|
Studium jednonukleotidových polymorfizmů v kandidátních genech pro Crohnovu chorobu
Dušátková, Petra
Mgr. Petra Dušátková, Studium jednonukleotidových polymorfizmů v kandidátních genech pro Crohnovu chorobu Abstrakt Crohnova choroba (CD) patří mezi zánětlivá střevní onemocnění. Její etiologie dosud není zcela objasněna, ale předpokládá se, že na vznik onemocnění mají vliv genetické predispozice. Tato diplomová práce je součástí projektu zabývajícího se studiem kauzality jednonukleotidových polymorfizmů (SNP) v kandidátních genech pro CD v české populaci. U 333 pacientů s CD a 499 zdravých jedinců jsme testovali polymorfizmy: c.3020insC, p.Gly908Arg, p.Arg702Trp v genu CARD15, g.-308G>A v genu TNFA, p.Arg381Gln v genu IL23R a p.Ala197Thr v genu ATG16L1. Určení jednotlivých genotypů jsme prováděli metodou alelické diskriminace ve formátu TaqMan sond (Applied Biosystems, USA). Varianty c.3020insC, p.908Arg v genu CARD15 byly signifikatně asociovány s CD (OR = 4,4; 95%CI 3,0 - 6,4, respektive OR = 2,7; 95%CI 1,4 - 5,0). SNP p.702Trp byl asociován s CD až po adjustaci na zbylé dva polymorfizmy v genu CARD15 (OR = 1,7; 95%CI 1,0 - 2,7). Nalezli jsme ochranný efekt p.381Gln v genu IL23R (OR = 0,6; 95%CI 0,3 - 1,0). Varianta p.197Ala v genu ATG16L1 zvyšuje v české populaci riziko CD (OR = 1,3; 95%CI 1,0 - 1,9). Asociaci g.-308A v genu TNFA s CD jsme nedetekovali. Genotypo-fenotypovou analýzou prováděnou pouze na...
|
|
Regulace aktivity a aktivace kathepsinu D
Máša, Martin
Disertační práce SOUHRN REGULACE AKTIVITY A AKTIVACE KATHEPSINU D Martin Máša školitel: Michael Mareš Katedra biochemie Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy Ústav organické chemie a biochemie Akademie věd České republiky PRAHA 2009 Úvod Kathepsin D (KD) je lysozomální aspartátová peptidasa přítomna ve všech savčích organizmech, její hlavní funkcí je katabolická degradace proteinů. Dále je zapojen v řadě fyziologických procesů jako jsou apoptóza a tkáňová homeostáze, podílí se na regulaci angiogeneze a na tvorbě peptidových antigenů. Z hlediska patofyziologie je KD studován ve spojitosti s několika chorobami jako jsou Alzheimerova choroba a rakovina. Alzheimerova choroba je neurodegenerativní onemocnění mozku obecně považované za nejběžnější příčinu senilní demence. V průběhu nemoci dochází k ukládání plaků β-amyloidních peptidů (β-AP) na povrch neuronů, což vede postupně k jejich atrofii a rozpadu. β-AP vznikají proteolytickým štěpením amyloidního prekurzorového proteinu (APP) nejčastěji tzv. sekretasami1 . U pacientů s Alzheimerovou chorobou byly nalezeny vysoké koncentrace KD v mozkomíšním moku2 . Bylo ukázáno, že KD je schopen štěpit APP za vzniku patogenního β-AP a přispívat tak k rozvoji Alzheimerovy choroby3 . U pacientů s Alzheimerovou chorobou byl v genu KD nalezen minoritní polymorfizmus,...
|
|
Genetic factors in lymphoproliferative malignancies Focus on CHEK2 gene in lymphomas with comparison to distinct solid tumors
Havránek, Ondřej ; Trněný, Marek (vedoucí práce) ; Papajik, Tomáš (oponent) ; Veselý, Pavel (oponent)
Genetic factors in lymphoproliferative malignancies. Focus on CHEK2 gene in lymphomas with comparison to distinct solid tumors. MUDr. Ondřej Havránek Abstrakt dizertační práce: Úvod: Gen CHEK2 (checkpoint kinase 2) se významně podílí na regulaci signální kaskády oprav dvouřetězcových zlomů DNA a kromě jiných interaguje i s proteinem p53. U nosičů mutací genu CHEK2 bylo prokázáno zvýšené riziko vzniku řady maligních nádorů, ale jeho vztah k riziku vzniku non-Hodgkinských (NHL) a Hodgkinských (HL) lymfomů není znám. Nejčastějším polymorfismem genu TP53 R72P se u NHL zabývalo několik studií, u HL nebyl zatím zkoumán. Metody: Mutační analýza celé kódující sekvence genu CHEK2 byla provedena u 340 pacientů s NHL a analýza oblasti kódující FHA (forkhead-assodiated) doménu proteinu CHEK2 u 298 pacientů s HL. Výsledky byly porovnány s našimi analýzami CHEK2 u karcinomů prsu, kolorekta a pankreatu. U pacientů s lymfomy byl také určen genotyp polymorfizmu R72P genu TP53. Analýza byla provedena pomocí denaturační vysoce účinné kapalinové chromatografie. Výsledky: Četnost mutací v oblasti kódující FHA doménu genu CHEK2 (exon 2 a 3) byla signifikantně vyšší u pacientů s NHL i HL (19 z 340 - 5,6% a 17 z 298 - 5,7%) než u kontrolní nenádorové populace (19 z 683 - 2,8%; p = 0,03 a 0,04). Alterace v uvedené oblasti zvyšovaly...
|
|
Intracellular Concentration of Methotrexate in Erytrocytes and MTHFR Polymorphisms: Possible Association with Methotrexate Efficasy and Toxicity in Patients with Juvenile Idiopathic Arthritis
Tuková, Jana ; Doležalová, Pavla (vedoucí práce) ; Slanař, Ondřej (oponent) ; Pavelka, Karel (oponent)
Souhrn Východisko: Ověřit, zda stanovení polymorfismů metylentetrahydrofolát reduktázy (MTHFR) C677T a A1298C a erytrocytární koncentrace metotrexátu (EMTX) mohou sloužit k predikci terapeutické účinnosti a toxicity metotrexátu (MTX) u dětí s juvenilní idiopatickou artritidou (JIA). Metody: Genetická analýza a vyšetření EMTX a folátů bylo provedeno u 69 pacientů s JIA léčených MTX a klasifikovaných jako respondéři (n=51, inaktivní onemocnění) či nonrespondéři (n=18, zlepšení pod 30 % dle pediatrických ACR 30 kritérií i přes podávání parenterálního MTX 15 mg/m2/týden min. po dobu 3 měsíců). Výsledky: Nonrespondéři byli léčeni vyšší dávkou MTX (medián, 17,2 vs 12,6 mg/m2/týden, P<0,005), a dosáhli vyššího EMTX (217 nmol/l vs 106 nmol/l, P<0,02) a erytrocytárního folátu (763 nmol/l vs 592 nmol/l, P=0.052) než respondéři. Asociace mezi frekvencí alel a genotypů MTHFR a klinickým účinkem nebyla prokázána. Výskyt nežádoucích účinků byl 29.4 % u respondérů a 33,3 % u nonrespondérů (P=0,77). T alela C677T polymorfismu se vyskytovala častěji u dětí s projevy toxicity (52,4 % vs 20,9%, OR=3,88; 95% CI: 1,8-8,6; P<0,002). Signifikantně vyšší riziko toxicity bylo u dětí s genotypem 677TT ve srovnání s genotypem 677CC (OR=55,5; 95-% CI: 2,9-1080; P<0,001). Závěry: Genotypizace MTHFR může mít prediktivní hodnotu pro...
|
|
Genetický polymorfizmus biotransformačních enzymů a riziko vzniku karcinomu pankreatu v České republice
Vrána, David ; Novotný, Jan (vedoucí práce) ; Holubec, Luboš (oponent) ; Kološtová, Věra (oponent)
Genetický polymorfizmus biotransformačních enzymů a riziko vzniku karcinomu pankreatu v České republice Úvod: Karcinom pankreatu patří díky své prognóze k jednomu z největších problémů současné onkologie. Postihuje nejčastěji pacienty v šesté a vyšší dekádě a díky minimálním příznakům v časných stádiích je diagnostikován většinou ve fázi lokálně pokročilého či metastatického onemocnění. Jedinou modalitou představující pro pacienta šanci na dlouhodobé přežívání je radikální chirurgická resekce. Chemoterapie i možná cílená léčba má pouze paliativní charakter. Vzhledem k tomuto by bylo nanejvýš užitečné identifikovat takové genetické faktory, predisponující ke vzniku karcinomu pankreatu a vytvořit jakýsi skríningový program s cílem záchytu časných stádií. V naší práci jsme se zaměřili na polymorfizmy v biotransformačních enzymech, které ovlivňují metabolismus karcinogenů a prokarcinogenů a mohly představovat riziko karcinomu pankreatu. Metodika: Do naší studie bylo zařazeno 278 pacientů s karcinomem pankreatu. Jako kontrolní skupinu jsme použili skupinu zdravých dobrovolníků z ambulancí praktických lékařů a transfuzních stanic. Zaměřili jsme se na studium polymorfizmů biotransformačních enzymů CYP1B1, EPHX, NQO1 GSTP1, GSTT1, GSTM1. DNA byla amplifikována PCR, následně štepena restrikčními enzymy a...
|
|
Regulace aktivity a aktivace kathepsinu D
Máša, Martin ; Mareš, Michael (vedoucí práce) ; Jonáková, Věra (oponent) ; Holada, Karel (oponent)
Disertační práce SOUHRN REGULACE AKTIVITY A AKTIVACE KATHEPSINU D Martin Máša školitel: Michael Mareš Katedra biochemie Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy Ústav organické chemie a biochemie Akademie věd České republiky PRAHA 2009 Úvod Kathepsin D (KD) je lysozomální aspartátová peptidasa přítomna ve všech savčích organizmech, její hlavní funkcí je katabolická degradace proteinů. Dále je zapojen v řadě fyziologických procesů jako jsou apoptóza a tkáňová homeostáze, podílí se na regulaci angiogeneze a na tvorbě peptidových antigenů. Z hlediska patofyziologie je KD studován ve spojitosti s několika chorobami jako jsou Alzheimerova choroba a rakovina. Alzheimerova choroba je neurodegenerativní onemocnění mozku obecně považované za nejběžnější příčinu senilní demence. V průběhu nemoci dochází k ukládání plaků β-amyloidních peptidů (β-AP) na povrch neuronů, což vede postupně k jejich atrofii a rozpadu. β-AP vznikají proteolytickým štěpením amyloidního prekurzorového proteinu (APP) nejčastěji tzv. sekretasami1 . U pacientů s Alzheimerovou chorobou byly nalezeny vysoké koncentrace KD v mozkomíšním moku2 . Bylo ukázáno, že KD je schopen štěpit APP za vzniku patogenního β-AP a přispívat tak k rozvoji Alzheimerovy choroby3 . U pacientů s Alzheimerovou chorobou byl v genu KD nalezen minoritní polymorfizmus,...
|
|
Využití metod PCR ve forenzní genetické analýze.
Dvořáková, Lenka ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Vaněk, Daniel (oponent)
Polymerase Chain Reaction neboli PCR je molekulárně genetická metoda sloužící k amplifikaci daného fragmentu DNA. V dnešní době je to jedna z nejpoužívanějších a nejúspěšnějších molekulárně genetických metod, která se využívá v mnoha vědeckých i aplikovaných oborech. PCR má mnoho modifikací odvozených od klasického schématu reakce - například multiplex PCR, inverzní PCR, nested PCR, asymetrická PCR a plno dalších. Ve forenzní genetické analýze se PCR využívá především jako metoda amplifikace studovaných lokusů při fragmentové analýze, jako součást sekvenace a dále pak v kvantifikaci jako real-time PCR. Cílem této práce je shrnout využití polymerázové řetězové reakce ve forenzní praxi a nastínit metody, při kterých se PCR používá.
|
|
Phylogeny, phylogeography and taxonomy of selected members of the family Bosminidae
Faustová, Markéta ; Sacherová, Veronika (vedoucí práce) ; Hudec, Igor (oponent) ; Schwenk, Klaus (oponent)
Phylogeography, taxonomy, and systematics of chosen members of family Bosminidae Abstract of Ph.D. Thesis MSc Markéta Faustová Supervisors: RNDr. Veronika Sacherová, Ph.D. - Charles University in Prague, Czech Republic Dr. Derek J. Taylor, Ph.D. - New York State University at Buffalo, U.S.A. For their life cycles, phenotypic plasticity, presence of sibling species and worldwide distribution, cladocerans are useful organisms for evolutionary studies with the aim to understand mechanisms of speciation, adaptive radiation, and polymorphism. While members of the genus Daphnia (family Daphniidae) became an iconic model in such studies, members of the family Bosminidae posses comparably interesting set of characteristics that could help to elucidate speciation mechanisms. In particular, members of the genus Eubosmina are known for extreme levels of phenotypic plasticity, especially in the Circumbaltic region, which puzzled the taxonomy and confused relationships of all described morphotypes since the first Eubosmina was described in 1857. The presented thesis explores genetic and morphometrical relationships with the aim to clarify how closely related all the described morphospecies are, to find out if there are some reproductive barriers and how strong these barriers are, how is the present-day structure of...
|
|
Using of quantitative DNA method as a screening tool for effecient genotyping of samples in forensic DNA laboratory.
Koljenšič, Ivana ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Daňková, Pavlína (oponent)
Quantification of human DNA in forensic samples is an important step during STR profiling because the STR genotyping is sensitive to the quantity of DNA used in the PCR reaction. This study focuses on the importance of quantification in the entire process of genetic analysis. Two real time PCR platforms (Roche LightCycler480 System and ABI 7900 RT PCR) were used to compare two commercial kits in terms of DNA quantification. It was found out that accuracy of absolute quantification values in commercial quantification kits is strongly dependent on the construction of calibration curve. Especially low template DNA samples were used to assess whether QuantifilerTM or Plexor® HY System can determinate a minimum quantification value (cut off value) below which STR profiles would consistently fail to be detected. The usage of Plexor® HY System enabled to determine the cut off quantification value more exactly probably due to different molecular background and chemistry used in this kit. Reliability and other issues connected with cut off value are discussed. In order to better understand the relationship between the quantity of DNA and the number of detectable loci series the dilution experiment with standard DNA007 was done. Quantitative and qualitative consequences of input DNA amount in evaluation of...
|
|
Některé aspekty patofyziologie plicní arteriální hypertenze a její výskyt v České republice
Jansa, Pavel ; Aschermann, Michael (vedoucí práce) ; Widimský, Jiří (oponent) ; Čerbák, Roman (oponent)
1 Univerzita Karlova v Praze 1. lékařská fakulta Některé aspekty patofyziologie plicní arteriální hypertenze a její výskyt v České republice MUDr. Pavel Jansa Praha 2011 2 Abstrakt Plicní arteriální hypertenze (PAH) je skupina chorob charaktzerizovaná progresivním nárůstem tlaku v plicnici a plicní cévní rezistence. U všech podskupin PAH hrají v patofyziologii roli základní čtyři procesy: vazokonstrikce, zánět, trombóza a cévní remodelace. Role genetické dyspozici v řadě případů PAH je nepochybná. V první části práce jsme u 142 nemocných s PAH analyzovali výskyt genových polymorfismů Glu298Asp genu pro endotheliální NO syntázu (eNOS), VNTR-5 tandemové 27 bp repetice genu pro eNOS a -786 T/C na promotoru genu pro eNOS. Prevalence alely A VNTR-5 tandemové 27 bp repetice genu pro eNOS byla hraničně signifikantně vyšší u pacientů s PAH ve srovnání s kontrolami. U nemocných s PAH asociovanou se systémovým onemocněním pojiva je vyšší výskyt genotypu AA ve srovnání s ostatními podskupinami PAH. Vztah polymorfismů Glu298Asp a -786 T/C k PAH jsme neprokázali. Trombotická arteriopatie je významnou součástí patofyziologie PAH. U 93 nemocných s PAH a 79 jedinců kontrolního souboru jsme vyšetřili fibrinogen, aPTT, INR, Protein C, Protein S, APC rezistenci, AT III, D-dimer, APA IgG, APA IgM, faktor VIII, von Willebrandův...
|
host ::
