|
|
Porovnání gelové a kapilární elektroforézy bílkovin
Krbec, Michal ; Franěk, Tomáš (vedoucí práce) ; Kotaška, Karel (oponent)
Elektroforéza sérových proteinu je jednou z metod užívaných v laboratorní diagnostice patologických stavu, ale i k výzkumným úcelum. Jde o jednostupnovou metodu, pri níž dochází k izolaci jednotlivých proteinu ze smesi (nejcasteji krevních bílkovin) v elektrickém poli v prítomnosti vhodného pufru a na vhodném nosici na základe jejich ruzné pohyblivosti, závislé na jejich povrchovém náboji a molekulové hmotnosti. Puvodne býval nosicem papír, pozdeji acetátcelulózová membrána a nyní již témer výhradne agaróza (cištený agar s nízkou endoosmózou), prípadne polyakrylamid (PAA). Mým úkolem v této práci bylo analyzovat sérii vzorku metodou gelové elektroforézy a následne analyzovat stejnou sérii i metodou kapilární elektroforézy. Výsledky získané obema metodami jsem zpracoval numericky, vzájemne porovnal a statisticky zhodnotil. Výstupem mojí práce je porovnání gelové a kapilární elektroforézy, zhodnocení výhod, nevýhod a zejména rozdílu mezi obema metodami.
|
|
|
Interakce hyaluronanu s DNA
Sklenářová, Renáta ; Krouská, Jitka (oponent) ; Hurčíková, Andrea (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem možných interakcí mezi hyaluronanem (HA) a plasmidovou DNA (pDNA). Plasmidová DNA byla izolována z E. coli JM 109 (pUC19) a resuspendována v TE pufru stejně jako vysokomolekulární hyaluronan. Jednotlivé vzorky pDNA, HA a pDNA-HA byly charakterizovány pomocí gelové elektroforézy, CD spektroskopie a ultrazvukové spektroskopie s vysokým rozlišením. Elektroforézou na agarózovém gelu byl zkoumán vliv přídavku hyaluronanu k plasmidové DNA na migraci vzorků ke kladné elektrodě. Pomocí CD spektroskopie byly zkoumány strukturní změny u vzorků pDNA-HA. Jednotlivá CD spektra popisují závislost rozdílu absorpčních koeficientů pro levotočivé a pravotočivé elipticky polarizované světlo na vlnové délce. Ultrazvuková spektroskopie s vysokým rozlišením byla využívána pro studium interakcí. Je to analytická metoda, která je založena na měření ultrazvukové rychlosti a zeslabení. Tuto techniku řadíme mezi nedestruktivní metody, neboť procházející vlny neovlivňují strukturu analyzovaného vzorku.
|
|
|
Předzpracování obrazu 1D gelové elektroforézy
Hlavatý, Matej ; Harabiš, Vratislav (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Projekt sa zaoberá automatickým spracovaním výsledkov 1D gélovej elektroforézy. Študuje základné princípy elektroforézy a druhy šumu a chýb ovplyvňujúcich výsledok. Navrhovaný program slúži na automatickú detekciu stĺpcov v obraze. Z čiernobielych digitálnych snímkov elektroforézy vytvára sumačnú projekciu na vodorovnú os. Po vyhladení profilu hľadá lokálne minimá pomocou derivácie projekcie. V týchto miestach určuje hranice medzi stĺpcami dát.
|
|
|
Automatická úprava obrazů z 1D gelové elektroforézy
Kovář, Martin ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
V této bakalářské práci jsou vysvětleny základní principy elektroforézy a jejích modalit se zaměřením na 1D gelovou elektroforézu. Popisuje analýzu elektroforeogramu a příčiny jeho zkreslení, a uvádí specifikace aplikací metody v mikrobiologii, genomice a proteomice. Praktická část prezentuje vývoj, optimalizaci a výstupy programu pro automatickou analýzu elektroforeogramů, vytvořeného v prostředí Matlab. Analýza zahrnuje detekci linií a proužků v obrazu a výpočet molekulárních hmotností vzorků. Závěr práce tvoří hodnocení účinnosti detekce a přesnosti výpočtu hmotností.
|
|
|
Interakce plasmidové DNA se sloučeninami lanthanoidů
Gőghová, Sabína ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V teoretické části bakalářské práce byl vypracován přehled literatury o izolaci a purifikaci plasmidové DNA, využití lanthanoidů jako neenzymatických nukleas a praktický význam sloučenin lanthanoidů v medicíně. V praktické části práce byla izolována plasmidová DNA pUC19 metodou alkalické lýzy. Izolované plasmidová DNA byla štěpena při 70 °C v různých časových intervalech chloridem neodimitým. K vyhodnocování experimentů byla použita gelová elektroforéza.
|
|
|
Interakce plasmidových DNA se sloučeninami lanthanoidů
Budko, Kateryna ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V poslední době je věnována značná pozornost lanthanoidům a jejich komlexům jako vynikajícím katalyzátorům štěpení nukleových kyselin. Diplomová práce byla zaměřena na štěpení plasmidové a bakteriální DNA ionty Nd3+ a Y3+ a různými nosiči obsahujícími sloučeniny lanthanoidů. Vznik jednořetězcových a dvouřetězcových zlomů v molekule plasmidové DNA byl sledován pomocí agarózové gelové elektroforézy. Ověření štěpení bakteriální DNA bylo provedeno pomocí polymerázové řetězové reakce s použitím primerů specifických pro doménu Bacteria a rodově a druhově specifických primerů. Výsledky budou použity při vývoji metody, která umožní ověření dokonalosti pokrytí nosičů s magnetickým perovskitovým jádrem, a dalších nosičů obsahujících sloučeniny lanthanoidů.
|
|
|
Klasifikace vzorků 1D gelové elektroforézy
Krupka, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá klasifikací vzorků 1D gelové elektroforézy. Popisuje teoretické informace týkající se gelové elektroforézy, různým druhům rušení, zpracování obrazu a jeho klasifikace pomocí shlukové analýzy. Jeden z hlavních úkolů je vytvoření databáze obrazů s ohledem na jejich co nejvyšší obrazovou kvalitu. Je realizována metoda předzpracování a detekce hranic jednotlivých vzorků v prostředí MATLAB. A konečně, je realizována klasifikace na základě shlukové analýzy vzorků, které je posléze statisticky ohodnocena.
|
|
|
Elektroforetické a imunofluorescenční metody ve studiu rostlinných buněčných kultur
Klimešová, Marie ; Babula, Petr (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Působením různorodých stresových faktorů prostředí vznikají v organismech reaktivní formy kyslíku a dusíku, které mají negativní dopad na daný organismus. Rostliny si proto vybudovaly efektivní antioxidační systém, který jim pomáhá bránit se negativním účinkům reaktivních forem kyslíku a dusíku. V práci byl sledován vliv peroxidu vodíku a benzoátu sodného na produkci peroxidu vodíku, superoxid anion radikálu, reaktivních forem dusíku a malondialdehydu obsažených v kořenové a nadzemní části kukuřice seté (Zea mays L.). Pomocí fluorescenční mikroskopie byly získány obrazy příčného řezu kořene, ze kterých byla určena intenzita fluorescence jednotlivých částí kořene a sledován vliv intenzity fluorescence markerů oxidativního stresu v závislosti na typu použitého fluorescenčního filtru.
|
|
|
Příprava a purifikace plasmidových DNA
Němeček, Milan ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
S rozvojem terapeutických metod v lékařství, jako jsou DNA vakcíny a genová terapie, se zvyšuje poptávka po nových postupech izolace a purifikace vysoce čisté plazmidové DNA. Nejčastěji využívanými metodami purifikace plazmidové DNA jsou metody chromatografické. V experimentální části byla provedena izolace plazmidové DNA pUC 19 metodou alkalické lýze. A následně byla provedena purifikace plazmidové DNA agarózovou gelovou elektroforézou a kapalinovou chromatografií.
|
|
|
Polymorfismus mikrosatelitových markerů u kmenů \kur{Beauveria bassiana}.
KRÁLOVÁ, Martina
\kur{Beauveria bassiana} je entomopatogenní polyfágní houba, která se běžně vyskytuje v půdě a parazituje na půdním hmyzu, resp. na stádiích hmyzu, jež se vyskytují v půdě. Dnes se používá při ochraně rostlin proti více jak 70 druhům hmyzu. V České republice má \{Beauveria bassiana} nyní největší význam v boji proti lýkožroutu smrkovému \kur{Ips typographus} v Národním parku Šumava. Tato práce byla zaměřena na hodnocení genetické variability kmenů entomopatogenní houby \kur{Beauveria bassiana} na základě analýzy mikrosatelitů a porovnání čtyř separačních metod elektroforézy na 2% agarózovém gelu, elektroforézy na 3% synergelu, čipové elektroforézy a fragmentační analýzy z hlediska nejpřesnější separace PCR produktů. V této studii bylo použito 41 kmenů z NP Šumava a 20 kmenů ze sbírky, označených jako ostatní, kde kromě kmenů odebraných z celého světa, byly zahrnuty i kmeny odebrané z NP Krkonoše a jižní Moravy. Pro analýzu mikrosatelitů bylo použito 11 primerových párů a pro vzájemné porovnání metod byly vybrány pouze 4. Populace kmenů \kur{Beauveria bassiana} odebrána z NP Šumava byla vyhodnocena na základě analýzy mikrosatelitů jako plně konzervativní a uzavřená bez ohledu na zdroj a lokalitu. U kmenů, které byly odebrány z celého světa, se projevila značná genetická variabilita. Z hlediska separace se jako nejlepší a nejvhodnější metoda pro detekci mikrosatelitů osvědčila fragmentační analýza. I přes její náročnou finanční stránku, se ukázala tato metoda jako nejpřesnější a nejcitlivější. Její výhoda spočívá v možnosti detekovat minimální rozdíly ve velikosti jednotlivých alel mikrosatelitů v rozmezí 1-2 bp, což je u gelové elektroforézy nemožné.
|
host ::
RSS.