|
|
Re-analýza pacientů se suspektním FAP onemocněním (familiární adenomatózní polypóza)
Slavíková, Petra ; Urbanová, Markéta (vedoucí práce) ; Václavíková, Radka (oponent)
Familiární adenomatózní polypóza (FAP) je dědičné autozomálně dominantní onemocnění způsobené zárodečnými mutacemi v tumor supresorovém genu APC. Projevuje se tvorbou stovek až tisíců kolorektálních adenomatózních polypů s vysokým rizikem malignizace v adenokarcinom tlustého střeva a/nebo konečníku. Cílem této práce je re-analyzovat soubor FAP suspektních probandů z let 1993-2004, u kterých se diagnózu v té době běžně používanými metodami molekulární diagnostiky nepodařilo potvrdit. Pomocí sekvenování nové generace (NGS) bylo na platformách Miseq a NextSeq (Illumina®) za využití NGS panelu CZECANCA verze 1.2 (Czech Cancer Panel for Clinical Application) osekvenováno celkem 78 vzorků DNA izolované z periferní krve probandů. Panel umožňuje vyšetřit exonové a exon-intronové oblasti 226 genů souvisejících s nádorovou predispozicí, přičemž nově zahrnuje také diagnosticky významnou oblast promotoru 1B genu APC. V rámci re-analýzy byla patogenní varianta v genu APC nalezena u 18 % pacientů, 11 % pacientů pak nese patogenní variantu v některém z dalších genů klinicky souvisejících s tvorbou kolorektálních polypů. Dalších 13 % probandů patří mezi nositele varianty s nejasným klinickým významem. NGS panel CZECANCA v.1.2 umožnil konfirmovat či přehodnotit suspektní diagnózu 22 probandů. Minimálně 5 variant...
|
|
|
The Effect Of Quality Trimming On Joining Paired-End Reads In Microbiome Data Analysis
Heřmánková, Kristýna
The main goal of microbiome research is to determine the microbial composition of atarget sample. In successfully performed research, a cause of a disease can be found or pathogensin an environmental sample can be revealed. The correct evaluation of microorganisms present inthe analysed sample is therefore required, but unfortunately not that often reached. The accuracy ofthe resulting composition can be affected already in pre-processing steps of the analysis. The frequentissue that can negatively affect the reliability of research is data loss. This loss is most commonin the case of the paired-end reading method. The occurrence of data loss can be caused by theneed of joining this pair of sequences into one continuous sequence. The need of joining reads withlow-quality ends together can lead to counts reduction of sequences in an available dataset, andtherefore unrealistic results can be obtained. This paper shows, how quality trimming can affect thenumber of lost sequences during the reads joining step.
|
|
|
Změny mikrobiálního osídlení trávicího traktu u pacientů po alogenní transplantaci hematopoetických buněk
Michková, Petra ; Mrázek, Jakub (vedoucí práce) ; Kodešová, Tereza (oponent)
Fyziologická mikroflóra se vyznačuje širokou diverzitou. Mikrobiální komunita se skládá převážně z bakterií, ale zahrnuje také houby, archaea a viry. V tlustém střevě dominují z 90 % především anaerobní komenzální bakterie . Složení a produkty střevní mikrobioty mají významný vliv na imunitní systém jedince, jejich vzájemné interakce mohou ve výsledku podpořit imunitní toleranci nebo zánětlivou imunitní odpověď. Transplantace krvetvorných buněk (HSCT) a s ní související standardní postupy, kterými jsou kondicionování, expozice antibiotikům a dietní profylaxe, představují modifikaci a disrupci střevní mikrobioty, která rozvoji některých závažných posttransplantačních komplikací dopadem na OS (overall survival) a TRM (treatment related mortality) pacientů. Cílem této práce bylo zjistit zastoupení jednotlivých bakteriálních kmenů u pacientů, kteří podstupují alogenní HSCT a dále vliv transplantace na složení a rozmanitost jejich střevní mikrobioty. Vzorky stolice byly získány od 52 pacientů, kteří podstoupili v ických buněk. Termín pro odebrání prvního vzorku byl stanoven na začátek hospitalizace zpravidla v období před zahájením přípravného režimu, druhý vzorek byl odebrán v hospitalizace. Pro analýzu mikrobioty byla použita molekulárně genetická metoda PCR 16S taxonů metodou NGS (sekvenování nové generace)....
|
|
|
Rozdíly ve viromu včel u různých populací včely medonosné (Apis mellifera)
Kadlečková, Dominika ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Votýpka, Jan (oponent)
Včela medonosná (Apis mellifera), hlavní komerční opylovač, má nezastupitelnou roli v zemědělské produkci. U A. mellifera bylo do dnes objeveno velké množství virů, o řadě z nich zatím není známo, zda jsou pro tento druh opylovačů patogenní. U jiných se ukazuje, že koinfekce s jinými patogeny, jako je Varroa destructor, mohou mít pro tento druh fatální následky. Cílem této studie bylo jednak ověřit robustnost metody vypracované v laboratoři pro detekci viromu včel a charakterizovat složení viromu u různých skupin zdravých včelstev v České republice. V neposlední řadě i analyzovat parazitaci včel dalšími patogeny a korelovat jejich přítomnost s detekovanými viry. V této studii bylo identifikováno velké množství virových sekvencí pocházejících z nejrůznějších čeledí. Celkové složení viromu bylo nejvíce podmíněno včelstvem, ze kterého byly včely získány. Velkou váhu na tomto vztahu hrály přítomné bakteriofágy. Oproti tomu analýza jednotlivých virů, u kterých je známo že infikují včelu, naznačila, že u jednotlivců ve včelstvu bude prevalence a virová nálož různých virů odlišná. To vyvrátilo předpoklad, že při přítomnosti virové nákazy je infikovaná většina jedinců v úle. Byla také nalezena velká diverzita Lake Sinai virů. Mezi některými viry bylo možné pozorovat závislosti, buď na přítomnost jiného...
|
|
|
Techniky mapování genomu k referenční sekvenci
Petrovský, Jan ; Sedlář, Karel (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá nástroji používanými pro mapování genomu k referenční sekvenci. V teoretické části jsou popsány aktuálně využívané sekvenační technologie, ať už první generace nebo nejnovější technologie třetí generace, přehled nástrojů používaných pro sestavování genomu de novo, používané přístupy a nástroje pro mapování k referenci, program ART a s ním související datové formáty. Praktická část sestává z vytvoření testovacího datasetu NGS dat, vytvoření metrik vhodných pro vyhodnocení kvality mapování a jejich následné použití na vybrané mapovací nástroje.
|
|
|
Polymorfismus transkripčního faktoru NF-κB a Toll-like receptoru 2 u produkční populace skotu (Bos taurus L.)
Samaké, Kalifa ; Novák, Karel (vedoucí práce) ; Vinkler, Michal (oponent)
Širší účel práce je najít a interpretovat polymorfismus v genech přirozené imunity skotu využitelný pro zvýšení odolnosti proti infekčním chorobám. Byla aplikována metoda NGS na platformě PacBio pro efektivní resekvenování genu pro klíčový receptor přirozené imunity TLR2 a dvou genů kódujících složky navazujícího transkripčního faktoru NF-κB. V reprezentativní populaci 149 býků plemene ČESTR bylo nalezeno 22 polymorfismů v genu NFKB1, z toho 5 nových, zatímco v genu NFKB2 bylo nalezeno 13 SNP, z toho 10 nových. V genu TLR2 bylo nalezeno 21 SNP, z toho pouze 3 nové. Z 56 nalezených polymorfismů je 6 nesynonymních SNP, z toho jeden vede k záměně R474G v produktu NF-κB1 a pět k záměnám E63D, R152Q, I211V, R563H, H665Q v proteinu TLR2. Popis haplotypů v genech NFKB1 a NFKB2 usnadnil vývoj individuálních genotypovacích reakcí typu extenze primeru. U TLR2 byl zjištěn vysoký počet haplotypů, a to jak ze sekvencí přečtených technologií PacBio, tak i nezávisle statistickou rekonstrukcí. Rovněž byly u TLR2 určeny dva shluky haplotypů, což lze vysvětlit diverzifikující selekcí či genovou introgresí. Znalost diverzity v populaci ČESTR dovoluje provést asociační studie s fenotypovými údaji o zdravotním stavu. Lokalizace ve funkčních doménách dovoluje vymezit SNP s potenciálním účinkem na infekční rezistenci,...
|
|
|
Analýza genetických faktorů vzniku karcinomu prsu
Chmelařová, Žaneta ; Kleiblová, Petra (vedoucí práce) ; Brynychová, Veronika (oponent)
Diplomová práce Analýza genetických faktorů vzniku karcinomu prsu se zabývá současnou závažnou problematikou karcinomu prsu z pohledu genetické predispozice. Karcinom prsu (C50) patří mezi nejčastěji se vyskytující nádory u žen. Každoročně je toto onemocnění diagnostikováno více než 7000 ženám a mortalita v ČR dosahuje téměř 2000 případů. Z celkového počtu pacientů s diagnózou karcinomu prsu je přítomna asi u deseti procent pacientů vrozená mutace v některém z predispozičních genů způsobujících výrazně zvýšené riziko vzniku nádorového onemocnění. Na jejich vzniku se ve více než v polovině případů podílejí zárodečné mutace genů BRCA1 nebo BRCA2, ostatní tvoří řada dalších genů, např. tp53, CDH1, PTEN, STK11, ATM, PALB2, CHEK2.Včasná diagnostika a identifikace osob se zvýšeným rizikem vzniku karcinomu prsu má klíčový význam pro jejich zařazení do preventivních programů. Diplomová práce se tedy zaměřuje na testování genů, které nádorové onemocnění mohou způsobovat. V práci bylo analyzováno 219 známých a kandidátních predispozičních genů v souboru 263 neselektovaných pacientek s karcinomem prsu pomocí cíleného panelového NGS, platforma Illumina. Vybrané identifikované suspektní varianty byly dále konfirmovány pomocí Sangerova sekvenování. Předmětem práce je také mutační analýza rozšířeného souboru 1033...
|
|
|
Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku
Votýpka, Pavel ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Pavel Votýpka Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Konzultant: Mgr. Nikola Ptáková Název diplomové práce: Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku Snaha o přečtení lidského genomu ve svém důsledku vedla nejen k získání poznatků o lidské genetické informaci, ale také k vývoji nových sekvenačních metod a technologií. Pro udržení kroku s rozvojem v oblasti genetiky se na řadě klinických i výzkumných pracovišť do běžného provozu zavádějí přístroje druhé generace na principu masivního paralelního sekvenování. Na trhu dnes dominují čtyři platformy - Illumina, Solid, Ion Torrent a 454 Life Technologies. Proces celé sekvenační analýzy lze shrnout do tří hlavních kroků - příprava sekvenační knihovny, sekvenování a detekce nukleotidů a analýza dat. Každá část analýzy přináší v závislosti na použité platformě svá specifika, se kterými je nutné počítat a také úskalí, kterým je vhodné se vyhnout či minimalizovat jejich vliv na finální výsledek analýzy. V posledních několika letech jsou vyvíjeny i nové metody označované jako třetí generace sekvenování, které umožňují čtení jediné molekuly nukleové kyseliny bez její amplifikace. NGS technologie dnes umožňují, aby si každé...
|
|
|
Porovnání eukaryotních genomů
Puterová, Janka ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Hlavním motivem pro vznik této diplomové práce byla potřeba kvalitních bioinformatických nástrojů, které slouží na porovnávání genomů a vylepšení jednoho z existujících nástrojů - RepeatExplorer. Práce přináší přehled transposibilních elementů v DNA, existujících nástrojů určených pro identifikaci a analýzu repetic v nasekvenovaných genomech. V práci jsou popsány nedostatky nástroje RepeatExplorer se zaměřením na komparativní analýzu genomů. Byly navrženy a implementovány dvě řešení k odstranění těchto nedostatků. První řešení je určeno na porovnávání dvojic genomů. Princip tohoto řešení je založen na porovnávání podobnosti rozložení pokrytí contigů prostřednictvím Kolmogorov-Smirnova testu, díky čemu víme určiť rozdílné místa v genomech. Druhé řešení, které slouží k porovnávání více genomů, je založeno na metodě mapování readů porovnávaných genomů na contigy referenčního genomu a poskytuje grafy s pokrytím contigů, pomocí kterých víme určit variabilitu repetic. Funkčnost byla ověřena na reálných NGS datech organizmu Silene latifolia.
|
|
|
Rekonstrukce DNA sekvencí obsahujících opakující se vzory
Dvořáček, Vojtěch ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá rekonstrukcí repetitivních motivů v genomových sekvencích. Motivací jejího vzniku byla potřeba vytvořit automatizovaný nástroj pro charakterizaci telomerických sekvencí v rostlinných genech. Práce se však zabývá obecným řešením dané problematiky. Navržené řešení je založeno na k-merové analýze, řadící se mezi metody nevyužívající zarovnání. Největší výhodou této metody je schopnost rekonstruovat repetitivní motivy z NGS sekvenačních dat. V rámci práce bylo navrženo a implementováno řešení, které umožňuje automatizovaně volit vhodné parametry pro k-merovou analýzu jejich odvozením ze vstupních dat a následně jejich optimalizací pomocí lokálního prohledávání stavového prostoru.
|
host ::
RSS.