|
|
Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku
Votýpka, Pavel ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Pavel Votýpka Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Konzultant: Mgr. Nikola Ptáková Název diplomové práce: Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku Snaha o přečtení lidského genomu ve svém důsledku vedla nejen k získání poznatků o lidské genetické informaci, ale také k vývoji nových sekvenačních metod a technologií. Pro udržení kroku s rozvojem v oblasti genetiky se na řadě klinických i výzkumných pracovišť do běžného provozu zavádějí přístroje druhé generace na principu masivního paralelního sekvenování. Na trhu dnes dominují čtyři platformy - Illumina, Solid, Ion Torrent a 454 Life Technologies. Proces celé sekvenační analýzy lze shrnout do tří hlavních kroků - příprava sekvenační knihovny, sekvenování a detekce nukleotidů a analýza dat. Každá část analýzy přináší v závislosti na použité platformě svá specifika, se kterými je nutné počítat a také úskalí, kterým je vhodné se vyhnout či minimalizovat jejich vliv na finální výsledek analýzy. V posledních několika letech jsou vyvíjeny i nové metody označované jako třetí generace sekvenování, které umožňují čtení jediné molekuly nukleové kyseliny bez její amplifikace. NGS technologie dnes umožňují, aby si každé...
|
|
|
Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku
Votýpka, Pavel ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Pavel Votýpka Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Konzultant: Mgr. Nikola Ptáková Název diplomové práce: Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku Snaha o přečtení lidského genomu ve svém důsledku vedla nejen k získání poznatků o lidské genetické informaci, ale také k vývoji nových sekvenačních metod a technologií. Pro udržení kroku s rozvojem v oblasti genetiky se na řadě klinických i výzkumných pracovišť do běžného provozu zavádějí přístroje druhé generace na principu masivního paralelního sekvenování. Na trhu dnes dominují čtyři platformy - Illumina, Solid, Ion Torrent a 454 Life Technologies. Proces celé sekvenační analýzy lze shrnout do tří hlavních kroků - příprava sekvenační knihovny, sekvenování a detekce nukleotidů a analýza dat. Každá část analýzy přináší v závislosti na použité platformě svá specifika, se kterými je nutné počítat a také úskalí, kterým je vhodné se vyhnout či minimalizovat jejich vliv na finální výsledek analýzy. V posledních několika letech jsou vyvíjeny i nové metody označované jako třetí generace sekvenování, které umožňují čtení jediné molekuly nukleové kyseliny bez její amplifikace. NGS technologie dnes umožňují, aby si každé...
|
|
|
Molekulárně genetické vyšetření CFTR genu v rámci novorozeneckého screeningu v České republice
Votýpka, Pavel ; Klusoňová, Hana (vedoucí práce) ; Libik, Malgorzata Dorota (oponent)
5 Souhrn Cystická fibróza (CF) je nejčastější závažné autozomálně recesivní genetické onemocnění. Je způsobena mutací/cemi v genu kódujícím chloridový transportér na buněčné membráně (66). Statistiky uvádějí, že se toto onemocnění objevuje u jednoho z 2500 až 3500 živě narozených dětí v evropských populacích, přičemž v České republice se takto postižených dětí narodí asi 40 za rok (63). S ohledem na velmi závažné klinické projevy nemoci, které výrazně zkracují život postiženého, se u všech novorozenců narozených na území ČR od 1. října 2009 provádí novorozenecký screening CF ze suché kapky krve. Krevní vzorky novorozenců, kteří mají v prvotním testu zvýšené hodnoty IRT na daný cut off, jsou zasílány do laboratoře molekulární genetiky k analýze nejčastějších, patogenních a populačně významných mutací v genu CFTR. Izolace DNA se provádí ze stejných suchých kapek krve na screeningové kartičce, ve kterých byla zjištěna zvýšená koncentrace IRT. Důležitý je správný výběr izolační metody, s ohledem na výtěžnost a kvalitu DNA. Ta zásadně ovlivní kvalitu a rychlost výsledků molekulárně genetického vyšetření a má vliv na následné získaní informací během molekulárně genetické analýzy. U postižených jedinců jsou nalézány 2 mutace, event. 1 mutace v homozygotním stavu v genu CFTR v pozici trans. Do dnešního dne bylo...
|
host ::
RSS.