|
|
Lokalizace a transport proteáz mezibuněčné hmoty
Lyková, Dominika ; Tolde, Ondřej (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Hlavní příčinou úmrtí pacientů se solidním nádorem jsou metastáze. Migrace buněk z prostředí primárního nádoru a zakládání sekundárních ložisek je několikastupňový proces, během kterého nádorové buňky překonávají tkáňové bariéry. Nádorové buňky jsou schopny adaptovat se na vlastnosti extracelulárního prostředí změnou způsobu migrace a dynamiky pohybu za účelem zachování pohyblivosti. Invazivní buňky vytváří výběžky cytoplazmatické membrány, které mají schopnost degradovat komponenty mezibuněčné hmoty, tzv. invadopodia. Tvorba těchto protruzí bohatých na aktinová mikrofilamenta je spojená s produkcí tzv. matrixových metaloproteáz (MMP), které mezibuněčnou hmotu proteolyticky degradují. Tvorba invadopodií, stejně tak produkce MMP, jsou klíčové pro degradaci extracelulární matrix. Nejvýznamnějšími členy skupiny MMP jsou membránově vázaná MMP-14 (MT1-MMP) a sekretované MMP-2 a MMP-9. Struktura a funkce invazivních struktur nádorových buněk ve 2D prostředí je již detailně popsána. Nicméně chybí ucelený model lokalizace a transportu MMP v souvislosti s invazivními strukturami nádorových buněk ve 3D prostředí. Tato diplomová práce je zaměřená na rozšíření poznatků týkajících se klíčových MMP a na optimalizaci podmínek pro studium proteáz ve 3D prostředí, které se více podobá situaci in vivo.
|
|
|
Invazívní struktury nádorových buněk ve 3D prostředí
Lyková, Dominika ; Tolde, Ondřej (vedoucí práce) ; Libusová, Lenka (oponent)
Schopnost buněk migrovat tkáněmi hraje podstatnou roli v mnoha fyziologických, ale také patologických procesech. Příkladem může být migrace imunitních buněk, případně invaze nádorových buněk. Buňky vytvářejí cytoplazmatické výběžky, tzv. podosomy a invadopodia, souhrnně nazývané invadosomy nebo podosome-type adhesions (PTA), které jsou klíčovou strukturou buněčné migrace, především metastazujících nádorových buněk. Invadosomy, struktury bohaté na F-aktin, jsou situovány v místech kontaktu buňky s extracelulární matrix a vyznačují se schopností degradovat její komponenty. Nacházíme je jak u normálních buněk (např. monocyty a makrofágy, endoteliální buňky nebo buňky hladké svaloviny), tak u nádorových buněk. Tato bakalářská práce se zaměřuje na i nacházejících se u nádorových buněk, zejména na jejich vznik, regulaci, funkci a morfologii ve 3D prostředí a v situaci in vivo a na jejich roli při metastázi.
|
|
|
Molekulární mechanizmy fenotypových přechodů fibroblastických buněk: dediferenciace myofibroblastů a ovlivnění invazivity a metastazování sarkomu
Kosla, Jan
Fibroblasty jsou základní buněčnou složkou pojivové tkáně. Jedná se o různorodou skupinu buněk, která se svojí schopností produkovat extracelulární matrix (ECM) podílí na architektuře pojivových tkání a na hojení ran. Fibroblasty a od nich odvozené buňky se však účastní i mnoha patologických procesů - tvorby zhoubných nádorů a fibrózy. Progrese nádorů, končící tvorbou metastáz, je závažný biomedicínský problém. V poslední době se stále více ukazuje, že v tomto procesu hraje důležitou roli interakce mezi rakovinnými buňkami a nádorovým stroma. Nádorové stroma je tvořeno především myofibroblasty a jejich produkty, konkrétně ECM a také rozpustnými faktory a enzymy. Myofibroblasty se více či méně podílí na všech krocích nádorové progrese. Myofibroblasty navíc hrají klíčovou roli ve fibróze, dalším dosud prakticky neléčitelném, závažném lidském onemocnění, které úzce souvisí s nádorovou progresí. Proto jsme hledali molekulární nástroje, kterými je možné myofibroblastický fenotyp odstranit. V nově zavedeném kuřecím modelu se podařilo zcela dediferencovat primární myofibroblasty pomocí inhibice signální dráhy TGFβ a současného narušení signální dráhy MAPK. Maligně transformované fibroblasty tvoří sarkomy. ECM je první překážkou při migraci rakovinných buněk primárního sarkomu do dalších orgánů, kde tvoří...
|
|
|
Regulation of transcription by proteins of the Early growth response and Myb families
Čermák, Vladimír ; Dvořák, Michal (vedoucí práce) ; Vomastek, Tomáš (oponent) ; Elleder, Daniel (oponent)
Regulace transckripce desítek tisíc genů v organizmu obratlovců je mimořádně komplexním fenoménem, jehož se účastní tisíce různých regulačních proteinů. Největší funkční kategorií těchto regulátorů jsou sekvenčně specifické DNA vazebné proteiny známé jako transkripční faktory. Proteiny z EGR a Myb rodin transkripčních faktorů jsou relativně dlouho zkoumanými regulátory různých fyziologických procesů, včetně buněčné proliferace a diferenciace. Zatímco strukturální a fyzikální aspekty jejich funkce byly dobře charakterizovány, jejich buněčně specifická role v komplexních genově regulačních sítích není dostatečně prostudována a představuje hlavní výzvu v příslušných oblastech výzkumu. Předběžná analýza dat genové exprese z metastázujících buněk PR9692 a nemetastázujících buněk PR9692-E9 (kuřecích sarkomové linie) odhalila, že transkripční faktor EGR1 je syntetizován v relativně větším množství v metastázujících buňkách a může se tak podílet na regulačních procesech, které jsou základem rozdílů mezi oběma buněčnými liniemi. Dalším zkoumáním jsme zjistili, že cílené zvýšení hladiny EGR1 v PR9692-E9 buňkách obnovuje jejich metastatický potenciál na úroveň PR9692 buněk. Mikročipová analýza takových buněk odhalila aktivaci genů, které jsou rozhodující pro kontraktilitu aktinového cytoskeletu (MYL9),...
|
|
|
Molekulární mechanizmy fenotypových přechodů fibroblastických buněk: dediferenciace myofibroblastů a ovlivnění invazivity a metastazování sarkomu
Kosla, Jan ; Dvořák, Michal (vedoucí práce) ; Peková, Soňa (oponent) ; Reiniš, Milan (oponent)
Fibroblasty jsou základní buněčnou složkou pojivové tkáně. Jedná se o různorodou skupinu buněk, která se svojí schopností produkovat extracelulární matrix (ECM) podílí na architektuře pojivových tkání a na hojení ran. Fibroblasty a od nich odvozené buňky se však účastní i mnoha patologických procesů - tvorby zhoubných nádorů a fibrózy. Progrese nádorů, končící tvorbou metastáz, je závažný biomedicínský problém. V poslední době se stále více ukazuje, že v tomto procesu hraje důležitou roli interakce mezi rakovinnými buňkami a nádorovým stroma. Nádorové stroma je tvořeno především myofibroblasty a jejich produkty, konkrétně ECM a také rozpustnými faktory a enzymy. Myofibroblasty se více či méně podílí na všech krocích nádorové progrese. Myofibroblasty navíc hrají klíčovou roli ve fibróze, dalším dosud prakticky neléčitelném, závažném lidském onemocnění, které úzce souvisí s nádorovou progresí. Proto jsme hledali molekulární nástroje, kterými je možné myofibroblastický fenotyp odstranit. V nově zavedeném kuřecím modelu se podařilo zcela dediferencovat primární myofibroblasty pomocí inhibice signální dráhy TGFβ a současného narušení signální dráhy MAPK. Maligně transformované fibroblasty tvoří sarkomy. ECM je první překážkou při migraci rakovinných buněk primárního sarkomu do dalších orgánů, kde tvoří...
|
|
| |
|
|
Využití testu CAM pro charakterizaci a studium invazivních vlastností rakovinných buněk
Vágnerová, Lenka ; Dvořák, Michal (vedoucí práce) ; Geryk, Josef (oponent)
Kuřecí chorioalantoidální membrána (CAM) je jedním z nejčastěji využívaných in vivo modelových systému pro studium angiogeneze a buněčné invazivity. V rámci této práce byly na CAM testovány vybrané kuřecí sarkomové linie zkoumané v naší laboratoři, u nichž došlo ke změně angiogenních vlastností a schopnosti tvořit metastázy. Kromě CAM testu byl fenotyp těchto buněk charakterizován pomocí několika dalších metod. Vytipovali jsme několik proteinů, které by u zkoumaných buněk mohly ovlivnit změnu jejich angiogenních a invazivních vlastností, a vytvořili jsme stabilně transfekované buněčné linie, které jsme porovnávali s původními buňkami. Prokázali jsme, že geny kódující proteiny ISL1, ARNT2, PROM1, HOXA11 se v našem experimentálním modelu podílejí na aktivaci programů angiogeneze a buněčné invazivity.
|
|
|
Segmentace 3D obrazových dat s využitím pokročilých texturních a tvarových příznaků
Novosadová, Michaela ; PhD, Miloš Malínský, (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá nejprve teoretickým popisem řady metod texturní a tvarové analýzy. Tyto metody jsou v několika publikovaných článcích využity pro automatickou detekci lézí v páteři na CT snímcích, v této práci jsou některé z těchto článků krátce prezentovány. Dále diplomová práce obsahuje popis různých klasifikátorů, které se využívají pro klasifikaci příznakových vektorů odvozených uvedenými metodami. Realizační částí práce je návrh a implementace vlastního řešení segmentace obrazových dat (metastatických lézí v obratlích) s využitím klasifikace příznakových vektorů tvořených texturními a tvarovými příznaky. Práce se také věnuje výběru významných příznaků pro segmentaci. Segmentační algoritmus je testován na medicínských datech.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.