|
Reportéry genové exprese u \kur{Drosophila melanogaster}.
ŠTROS, Jiří
Drosophila melanogaster je široce používaný modelový organismus v genetice a v dalších disciplínách souvisejících s lékařsky a biotechnologicky významnými problémy. První část práce podává přehled některých základních genetických nástrojů a reportérů genové exprese používaných při práci s D.melanogaster s důrazem na reportérový gen GFP. Druhá část podává popis a výsledky experimentální práce zaměřené na reportérový konstrukt sestávající z genu adenosin deaminasy (ADGF-A) a značky GFP. Při práci s reportéry genové exprese, jako je GFP, je důležité vědět, zda přítomnost reportéru neovlivňuje studovaný proces. Experiment popsaný v této práci testoval, zda je fúzní protein sestávající z adenosin deaminasy a GFP plně funkčním enzymem, nebo zda je aktivita enzymu ovlivněna přítomností fluorescenční značky. Výsledky práce podporují vhodnost fúzního konstruktu jako reportéru genové exprese.
|
|
Fetální hemoglobin u pacientů s myelodysplastickým syndromem.
Staňková, Nora ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent)
4 Abstrakt Cíl Stanovení exprese gama globinového genu HBG1 u pacientů s myelodysplastickým syndro- mem (MDS) v pluripotentních hematopoetických buňkách CD34+ a souvislost výše exprese genu HBG1 s jednotlivými podtypy onemocnění MDS. Dále detekce bodových polymorfis- mů rs 4671393 a rs 11886868 u těchto pacientů a u zdravých dárců české populace a zjištění souvislosti mezi výskytem výše uvedených polymorfismů a zvýšenou expresí genu HBG1, jak bylo u některých hematologických onemocnění prokázáno. Soubor Zdrojem genetického materiálu pro zjištění exprese genu HBG1 bylo 80 vzorků RNA vyizo- lovaných z hematopoetických pluripotentních CD 34+ buněk pacientů s MDS. Jako vzorky zdravé kontroly bylo použito 6 vzorků komerčně zakoupených buněk CD 34+ od firmy Lonza. Zdrojem genetického materiálu pro detekci polymorfismů bylo 140 vzorků DNA vyizolované z granulocytů pacientů s MDS a dále 49 vzorků DNA vyizolované z granulocytů periferní krve od zdravých dárců české populace. Metody Pro stanovení exprese genu HBG1 i detekci bodových polymorfismů byla využita metoda Real-Time PCR. Ke zjištění výše exprese byl využit Taqman Gene Expression Assay a výsledky byly hodnoceny pomocí komparativní metody ΔΔCT. Pro detekci bodových polymorfismů byl využit TaqMan Genotyping Assay. Výsledky Zvýšená exprese genu HBG1 se...
|
|
Biosystematic studies in the family Cyperaceae
KOŠNAR, Jan
Práce se zaměřila na mikroevoluční mechanismy přispívající k morfologické rozmanitosti vybraných zástupců čeledi šáchorovitých (Cyperaceae). Bylo zjištěno, že přirozená hybridizace, prokázaná na základě morfologických i molekulárních znaků, je pravděpodobně důležitým zdrojem diverzifikace tropických bahniček (Eleocharis) podrodu Limnochloa. U polymorfního druhu ostřice obecné (Carex nigra) byla jako převažující příčina existence odlišných morfotypů odhalena silná fenotypová plasticita. Genetická (ekotypová) diferenciace mezi morfotypy C. nigra byla vzácná, z čehož vyplývá, že uplatňování úzkého taxonomického pojetí a vyčleňování dalších druhů je v případě C. nigra nevhodné.
|
|
Vliv genetické predispozice jedince na farmakokinetiku a farmakodynamiku vybraných opioidů
Matoušková, Olga ; Perlík, František (vedoucí práce) ; Votava, Martin (oponent) ; Mičuda, Stanislav (oponent)
MUDr. Olga Matoušková - dizertační práce Vliv genetické predispozice jedince na farmakokinetiku a farmakodynamiku vybraných opioidů ABSTRAKT Úvod: Cílem dizertační práce je studium vlivu polymorfismu CYP2D6 a MDR1 na farmakokinetiku a farmakodynamiku tramadolu u zdravých dobrovolníků s využitím pupilometrického měření. Sekundárním cílem je zhodnocení vztahu uvedených polymorfismů na analgetickou účinnost a nežádoucí účinky piritramidu u akutní pooperační bolesti. Soubor a metody: Do dvou prospektivních prací studujících vliv genetické predispozice na farmakokinetické a farmakodynamické parametry tramadolu jsme zařadili celkem 90 zdravých dobrovolníků. Do klinických studií věnujících se opioidní analgezii a vlivu genetické predispozice na farmakoterapeutický efekt a výskyt nežádoucích účinků u pacientů s akutní pooperační bolestí jsme zahrnuli celkem 161 pacientů s akutní pooperační bolestí. Genotypizaci polymorfismu genu CYP2D6 a MDR1 jsme provedli pomocí PCR - RFLP analýzy, ke stanovení koncentrace tramadolu a jeho metabolitu jsme použili plynovou a kapalinovou chromatografii a farmakodynamický efekt opioidů jsme hodnotili pomocí pupilometrického měřění a vizuální analogové škály. Výsledky a závěr: Variabilita opioidního účinku je ovlivněna farmakogeneticky podmíněnými rozdíly v metabolismu vyvolanými...
|
|
Genetické, humorální a buněčné faktory rozvoje autoimunitních chorob
Růžičková, Šárka ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Kalina, Tomáš (oponent) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Autoimunitní choroby patří v současné době k nejzávažnějším medicínským tématům, zejména díky obecně se zvyšujícímu počtu pacientů s těmito chorobami. Na jejich patogenezi se podílejí pravděpodobně z velké části dědičné faktory a dále buněčné a humorální interakce ovlivněné faktory zevního prostředí, jejichž poznání je důležité jak z hlediska diagnosticko- terapeutického a tak s ohledem na bazální imunologii. Cílem práce bylo najít vztah genetických alterací a produkce autoprotilátek, klinické manifestace onemocnění; definovat kloubní autoantigeny, dále prokázat autoreaktivní původ leukemických buněk; roli B lymfocytů v patogenezi onemocnění a konečně vypracovat metodu detekce B lymfocytů rozeznávajících definovaný autoantigen. Genetickou analýzou byly identifikovány některé predipoziční polymorfismy, jejich asociace nebyla vždy spojena s klinickými formami onemocnění ani nebyly využitelné k predikci průběhu nemoci. Navíc frekvence alel IL-1RN*2 nebo PD1.3 vykazovaly etnicko-geografické rozdíly a GWA studie odhalily kritickou roli velikosti souborů při posuzování významnosti konkrétního polymorfismu. Jako klinicky nejpřesnější a nejcitlivější marker k predikci progrese erosivní formy RA byla vytipována kombinace stanovení anti-CCP a IgM RF. V synoviální tekutině a tkáni pacientů s RA byla...
|
|
Význam trombofilních mutací v klinické genetice.
Vavrušková, Klára ; Kuklík, Miloslav (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent)
Trombofilie znamená zvýšenou dispozici k tvorbě trombů. Zdravotní komplikace vzniklé v důsledku zvýšené srážlivosti krve mohou být velmi vážné. Pozitivní stanovení trombofilních mutací pak znamená pro pacienta nutnost prevence trombózy v rizikových situacích (např. těhotenství, operace) po celý život. Do studie klinického významu trombofilních mutací bylo zařazeno 300 lidí (206 žen a 94 mužů) s trombofilními mutacemi, kteří byli vyšetřeni v letech 2008 - 2010. Největší výtěžnost byla v oblasti mutací MTHFR (C677T i A1298C) - 266 pozitivních nálezů. Menší výtěžnost byla v oblasti sledování mutací FV Leiden a mutace FII protrombinu. U 99 pacientů byly zjištěny vícečetné trombofilní mutace. V souladu se zahraniční literaturou naše výsledky poukazují na klinické konsekvence trombofilních mutací jako jsou: opakované spontánní aborty, cévní mozková příhoda, ischemická choroba srdeční, trombóza, flebotrombóza, plicní embolie, varixy, aseptická nekrose kyčelního kloubu, ateroskleróza a stenóza aorty. Mutace MTHFR C677T a MTHFR A1298C byly zachyceny především u pacientů s CMP, IM a ICHS. Mutace Leiden byla nejčastěji zachycena u pacientů s trombózou, flebotrombózou a plicní embolií. Ověřili jsme familiární výskyt trombofilních mutací. Všichni pacienti zdědili trombofilní mutace po jednom nebo obou rodičích....
|
|
Molecular aspects of genetic predisposition to type 2 diabetes mellitus and its monogenic forms
Pintérová, Daniela ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Bendlová, Běla (oponent) ; Hubáček, Jaroslav (oponent)
Cílem dizertační práce bylo přispět na základě studia tématicky zvolených kandidátních genů k poznání patogeneze a predikci rizika rozvoje diabetu 2. typu (DM2), jeho komplikací a jeho monogenních forem. Specifickými cíli bylo studovat roli polymorfismu Pro12Ala genu PPARG2 v rozvoji inzulinové rezistence a DM2 a jeho případnou asociaci s hladinami lipidů, zjistit význam polymorfismu genu NFKB1 (CA repetice), který kóduje podjednotku p105 NFkB, a jednonukletidového polymorfismu A/G v 3'UTR genu NFKBIA, kódujícího inhibiční protein IkB, v patogenezi DM2, inzulinové rezistence, diabetických mikrovaskulárních a aterosklerotických komplikací, zjistit genetické příčiny asymptomatické hyperglykémie v kohortě dětí a mladistvých a zjistit prevalenci mutací genů HNF4A, GCK a TCF1 v souboru českých pacientů s dg. MODY.
|
|
STR genotypizace středověké české populace: polykulturní lokalita Mlékojedy (okr.Litoměřice)
Brynychová, Veronika ; Hájek, Martin (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Cílem této diplomové práce byla prvotní genetická charakteristika souboru jedinců raně středověkého pohřebiště (polykulturní lokalita Mlékojedy, okr. Litoměřice, Česká republika). Metoda autozomálních STR markerů byla zvolena pro vysokou diskrimační schopnost, zvlášť vhodnou pro studie genetické diverzity a příbuzenské analýzy u malých souborů. Nespornou výhodou byla také možnost validace získaných výsledků vzhledem k riziku kontaminací. Za účelem získání co nejširšího rozsahu genotypů byly použity primery pro amplifikaci zkrácených STR lokusů (miniSTR). Opakovatelně se podařilo amplifikovat jadernou DNA z 35 % kostních vzorků a 91 % zubů. Úspěšnost PCR amplifikace se úměrně snižovala s nárůstem délky fragmentů nad 150 bp. Zároveň jsme zaznamenali vysokou míru alelového drop-outu, která svědčí o vysoké degradaci aDNA. Věrohodné genotypy markeru TH01 se podařilo stanovit jen u dvanácti z celkového počtu 23 jedinců. Získané výsledky jsou diskutovány v porovnání s recentními populacemi a dalšími aDNA studiemi historických pohřebišť. Klíčová slova: ancient DNA, STR markery, miniSTR, ranně středověké pohřebiště, česká populace
|
|
Gene flow and its consequences for microevolution in Taraxacum (Asteraceae)
Marván, Richard ; Vančata, Václav (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Lhota, Stanislav (oponent)
Souhrn Mikrosatelity(SIR,)se vyskytujív hojnémpočtuv genomechvšechŽijícíchorganismů,kde jsou téměřrovnoměrněrozmÍstěny,tudížjako analytickýchmarkerŮjich lze využÍtprakticky pro jakýkolivgenetickýúčeLNěkteréSIR /okusyvykazujíextrémněvysokou alelickou variabilitu.Jsou obecně snadno izolovatelnéi z velmiomezenéhozdroje DNA a rychlereplikovatelnépolymerázovou řetězovou reakcÍ(PCR) Díky svým mimořádným vlastnostemse sťa/yatraktivníma populárnÍm nástrojemv mnoha biologickýchaplikacích,Jádro diseftačnípráce tvořípět kapitolpředstavujÍcÍch projekty,v nichžjsme studovaliautozomálnínebo na chromozomY vázané STR lokusy' NašecÍle bylynásledujÍcÍ:(i)Prozkoumatalelickéfrekvencev souboruautozomálníchSTR markerŮ,odhadnout standardnÍpopulačněa forenzněgeneticképarametrya provéstmezipopulačnÍsrovnánÍalelických frekvencÍ;(ii) navrhnout pŮvodnÍ Y_chromozomálnÍSTR multiplex sysÍémk analýze vysoce polymoffníchlokusůa vyhodnotitjej s ohledemna možnévyužitÍpro forenzněa populačněgenetické účely;a (iii)uskutečnitprunÍstudiiu skupinydruhuPan paniscus,v nÍžby kombinacebehaviorálních údajŮo samčÍsociálnÍhierarchiia samčÍmúspéchuv pářenÍa paternitnÍchdat umožnilaprověřit Vzorec vztahŮ mezi těmito proměnnými a následně zhodnotit možnédŮsledky stanovených přÍbuzenskýchvztahŮpro chovná opatřeníve skupině.S těmitozáměry...
|
|
Molekulárně- genetická analýza karcinomů štítné žlázy
Sýkorová, Vlasta ; Bendlová, Běla (vedoucí práce) ; Zamrazil, Václav (oponent) ; Peterka, Miroslav (oponent)
Úvod: Nadory štitne žlazy představuji vice než 90% endokrinnich tumorů a jejich incidence, předevšim papilarniho karcinomu, se v Česke republice neustale zvyšuje. Je znamo několik genetickych přičin, ale jejich vliv na fenotyp je stále kontroverzni. Cíle: Studium genetickych přičin (RET/PTC, BRAF a RAS alteraci) a polymorfismů v RET genu u nadorů štitne žlazy (předevšim PTC) a korelace genotypu s fenotypem. Soubor a metody: Celkem bylo analyzovano 234 PTC tkani, 8 špatně diferencovanych karcinomů, 3 anaplasticke karcinomy, 23 medularnich karcinomů, 6 folikularnich karcinomů a jeden folikularni adenom. Pro analyzu byly použity vzorky zamraženych čerstvych tkani, biopsii tenkou jehlou a parafinovych bločků od pacientů s nadory štitne žlazy a vzorky krve od zdravych kontrol. Exprese RET/PTC přeskupeni byla detekovana na agarozovem gelu, RET polymorfismy byly analyzovany pomoci specifickych TaqMan sond. Detekce mutaci v BRAF genu a třech RAS genech byla provedena přimou sekvenaci. Zjištěne alterace byly korelovany s klinicko-patologickymi parametry. Výsledky: Zjistili jsme, že některe polymorfismy v RET genu asociuji se vznikem RET/PTC přeskupeni u PTC a prokazali jsme, že BRAF mutace koreluje s větši agresivitou tumoru. V RAS genech jsme nalezli několik genetickych změn. Závěr: Studie přinesla...
|
host ::
