|
|
PEGylated micelles for diagnostic and therapy against solid tumors
Hoang, Stéphane ; Hrubý, Martin (vedoucí práce) ; Frochot, Céline (oponent) ; Bianco, Alberto (oponent)
Název: PEGylované micely pro diagnostiku a terapii solidních nádorů. Klíčová slova: micely, ferrocen, fotolýza, vektorizace, nanočástice, singletový kyslík Abstrakt: Nanomedicína je nově vznikající obor, který řeší problémy, jimž čelí konvenční medicína. Použití nanometrických objektů umožňuje snížit vedlejší účinky prostřednictvím cílené, specifické léčby při snížených dávkách. Mezi těmito nanočásticemi jsou díky své malé velikosti a vysoké modularitě hojně využívány micely. Díky tomu se jejich použití rozšiřuje do mnoha oblastí, včetně onkologie. Jejich velikost jim totiž umožňuje plně využít vlastností nádorového mikroprostředí, což vede ke zvýšené akumulaci a retenci micel v nádorové tkáni. Použití micel jako nanovektorů tak nabízí teranostický přístup k léčbě rakoviny. V této souvislosti je zde prezentovaná práce rozdělena do dvou samostatných částí. První představuje syntézu a formulaci fotodegradovatelných PEGylovaných micel, které jsou schopny generovat cytotoxicitu a zároveň dodávat hydrofobní molekulu intracelulárně. Druhá část se zaměřuje na zesílení EPR efektu pomocí sonoporace, což je metoda považovaná za neinvazivní. Výsledky na myších modelech prokázaly pozitivní účinek této metody tím, že výrazně zlepšila homogenitu distribuce micel v nádorech.
|
|
| |
|
|
Zobrazení rozsáhlých volumetrických dat na CPU
Dlabaja, Drahomír ; Milet, Tomáš (oponent) ; Španěl, Michal (vedoucí práce)
Tato práce řeší problém zobrazení volumetrických dat na CPU, které svým datovým rozsahem přesahují operační paměť stroje. Práce popisuje návrh vizualizačního schématu, které sestává z datové struktury pro rozsáhlá volumetrická data, a algoritmu, který takto zpracovaná data vizualizuje. Navržená hierarchická datová struktura akceleruje vzorkování a umožňuje redukci celkového množství dat, které je při vizualizaci nutné načíst do fyzické paměti. Vizualizace zpracovaných dat je docíleno metodou vrhání paprsků s využitím existujících optimalizačních technik, jako je přeskakování prázdného prostoru nebo předčasné ukončení paprsku. Datová struktura umožňuje až 12x rychlejší vzorkování v porovnání s vzorkováním surových rozsáhlých volumetrických dat, která jsou serializována po řádcích. Využitím datové hierarchie bylo dosaženo až 150x rychlejší vizualizace rozsáhlých volumetrických dat v téměř bezeztrátovém režimu v porovnání s plně bezeztrátovým režimem. Zobrazovací schéma je implementováno formou knihovny v jazyce C++20. Implementace využívá akceleraci pomocí vektorizace a umožňuje snadnou paralelizaci ze strany uživatele. Knihovna poskytuje nástroje pro zpracování a zobrazení rozsáhlých volumetrických dat na CPU.
|
|
|
Aplikace pro statistickou analýzu ICS komunikace
Chimenti, Andrea ; Bartík, Vladimír (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem této práce je návrh a implementace aplikace, sloužící ke statistické analýze síťového provozu v ICS (Industrial Control Systems) komunikaci. Práce se nejprve věnuje představení řídících systémů průmyslové komunikace a jejich nejrozšířenějších protokolů. Podrobně rozebraný je protokol IEC 104. Následuje představení základních metod popisné statistiky, pomocí kterých lze průmyslovou komunikaci analyzovat. V práci je využito několika datových sad ve formátu CSV, které zachycují záznamy průmyslové komunikace. Na těchto datových sadách je ukázáno využití statistických metod. Dále práce obsahuje návrh a popis implementace aplikace, díky které lze datové sady analyzovat a získat textový i grafický popis dat. Hlavním cílem aplikace je usnadnit uživateli hledání stabilních charakteristik, kterých lze využít k detekci anomálií a útoků. V závěru je použití aplikace demonstrováno na datových sadách obsahujících různé typy útoků.
|
|
|
SIMD code generator
Tuček, Karel ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Arcaini, Paolo (oponent)
Title: SIMD code generator Author: Karel Tuček Department: Department of Software Engineering Supervisor: RNDr. David Bednárek, Ph.D., Department of Software Engineering Abstract: The center of our interest is a problem of pipelined realisation of a special case of data processing networks. These realisations are supposed to realise some computations on series of independent data sets while utilizing SIMD instructions. The aim of this paper is to theoretically investigate the possibilities and the problems of employment of control flow in these networks and also to implement a general framework suitable for generation of these realisations. The main idea is utilisation of an algorithm crawling over partitions of a network factorised with respect to its control flow. Our idea is that SIMD parallelism should take place on the same instruction realised across multiple data sets. We illustrate the problems relevant to employment of branching and loops in these networks. We especially discuss a problem of data ordering and also provide relevant proofs. In the analytical part, we show implementation of a general framework which we believe to be suitable for processing of these networks. We also provide examples utilising Intel's SIMD Streaming Extensions. Keywords: Processing networks SIMD Parallelism iii
|
|
|
Acceleration of Photoacoustic Imaging
Nedeljković, Sava ; Bordovský, Gabriel (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
The goal of this thesis is to provide a new method of image reconstruction out of data generated using Photo-Acoustic imaging. Photo-Acoustic imaging is a very popular biomedical in-vivo imaging modality based on the non-invasive laser-induced generation of ultrasound waves recorded by the acoustic sensors, during which very large amounts of data are generated. The amount of data makes the image reconstruction process very time-consuming. This thesis demonstrates image reconstruction using Back-Projection, an algorithm that is simple enough to be optimized for execution on modern accelerated processor architectures. Two versions of this algorithm are designed: from the perspective of the pixel and from the perspective of the sensor. Both versions are implemented using 3 different execution acceleration methods: vector-level parallelism, thread-level parallelism, and parallelism on the Graphical Processing Unit (GPU). All 3 implementations of both algorithm versions are tested and their results are compared to the much slower but more accurate Time-Reversal reconstruction method. The results have shown that the GPU parallelism implementation offers the fastest execution, which is faster more than 200 times on average compared to the Time-Reversal method. This possibly makes it suitable even for real-time applications.
|
|
|
Přenosové technologie VDSL2 vplus a G.fast a jejich testování
Vehera, Vladyslav ; Číž, Radim (oponent) ; Šilhavý, Pavel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce popisuje základní parametry technologií VDSL2 Vplus a G.fast, které umožňují přenos dat pomocí stávajících telefonních linek. Teoretická část práce popisuje hlavní parametry všech aktuálně známých profilů pro VDSL2 Vplus a G.fast. Dále je popsána modulace DMT, která se používá v obou typech připojení DSL. Teoretická část se také zaměřuje na vektorizační techniku, která pomáhá zvýšit rychlost přenosu dat pomocí krouceného páru. V práci jsou popsány techniky pro testování sítí dle doporučení RFC2544, ITU-T Y.1564 a RFC6349. V praktické části této práce byly podrobně popsány všechny provedené testy a měření. Výsledky těchto testů byly prezentovány ve formě přehledných grafů a tabulek.
|
|
|
Přenosová technologie G.fast
Zvařič, Filip ; Číž, Radim (oponent) ; Šilhavý, Pavel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se věnuje technologiím G.fast a VDSL2 a jejich porovnání. G.fast disponuje předpoklady pro nahrazení VDSL2 přípojek krátké vzdálenosti. Práce podrobně popisuje modulační techniky obou DSL technologií -- modulace DMT, kterou využívají obě technologie. Cílem této práce je vytvořit program pro porovnání přenosových rychlostí všech profilů obou technologií, včetně vlivu rušení na vzdáleném konci. To je realizováno v prostředí Matlab. V práci je popsaný návod jak program funguje a jak spustit simulace. Výsledky vybraných simulací a jejich grafy jsou v práci prezentovány.
|
|
|
Vectorized Point Clouds for Mobile Robotics
Jelínek, Aleš ; Mazal, Jan (oponent) ; Duchoň,, František (oponent) ; Žalud, Luděk (vedoucí práce)
This doctoral thesis deals with processing of point clouds produced by laser scanners and subsequent searching for correspondences between the approximations obtained in this way for the purpose of simultaneous localization and mapping in mobile robotics. The first method performs filtration and segmentation of the data and is able to do both operations at the same time in one algorithm. For vectorization, an optimized total least squares algorithm is introduced. It is probably the fastest algorithm in its category, comparable even to the eliminating methods, which, however, provide significantly worse approximations. For similarity evaluation, optimal registration and correspondence search between two sets of vectorized scans, new analytical methods are presented as well. All of the algorithms introduced were thoroughly tested and their features investigated in many experiments.
|
|
|
Simulace lomové zkoušky ve stavebnictví
Bordovský, Gabriel ; Vaverka, Filip (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
Tato práce optimalizuje program pro simulaci lomové zkoušky ve stavebnictví. Simulace je využívána k validaci lomových vlastností materiálu používaných při rekonstrukci historických budov. Názorně jsou prezentovány možnosti efektivnějšího využití procesoru při zachování kvality výsledků. V práci jsou analyzovány jednotlivé kroky simulace a následně navrženy možnosti optimalizace kritických úseku pomocí vektorizace či paralelizace. Techniky a postupy použité v této práci mohou být aplikovány na obdobné výpočty a tím výrazně zkrátit dobu potřebnou k výpočtu. Čas výpočtu prototypu byl přes 7,7 hodiny. Optimalizovaná verze zvládá sekvenčně stejný výpočet za 2,1 hodiny nebo paralélně na osmi jádrech za 21 minut. Oproti původní verzi je tak optimalizovaná paralelní verze 21-krát rychlejší.
|
host ::
RSS.