|
|
Využití metody Hyb-Seq pro rekonstrukci retikulátní vnitrorodové fylogeneze: příklad z polyploidního rodu Curcuma L. (Zingiberaceae)
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá výzkumem fylogeneze hybridn polyploidního rodu Curcuma z eledi Zingiberaceae s využitím next-generation sekvenování, které umož uje získat stovky až tisíce jaderných lokus pro tvorbu fylogenetických strom , což se jeví jako vhodn jší p ístup oproti dosud hojn využívané cpDNA a ITS lokusu, zvlášt u hybridních a polyploidních skupin. K získání dat pro fylogenetické analýzy byla využita metoda Hybridization-based sequencing (Hyb-Seq), která kombinuje cílené obohacení (target enrichment) a m lké sekvenování (genome skimming). K analýze dat byla využita p edevším pipeline HybPhyloMaker specificky vyvinutá pro práci s Hyb-Seq daty. Bylo osekvenováno celkem 27 druh rodu Curcuma a t i druhy tvo ící outgroup. Fylogenetické stromy získané ze všech 1 154 a 811 vybraných jaderných low-copy gen vykazují vysoké podpory jednotlivých uzl , oproti tomu fylogeneze získané z celého chloroplastového genomu a rDNA cistronu jsou v n kterých v tvích podpo ené mén a vykazují inkongruence v topologii oproti strom m z jaderných low-copy gen . Fylogenetické sít vytvo ené z jaderných gen , lineage movement analýza a testy monofylie jsou ve shod s d íve publikovanou teorií o hybridním meziliniovém p vodu 3 druh - C. vamana, C. myanmarensis a C. roscoeana. Tyto metody také ukázaly pravd podobn...
|
|
|
Variabilita a mezidruhová hybridizace mezi druhy Elymus repens a E. hispidus
Bartošová, Romana ; Urfus, Tomáš (vedoucí práce) ; Chrtek, Jindřich (oponent)
Čeleď Poaceae představuje jednu z nejodvozenějších skupin jednoděložných rostlin, ve které dochází ve zvýšené míře k polyploidizaci a hybridizaci. Tribus Triticeae, a samotný rod Elymus, je modelovým příkladem enormní úrovně retikulátní evoluce. Předložená diplomová práce stanovila frekvenci a směr hybridizace mezi druhy Elymus hispidus a E. repens na území střední Evropy a zhodnotila evoluční význam hybridního roje na lokalitě NPR Čertoryje (Bílé Karpaty), kde dochází ve výrazně větší míře k hybridizaci a polyploidizaci. Potenciál pro hybridizaci mělo 14,4 % populací, protože se v nich buď přímo vyskytoval hybrid (7,9 %), nebo oba rodičovské druhy (8,4 %). Aneuploidní rostliny a cytotypy s vyšší ploidií byly potvrzeny jen z čertoryjské populace (s výjimkou jediného DNA nonaploida). Pomocí genomové hybridizace in situ byly potvrzeny a zpřesněny počty chromozomů u jednotlivých ploidních úrovní druhů a jejich subgenomová složení. Nově byla popsána genomová konstituce mezidruhových hybridů a vyšších alopolyploidů a byl odhalen jejich heterogenní původ. Průtoková cytometrie odhalila kontinuum absolutních genomových velikostí, které ukazuje na plynulý přechod hybrida mezi rodičovskými druhy (asymetricky - především směrem k E. hispidus). V modelové populaci čertoryjského hybridního roje vznikají hybridy...
|
|
|
Variabilita zdravotního stavu myší v rámci hybridní zóny Mus musculus musculus a Mus musculus domesticus
Bílková, Barbora ; Vinkler, Michal (vedoucí práce) ; Vetešníková Šimková, Andrea (oponent)
Hybridní zóna myši domácí je dlouhodobě sledovaným komplexem jedinců poddruhů Mus musculus musculus, Mus musculus domesticus a jejich hybridů. Tato hybridní zóna je považována za tenzní zónu, která je udržována rovnováhou mezi disperzí jedinců ke středu hybridní zóny a negativní selekcí působící proti hybridním jedincům. Jedním ze selekčních faktorů udržujících tenzní zónu může být snížená rezistence hybridních jedinců k parazitárním nákazám. V této práci porovnávám variabilitu ve zdravotním stavu myší v rámci hybridní zóny myši domácí pomocí hematologických znaků a otokového kožního testu. Otokový kožní test je metoda měření prozánětlivé imunitní reakce. Protože doposud používaná metodika tohoto testu neumožňovala jasnou intepretaci výsledků, v této práci jsme se zaměřili i na optimalizaci této metody. Zjistili jsme, že použití konkanavalinu A (ConA) je u myší mnohem vhodnější než aplikace doposud používaného fytohemaglutininu (PHA). Porovnání zdravotního stavu pomocí hematologických metod i otokového kožního testu shodně ukázalo, že poddruh M. m. musculus má předpoklady pro zvýšenou schopnost anti-parazitární rezistence oproti poddruhu M. m. domesticus. Hematologické vyšetření dále ukazuje, že hybridní jedinci jsou v lepším zdravotním stavu oproti rodičovským poddruhům. Naše výsledky tedy podporují...
|
|
|
Neutral genetic variability and structure in chamois populations in Slovakia
Hájková, Andrea ; Zima, Jan (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Kamzík vrchovský tatranský (Rupicapra rupicapra tatrica) je endemickým poddruhom horského kopytníka vyskytujúceho sa na území Vysokých Tatier na Slovensku (a čiastočne v Poľsku). V druhej polovici 20. storočia sa na Slovensku uskutočnilo niekoľko introdukcií kamzíkov: kamzík vrchovský tatranský (z Vysokých Tatier) bol introdukovaný do Nízkych Tatier, zatiaľ čo kamzík vrchovský alpský (R. r. rupicapra) bol introdukovaný do Veľkej Fatry a Slovenského raja. Vysokotatranská populácia prekonala niekoľko výrazných poklesov početnosti (bottleneckov) a všetky ostatné slovenské populácie vznikli len z niekoľkých jedincov a teda boli vystavené efektu zakladateľa. Keďže Nízke Tatry, Veľká Fatra a Slovenský raj sú susediace pohoria, existuje možnosť migrácie a potenciálnej hybridizácie medzi poddruhmi. Cieľom tejto práce bolo štúdium neutrálnej genetickej variability a genetickej štruktúry populácií kamzíkov na Slovensku, so zameraním na detekciu prípadnej hybridizácie. Pre analýzy sme použili 18 mikrosatelitových lokusov a 193 vzoriek (95 tkanív a 5 vzoriek krvi, 88 vzoriek trusu a 5 vzoriek srsti). Vo všetkých populáciách bola zistená nízka genetická variabilita, pričom najnižšie hodnoty boli zaznamenané vo Vysokých Tatrách. Vysoké hodnoty fixačného indexu, počet privátnych alel, ako aj faktoriálna...
|
|
|
Význam vyšetření predispozice pro pozdní Alzheimerovu chorobu pomocí metod molekulární biologie
KOPAČKOVÁ, Michaela
Alzheimerova choroba patří mezi nejčastější typy demence, přičemž zahrnuje až 70% případů z více než 38 milionů lidí na světě trpících nějakou formou demence. Alzheimerovou chorobou většinou onemocní pacienti nad 65 let, ale existují i výjimky. Předpokládá se, že nemocných s Alzheimerovou chorobou bude v budoucnosti neustále přibývat. Její etiopatogeneze není doposud zcela objasněna, a proto je důležité se tomuto onemocnění více věnovat, ať už z hlediska určitých environmentálních a genetických rizikových faktorů, tak i z hlediska ekonomické zátěže pro společnost. Předložená bakalářská práce shrnuje poznatky o Alzheimerově chorobě, o její neurobiologii, etiologii, diagnostice a genetických dispozicích, zejména pak o genech ApoE, APP, PSEN1 a PSEN2. Přítomnost alely epsilon 4 genu pro apolipoprotein E prokazatelně přispívá k vyššímu riziku vzniku pozdní formy Alzheimerovy choroby, mutace v genech APP, PSEN1 a PSEN2 jsou naopak spojovány s Alzheimerovou chorobou s časným nástupem ještě před 65 rokem věku. V experimentální časti, bylo cílem praktické zvládnutí izolace DNA z periferní krve a bukálního stěru, příprava a provedení PCR reakce, detekce PCR produktů pomocí gelové elektroforézy a samostatné vyšetření ApoE pomocí certifikovaného CVD StripAssay Kit od firmy ViennaLab (PentaGen). Součástí byla taktéž optimalizace další molekulární genetické metody pro detekci variantních alel ApoE. Tato metoda se prováděla pomocí certifikovaného kitu DiaPlexQTM ApoE od firmy SolGent Co., Ltd. Princip detekce je v tomto případě založen na real-time PCR.
|
|
|
Analýza dat z DNA čipů
Vogel, Ivan ; Smrž, Pavel (oponent) ; Šilhavá, Jana (vedoucí práce)
Cieľom tejto bakalárskej práce je popísať technológiu a analýzu komplementárnych DNA čipov. Predstavené sú niektoré algoritmy využívané pri analýze. Podrobnejšie sa venuje problematike zhlukovania dát, predovšetkým rozoberá varianty hierarchického zhlukovania. Ďalej predstavuje prehľad dostupného komerčného aj nekomerčného softvéru z tejto oblasti. Zahŕňa návrh vlastnej implementácie hierarchických metód. V závere sú porovnané výsledky s podobným nekomerčným softvérom.
|
|
|
Vybrané postkonceptuální přístupy v současné české malbě
Dub, Petr ; David,, Jiří (oponent) ; Havlík, Vladimír (oponent) ; Zálešák, Jan (oponent) ; Stratil, Václav (vedoucí práce)
Disertační práce Vybrané postkonceptuální přístupy v současné české malbě reflektuje autorské projevy generace nejmladších umělců pracujících s konceptuálními formami v médiu malby po roce 1996. Cílem práce je přiblížení střetu a prolínání konceptualismu s malířstvím. Referenčním rámcem pro překládanou práci je vedle vývoje konceptuálního umění i postmoderní obrat ve výtvarném umění spojený s globální změnou jeho společenského statutu v průběhu druhé poloviny 20. a začátku 21. století. Vývoj na domácí umělecké scéně a konkrétní přístupy jsou prezentovány na základě repre-zentativního výběru nejvýraznějších tendencí a signifikantních autorů ve srovnání s tvorbou zahraničích tvůrců. Text interpretuje zásadní teoretická pojednání, recenzované ohlasy a tvůrčí prohlášení z oblasti „současné malby po kon-ceptuálním umění“.
|
|
|
Bydlení v intenzivních městských strukturách
Zadražilová, Miroslava ; Urbášková, Hana (oponent) ; Šimeček, Pavel (oponent) ; Vitková, Lubica (oponent) ; Menšíková, Naděžda (vedoucí práce)
Se změnami ve společnosti, jako jsou nárůst mobility, stoupající prostorová náročnost obyvatel a nástup digitálních technologií, architekti a urbanisté hledají nové formy městské zástavby. Jednou z nich je zahušťování, tedy intenzivní využití městského prostoru. Intenzivní městská struktura maximálně využívá potenciál místa, řeší několik problému najednou, je funkčním hybridem, domovem potencionálních suburbanizérů, místem sociálních kontaktů. Vzniká ve snaze vyřešit konkrétní problém v přelidněném, kolabujícím městě. Cílem práce je poukázat na současné přístupy k problematice intenzivních městských struktur a zmapovat současné realizované i nerealizované projekty. Práce vytváří systém jejich kategorizace a pojmenování. Z funkčního hlediska se jedná vždy o mix různých funkcí. Dle prostorové koncepce rozlišuje pět kategorií. Jsou jimi multiplicita, poréznost, hybridita, konektivita a vertikalita. Veřejný či poloveřejný prostor se tak dostává do vyšší úrovně města, do městského patra, městského balkónu či hybridní krajiny. S ohledem na polohu vůči stávajícímu městu jsou realizované projekty většinou impulsem k rozvoji a obnově zdevastovaných městských území, brownfields i urban sprawls. Na základě získaných poznatků bylo vytvořeno zadání předdiplomních a diplomních projektů na ústavu architektury FAST VUT v Brně a přístupy k problematice byly ověřeny v pedagogickém procesu. Anketní šetření v druhé části práce hledá odpověď na otázku, zda existují obyvatelé, kteří by chtěli v intenzivní městské struktuře bydlet a kdo tito lidé jsou.
|
|
|
Městské lázně
Vrbka, Jan ; Kyselka, Mojmír (oponent) ; Makovský, Zdeněk (vedoucí práce)
Mohou městské lázně, postavené za hotelem Voroněž, obstát v konkurenci s ostatním koupališti? Skutečným klíčem k trvalé udržitelnosti je specifická atmosféra. Lázně se zvedají od země, aby nabídly výhledy do okolí a na město. Dalším bodem strategie je přítomnost přidružených funkcí - narazíte na celou řadu aktivit, které byste při návštěvě lázní nečekali. Co ale především: aktivitám se můžete věnovat buď v intimním nebo společenském prostředí. Například čaj si můžete dát buďto v baru v šestém podlaží s výhledem na Červený kopec, nebo v malé nenápadné zatemněné čajovně, skryté uprostřed dispozice a provoněné vonným olejem. Rámec pro tyto zážitky tvoří struktura železobetonových krabic, umístěných různě nad sebou v prostoru.
|
|
|
Morfologická variabilita druhů \kur{Euphrasia stricta} a \kur{Euphrasia nemorosa}
HOŘČICOVÁ, Šárka
Euphrasia L. belongs to the most taxonomically complicated genera in Europe. This is caused especially by considerable similarity of majority of species, intraspecific variation and hybridization, which occurs very often in this genus. A review of the studied genera and hybridization was worked up. Morphological variation of Euphrasia stricta, Euphrasia nemorosa and morphologically intermediate populations was investigated using conventional and geometric morphometric methods. Isolation and optimalization for PCR of ITS, matK and trnT-trnL regions has been made.
|
host ::
RSS.