována. Závislost dosaženého hodnocení na velikosti firmy je potvrzena u pěti procesních oblastí z osmnácti zkoumaných a u dvou ze čtyř skupin těchto procesních oblastí. Pro pozorované závislosti jsou nabídnuta možná vysvětlení.
|
| |
|
Měření výkonnosti softwarových projektů
Tomšej, Radek ; Chocholatý, Drahomír (vedoucí práce) ; Gála, Libor (oponent)
Tato práce je zaměřena na možnosti měření výkonnosti softwarových projektů. Tuto výkonnost je možné měřit pomocí jednorozměrných ukazatelů, které však nejsou schopny zachytit komplexivitu softwarového vývoje, nebo vícerozměrných ukazatelů. Vícerozměrnost vám dává možnosti k odhalení slabých stránek projektu. První část je věnována charakteristickým vlastnostem projektů, trojímu omezení a specifikám softwarového vývoje. V další části jsou popsány jednorozměrné a vícerozměrné ukazatele, jejich výhody a nevýhody, ale také vlivy, které ovlivňují pracovní výkonnost. Přínosem této práce je ukázka praktického použití řady výkonnostních ukazatelů produktivity práce a popis faktorů, které ji ovlivňují.
|
|
Behavior Composition in Component Systems
Adámek, Jiří ; Plášil, František (vedoucí práce) ; Černá, Ivana (oponent) ; Madelaine, Erik (oponent)
In order to formally verify a component application, it is suitable to structure the formal specification of its behavior according to the application architecture. Such an approach eases the maintenance of the specification and allows utilizing efficient verification algorithms that are based on decomposition of the application into several communicating parts. How those parts cooperate is formally described via an operation that is called behavior composition. In this thesis we claim that in current software component systems behavior composition has typically two drawbacks: (1) it lacks support for composition error detection and (2) it does not address the problem of unbounded parallelism specification. While detection of composition errors allows checking design inconsistencies at a design time, unbounded parallelism specification is necessary for precise formal description of reentrant components that are used in practice very often. Therefore we introduce two new concepts - the consent operator and the behavior templates - in order to address both the issues (1) and (2). Our solutions are demonstrated on the SOFA component model [35], behavior protocols [32] are used as a behavior specification language.
|
|
Performance in Software Development Cycle: Regression Benchmarking
Kalibera, Tomáš ; Tůma, Petr (vedoucí práce) ; Hauswirth, Matthias (oponent) ; Eeckhout, Lieven (oponent)
The development cycle of large software is necessarily prone to introducing software errors that are hard to find and fix. Automated regular testing (regression testing) is a popular method used to reduce the cost of finding and fixing functionality errors, but it neglects software performance. The thesis focuses on performance errors, enabling automated detection of performance changes during software development (regression benchmarking). The key investigated problem is non-determinism in computer systems, which causes performance fluctuations. The problem is addressed by a novel benchmarking methodology based on statistical methods. The methodology is evaluated on a large open-source project Mono, detecting daily performance changes since August 2004, and on open-source CORBA implementations omniORB and TAO. The benchmark automation is a complex task in itself. As suggested by experience with compilation of weather forecast model Arpege/Aladin and implementation of component model SOFA, large systems place distinguishing demands on tasks such as automated compilation or execution. Complemented by experience from Mono benchmarking, the thesis proposes an architecture of a generic environment for automated regression benchmarking. The environment is being implemented by master students under supervision of...
|
|
Analýza vzniku oscilací v jednom dopravním modelu
Hroch, Michal ; Dolejší, Vít (oponent) ; Janovský, Vladimír (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá numerickuo simulací jednoho dopravního modelu - kruhové objezdu. Model je popsán soustavou nelineárních ODR. Model nemusí mít jediné řešení. Kromě řešení s konstantní rychlostí mohou existova oscilatorická řešení - cykly. Mechanizmus jejich vzniku souvisí s Hopfovou bifurkací. Cílem práce je řešerše výsledků: V numerických experimentech je použit jiný software numerické kontinuace. Ukazuje se, že ne všechna oscilatorická řešení jsou fyzikální.
|
|
Laboratorní diagnostiky mikrometastáz u pacientek s karcinomem prsu
Mikulová, Veronika ; Zima, Tomáš (vedoucí práce) ; Svoboda, Marek (oponent) ; Průša, Richard (oponent)
Úvod: Přítomnost cirkulujících nádorových buněk (CTC) v periferní krvi je asociována s horší prognózou a časným relapsem u pacientek s karcinomem prsu. Stanovení přítomnosti CTC v periferní krvi je nyní považováno za tzv. tekutou biopsii. Cílem této práce bylo stanovení přítomnosti CTC a jejich molekulární charakterizace s potenciálním využitím nejen jako nový biomarker pro sledování účinnosti systémové terapie ale také jako vhodný nástroj pro stratifikaci pacientek a následnou individualizaci léčby karcinomu prsu. Metody: Do prospektivní studie bylo zařazeno 54 pacientek s časným karcinomem prsu. Opakovaně jsme odebírali 10ml periferní krve pro stanovení přítomnosti a charakterizaci CTC v průběhu léčby. Izolace a detekce CTC byla provedena za použití AdnaTest BreastCancer™ kitu (AdnaGen AG, Německo) využívající kombinaci imunomagnetické separace s multiplex PCR pro stanovení transkriptů epiteliálních a tumor-asociovaných genů (EpCAM, MUC1 a HER2) v lyzátu CTC. Následně byla cDNA z izolovaných CTC použita pro analýzu genových expresí TOP1, TOP2A, CSTD, ST6GAL, KRT19 a aktin pomocí nově navržených a optimalizovaných esejí pomocí kvantitativní PCR (qPCR). Výsledky qPCR byly analyzovány pomocí softwaru Genex (MultiD Analysis). Výsledky: Celkem jsme vyšetřily 195 vzorků periferní krve. Přítomnost CTC...
|
|
Effect of nutrients deficiencies on root architecture and growth of winter wheat
Rattanapichai, W. ; Klem, Karel
The study of the effects of N, P, K deficiencies on root architecture and growth was tested in phenotyping platform with winter wheat (Bohemia variety). The experiment was arranged with 4 treatments: Complete nutrient, Without N, Without P and Without K. The root were grown on the surface of vertically fixed black filter paper sheets (30x60cm), covered from both sides by black plastic sheets (PVC-P). The system was setup with a micro-irrigation channel in the top of sheets to ensure circulation of hydroponic medium as hydroponic system. Eighteen days after transplanting, we took the root images by the standard RGB digital camera. To evaluate the root architecture parameters the "SmartRoot" software was used. The results showed that nutrient deficiency had effect on root architecture of winter wheat. N deficiency increase in total seminal root and lateral root length and root/shoot ratio, while P deficiency resulted in increase of mean root diameter, total root area when compared to the control. N deficiency also decreased root and shoot dry weight and total leaf area. However, nutrient deficiency slightly decreased lateral density. There was a slight effect of K deficiency on root architecture when compared to the complete nutrient application. The increasing of leaf dry weight was related with the increased of root dry weight.
|
| |
host ::
