|
|
Mitogenomická fylogeografie a adaptivní evoluce norníka rudého Clethrionomys glareolus
Filipi, Karolína ; Kotlík, Petr (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Práce je součástí projektu sekvenování genomu a transkriptomu norníka rudého (Clethrionomys glareolus). Význam selekce v evoluci mitochondriální DNA (mtDNA) je předmětem časté diskuse; zatímco některé studie nenašly důkazy, že by selekce významně ovlivnila fylogeografii studovaných druhů, jiné studie naopak adaptivní evoluci mtDNA přikládají velký význam. Norník rudý je hlavním modelem, na kterém studujeme adaptaci na klimatické změny. Jako v případě jiných druhů byla dosud fylogeografie norníka hodnocena na základě variability malé části mtDNA. Cílem mé práce ale bylo osekvenovat celou kódující část mitochondriálního genomu zástupců hlavních linií mtDNA norníka s využitím Sangerovy metody a technologie Illumina, a na příkladu tohoto druhu zhodnotit význam selekce a adaptace v evoluci a fylogeografii. Ačkoli adaptivní evoluce v mtDNA patrně nehrála klíčovou roli při postglaciální kolonizaci Evropy, známky adaptace v mtDNA norníka nalézt můžeme - identifikovala jsem záměnu aminokyseliny s možným funkčním významem a některé populace nacházející se na okrajích areálu rozšíření (severním a jižním) vykazují signifikantní změny fyzikálně-chemických vlastností proteinů kódovaných v mtDNA. Klíčová slova: adaptace, molekulární evoluce, populační genetika, sekvence DNA, mitochondriální DNA, mtDNA, cDNA,...
|
|
|
Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku
Votýpka, Pavel ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Pavel Votýpka Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Konzultant: Mgr. Nikola Ptáková Název diplomové práce: Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku Snaha o přečtení lidského genomu ve svém důsledku vedla nejen k získání poznatků o lidské genetické informaci, ale také k vývoji nových sekvenačních metod a technologií. Pro udržení kroku s rozvojem v oblasti genetiky se na řadě klinických i výzkumných pracovišť do běžného provozu zavádějí přístroje druhé generace na principu masivního paralelního sekvenování. Na trhu dnes dominují čtyři platformy - Illumina, Solid, Ion Torrent a 454 Life Technologies. Proces celé sekvenační analýzy lze shrnout do tří hlavních kroků - příprava sekvenační knihovny, sekvenování a detekce nukleotidů a analýza dat. Každá část analýzy přináší v závislosti na použité platformě svá specifika, se kterými je nutné počítat a také úskalí, kterým je vhodné se vyhnout či minimalizovat jejich vliv na finální výsledek analýzy. V posledních několika letech jsou vyvíjeny i nové metody označované jako třetí generace sekvenování, které umožňují čtení jediné molekuly nukleové kyseliny bez její amplifikace. NGS technologie dnes umožňují, aby si každé...
|
|
|
Molekulární metody v taxonomii a epidemiologii dermatofyt
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hamal, Petr (oponent)
V bakalářské práci jsem se zabývala úlohou a aplikací molekulárních metod v taxonomii a epidemiologii dermatofyt a otázkou jejich druhového konceptu. V první části jsem se věnovala zhodnocení výhod a nevýhod současných druhových konceptů a jejich problematickou aplikací u skupiny dermatofyt. V druhé části jsem se zaměřila na molekulární metody používající genetické markery ke studiu fylogenetických vztahů a diskriminaci dermatofyt, např. metodu PCR-RFLP, PCR-fingerprintové metody a sekvenaci, kde jsem se věnovala především cílovým genům a jejich rozlišovací schopnosti. V poslední části práce jsem zmapovala molekulární metody užívané k typizaci izolátů na nižší než druhové úrovni, mezi které patří např. analýza mikrosatelitů, PCR-fingerprintové metody, multilokusová sekvenční typizace a jejich konkrétní případy využití v epidemiologii.
|
|
|
Detekce mikrobiální kontaminace molekulárně-biologickými metodami v kořeninové paprice
Machálková, Zuzana
Kořeninová paprika patří mezi jedno z nejvyužívanějších koření v mnoha částech světa. Přítomnost nežádoucích patogenů může být závažným problémem pro konzumenty. Zvláště kontaminace mikroskopickými houbami, z nichž někteří zástupci produkují mykotoxiny, představuje pro člověka velkou hrozbu. Dnešní konvenční metody pro určování kontaminací mikroorganismy jsou náročné na čas a některé méně časté druhy patogenů může být obtížné určit. V rámci bakalářské práce byly aplikovány metody molekulární biologie pro detekci kontaminace ve vzorcích kořeninové papriky. Pro sekvenaci byly vybrány ITS oblasti, které vykazují vysokou variabilitu u jednotlivých druhů organismů a jsou vhodným nástrojem pro jejich taxonomii. Díky sekvenační analýze ITS oblastí, byly identifikovány sekvence o vysoké podobnosti s ITS oblastmi mnoha zástupců mikroskopických hub zejména ze třídy Ascomycotina a několika druhů kvasinek. V práci se jednalo o kvalitativní nikoli o kvantitativní detekci, která nevylučuje zdravotní nezávadnost vzorků, která je prokázaná protokoly o zdravotní nezávadnosti.
|
|
|
Analýza asociace polymorfismu UASMS2 v genu leptin s intramuskulárním tukem a marblingem u skotu
Klementová, Kristýna
Současným trendem v produkci hovězího masa je zlepšování kvality. Kvalita masa je ovlivněna mnoha faktory, např. genetickým pozadím, věkem, výživou, pohlavím, plemenem, okolním prostředím, typem ustájení, atd. Jedním ze sledovaných faktorů kvality hovězího masa je i ukládání intramuskulárního tuku a mramorování. Mramorování má vliv na šťavnatost, křehkost a chuť masa. Tato práce se zabývá vlivem polymorfismu UASMS2 v genu leptin na kvalitu hovězího masa, na ukládání intramuskulárního tuku a na mramorování. Studie byla provedena na 174 býcích plemene Český strakatý skot. Pro určení genotypů byla použita metoda sekvenování. Na základě asociační analýzy nebyl zjištěn průkazný vliv na kvalitu masa či ukládání intramuskulárního tuku. Výsledky asociační analýzy byly porovnány s dříve publikovanými odbornými články jiných autorů. Součástí práce je literární rešerše k tématu kandidátních genů, současný stav problematiky, význam a metody studia a geny ukládající tuk u skotu.
|
|
|
Číslicové zpracování elektroforetogramů
Ondroušek, Lukáš ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je seznámení s elektroforetickými metodami a jejich využitím, popis několika základních filtračních metod, které jsou vhodné pro zpracování elektroforetogramů. A následné využítí v programu, který je vytvořen v grafickém prostředí programu Matlab, a zpracovává elektroforetogramy. Funkčnost programu bude vyzkoušena na Sangerových obrázcích.
|
|
|
Genotypizace bakterií rodu \kur{Xanthomonas} patogenních pro rajče a papriku multilokusovým sekvenováním
STEHLÍKOVÁ, Dagmar
Předmětem této bakalářské práce je zjištění míry příbuznosti u 20 sbírkových izolátů rodu Xanthomonas způsobujících bakteriální skvrnitost rajčat a paprik. K určení příbuznosti byla použita metoda multilokusové sekvenční analýzy (MLSA). Byly zjištěny sekvence genů atpD, rpoD, gyrB, glnA a efP, které byly analyzovány pomocí softwaru MEGA verze 5.1. Výsledek byl vyhodnocen pomocí dendrogramu, dle kterého byly izoláty rozděleny do dvou klastrů. První klastr zahrnuje izoláty druhu Xanthomonas euvesicatoria spadající do skupiny A. Druhý klastr pak zahrnuje izoláty druhu Xanthomonas vesicatoria skupiny B. Výsledky dosažené v této práci se shodují se současnou klasifikací xanthomonád způsobujících bakteriální skvrnitost rajčat a paprik.
|
|
|
Fylogeografie a genetická variabilita \kur{Diuraphis noxia} (\kur{Aphididae})
PAŠÍKOVSKÝ, Jiří
Podstatou práce byl výzkum genetické variability přírodních populací Diuraphis noxia (Aphididae) pomocí mikrosatelitních markerů a markerů pro EPIC-PCR. Prvním cílem bylo zavedení metody pro mikrosatelitní lokusy a její optimalizace Diuraphis noxia. Poté následovalo zavedení metody EPIC-PCR a její optimalizace pro Diuraphis noxia. Poté následovala samotná pilotní studie, ve které byli analyzováni jedinci ze 47 lokalit z celého světa. Pomocí mikrosatelitních markerů byla potvrzena očekávaná variabilita mezi jednotlivými populacemi i uvnitř populací. Metodou EPIC-PCR byla zjištěna největší genetická variabilita mezi Chile a Alžírskem za použití markeru pro cytochrom C. Tyto poznatky lze dále využit ke komplexní studii Diuraphis noxia.
|
|
| |
|
|
Aplikace barcodingu na rod \kur{Folsomia} (Collembola) a mitochondriální genom \kur{F. candida}
SLÁMOVÁ, Martina
Testovali jsme použití molekulárního markeru COI pro při identifikaci druhů rodu Folsomia (Collembola). Marker byl úspěšně amplifikován a osekvenován. Dendrogram konstruovaný metodou Neighbor-Joining s modelem Kimura-2-Paremeter rozdělil testované jedince do očekávaných skupin a vysoká vnitrodruhová variabilita F. quadriocullatat ukazuje na existenci kryptických druhů. Dále jsme získali 65 % mitochondriálního genomu F. candida, kde jsme identifikovali 16 genů pro tRNA, 9 genů kódujících proteiny a 2 geny pro rRNA. Pozice všech nalezených genů se shodují s pořadím zjištěným u G. hodgsoni, a jejich charakteristika se výrazně neodlišuje od ostatních mitochondriálních genomů zastupců řádu Collembola.
|
host ::
RSS.