|
|
Vliv chemických agens používaných při činění kůží na degradaci DNA
Hebenstreitová, Kristýna ; Vaněk, Daniel (vedoucí práce) ; Novák, Jindřich (oponent)
Nelegální obchod s chráněnými živočichy a rostlinami je v současné době na vzestupu a stává se tak čtvrtou nejvýnosnější oblastí kriminality. Obchodovanými komoditami tohoto odvětví jsou například různé zvířecí artefakty od kůží přes zuby, šupiny, kly a drápy až po celá zvířecí těla, dále pak vejce chráněných ptáků (papoušci a dravci) či obojživelníci a hadi. O čím vzácnější živočišný druh se jedná, tím vyšší je po něm poptávka. Obchodování s ohroženými druhy zvířat a rostlin je upraveno mimo jiné v rámci mezinárodní úmluvy CITES (z angl. Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora). Dokazovací proces v případech jejího porušení je komplikovaný a genetická analýza bývá často jedinou možností, jak dokázat, že artefakt pochází z chráněného živočišného druhu a nikoli z druhu, s nímž je legální obchodovat. Tato diplomová práce se zabývá specifickým typem zvířecích artefaktů - činěnými kůžemi. U tohoto typu biologického materiálu bývá problematické získat amplifikovatelnou DNA (deoxyribonukleová kyselina; z angl. deoxyribonucleic acid). V této práci je zkoumán dopad chemikálií použitých při procesu činění kůží na degradaci DNA. Zároveň je analyzován vliv těchto látek na inhibici polymerázové řetězové reakce. Kvantita DNA je stanovována za využití několika různých...
|
|
|
GC-MS kvantifikace majoritních složek roztoků založená na využití molekulových fragmentů obsahujících těžké nuklidy běžných prvků
Horká, Blanka ; Čabala, Radomír (vedoucí práce) ; Bajer, Tomáš (oponent)
Kvantifikace majoritních složek metodou plynové chromatografie s plamenově ionizačním detektorem (GC-FID) je zavedena v běžné laboratorní praxi. Detektor FID je považován za univerzální detektor pro plynovou chromatografii (GC), ale neposkytuje odezvu pro celou řadu látek a tento detektor poskytuje pouze kvantitativní data. Spojení plynové chromatografie s hmotnostní spektrometrií je silným analytickým nástrojem, který poskytuje nejen kvantitativní data, ale i kvalitativní data o identitě látek. Při kvantifikaci metodou GC-MS je někdy problémem saturace detektoru, jelikož se jedná o detektor vysoce citlivý (na úrovni ppb). Jedním ze způsobů, jak zamezit přetížení detektoru je výrazné naředění roztoků, což způsobuje snížení mezí detekce a stanovitelnosti metody. Dalším přístupem, jak obejít saturaci detektoru je např. přerušení detekce během eluce rozpouštědla. Pro kvantifikaci majoritních složek roztoků lze aplikovat pouze první ze způsobů, jak saturaci detektoru obejít, ale jedná se o proces náročný na laboratorní práci, který zvětšuje nejistotu měření. Přerušení detekce při eluci rozpouštědla není pro účely kvantifikace majoritních složek použitelný, proto byl navrhnut a následně ověřen nový přístup kvantifikace majoritních složek roztoků pomocí M+1 iontů. Tyto ionty jsou měřeny díky přítomnosti...
|
|
|
Lokalizace maternálních RNA ve vajíčcích a časných embryích
Šimková, Kateřina ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Frolíková, Michaela (oponent)
Určení stavby tělního plánu díky asymetrickému rozložení maternálních RNA a proteinů bylo studováno u mnoha živočišných druhů. Během oogeneze si živočichové vytváří zásoby těchto RNA a proteinů, které využívají pro regulaci embryonálního vývoje, a to až do znovuzahájení transkripce z embryonálního genomu. V této diplomové práci jsem se věnovala především identifikaci asymetricky rozmístěných RNA v časných embryích obojživelníka Ambystoma mexicanum, které stojí za určením animálně-vegetativní osy. V druhé části mé práce jsem se také pokusila identifikovat asymetricky rozmístěné RNA ve 2 a 4 buněčném embryu, které by mohly stát za určením dalších tělních os - dorzo-ventrální a levo-pravé. Pomocí RT-qPCR tomografie se mi úspěšně podařilo stanovit lokalizační profil vybraných maternálních RNA podél A-V osy a v jednotlivých blastomerách 2 a 4 buněčného embrya. Dále se nám pomocí RNA-seq podařilo získat celkový obraz transkriptomu časných embryí, který nám ukázal, že se během časného vývoje odehrává řada změn. Tyto události jsem rozdělila do tří kategorií: relokalizace RNA, syntéza RNA před aktivací embryonální transkripce a degradace RNA v časném vývoji. Zajímavé zjištění bylo odhaleno ve skupině RNA degradovaných během časného vývoje, která obsahuje řadu genů, které mají u Xenopus laevis a dalších...
|
|
|
Kvantifikace kožních ceramidů u pacientů po onkologické léčbě
Voláková, Eliška ; Opálka, Lukáš (vedoucí práce) ; Roh, Jaroslav (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra organické a bioorganické chemie Kandidát: Eliška Voláková Školitel: PharmDr. Lukáš Opálka, Ph.D. Název diplomové práce: Kvantifikace kožních ceramidů u pacientů po onkologické léčbě Ceramidy jsou jednou ze tří základních lipidových složek přítomných ve stratum corneum lidské kůže. Změny v poměru zastoupení jednotlivých ceramidů jsou spojeny s narušením bariérové funkce kůže. Takovéto změny byly pozorovány nejen u kožních onemocnění neonkologického typu, ale také jako důsledek rakoviny. Hlavním cílem této práce bylo zjistit rozdíl v zastoupení kožních ceramidů ve stratum corneum u zdravých pacientů a pacientů po prodělaném onkologickém onemocnění. Vzorky byly odebrány od pěti skupin pacientů, z nichž čtyři představovaly onkologické pacienty s různým typem léčby: resekcí nádoru, chemoterapií, ozařováním či kombinací chemoterapie a ozařování. Zbývající pátou skupinu tvořily kontrolní vzorky od dobrovolníků bez diagnostikovaného karcinomu. U každého pacienta probíhal odběr stripovými pásky z identického místa na předloktí, po kterém následovalo stanovení obsahu proteinů. Vzorky onkologických pacientů byly porovnávány s kontrolními vzorky také z pohledu odlišných ztrát vody přes kůži před a po odběru vzorku. Ceramidy byly ze vzorků...
|
|
|
Numerical model for the origin of magmatic textures and its application to the Fichtelgebirge/Smrčiny granite batholith
Špillar, Václav ; Dolejš, David (vedoucí práce) ; Ježek, Josef (oponent) ; Žák, Jiří (oponent)
Shrnutí Magmatické procesy představují hlavní činitele podílející se na diferenciaci zemské kůry. Navzdory velkému množství geochemických dat a vysokému stupni porozumění geochemii magmatických hornin, zůstává fyzikální podstata vzniku, diferenciace a krystalizace magmatu do značné míry neobjasněna. Široká variabilita textur magmatických hornin nicméně poskytuje citlivý záznam fyzikálně chemických procesů a vývoje intenzivních proměnných během krystalizace. V této práci se zabývám vývojem kvantitativních metod pro přímé modelování magmatických textur a jejich interpretaci na základě hlavních činitelů - rychlosti růstu a nukleace. Současně jsou výsledky využity pro interpretaci krystalizační historie smrčinského granitového batolitu. Je vyvinut a implementován nový třírozměrný numerický model pro simulaci krystalizace pevné fáze z jednosložkové taveniny, která probíhá mechanizmy homogenní a heterogenní nukleace a růstu zrn. Simulované textury jsou následně charakterizovány pomocí distribuce velikostí zrn, prostorových distribučních funkcí a kontaktních vztahů. Nový model umožňuje provádět simulace velké oblasti taveniny ve vysokém rozlišení, což poskytuje vysokou míru statistické reprodukovatelnosti vypočtených dat. Naše simulace prováděné pro různé funkční závislosti rychlosti nukleace a růstu na čase...
|
|
|
Otěrové částice polyethylenu v okolí kloubních náhrad - jejich vlastnosti, distribuce a možný mechanizmus jejich nežádoucího biologického působení
Zolotarevová, Eva ; Gallo, Jiří (vedoucí práce) ; Rauch, Pavel (oponent) ; Horák, Zdeněk (oponent)
UNIVERZITA KARLOVA V PRAZE PŘÍRODOVĚDECKÁ FAKULTA KATEDRA BIOCHEMIE OTĚROVÉ ČÁSTICE POLYETHYLENU V OKOLÍ KLOUBNÍCH NÁHRAD - JEJICH VLASTNOSTI, DISTRIBUCE A MOŽNÝ MECHANISMUS JEJICH NEŽADOUCÍHO PŮSOBENÍ SOUHRN DIZERTAČNÍ PRÁCE Eva Zolotarevová Školitel: Doc. MUDr. Jiří Gallo, PhD. Školitel - konzultant: Prof. RNDr. Gustav Entlicher, CSc. PRAHA 2010 Tato práce byla vypracována v rámci Grantového projektu Národního programu výzkumu II. č.: 2B06096 s názvem "Sledování a minimalizace otěru polymeru UHMWPE v kloubních náhradách" poskytnutého Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy ČR. Obr. titulní strany: Polyethylenová otěrová částice izolovaná z granulomové tkáně z okolí endoprotézy kyčelního kloubu; snímek z elektronového mikroskopu; velikost částice cca 90 x 80 µm; dobarveno PRAHA 2010 Eva Zolotarevová Úvod Úvod Pro mnoho lidí na celém světě je náhrada nevratně poškozeného kloubu implantátem často jedinou cestou, jak se vrátit do běžného života bez bolesti a omezení v pohybu. V současné době jsou kladeny čím dál větší nároky na kvalitu všech komponent náhrad, a to zejména ve smyslu kvality použitých materiálů, jelikož biomechanické vlastnosti kyčelních a kolenních klubů patří dnes již k vyřešeným otázkám. Pro výrobu kloubních náhrad se nejčastěji používají slitiny kovů (Cr, Co, Mo, Ti), keramika,...
|
|
|
Studium morfologie aneuryzmatu břišní aorty
Eberlová, Lada ; Valenta, Jiří (vedoucí práce) ; Stingl, Josef (oponent) ; Šebesta, Pavel (oponent)
Aneuryzma abdominální aorty (AAA) je závažné onemocnění postihující v rozvinutých zemích asi 3 % mužů nad 65 let. Za aneuryzma je u břišní aorty považována dilatace všech vrstev stěny nad 3 cm. Většina AAA je malých a asymptomatických, a ačkoli riziko jejich ruptury roste s velikostí aneuryzmatického vaku, praskají i malá aneuryzmata. Mortalita ruptur se pohybuje kolem 70 %. Operace je u asymptomatických pacientů indikována u průměru AAA nad 5,5 cm. Jelikož je průměrná rychlost růstu AAA 0,3 cm za rok, vzniká u časně diagnostikovaných pacientů několikaletý interval pro farmakologické ovlivnění progrese tohoto onemocnění. Znalost patogeneze je nezbytná pro každou cílenou farmakoterapii. Základem našich prospektivních nerandomizovaných studií je použití stereologických metod pro histopatologická hodnocení vzorků AAA. Získaná data pak umožňují statistické hodnocení včetně testování hypotéz. Ve studii zaměřené na histopatologii vzorků jsme u 65 pacientů s AAA (65 stěn a 55 trombů) a 6 normálních břišních aort od orgánových dárců hodnotili tyto parametry: délkovou hustotu elastinu, plošný podíl elastinu a kolagenu v intimě a medii, plošný podíl aktinu, desminu a vimentinu ve stejné referenční ploše. V celé stěně jsme odhadovali počet cévních profilů na jednotku plochy, plošný podíl granulocytů a...
|
|
|
Kvantifikace perfuze pomocí MRI metod ASL
Kolajová, Martina ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá kvantifikací perfúze pomocí bezkontrastní MRI techniky „Arterial Spin Labeling“ (ASL). Pro lepší pochopení problematiky je popsán fyzikální princip magnetické rezonance a význam perfúze. Následující kapitoly se zabývají metodou ASL a kvantifikací perfúze pomocí matematických modelů, konkrétně T1 perfúzního a standardního. Analýza je provedena pomocí dodaných skriptů v programovacím prostředí MATLAB, které byly doplněny o načítání, předzpracování a uložení dat. Pro další zpracování byl používán program BASIL. Na závěr jsou vyhodnoceny výstupy zpracování v podobě perfúzních a ATT map a průběhů prokládání dat modelem pomocí různých modelů z obou programových prostředí.
|
|
|
Semiconductor diagnostics and monitoring of chemical reactions by SIMS method
Janák, Marcel ; Skladaný, Roman (oponent) ; Bábor, Petr (vedoucí práce)
Time-of-flight secondary ion mass spectrometry (TOF-SIMS) is a powerful surface science technique with high sensitivity for elemental composition. This work demonstrates TOF-SIMS abilities in three different research areas. The first part deals with the localization of high voltage dies defects, which is necessary for their further characterization by the TOF-SIMS method. For this purpose, an experimental setup with control software allowing automated measurement of leakage current tests at various die locations was proposed. The second part deals with the quantification of Mg dopant depth profiles in various AlGaN samples. The quantification is based on the RSF method and allows the characterization of doped AlGaN heterostructures for high electron mobility transistors (HEMT) or various optoelectronic devices. A set of 12 Mg doped AlGaN calibration samples for quantification of depth profiles was prepared by the ion implantation technique. The last part demonstrates the abilities of the static TOF-SIMS method in heterogeneous catalysis research. Our primary research objective is the dynamics of catalytic carbon monoxide oxidation to carbon dioxide on platinum polycrystalline microstructures at high vacuum pressures. In this work, we present the first real-time observations of spatiotemporal patterns of varying surface coverages during distinct catalyst regimes. TOF-SIMS observations were correlated with analogous scanning electron microscopy (SEM) observations of gas-phase- and temperature-induced processes on Pt surfaces.
|
|
|
MRI potkanů - kvantifikace T1 myokardu
Vitouš, Jiří ; Mézl, Martin (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tématikou snímání a kvantifikace relaxačního času T1 u srdce potkanů. Zaměřuje se na prostudování metod této kvantifikace a následnou aplikaci těchto metod při vývoji kvantifikačního nástroje. Se zvláštním zřetelem se věnuje metodám synchronizace akvizice vzhledem k dechu a srdeční aktivitě. Hlavním cílem této práce je vyvinout nástroj pro synchronizaci akvizice retrospektivním způsobem s využitím pouze nasnímaných dat, tedy bez vnějšího měření navigačního signálu získaného například z dechového polštářku či elektrokardiografu. Práce se zabývá jak synchronizací v případě tzv. steady-state akvizice, tak i v případě situací, kdy je rovnovážný stav vyrušen pomocí inverzních pulzů či podáním kontrastní látky.
|
host ::
RSS.