|
|
Genetická diverzita vodních plžů Aplexa hypnorum a Anisus vorticulus v rámci střední Evropy
Buďová, Jana ; Černý, Martin (vedoucí práce) ; Štefka, Jan (oponent)
Předmětem mé práce bylo shrnutí genetické variability sladkovodních plžů periodických tůní. Modelovými druhy byla ubývající levotočka bažinná (Aplexa hypnorum) a kriticky ohrožený svinutec tenký (Anisus vorticulus). Genetická variabilita byla zkoumána pomocí dvou mitochondriálních a dvo jaderných markerů. Rozložení genetické variability na genu COI u levotočky bažinné odpovídá různým povodím. Ostatní genetické markery (16S, ITS) však tento trend nepotvrdily. Příčiny tohoto nesouladu mezi různými markery jsou diskutovány několika různými způsoby zahrnujícími možné historické scénáře vývoje populací levotočky, ale i možné chyby laboratorních metod. V této studii byla zaznamenána obecně malá úspěšnost amplifikace, jejím nejpravděpodobnějším důvodem je inhibiční vliv mukusu plžů na amplifikaci DNA. Dalším problémem, který při této práci nastal, bylo získání sekvence parazita (motolice) místo genu svinutce, i za použití primerů specifických pro plže. Kromě genetické a související metodické části má tato práce i třetí část zabývající se vyhodnocením environmentálních faktorů periodických tůní v přítomnosti a nepřítomnosti studovaných druhů a čtvrtou část zabývající se fylogenetickou analýzou evropských a amerických linií levotoček. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Molekulární metody v taxonomii a epidemiologii dermatofyt
Čmoková, Adéla ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Hamal, Petr (oponent)
V bakalářské práci jsem se zabývala úlohou a aplikací molekulárních metod v taxonomii a epidemiologii dermatofyt a otázkou jejich druhového konceptu. V první části jsem se věnovala zhodnocení výhod a nevýhod současných druhových konceptů a jejich problematickou aplikací u skupiny dermatofyt. V druhé části jsem se zaměřila na molekulární metody používající genetické markery ke studiu fylogenetických vztahů a diskriminaci dermatofyt, např. metodu PCR-RFLP, PCR-fingerprintové metody a sekvenaci, kde jsem se věnovala především cílovým genům a jejich rozlišovací schopnosti. V poslední části práce jsem zmapovala molekulární metody užívané k typizaci izolátů na nižší než druhové úrovni, mezi které patří např. analýza mikrosatelitů, PCR-fingerprintové metody, multilokusová sekvenční typizace a jejich konkrétní případy využití v epidemiologii.
|
|
|
Molekulárně-fylogenetická charakteristika izolátu Hymenolepis diminuta udržovaného v laboratorních podmínkáh
ŘEŽÁBKOVÁ, Lucie
Hlavním cílem této práce bylo potvrdit možnost kryptické diverzity v rámci druhu tasemnic Hymenolepis diminuta. Vnitrodruhová variabilita pěti izolátů H. diminuta byla charakterizována za využití molekulárně-fylogenetických analýz. Dále byl náš izolát H. diminuta, který je testován pro účely helmintoterapie, porovnávaný s dalšími izoláty získanými ze spolupracujících institucí. Výsledky neprokázaly kryptickou diverzitu u těchto porovnávaných izolátů. Bylo potvrzeno, že náš izolát, doposud charakterizovaný pouze na základě morfologie, je skutečně H. diminta.
|
|
|
Fylogenetické analýzy kulturních znaků
Gillová, Lucie ; Frynta, Daniel (vedoucí práce) ; Rexová, Kateřina (oponent)
Fylogenetické metody byly v posledních deseti letech často používány i k analýze kulturních znaků. Tato bakalářská práce nejprve podává stručný přehled a charakteristiku používaných metod a potom se zabývá všemi třemi hlavními oblastmi, kde se dnes používají. První z nich je analýza příbuznosti rukopisů, která je výjimečná tím, že zde dobré výsledky podávají i metody nekladistické. Druhou oblastí, popsanou v práci, jsou data antropologická, zahrnující jak hmotné artefakty, tak různé prvky společenského uspořádání. Poslední oblast se pak zabývá analýzou jazyků a jazykových rodin. Ve všech kapitolách jsou přehledně uvedeny různé přístupy k různým datům a popsány nejvýznamnější studie. Práce se také snaží najít slabiny a klady jednotlivých přístupů.
|
|
|
Molekulárně-biologická charakterizace M viru bramboru a viru svinutky bramboru
Vaculík, Petr ; Čeřovská, Noemi (vedoucí práce) ; Fousek, Jan (oponent)
Diplomová práce má tři hlavní cíle: 1. Sekvenční analýza M viru bramboru (PVM) českého izolátu VIRUBRA 4/009 a fylogenetická analýza izolátů PVM 2. Bakteriální exprese rekombinantního pohybového proteinu TGB1 PVM českého izolátu VIRUBRA 4/007 3. Příprava binárního vektoru pGREEN-0029 s expresní kazetou kapsidového proteinu viru svinutky bramboru (PLRV) a jeho transformace do bakterie Agrobacterium tumefaciens V teoretické části je popsáno taxonomické zařazení, morfologie, struktura genomu a způsob přenosu PVM a PLRV. Dále je popsána bakteriální exprese rekombinantních proteinů, principy uplatňující se při tvorbě transgenních rostlin rezistentních k virům a transgenoze prostřednictvím Agrobacterium tumefaciens. Empirická část zahrnuje metody práce s DNA (např. immuno-capture, reverzní transkripce, polymerázová řetězová reakce, TA klonování) a metody práce s proteiny (např. ELISA, SDS-PAGE, Western blot). Sekvenční analýzou byly získány úplné nukleotidové sekvence čtecích rámců pro pohybové proteiny (TGB1, TGB2 a TGB3), kapsidový protein a "NA-binding" protein PVM izolátu VIRUBRA 4/009. Fylogenetickou analýzou kapsidových proteinů izolátů PVM bylo zjištěno, že izolát VIRUBRA 4/009, jako jediný z evropských a asijských izolátů, patří společně s americkými izoláty do jedné evoluční skupiny....
|
|
|
Predikce škodlivosti aminokyselinových mutací s využitím metody MAPP
Pelikán, Ondřej ; Vogel, Ivan (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou predikce škodlivosti aminokyselinových mutací pomocí metody MAPP. Tato metoda pro svoji činnost potřebuje vícenásobné zarovnání a fylogenetický strom vytvořený pomocí nástrojů třetích stran. Hlavním cílem této práce je vybrat suboptimální parametry a nástroje třetích stran pro metodu MAPP s využitím jednoho silně promutovaného proteinu. Poté je metoda MAPP s vybranými programy a parametry otestována na dvou nezávislých datasetech a její výkon je srovnán s ostatními nástroji určenými pro predikci vlivu mutací. Dalším cílem je vytvořit pro metodu MAPP webové rozhraní, které umožní pracovat s touto metodou bez instalace databáze proteinů, programů třetích stran i samotného nástroje MAPP.
|
|
|
Prediktor vlivu aminokyselinových substitucí na funkci proteinů
Musil, Miloš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce se zaobírá problematikou predikce škodlivosti aminokyselinových substitucí pomocí metody fylogenetické analýzy, inspirované nástrojem MAPP. Nezanedbatelné množství genetických onemocnění je způsobeno nesynonymními SNPs, projevujícími se jako jednobodové mutace na úrovni proteinů. Schopnost identifikovat tyto škodlivé substituce by mohla být užitečná v oblasti proteinového inženýrství pro testování, zda navržená mutace nepoškodí funkci proteinu a stejně tak k identifikaci choroby způsobujících škodlivých mutací. Experimentální ohodnocení navržených mutací je však nákladné a vyvstala tak potřeba pro predikci vlivu aminokyselinových substitucí počítačovými metodami. Tato práce popisuje návrh a implementaci nového predikčního nástroje, založeného na principech evoluční analýzy a studiu rozdílnosti fyzikálně-chemických vlastností mezi původní a substituovanou aminokyselinou. Vyvinutý algoritmus byl otestován na čtyř datasetech, čítajících celkem 74 192 mutací na 16 256 proteinových sekvencích. Prediktor dosáhl až 72 % přesnosti a ve srovnání s většinou v současné době existujících nástrojů je jeho výpočet výrazně méně náročný na počítačový čas. Ve snaze dosáhnout maximální možnou efektivitu nástroje byl optimalizační proces zaměřen na výběr nejvhodnějších (a) nástrojů třetích stran, (b) rozhodovacího prahu a (c) sady fyzikálně-chemických vlastností.
|
|
|
Krevní paraziti ryb na Svalbardu
POSPÍŠILOVÁ, Iva
Diplomová práce shrnuje obecné znalosti o rozmanitosti krevních parazitů ryb. Krevní nátěry ryb použité v této práci byly získány v Billefjorden (Svalbard, Arktida). Desseria myoxocephali, druhový typ Desseria, je jediný parazit, který byl nalezen v krevních nátěrech. Byla získána částečná sekvence 18S rDNA D. myoxocephali a byly vypočteny fylogenetické analýzy. D. myoxocephali tvoří spolu s Dactylosoma ranarum a Babesiosoma stableri linii v adeleoridním subtypu.
|
|
|
Molekulární analýza mitochondriálního genomu \kur{Diuraphis noxia} (Aphididae)
CHUNDELOVÁ, Daniela
Byl osekvenován celý mitochondriální genom Diuraphis noxia, v něm bylo identifikováno 13 genů kódujících proteiny, 2rRNA, 19tRNA a 2 nekódující oblasti. Pořadí všech genů, rRNA i tRNA je shodné se zjištěným pořadím genů v mt genomech příbuzných druhů. Analýzou nukleotidové variability byly vybrány variabilní lokusy a úseky vhodné jako markery pro studium genetiky populací, ovšem bude nutno napřed vyloučit působení selekce nebo efektu zakladatele.Na základě fylogenetické analýzy kódujících oblastí a rRNA bylo potvrzeno zařazení D. noxia do čeledi Aphididae.
|
|
|
Molekulární identifikace a fylogeneze produkčních kmenů \kur{Chlorella} spp. používaných v řasových biotechnologiích
VODIČKA, Tomáš
Zelené řasy patří mezi významné sladkovodní primární producenty. Rod Chlorella reprezentuje jednu z řas, která je nejčastěji používána v řasových biotechnologiích k produkci biomasy užitím jak autotrofních, tak heterotrofních kultivačních systémů. Poté se používá jako potravinové doplňky pro lidi i pro zvířata. Avšak obzvláště druhy uvnitř rodu Chlorella jsou nerozeznatelné na základě morfologie, proto by k jejich spolehlivé charakterizaci měly být použity molekulární markery. Tato práce se zaměřuje na molekulární charakterizaci tří produkčních kmenů Chlorelly za účelem patentové ochrany a specifikuje jejich fylogenetickou a taxonomickou pozici.
|
host ::
RSS.