|
Regulace genové exprese HSP70 genů a její závislost na genotypu HSP70 genů.
Ambrož, Antonín ; Novota, Peter (vedoucí práce) ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (oponent)
Předkládaná diplomová práce prezentuje problematiku míry regulace genové exprese tří HSP70 genů v mononukleárních buňkách periferní krve. Sledovali jsme závislosti regulace (inducibility) genové exprese na vybraných bodových mutací - SNP (single nucleotide polymorphisms) v těchto genech. Mononukleární buňky jsme získali z periferní žilní krve zdravých jedinců. Pro analýzu exprese jsme selektovali jedince, kteří byli homozygotní alespoň v jedné ze sledovaných bodových mutací. Při zohledňovaní kritéria zdravého jedince jsme vycházeli z dotazování se na úrovni osobní anamnézy. Závislost míry regulace genové exprese studovaných genů na genotypech - sledovaných polymorfismech jsme stanovovali u dvou buněčným stresem indukovatelných genů HSP70-1 (HSPA1A) a HSP70-2 (HSPA1B) a u jednoho konstitutivně exprimovaného genu HSP70-Hom (HSPA1L). Geny HSP70 jsou lokalizovány v oblasti hlavního histokompatibilního systému MHC (major histocomatibility complex) na chromozómu 6p21. Míru regulace genové exprese studovaných genů jsme stanovovali v závislosti na SNPs lokalizovaných v genu HSP70-1 (-110A/C ~ rs1008438 a +190G/C ~ rs1043618), v genu HSP70-2 (+1267A/G ~ rs1061581 a +2074G/C ~ rs539689) a v genu HSP70-Hom (+2437T/C ~ rs2227956). Míru regulace genové exprese studovaných genů jsme dále stanovovali v závislosti...
|
|
Vliv mastných kyselin na lipidový metabolismus a redukci tělesné hmotnosti
Hlavatý, Petr ; Kunešová, Marie (vedoucí práce) ; Müllerová, Dana (oponent) ; Flachs, Pavel (oponent)
Tuková tkáň hraje ústřední roli ve vývoji metabolického syndromu. Řada složek metabolického syndromu může být zlepšena dietními opatřeními, včetně zvýšeného příjmu PUFA řady n-3. Vedle efektu PUFA řady n-3 se již dlouhou dobu diskutuje i o možném vlivu vyššího příjmu vápníku na ovlivnění redukce hmotnosti a energetického metabolismu. Vedle nutričních faktorů se však na ovlivnění hmotnosti a lipidového a glukózového metabolismu významnou měrou podílejí i genetické faktory. Ve studii A bylo sledováno 40 obézních žen během 3týdenního redukčního režimu. Sledované ženy byly náhodně rozděleny do 2 skupin. První skupina dostávala jogurty obohacené PUFA řady n-3, druhá konzumovala jogurty bez suplementace. Výsledky ukazují, že suplementace nízkou dávkou PUFA řady n-3 v jogurtu v kombinaci s nízkokalorickou dietou zvyšuje podíl PUFA řady n-3 v sérových lipidech a zabraňuje nepříznivým změnám ve složení FA v séru po krátkodobé nízkokalorické dietě. Ve studii B jsme sledovali vliv suplementace PUFA řady n-3 při krátkodobém redukčním režimu s VLCD u dvaceti žen s těžkou obezitou, které byly náhodně rozděleny do dvou skupin. První skupina dostávala VLCD obohacenou o PUFA řady n-3, druhá skupina VLCD s placebem. Přidání PUFA řady n-3 rybího původu k velmi přísné nízkoenergetické dietě mělo za následek větší redukci BMI a...
|
| |
|
Promoter-terminator interactions in eukaryotic RNA polymerase II transcription
Petr, Martin ; Hozák, Pavel (vedoucí práce) ; Vaňková Hausnerová, Viola (oponent)
Genové smyčky jsou chromatinové struktury, k jejichž vzniku dochází při fyzické interakci vzdálených oblastí DNA. Jelikož se tyto oblasti často podílejí na kontrole transkripčního cyklu, genové smyčky tvoří další úroveň regulace genové exprese. Tato práce shrnuje aktuální znalosti o genových smyčkách, přičemž se zaměřuje speciálně na smyčky vzniklé interakcemi promotorových a terminátorových oblastí genů transkribovaných pomocí eukaryotické polymerázy II. Jsou rozebrány smyčky objevené u kvasinkových genů, u savčího tumor supresoru BRCA1 a také u integrovaného genomu viru HIV-1, a to včetně mechanismů, jež pravděpodobně vedou k jejich vzniku. Jelikož byla nalezena spojitost mezi genovými smyčkami a transkripční pamětí u kvasinek, je popsán jejich fyziologický význam při tomto jevu. V souvislosti s přímým spojením BRCA1 a HIV-1 se závažnými lidskými chorobami je dále navržen obecný význam poruch ve funkci genových smyček při vzniku závažných patologických stavů. Klíčová slova: genové smyčky, chromatinové smyčky, konformace chromatinu, transkripční paměť, transkripce, genová exprese, regulace
|
|
Biodegradace 17alfa-ethinylestradiolu enzymy ligninolytických hub
Přenosilová, Lenka ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Černá, Věra (oponent)
V této práci byl studován vliv 17α-ethinylestradiolu (EE2) na produkci a vlastnosti ligninolytických enzymů, lakasy (Lac), Mn-dependentní peroxidasy (MnP) a lignin peroxidasy (LiP), u houbových kultur I. lacteus, T. versicolor, P. chrysosporium a P. ostreatus kultivovaných v minerálním (MM) a komplexním mediu. Efekt EE2 na enzymové aktivity v houbových kulturách byl ovlivněn složením kultivačního media. V případě P. chrysosporium byla po přidání EE2 stimulována v komplexním mediu aktivita MnP a zároveň negativně ovlivněna aktivita LiP. V mediu MM tento jev pozorován nebyl. V kulturách MM P. ostreatus byla po přidání EE2 zjištěna nižší hladina aktivity MnP ve srovnání s biologickými kontrolami. U houby T. versicolor pěstované na komplexním mediu byl pozorován stimulační efekt EE2 na nárůst aktivity Lac a LiP. V případě media MM měl EE2 výrazný vliv pouze na aktivitu Lac. V případě kultur I. lacteus pěstovaných v mediu MM byl pozorován mírný inhibiční efekt EE2 na enzymovou aktivitu MnP. Za použití komplexního media byl naopak po přidání EE2 zjištěn významný nárůst aktivity MnP oproti kontrolám. Studium degradace EE2 in vivo a in vitro v kulturách MM hub prokázalo, že nejefektivnější degradace EE2 probíhala v kulturách I. lacteus a T. versicolor, které byly schopny odstranit EE2 během prvních tří dnů...
|
|
Vliv zearalenonu na reprodukční parametry a expresi vybraných genů u myší
Dvořáková, Eva ; Pěknicová, Jana (vedoucí práce) ; Nedvídek, Josef (oponent)
Mnoho chemických látek může ovlivňovat pozemní i vodní životní prostředí a některé z nich mohou mít i negativní vliv na reprodukci živočichů. Endokrinní disruptory (ED) s estrogenní aktivitou mohou napodobovat činnost endogenních hormonů a ovlivňovat tak jejich přirozenou funkci. Mezi takové látky patří zearalenon (ZEA) produkovaný plísněmi rodu Fusarium. Přestože strukturou není steroid, má ZEA a jeho deriváty silnou estrogenní aktivitu. Vliv ZEA na reprodukční parametry a změny v expresi vybraných genů byly testovány na samcích outbrední linie myší od prenatálního období do 70. dne jejich života. Předložená studie prokázala významné účinky ZEA na savčí organismus a reprodukční parametry. Tento efekt byl zjištěn jak u nízké dávky, se kterou mohou lidé běžně přijít do styku, tak u vyšší dávky, obě vykazovaly změny v testovaných parametrech.
|
|
Úloha kináz rodiny Src v metabolismu RNA
Gemperle, Jakub ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Mácha, Jaroslav (oponent)
Dosud bylo získáno mnoho faktů o úloze kináz rodiny Src v cytoplazmě či na plazmatické membráně a o jejich interakcích s receptory růstových faktorů nebo s komplexy ve fokálních adhezích. Jejich funkční význam u perinukleární membrány nebo dokonce uvnitř jádra však nebyl dosud dobře charakterizován. Tato práce s použitím dostupných informací poukazuje na fakt, že se kinázy rodiny Src opravdu vyskytují po určitý čas i v jádře. To otevírá novou škálu působnosti kináz rodiny Src také na metabolismus RNA, neboť se dosud předpokládalo, že jejich vliv je omezen pouze na cytoplazmatický kompartment. Tato práce shrnula dosavadní poznatky, které poukazují na složitou síť regulace metabolismu RNA závislé na kinázách rodiny Src; kinázy rodiny Src mají pleiotropní efekt nejen na RNA vazebné proteiny, ale i na remodelaci struktury chromatinu. Přímou interakcí tyto kinázy ovlivňují transport, sestřih a stabilitu RNA či genovou expresi. Tento souhrn naznačuje, že se kinázy rodiny Src nezanedbatelně podílí na metabolismu RNA a to mnoha způsoby.
|
|
Faktory interagující s bakteriální RNA polymerázou
Sudzinová, Petra ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Fišer, Radovan (oponent)
Bakteriální buňka musí umět rychle měnit svou genovou expresi, aby přežila nestálé okolní podmínky. Nejvýznamnější úrovní, na které dochází ke změnám genové exprese, je transkripce. Klíčovým enzymem transkripce je RNA polymeráza (RNAP), která je regulována transkripčními faktory (TF). Tyto faktory působí na RNAP různými způsoby. V této práci je vytvořen přehled různých bílkovin a jiných faktorů, vlivu jejich funkce na transkripci a mechanismy jejich účinku. Faktory se dají rozdělit podle mnoha kritérií. Hlavním kritériem, podle kterého je sepsána i tato práce, je způsob interakce s RNAP: TF dělíme podle toho, zda se vážou jen na RNAP, nebo vážou DNA a RNAP, nebo interagují s RNA a RNAP. Tato práce přináší ucelený pohled na různé TF, kombinací jejichž působení může bakteriální buňka vytvářet přesnou a žádoucí odpověď genové exprese na změny vyvolané vnějším prostředím.
|
|
Cis a trans elementy uplatňující se v odezvě rostlin na sucho (se zvláštním zřetelem na regulaci fotosyntetických genů)
Panchártek, Daniel ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Feketová, Zuzana (oponent)
Abiotické stresory jako sucho, vysoká koncentrace soli či chlad dokážou velkou měrou ovlivnit vývoj a růst rostlin. Cis a trans elementy jsou jednou z možností, jak mohou rostliny regulovat svůj metabolismus v případě, kdy se jejich aktuální životní podmínky změní v nepříznivé. Tímto způsobem je indukována exprese řady genů, které nefungují pouze ve smyslu navození tolerance, ale i jako obecná odpověď na tyto stresory. Těchto dějů se účastní velká škála transkripčních faktorů a dalších trans faktorů, které se často vážou na specifické sekvence v promotorech - cis elementy. V posledních letech bylo provedeno mnoho prací na toto téma, sucho ale zůstává stále jednou z nejméně probádaných oblastí. Přesto byly popsány hlavní signální dráhy a komplexy kaskád směřující k regulaci exprese cílových genů. Některé z těchto cílových genů souvisejí s fotosyntetickým aparátem a jejich regulace může u rostlin stresovaných suchem výrazně ovlivnit účinnost fotosyntézy. Tato práce stručně popisuje hlavní cis a trans elementy rostlin uplatňující se v odezvě na sucho (se zvláštním zřetelem právě na regulaci fotosyntetických genů). Klíčová slova: sucho, genová exprese, cis-element, transkripční faktor, kyselina abscisová, fotosyntéza, promotor.
|
|
Profil lakasové aktivity v kulturách houby Trametes versicolor během degradace endokrinně disruptivní látky Delor 103
Plačková, Martina ; Svobodová, Kateřina (vedoucí práce) ; Mikušová, Gabriela (oponent)
V této práci byl studován endokrinně disruptivní potenciál Deloru 103 (směs kongenerů PCB) a jeho vliv na produkci a vlastnosti ligninolytického enzymu lakasy u houbové kultury Trametes versicolor. Byla prokázána androgenní aktivita Deloru 103 (EC50 = 2,29. 10-2 mg/l). Potenciální metabolity vznikající mikrobiální degradací této látky (chlorbenzoové kyseliny) vykazovaly estrogenní aktivitu, což naznačuje možné změny v hormonální aktivitě Deloru 103 v průběhu jeho mikrobiální degradace. Přítomnost Deloru 103 v kulturách T. versicolor v minerálním médiu stimulovala u houby vyšší produkci lakasy (až 257 krát), která vykazovala zároveň jiné izoformové složení než enzymy z kontrolních kultur. V komplexním médiu s Delorem 103 byla pozorovaná indukce produkce aktivního enzymu 64x nižší než u kultur rostlých v minerálním médiu. Dále bylo prokázáno, že indukce lakasy a produkce jejích různých forem závisela na stavu kultury v době přidání polutantu. Exponenciálně rostoucí kultury T. versicolor po přidání Deloru 103 produkovaly 7 různých pI forem lakasy, kdežto kultury v stacionární fázi růstu produkovaly pouze 4 formy o vyšším pI. Indukce lakasové aktivity u T. versicolor však nekorelovala s degradačním potenciálem kultur. Vyšší degradace (přibližně o 21 %) byla pozorována v kulturách rostlých v komplexním...
|