Název: Aplikace barcodingu na rod \kur{Folsomia} (Collembola) a mitochondriální genom \kur{F. candida}
Překlad názvu: Application of DNA barcoding on genus \kur{Folsomia} (Collembola) and mitochondrial geonome of \kur{F. candida}
Autoři: SLÁMOVÁ, Martina
Typ dokumentu: Bakalářské práce
Rok: 2008
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Testovali jsme použití molekulárního markeru COI pro při identifikaci druhů rodu Folsomia (Collembola). Marker byl úspěšně amplifikován a osekvenován. Dendrogram konstruovaný metodou Neighbor-Joining s modelem Kimura-2-Paremeter rozdělil testované jedince do očekávaných skupin a vysoká vnitrodruhová variabilita F. quadriocullatat ukazuje na existenci kryptických druhů. Dále jsme získali 65 % mitochondriálního genomu F. candida, kde jsme identifikovali 16 genů pro tRNA, 9 genů kódujících proteiny a 2 geny pro rRNA. Pozice všech nalezených genů se shodují s pořadím zjištěným u G. hodgsoni, a jejich charakteristika se výrazně neodlišuje od ostatních mitochondriálních genomů zastupců řádu Collembola. Mitochondrial molecular marker COI was tested for use in species identification of selected species of genus Folsomia (Collembola). Marker was succesfuly amplified and sequenced. Dendrogram constructed by Neighbor-Joining method with Kimura-2-Parameter model grouped all individuals into presumed species clusters and high intraspecific variability of F. quadrioculata suggests the existence of cryptic species. Furthermore, 65 % of mitochondrial geonome of F. candida was obtained with 16 tRNA genes, 9 proteincoding genes and 2 rRNA genes identified. So far the genome characteristics correspond to the one described in G. hodgsoni.
Klíčová slova: barcoding; COI; collembola; Folsomia candida; identifikace druhů; mitochondrie; molekulární marker; mtDNA; sekvenování; barcoding; COI; collembola; Folsomia candida; mitochondrion; molecular marker; mtDNA; sequencing; species identification
Citace: SLÁMOVÁ, Martina. Aplikace barcodingu na rod \kur{Folsomia} (Collembola) a mitochondriální genom \kur{F. candida}. České Budějovice, 2008. bakalářská práce (Bc.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta

Instituce: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v digitálním repozitáři JČU.
Původní záznam: http://www.jcu.cz/vskp/3944

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-47963


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Vysokoškolské kvalifikační práce > Bakalářské práce