Název: Lokalizace maternálních RNA ve vajíčcích a časných embryích
Překlad názvu: Detection and quantification of maternal RNA localization during early development
Autoři: Šimková, Kateřina ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Frolíková, Michaela (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2022
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Určení stavby tělního plánu díky asymetrickému rozložení maternálních RNA a proteinů bylo studováno u mnoha živočišných druhů. Během oogeneze si živočichové vytváří zásoby těchto RNA a proteinů, které využívají pro regulaci embryonálního vývoje, a to až do znovuzahájení transkripce z embryonálního genomu. V této diplomové práci jsem se věnovala především identifikaci asymetricky rozmístěných RNA v časných embryích obojživelníka Ambystoma mexicanum, které stojí za určením animálně-vegetativní osy. V druhé části mé práce jsem se také pokusila identifikovat asymetricky rozmístěné RNA ve 2 a 4 buněčném embryu, které by mohly stát za určením dalších tělních os - dorzo-ventrální a levo-pravé. Pomocí RT-qPCR tomografie se mi úspěšně podařilo stanovit lokalizační profil vybraných maternálních RNA podél A-V osy a v jednotlivých blastomerách 2 a 4 buněčného embrya. Dále se nám pomocí RNA-seq podařilo získat celkový obraz transkriptomu časných embryí, který nám ukázal, že se během časného vývoje odehrává řada změn. Tyto události jsem rozdělila do tří kategorií: relokalizace RNA, syntéza RNA před aktivací embryonální transkripce a degradace RNA v časném vývoji. Zajímavé zjištění bylo odhaleno ve skupině RNA degradovaných během časného vývoje, která obsahuje řadu genů, které mají u Xenopus laevis a dalších... The asymmetric localization of maternal RNAs and proteins is a crucial mechanism for the body plan development in many animal species. These maternal factors are expressed during the oogenesis and they are used for the regulation of early developoment. In this diploma thesis, I addressed the role of asymmetrically localized RNAs along animal- vegetal axis in the early development of Ambystoma mexicanum. The second part of my thesis is focused on RNA localization in dorso-ventral and left-right axes. I identified the localization patterns of many known RNAs along the animal-vegetal axis using RT-qPCR and I also detected several genes, which can be involved in the dorso-ventral or lef-right patterning. Furthermore, we performed transcriptome wide analysis, which revealed changes classified into the following categories: RNAs relocalization, de novo synthesis before the onset of MBT and RNAs degradation during early development. Many vegetally localized genes in Xenopus laevis with the important role in the development of primordial germ cells have been previously described. Surprisingly, my results show that many of these genes are degraded during the early development of A. mexicnum. I believe that this degradation may be due to a different mechanism of PGC development in A. mexicanum and X. laevis....
Klíčová slova: kvantofikace; lokalizace; mRNA; vajíčko; egg; embryo; localization; mRNA; quantification

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/173486

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-506506


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce