|
|
PCR identifikace nepatogenních bakterií izolovaných ze sýrů
Jurečková, Nela ; Doušková, Dagmar (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Různé druhy rodu Bifidobacterium jsou součástí běžné střevní flóry lidí i zvířat. Jsou známé pro svůj prospěšný vliv na zdraví a proto je lze využít v potravinách a farmaceutických produktech jako probiotika. Mimo jogurty a fermentovaná mléka lze nyní využít i sýr jako potravinový nosič probiotických bakterií. Tato diplomová práce byla zaměřena na optimalizaci izolace bakterií rodu Bifidobacterium. K izolaci DNA byly použity magnetického částice (P(HEMA-co¬-GMA)) v přítomnosti 8% polyethylenglykolu PEG 6000 a 5 M chloridu sodného a metoda fenolové extrakce s následným přesrážením ethanolem. Izolovaná DNA pak byla použita v doménově, rodově i druhově specifických PCR. Metoda optimalizovaná pro průkaz bakterií rodu Bifidobacterium v tvrdých sýrech byla testována na experimentálně připravených probiotických sýrech, které obsahovaly potenciální probiotické bakterie ze sbírky Laktoflóra. Tyto bakterie byly zařazeny do druhu pomocí PCR s druhově specifickými primery. Ve všech vzorcích probiotických sýrů byla prokázána přítomnost bakterií druhu Bifidobacterium animalis.
|
|
|
Identification of probiotic Bifidobacterium strains in dairy products
Zovčáková, Monika ; Horák, Daniel (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Lactobacilli are dominant bacteria of the vaginal flora. Lactobacillus-containing probiotics products are used for the treatement and profylaxis of bacterial urogenital infections. This work is focused on DNA identification and species identification of probiotic bacteria in 5 different vaginal tablets using molecular-genetic methods. Total DNA isolated from complex matrix of vaginal tablets was used for amplification in polymerase chain reaction. DNA was isolated from crude cell lysates by magnetic particles P(HEMA-co-GMA) and by method of phenol extraction. Identification of species of probiotic bacteria was verified using genus-specific and species-specific PCRs. Results of bacterial identification obtained by PCR were compared with declared specification given by producers. Bacteria of genus Lactobacillus were proved in all tablets whereus species identification was in accordance with the stated composition in 1 tablet only.
|
|
|
Identification of selected genes in lactic acid bacteria
Kristová, Mária ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Lactic acid bacteria are natural habitants of human gastrointectinal tract. Among the most important are bacteria of genus Lactobacillus and genus Bifidobacterium that contain a lot of probiotic species. Probiotic species are used as food supplements. This work was focused on DNA separation from crude cell lysates of 4 food supplements using magnetic carrier P(HEMA-co-GMA) covered by carboxyl groups. DNA was reversible adsorbed to the carriers in the presence of PEG 6000 (16%) and NaCl (2 M) (final concentrations) and eluted into TE buffer. Lysis of cells from food supplements was performed by lysozyme, SDS and proteinase K. The amount of lysozyme was optimalized. Concentration of separated DNA was measured by spectrophotometric method. The amount of isolated DNA was suitable for PCR. Isolated DNA was used for PCR with universal primers, PCR specific for genus Lactobacillus and genus Bifidobacterium and for 9 different species-specific PCRs: Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus fermentum, Lactobacillus casei/paracasei, Streptococcus thermophilus, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum and Bifidobacterium infantis. Amplicons were detected by agarose gel electrophoresis (1,8%). It was shown that DNA amplification methods are quick and precise for identification of studied species. The results of bacteria identification were compared with data provided by the manufacturer. In all food supplements, bacteria of genus Lactobacillus and Bifidobacterium were detected. However, only some species provided by manufacturer were identified by PCR in each tablet.
|
|
|
Izolace a identifikace DNA probiotických bakterií v komplexních matricích
Balogová, Petra ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V dnešní době jsou hojně využívány v potravinářském průmyslu probiotické bakterie mléčného kvašení (BMK) a bifidobakterie. Tvoří mikroflóru gastrointestinálního traktu. Mohou být do organismu dodávané jako potravinové doplňky. Nejnovější metody identifikace bakterií mléčného kvašení a bifidobakterií jsou založeny na analýze DNA s využitím amplifikačních metod. Nejvíce se využívá polymerázová řetězová reakce (PCR). Cílem diplomové práce bylo využití rodově a druhově specifických PCR pro identifikaci kmenů rodu Lactobacillus a Bifidobacterium v komplexních matricích (6 potravinových doplňků: Zenflo, Linex Forte, Probian, Nutra Bona, GS Laktobacily Forte, Pangamin Bifi Plus). Do PCR směsi byla použita celková DNA izolovaná z tablet pomocí magnetických nosičů pokrytých karboxylovými skupinami. DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk. Při přípravě hrubých lyzátů bylo testováno množství lysozymu (3 mg/ml, 10 mg/ml) v lyzačním roztoku, délka inkubace s lysozymem při laboratorní teplotě (1,5 hod, 3 hod) a s proteinázou K a SDS při 55 °C (1 hod, 3 hod, přes celou noc). Izolovaná DNA byla detekována pomocí agarósové gelové elektroforézy a spektrofotometricky. Přítomnost bakteriální DNA byla ověřena v PCR .K identifikaci byly použity specifické primery pro rod Lactobacillus, Bifidobacterium a druhy Lb. acidophilus, Lb. casei/paracasei, Lb.rRhamnosus, Lb. Plantarum, B. animalis, B. bifidum, B. infantis, B. longum. U třech probiotických preparátů (Zenflo, Linex Forte a Pangamin Bifi Plus) byla prokázána shoda PCR produktů s deklarovanými údaji. U ostatních probiotických tablet (Probian, Nutra Bona, GS Laktobacily Forte) byla shoda jen na úrovni rodů.
|
|
|
Reverzibilní imobilizace DNA na nově syntetizovaných magnetických nosičích
Kubisz, Petr ; Španová, Alena (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce byla optimalizace izolace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) s využitím reversibilní adsorpce nukleových kyselin na povrch magnetických nosičů pokrytých funkčními skupinami. K izolaci DNA bylo ověřováno použítí 6 nosičů: P(HEMA-co-GMA) ox, F-kol B 30 ox, F-kol 77 ox, F-kol B100 ox, F-kol 135 ox, pokrytých karboxylovými skupinami a Perovskit 439 (pokrytý silikagelem). Bakteriální DNA byla izolována metodou fenolové extrakce. DNA byla ze vzorků na magnetický nosič reversibilně navázána v prostředí vysoké koncentrace NaCl (5 M) a poly (etylenglykolu) (PEG 6000) o konečné koncentraci 16 % v separační směsi. DNA byla eluována do TE pufru. Kvalita izolované DNA magnetickými částicemi byla ověřená pomocí amplifikace v PCR. Bylo zjištěno, že i když magnetickými nosiči bylo izolováno různé množství DNA, kvalita izolované DNA byla vždy v kvalitě vhodné pro PCR. Nanočástice Perovskit 439 měly proti ostatním magnetickým nosičům nejlepší separační vlastnosti a bylo jimi izolováno největší množství DNA. Pro jejich další využití při analýze reálných vzorků je však třeba tyto částice i metodu izolace dále optimalizovat.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v tvrdých sýrech s využitím amplifikačních metod
Herzogová, Jitka ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Diplomová práce byla zaměřena na identifikaci bakterií mléčného kvašení druhu Lactococcus lactis a poddruhů Lactococcus lactis ssp. lactis a Lactococcus lactis ssp. cremoris pomocí druhově a subdruhově specifické polymerázové řetězové reakce (PCR). Metoda PCR byla použita k identifikaci bakterií druhu Lactococcus lactis v 10 vzorcích tvrdých sýrů. Byl vypracován postup přípravy vzorků tvrdých sýrů pro získání dostatečného množství buněk a přípravu hrubých lyzátů buněk. Celková DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována použitím magnetických částic P(HEMA-co-GMA) v přítomnosti polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Jako kontrola izolace byla použita DNA izolovaná metodou fenolové extrakce. PCR byla rovněž použita k analýze 7 kmenů Sbírky mlékařských mikroorganismů Laktoflora (CCDM). U těchto kmenů bylo subdruhově specifickou PCR prokázáno zařazení 5 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. lactis a 2 kmenů do poddruhu Lactococcus lactis ssp. cremoris.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v kysaných mléčných výrobcích s využitím amplifikačních metod
Tycová, Martina ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetěžová reakce (PCR) je molekulární diagnostická metoda, která umožňuje identifikaci bakterií mléčného kvašení používaných v potravinářském průmyslu. V této práci byla použita PCR pro identifikaci bakterií druhu Streptococcus thermophilus v 10-ti náhodně vybraných komerčně dostupných kysaných mléčných výrobcích a pro identifikaci druhu Streptococcus thermophilus v 25 lyofilizátech kmenů získaných ze Sbírky mlékařských kultur Laktoflóra (CCDM, Tábor, CZ). Druhově specifické PCR primery byly cíleně vybrány z oblastí 16S rDNA. PCR produkty (968bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,2 % agarózovém gelu. Bakteriální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk magnetickými nosiči P(HEMA-co-GMA) obsahujícími karboxylové skupiny. DNA byla vratně navázána na jejich povrch v přítomnosti vysoce koncentrovaného polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Metoda fenolové extrakce DNA byla použita jako kontrolní. Pomocí metody PCR byly identifikovány bakterie druhu Streptococcus thermophilus ve v všech analyzovaných vzorcích.
|
|
|
Mikrobiologické analytické metody pro potřeby mlékárenského průmyslu
Vlasák, Jaroslav ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Teoretická část bakalářské práce je zaměřena na probiotika v mléčných výrobcích a zejména na molekulárně genetické metody využívané k analýze DNA. Pozornost je věnována především metodám stanovení bakteriálních buněk rodu Lactobacillus. Základní technikou je v současné době zejména polymerázová řetězová reakce (PCR), při které dochází k amplifikaci specifických úseků DNA pomocí krátkých oligonukleotidových primerů. V praktické části práce je izolována celková DNA z čisté bakteriální kultury a probiotického mléčného výrobku metodami fenolové extrakce a magnetické separace za využití magnetických nosičů P(GMA) pokrytých karboxylovými funkčními skupinami. Kvalita izolované DNA byla potvrzena amplifikací v PCR za použití primerů specifických pro doménu Bacteria, Lactobacillus a Biffidobacterium.
|
|
|
PCR v reálném čase a její využití v potravinářství
Tomanová, Barbora ; Pravečková, Martina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je hojně využívaná molekulárně diagnostická metoda. PCR v reálném čase neboli kvantitativní PCR (qPCR) je jednou z jejích modifikací, které díky svým výhodám nachází v současnosti stále širší využití. Uplatňuje se mimo jiné v potravinářství při poměrně přesné detekci, identifikaci a kvantifikaci žádoucích i nežádoucích složek potravin, což s sebou mnohdy přináší značné obtíže a vede intenzivnímu vývoji této metody. V experimentální části byla izolována DNA z mléčného výrobku Bio Via Natur drink pro její další zpracování pomocí PCR a zisk podrobnějších informací o bakteriálním složení pomocí PCR v reálném čase a HRM analýzy.
|
|
|
Probiotika a prebiotika v potravinových a dalších výrobcích
Langová, Denisa ; Havlíková, Šárka (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
V teoretické části práce se pojednává o současném stavu a výzkumu probiotik a prebiotik, jejich využitelnosti pro modulaci mikroflóry hostitele a jejich příznivých účincích na zdraví jedince. Dále je pojednáno o problematice účinnosti probiotických kmenů, která závisí na použité potravinové matrici a na řadě dalších faktorů. Experimentální je zaměřena na identifikaci vybraného bakteriálního kmene obsaženého v probiotickém výrobku. Bakteriální DNA byla z výrobku izolována metodou fenolové extrakce a pomocí magnetických nosičů s následnou analýzou získané DNA metodou polymerázové řetězové reakce (PCR).
|
host ::
RSS.