|
Integrated structural study of the FrpD protein from Neisseria meningitidis
SVIRIDOVA, Ekaterina
Neisseria meningitidis (N. meningitidis) is a Gram-negative commensal bacterium colonizing nasopharynx of about 10 % of healthy individuals, which can cause invasive diseases, such sepsis and meningitis, upon occasional penetration into bloodstream. Pathogenesis of N. meningitidis appears to be directly related to conditions of limited iron availability. Under these conditions two proteins of unknown function: FrpC and FrpD, are synthesized. FrpD is a highly conserved lipoprotein of N. meningitidis anchored to the bacterial outer membrane. It is known that FrpD tightly binds the FrpC protein, which belongs to the Repeat-in-Toxin (RTX) protein family and may act as bacterial exotoxin. However, the mechanism of FrpD-FrpC interaction and the exact function of this complex are unknown due to the absence of structural information on these proteins. Therefore, we set out to determine the structure of FrpD and provide insights into its interaction mechanism with FrpC and structure-functional relationships of these two proteins. We determined the first crystal and solution structures of the FrpD protein. We found that atomic structures of FrpD reveal a novel protein fold. We uncovered the structure-function relationships underlying the mechanism of interaction between the FrpD and FrpC proteins and tested the putative function of the FrpD-FrpC1-414 complex in vitro. Finally, we proposed the putative function of the FrpD-FrpC1-414 complex as a new minor adhesin of N. meningitidis, which mediates the bacterial adhesion to the host epithelial cells and facilitate the colonization. Our work constitutes the first step in clarifying the molecular basis of the FrpD-FrpC interaction and sets the base for further investigation of the role of FrpD and FrpC in the virulence mechanism of N. meningitidis.
|
|
Příprava modelových membrán pro studium jejich interakcí s biopolymery pomocí fluorescenční korelační spektroskopie
Adamcová, Zuzana ; Márová, Ivana (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na přípravu a charakterizaci fosfolipidových dvojvrstev deponovaných na pevném substrátu (supported lipid bilayers) coby zjednodušených modelů buněčných membrán. Z výchozího systému lecitinových liposomů ve fosfátovém pufru byly dvojvrstvy připravovány metodou spojení vezikul (vesicle fusion) na plazmatem hydrofilizovaném povrchu krycího sklíčka. K charakterizaci byly vybrány tři fluorescenční sondy – Nilská červeň, Oregonová zeleň DHPE a DiO – jejichž difuze v rámci membrány byla sledována pomocí fluorescenční korelační spektroskopie. K tomu byla využita metoda Z scan FCS vyvinutá speciálně pro planární vzorky. Po optimalizaci procesu přípravy a charakterizace dvojvrstev byla studována interakce mezi modelovou membránou a roztokem kyseliny hyaluronové ve fosfátovém pufru. Bylo zjištěno, že přídavek tohoto biopolymeru způsobí zpomalení difuze fluorescenční sondy ve fosfolipidové dvojvrstvě.
|
|
Návrh systému vnější komunikace MČ Praha 14
Novotný, Tomáš ; Pešek, Ondřej (vedoucí práce) ; Pavlík, Marek (oponent)
Účelem této bakalářské práce je zanalyzovat stávající formy externí komunikace Úřadu městské části Praha 14 a navrhnout zlepšení odpovídající moderním přístupům a potřebám místních obyvatel. Tato oblast se obecně v České republice dynamicky rozvíjí. Metody, které jsou běžné v soukromém sektoru, se nyní přesouvají i do veřejné správy, neboť novým trendem je chápat její výkon jako službu. S tím souvisí i potřeba lepší vzájemné komunikace mezi obecními úřady a příslušnými obyvateli. V teoretické části bakalářské práce shrnu dosavadní poznatky k tématu. S jejich pomocí potom v části praktické ověřím jejich stávající aplikování, odhalím nedostatky a navrhnu nápravné řešení. Rád bych také zdůraznil, že se nebudu zabývat interní komunikací Úřadu.
|
|
Volume Visualization of Human Skulls
Hrinčár, Vladimír ; Pelikán, Josef (oponent) ; Maršálek, Lukáš (vedoucí práce)
Zobrazovanie objemových dát je doležitý nástroj pre skúmanie a pochopenie trojrozmerných vedeckých dát, ako napríklad tých, ktoré sú získané pomocou CT skenovania. Nedávne pokroky v oblastiach hardvéru a softvéru obnovili záujem o interaktívne a vysokokvalitné zobrazovanie objemových dát, pretože sa momentálne stávajú dostupnými dokonca aj na domácich počíčačoch. V tejto práci prezentujeme novú aplikáciu určenú k vizualizácii CT snímkov ludských lebiek. Zameriavame sa hlavne na kvalitu zobrazenia, pričom pridávame možnosti pre porovnávanie lebiek a vizualizaciu ich rozdielov. Naše riešenie je postavné na .NET aplikácii, ktorá sprostretkúva uživatelské rozhranie a externej dynamickej knižnici obsahujúcej samotný renderer. K implementácii vykosokvalitného zobrazovania izoploch sme použili algoritmy založené na metódach interaktívneho vrhania lúčov a dalej v nej obsiahli možnost presvitnosti izoploch a vrhania ich tieňov. Taktiež sme pridali podporu pre zobrazovanie viacerých objemovych dát a dalej predstavujeme nové zobrazovacie módy pre vizualizáciu ich rozdielov. Náš systém používa technológiu NVidia CUDA, čím ukazuje ako je možné využit urýchlenie pomocou moderných graffických procesorov. Naše výsledky ukazujú, že sme schopní predložit nástroj určeny na interaktívnu vizualizáciu, ktorý do značnej miery...
|
| |
| |
| |
|
Preprocesor pro systém LISA
Hora, Petr ; Šiňor, M.
V příspěvku jsme nastínili odvození a implementaci metody založené na přístupu simulace lokální interakce (LISA) a modelu ostrého přechodu (SIM) pro řešení šíření napěťových vln ve 2D a 3D prostředí.V současnosti zahrnuje implementace pouze ortotropní materiály a vnitřní geometrii lze sestavit pouze z jednoduchých útvarů (2D: obdélníky, kruhy, elipsy, atd.; 3D: kvádry, koule, válce, atd.).
|
|
Elektronické knihy na VŠE
Saska, Filip ; Koubský, Petr (vedoucí práce) ; Šperková, Lucie (oponent)
Diplomová práce Elektronické knihy na VŠE se zabývá analýzou možností e-knih na VŠE. Cílem je zmapovat aktuální situaci studijních materiálů na VŠE a prozkoumat, jakých přínosů by byl možno dosáhnout nasazením elektronických studijních materiálů. Práce krátce popisuje problematiku e-knih, zejména se zaměřuje na ty vlastnosti, které jsou pro účel této práce důležité -- vkládání poznámek, záložek, multimediálního a interaktivního obsahu. Důležitá je také možnost provádět změny studijních materiálů a ty pak sdílet s ostatními studenty. Práce dále popisuje všechny, oficiální i neoficiální, studijní materiály využívané na VŠE. V druhé hlavní části práce navazuje na tento popis a definuje hypotetický ideální stav, který by mohl nastat po nasazení technologie e-knih. S pomocí tohoto ideálního stavu tak práce odpovídá na otázku co je možno zavést. Dále se práce v kapitole technické analýzy zabývá otázkou, jak je technicky možno navržený ideální stav realizovat. V závěru práce odpovídá na otázku, zda je toto řešení reálně vhodné. Výsledky této práce, tak mohou sloužit jako hrubý nástin projektu nasazení technologie e-knih v prostředí VSE.
|
|
Konstrukce trojúhelníka - interaktivni pomůcka
KRATOCHVÍL, Daniel
Diplomová práce seznamuje čtenáře s vlastnoručně vytvořenou interaktivní pomůckou, umožňující pochopit problematiku konstrukce trojúhelníka. Základní informace o této pomůcce, její možnosti a využití jsou demonstrovány na několika příkladech řešení úloh konstrukce trojúhelníka. Interaktivní pomůcka je vhodná k výuce, ale i k následnému využití při řešení konkrétních úloh.
|
host ::
