|
|
Vizualizace a export výstupů funkční magnetické rezonance
Přibyl, Jakub ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Slavíček, Tomáš (vedoucí práce)
Práce pojednává o principech a metodice měření funkční magnetické rezonance (fMRI), podstatě vzniku a využití BOLD signálu a typech využívaných experimentů. Dále je věnována pozornost procesu zpracování fMRI dat a statistické analýze. Následující kapitoly se věnují stručnému popisu nejpoužívanější softwarových nástrojů sloužících k analýze dat z fMRI. Stěžejní částí práce bylo vytvořit program v prostředí MATLAB s přehledným grafickým uživatelským rozhraním pro snadnou vizualizaci a export výstupů z analýz fMRI dat. Druhá polovina práce je věnována popisu vytvořeného programu a grafického uživatelského rozhraní včetně klíčových funkcí. V závěrečné části je popsána aplikace programu na reálných datech klinické studie dynamické konektivity a využití v mezinárodním projektu APGem.
|
|
|
Deep-learning-based pattern detection in medical images
Koščová, Zuzana ; Vičar, Tomáš (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
This Bachelor thesis deals with Deep-learning-based pattern detection in medical images. For better understanding of a subject artificial neural network and convolutional neural network (CNN) are described at first. Next chapter is focused on specific detection methods which use CNN. Within a bachelor thesis a dataset of abdominal CT a MRI scans was created. Faster R-CNN and YOLO algorithms were trained and tested on acquired scans for liver detection. Implementation of chosen methods took place in Python programming language using the Pytorch library. Finally, detection results and possible use in medicine are discussed.
|
|
|
Java klient pro 3D zobrazení medicínských obrazových dat
Bireš, Jiří ; Štancl, Vít (oponent) ; Kršek, Přemysl (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá interaktivním zobrazováním 3D medicínských obrazových dat v jazyce Java. Cílem práce je zjistit přínosy využití tohoto jazyka v medicínských vizualizacích a najít vhodné prostředky pro jeho další využití. Součástí práce je vývoj ukázkové aplikace vytvořené v prostředí tohoto jazyka. V závěru práce jsou zhodnoceny přínosy a nevýhody použitých technologií a je navržen další možný rozvoj testovací aplikace.
|
|
|
Lícování MR obrazů a histologických řezů
Martinásková, Klára ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá metodami lícování multimodálních obrazů. Práce je zaměřena konkrétně na lícování histologických řezů a MR snímků, což různé studie zkoumají jako možnost zlepšení diagnostiky v onkologii. Teoretická část je věnována typům registrací, geometrickým transformacím, kriteriálním funkcím, metodám optimalizace a interpolace. Dále je uveden přehled nástrojů, jimiž je možné multimodální obrazy lícovat. Pro registraci snímků, dodaných ze tří různých zdrojů, byl v prostředí MATLAB 2020a vytvořen program s přívětivým uživatelským rozhraním, kde je řešeno také předzpracování snímků. Na závěr byly výsledky registrace pomocí navrženého programu analyzovány.
|
|
|
Chyby v MRI metodách měření difúzních koeficientů
Uríča, Jozef ; Marcoň, Petr (oponent) ; Gescheidtová, Eva (vedoucí práce)
Diplomová práca chyby v MRI metódach merania difúznych koeficientov sa zaoberá preštudovaním merania difúzií metódami NMR, špecifikuje miesta príčiny vzniku určenia difúznych koeficientov. Hlavnou funkciou programu je počítanie b-faktoru a difúzneho koeficientu. Program je vhodný na simuláciu vplyvu zmien parametrov merania difúznych koeficientov a je možné simulovať napr. zmeny len jedného gradientu prípadne dobehu gradientných impulzov.
|
|
|
Kvantifikace T1 pro preklinické MRI
Dvořáková, Lenka ; Macíček, Ondřej (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Kvantifikace T1 mapy myokardu je důležité pro diagnostiku myokardické fibrózy. Kardiální magnetická rezonance malých zvířat je obtížná z důvodu vysoké srdeční a respirační frekvence. Pulsní sekvence navržené v této práci jsou typu IR FLASH a Intragate FLASH. Sekvence IR FLASH byla porovnána s referenční sekvencí RARE na statickém fantomu. Obě sekvence byly aplikovány během měření myokardu potkana. Pro kvantifikaci T1 byl vyvinut software v prostředí Matlab. Pomocí tohoto softwaru byly vyhodnoceny T1 mapy myokardu potkana.
|
|
|
Vliv MR pulsních sekvencí na teplotu měřeného objektu
Kosková, Markéta ; Jiřík, Radovan (oponent) ; Krátká, Lucie (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá vlivem MR pulzních sekvencí na teplotu měřeného objektu. Teoretická část je věnována základnímu principu magnetické rezonance, vybraným pulzním sekvencím a rizikům spojeným s MRI - především zahřívání tkání. Dále je zde rozebrán návrh testovacího fantomu a vysvětlen způsob měření a zaznamenávání teploty během MR měření. V praktické části je pomocí vytvořeného fantomu a MR experimentálního přístroje na Ústavu přístrojové techniky AV ČR v Brně testován vliv RF cívek, pulzních sekvencí a jejich parametrů na zahřívání vytvořeného fantomu. Poznatky z měření jsou následně otestovány na živé laboratorní myši. Všechny získané výsledky jsou analyzovány, pomocí vytvořeného programu simulovány a v závěru práce diskutovány.
|
|
|
Zobrazování medicínských dat v reálném čase
Lengyel, Kristián ; Havel, Jiří (oponent) ; Jošth, Radovan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací aplikace na zobrazování medicínských dat v reálném čase. První část projektu je zaměřena na metody získávání medicínských dat v praxi a na možnosti vizualizace rozsáhlých objemových dat v počítači s využitím známých renderovacích přístupů. Podobné aplikace se používají mimo medicíny i v jiných oblastech, jako např. v chemii na zobrazování molekulárních struktur nebo mikroorganizmů. Další část projektu bude zaměřena na výhody vizualizace volumetrických dat pomocí programovatelného hardwaru a na nové metody paralelizace algoritmů na grafické kartě pomocí technologie CUDA a OpenCL. Výsledná aplikace bude zobrazovat medicínské objemové data na základě vybrané metody urychlené pomocí programovatelných shaderů, přičemž časově náročné operace budou paralelizované na grafické kartě.
|
|
|
Brain Tumor Detection and Segmentation in Multisequence MRI
Dvořák, Pavel ; Přibil, Jiří (oponent) ; Šprláková-Puková,, Andrea (oponent) ; Smékal, Zdeněk (vedoucí práce)
This work deals with the brain tumor detection and segmentation in multisequence MR images with particular focus on high- and low-grade gliomas. Three methods are propose for this purpose. The first method deals with the presence detection of brain tumor structures in axial and coronal slices. This method is based on multi-resolution symmetry analysis and it was tested for T1, T2, T1C and FLAIR images. The second method deals with extraction of the whole brain tumor region, including tumor core and edema, in FLAIR and T2 images and is suitable to extract the whole brain tumor region from both 2D and 3D. It also uses the symmetry analysis approach which is followed by automatic determination of the intensity threshold from the most asymmetric parts. The third method is based on local structure prediction and it is able to segment the whole tumor region as well as tumor core and active tumor. This method takes the advantage of a fact that most medical images feature a high similarity in intensities of nearby pixels and a strong correlation of intensity profiles across different image modalities. One way of dealing with -- and even exploiting -- this correlation is the use of local image patches. In the same way, there is a high correlation between nearby labels in image annotation, a feature that has been used in the ``local structure prediction'' of local label patches. Convolutional neural network is chosen as a learning algorithm, as it is known to be suited for dealing with correlation between features. All three methods were evaluated on a public data set of 254 multisequence MR volumes being able to reach comparable results to state-of-the-art methods in much shorter computing time (order of seconds running on CPU) providing means, for example, to do online updates when aiming at an interactive segmentation.
|
|
|
MR zobrazování fluoru-19
Meščánková, Veronika ; Latta,, Peter (oponent) ; Starčuk, Zenon (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá MR zobrazovaním fluóru-19. Jej cieľom je pripraviť fantómy a biologické vzorky pre testovanie citlivosti detekcie 19F, optimalizovať metódy zobrazenia 19F na predklinickom MR systéme Bruker Biospec 94/30, preskúmať praktické možnosti zobrazenia 19F na pripravených vzorkách a porovnať citlivosť s protónovými obrazmi. Na záver je nutné zhodnotiť dosiahnuté výsledky a možné prínosy metódy.
|
host ::
RSS.