|
Půdní mikroflóra smrkových porostů Šumavy
Nováková, Alena ; Lukešová, Alena
Druhové složení a kvantitativní zastoupení řas a mikromycetů v půdách smrkových porostů bylo studováno na 3 lokalitách Šumavy (Trojmezná, Smrčina a Boubín) v průběhu 2000-2003. Na lokalitě Trojmezná a Smrčina byly sledovány 2 typy ploch - nenarušená a narušená nahodilým kácením stromů. Celkově bylo izolováno 46 druhů řas a 72 taxonů mikromycetů, které představují běžné půdní druhy. Zelené řasy (hlavně Chlorophyceae a Charophyceae) převládaly kvalitativně i kvantitativně mezi řasami, které jsou vázány na nízké pH půdy. Všechny izolované mikromycety patří mezi saprotrofní druhy. Celkový počet řas se pohyboval u sledovaných ploch mezi 20-33 druhy a abundance mezi 48,1-4210,0 buněk na g suché půdy. Větší druhová bohatost řas byla zaznamenána na plochách s nahodilým kácením stromů než u nenarušených ploch. Opačný trend byl zjištěn u průměrné celkové abundance. Počty taxonů saprotrofních mikromycetů byly mezi 32-40, délka mycelia mezi 6,1-84,5 m na g suché půdy a počty CFU 57,5-2413,4. Žádné rozdíly v druhovém složení a v kvantitativním zastoupení saprotrofních mikromycetů mezi nenarušenými plochami a plochami narušenými nahodilým kácením nebyly zjištěny.
|
|
Metabolické důsledky hypertermické izolované končetinové perfuze HILP (Hyperthermic Isolated Limb Perfusion) u pacientů s maligním melanomem
Hodková, Gabriela ; Semrád, Michal (vedoucí práce) ; Štádler, Petr (oponent)
Hodková, Gabriela - Metabolické důsledky hypertermické izolované končetinové perfuze HILP (Hyperthermic Isolated Limb Perfusion) u pacientů s maligním melanomem 1. lékařská fakulta UK Praha 2, Kateřinská 32 Vedoucí práce : Doc. MUDr. Michal Semrád, CSc. Školitel - konzultant: MUDr. Miroslav Špaček, Ph. D. Cílem práce je zhodnocení metabolického důsledku izolace a perfuze zahřátým cytostatikem u končetiny postižené maligním procesem. Teoretická část je věnována problematice maligního melanomu, charakteristice klinického hodnocení a léčbě. Uvedeny jsou metody léčby spočívající v konzervativním postupu nebo v chirurgickém řešení onemocnění. Metoda izolované končetinové perfuze patří k následné lokální léčbě, která je indikována v případě opětovného výskytu maligního ložiska při dále neresekovatelném nálezu po již absolvovaném chirurgickém zákroku. V praktické části probíhal sběr laboratorních a klinických dat od pacientů, kteří byli na II. chirurgické klinice VFN a 1. LF UK podrobeni hypertermické perfuzi končetiny cytostatikem za užití přístroje pro mimotělní oběh. Byly zkoumány předoperační, perioperační a pooperační vzorky vybraných laboratorních hodnot krevních plynů, vnitřního prostředí a hematologických parametrů. Výsledky byly podrobeny statistické analýze. Důvodem podrobného zkoumání vnitřního...
|
|
Diferenciace semiochemikálií mezi liniemi štěnice domácí (Cimex lectularius)
Pilařová, Kateřina ; Balvín, Ondřej (vedoucí práce) ; Kateřina, Kateřina (oponent)
Linie štěnice domácí Cimex lectularius asociované s netopýry a lidmi se od sebe oddělily před několika desítkami až stovkami tisíc let. V současné době jsou geneticky izolované a existuje mezi nimi určitá míra postkopulační reprodukční bariéry. Tato práce testuje možné mechanismy prekopulační izolace. Pomocí pokusů s arénami (čtyři úkryty, dva neoznačené, jeden označený pachem specifické linie a druhý označený pachem nespecifické linie štěnice; do arény byl vždy vpuštěn jeden samec) byla zkoumána odlišnost semiochemikálií. Pro pokus bylo použito šest chovů (tři z netopýří linie a tři z lidské linie), jež měly původ v různých místech v rámci České republiky.
|
|
Diverzita hmyzích společenstev nepůvodních porostů borovice černé (Pinus nigra) na území západní části středních Čech
Tůmová, Klára ; Kadlec, Tomáš (vedoucí práce) ; Jakubíková, Lada (oponent)
V důsledku rapidního zintenzivnění zemědělství, dochází stále častěji k úbytku biotopů a jejich fragmentaci. Ta vede ke snižování rozlohy obyvatelných plošek a k jejich izolaci. Izolace krajinných prvků je základní geografická charakteristika, která hraje důležitou roli v ekologických invazích. Invaze obecně způsobují velké ekonomické škody a mají vliv na snižování biologické diverzity v porostech.
V této práci jsme se zaměřili na působení borovice černé (Pinus nigra). Tato dřevina se na území České republiky vyskytovala už v době třetihor a následným rozpadem kontinentů vymizela. Cílem této práce je zjistit vliv borovice černé (Pinus nigra) na bezobratlé živočichy ve srovnání s porosty původní borovice lesní (Pinus sylvetris).
Experiment byl prováděn na 35 lokalitách středních Čech (18 ploch borovice lesní, 17 ploch borovice černé). Bezobratlí byli odchytáváni metodou světelných lapačů. Z odchycených vzorků byla stanovena celková abundance a biomasa bezobratlých. Ze zpracovaných dat nebyl prokázán negativní vliv nepůvodní borovice černé na celkovou abundanci i biomasu bezobratlých. Tento fakt je nejpravděpodobněji způsoben fylogenetickou příbuzností obou druhů dřevin.
Nebyl zjištěn rozdíl v abundanci a biomase většiny herbivorních skupin bezobratlých. V porostech borovice černé byl ale zaznamenán vyšší výskyt karnivorních druhů bezobratlých živočichů.
Obecně lze říci, že porosty této dřeviny v České republice nepůsobí negativně na bezobratlé živočichy, dokonce byla prokázána vyšší afinita karnivorních druhů bezobratlých živočichů k porostu borovici černé.
|
|
Specifická izolace microRNA pomocí magnetizovatelných mikročástic
Vlahová, Veronika
MicroRNA jsou malé nekódující molekuly RNA, které dosahují délky okolo 22 nt. Tyto molekuly se podílejí na regulaci genové exprese na post-transkripční úrovni. Tvoří největší skupinu regulátorů v buňce a z tohoto důvodu se také účastní všech důležitých procesů, jako je proliferace, diferenciace či apoptóza. Také se velkou mírou podílejí na nádorové transformaci. Tyto malé molekuly mají veliký potenciál stát se diagnostickými markery či pomáhat při léčbě a prevenci onemocnění. Tato práce byla zaměřena na vyvinutí izolační metody pomocí magnetizovatelných částic s následnou elektrochemickou detekcí microRNA. Byly provedeny optimalizační kroky a následně byla celá metoda úspěšně aplikována na reálné vzorky. Těmito vzorky byly modifikované HEK293 buňky, které exprimovaly vyšší množství miR-124. Tato metoda se ukázala jako dostatečně specifická a použitelná pro analýzu microRNA.
|
|
Izolace DNA třešně (Prunus avium L.)
Hřebcová, Kateřina ; Sedlák, Petr (vedoucí práce) ; Korecký, Jiří (oponent)
Základním a zásadním krokem pro všechny molekulárně-biologické studie a analýzy je izolace kvalitní DNA v dostatečném množství a čistotě. Proces její extrakce je u rostlinného materiálu komplikován přítomností látek, jako jsou např. polyfenoly, polysacharidy, proteiny nebo jiné metabolity, které při současné extrakci s nukleovými kyselinami mohou působit jako inhibitory PCR a vzorky pro další analýzy v podstatě znehodnotit.
Cílem této práce bylo zmapovat používané metody izolace rostlinné DNA, metody izolace DNA třešně, a v experimentální části porovnat výsledky vybraných metod izolace rostlinné DNA z hlediska kvantity a kvality získané DNA. DNA byla izolována z různých tkání druhu Prunus avium L., konkrétně z čerstvých listů, pupenů a zmrazených embryí několika odrůd. Původním záměrem bylo porovnat výsledky získané za pomoci dvou komerčních extrakčních kitů (DNeasy Plant Mini Kit firmy Qiagen a GeneEluteTM Plant Genomic DNA Miniprep Kit firmy Sigma Aldrich). První z kitů byl nahrazen kitem pro rychlé použití DEP-25 DNA Extraction Kit firmy Top-Bio a zařazen byl též klasický protokol extrakce DNA metodou CTAB, a to ve dvou variantách bez zařazení RNázy a se zařazením RNázy do protokolu.
Získané výsledky ukázaly statisticky významné rozdíly mezi jednotlivými použitými metodami, a to jak z hlediska kvality tak i kvantity DNA. Předpoklad, jehož podkladem byly i literární studie, že komerční kity pro izolaci rostlinné DNA nevykazují vždy relevantní výsledky, nebyl přesvědčivě potvrzen. Klasický protokol metody CTAB pak potvrdil předpoklad získání DNA v přijatelné kvalitě i kvantitě pouze u některých tkání. Výsledky měření spektrofotometrií byly podpořeny analýzami PCR (polymerázová řetězová reakce) provedenými se získanými vzorky DNA a jsou po statistickém vyhodnocení předmětem diskuse.
|
|
Charakterizace laktobacilů a bifidobakterií izolovaných z trávicího traktu divokých a domácích prasat
Šimurka, Julius ; Rada, Vojtěch (vedoucí práce) ; Švejstil, Roman (oponent)
Mikrobiota trávicího traktu je považována za "získaný orgán" umístěný v hostitelském organizmu. Plní zde mnoho specifických funkcí. Složení mikrobioty se mění v průběhu života jedince v závislosti na jeho životním prostředí a výživě. Proces identifikace a charakterizace bakterií střevní mikrobioty je významnou podmínkou pro pochopení funkce tohoto "získaného orgánu".
Tato práce se zabývá anatomií a fyziologií trávicího traktu (TT) prasat a evolučními a stravovacími odlišnostmi prasete divokého a domácího, pro pochopení přirozeného prostředí výskytu bakterií TT, které následně ovlivňuje diverzitu bakterií střevní mikrobioty. Zmíněn je i proces domestikace, který ovlivnil dnešní podobu prasete domácího. V práci je rozebírána charakteristika laktobacilů a bifidobakterií, která obsahuje jejich popis, taxonomii, metabolismus a prostředí jejich výskytu. Dále práce zmiňuje izolační média, užívána v praxi pro izolaci bifidobakterií a laktobacilů z TT prasat, metody jejich identifikace a charakterizace.
Dostupná literatura potvrzuje rozdíly ve složení mikrobioty TT prasete divokého a domácího, s tím korelují i další studie, které studují různorodost mikrobioty dalších domestikovaných a divokých zvířat. Studium diverzity mikrobioty člověka např. ukazuje na širší druhové spektrum bakterií u primitivních kmenů člověka v porovnání s urbanizovaným člověkem.
|
| |
|
Subpopulace mitochondrií v myokardu potkana - vliv chronické hypoxie
Kovalčíková, Jana ; Nováková, Olga (vedoucí práce) ; Žurmanová, Jitka (oponent)
Adaptace na chronickou hypoxii indukuje endogenní kardioprotekci a zvyšuje tak odolnost srdce vůči ischemicko/reperfúznímu poškození. Důležitou roli v těchto procesech hrají srdeční mitochondrie, které tvoří kromě ATP také reaktivní kyslíkové molekuly (ROS). ROS produkované v nadměrném množství při ischemii/reperfúzi poškozují buňky, ale v nižší koncentraci se účastní signálních drah kardioprotekce indukované chronickou hypoxií. V srdci byly pozorovány dvě subpopulace mitochondrií, subsarkolemání mitochondrie (SSM) a intermyofibrilární mitochondrie (IMFM), které se odlišují nejen lokalizací v buňce, ale také po morfologické a biochemické stránce. Cílem této práce bylo zavedení metody izolace SSM a IMFM v naší laboratoři a analýzy jejich antioxidační kapacity po adaptaci na chronickou hypoxii. Dospělí potkani kmene Wistar byli drženi v normoxických podmínkách nebo vystaveni intermitentní výškové hypoxii (IHA; 7000 m, 5 dní v týdnu/8 hod denně, celkem 25 expozic). Subpopulace mitochondrií byly izolovány z levé komory srdcí potkanů a jejich funkčnost byla ověřena měřením spotřeby kyslíku a enzymových aktivit. IMFM měly ve srovnání s SSM vyšší spotřebu kyslíku a aktivity citrátsyntázy (CS) a sukcinátdehydrogenázy (SDH) se mezi subpopulacemi nelišily. Analýzy proteinu plazmatické membrány Na+ /K+ -...
|
|
Degradace komplexních karbohydrátů bifidobakteriemi
Makovská, Marie ; Bunešová, Věra (vedoucí práce) ; Švejstil, Roman (oponent)
Ve své bakalářské práci se zabývám schopností různých kmenů bifidobakterií využívat některé komplexní karbohydráty jako zdroj energie. Pro tuto práci bylo použito 112 kmenů rodu Bifidobacterium, které pocházely z rozdílných ekologických nik. Byly použity oficiální sbírkové typové i netypové kmeny, dále pak kmeny divoké, některé z nich byly izolovány pracovníky a studenty Katedry mikrobiologie, výživy a dietetiky na ČZU. Čisté kultury byly naočkovány do médií obohacených o různé substráty (3 typy škrobu a rezistentní dextrin Nutriosa), přičemž testované substráty byly vždy jediným zdrojem uhlíku. Média obsahovala bromkresolovou červeň jako pH indikátor. Pozitivní vzorek kultury, který dokázal utilizovat daný substrát, se projevil změnou barvy, jelikož zde došlo ke tvorbě metabolitů (kyseliny octové a mléčné), což se projevilo snížením pH.
Dále byly kultury testovány na schopnost degradace škrobu tzv. deskovou metodou. Petriho misky obsahovaly agar obohacený o škrob a do předem vytvořené jamky inokulovaný testovaný kmen. Po anaerobní kultivaci, barvení Congo red činidlem a opláchnutí NaCl, byly hodnoceny světlé zóny kolem vzorku, které dokazovaly degradaci substrátu kulturou.
Vyhodnocením testů bylo zjištěno, že schopnost utilizace škrobu je častější pro kmeny animálního původu (které jsou i druhově nejrozmanitější). Pozitivně reagovalo 59,7 % zvířecích kmenů z celkového počtu 61 (20 různých druhů z 35 testovaných). U kmenů pocházejících z lidských zdrojů byla schopnost degradace škrobu nižší, pouze 26 % kmenů ze 42 testovaných dokázalo degradovat škrob. Tyto pozitivní kmeny však zahrnují 8 různých druhů ze 14 testovaných. Ze 6 kmenů bifidobakterií izolovaných z potravinových zdrojů to byly pouze 2 kmeny, pocházející z probiotického produktu ve formě kapek a mongolského tradičního fermentovaného nápoje "airag", vyráběného z mléka klisny (2 různé druhy ze 4 testovaných). Všechny 3 kmeny, které byly izolovány z odpadních vod, reagovaly pozitivně (každý kmen byl jiného druhu).
Na základě výsledků testů můžeme potvrdit určitou substrátovou preferenci daných kmenů bifidobakterií, která závisí na místě jejich výskytu.
|
host ::
