|
|
Structure and function of C-type lectin NK cell receptors studied by recombinant expression and protein crystallography
Vaněk, Ondřej ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Katedra biochemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze 2010 Struktura a funkce C-lektinových receptorů NK buněk studovaná pomocí rekombinantní exprese a proteinové krystalografie Abstrakt dizertační práce Ondřej Vaněk Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, DSc. NK buňky (přirození zabíječi) byly popsány pro jejich schopnost spontánně zabíjet určité allogenní nádorové linie, a to bez jakékoliv předchozí senzitizace. NK buňky jsou součástí neadaptivní imunitní odpovědi s velmi krátkou reakční dobou vůči patogenům, jakými jsou například viry, intracelulární bakterie a parazité. Jsou také zodpovědné za eliminaci některých rakovinných buněk a mohou tak bránit rozvoji nádorové transformace a bojovat proti rozšiřování metastáz. Aktivita NK buněk je regulována pomocí rovnováhy mezi aktivačními a inhibičními signály zprostředkovanými povrchovými receptory NK buněk. Ze strukturního hlediska může být většina NK buněčných povrchových receptorů klasifikována jako C- lektinové nebo imunoglobulinové receptory. Jednou z mnoha podskupin C-lektinů jsou i lymfocytární receptory II. typu, které jsou exprimovány na NK buňkách. Předkládaná práce měla dva hlavní cíle. Prvním bylo nalezení vhodných expresních a purifikačních systémů pro vybrané C-lektinové receptory NK buněk a druhým pak provést jejich biochemickou a...
|
|
|
Možnosti studia (charakterizace) hemocytů měkkýšů
Jindrová, Zuzana ; Skála, Vladimír (oponent) ; Horák, Petr (vedoucí práce)
Hemocyty jsou hlavní imunitní buňky bezobratlých organismů, tedy i měkkýšů. Liší se mezi sebou jak v morfologii, tak i ve svých funkcích. Dva základní všeobecně uznávané morfologické typy, granulocyty a hyalinocyty, se odlišují mírou fagocytózy a enkapsulace, produkcí kyslíkových radikálů a oxidu dusnatého nebo přítomností některých enzymů. Existuje řada metod, pomocí kterých se hemocyty charakterizují. Mikroskopie slouží primárně ke studiu jejich morfologie. Jemné detaily v antigenním složení povrchových struktur je možné rozeznat monoklonálními protilátkami nebo lektinovými sondami. Na základě granularity a velikosti buňky se hemocyty dělí pomocí gradientové centrifugace nebo průtokové cytometrie. Produkce oxidu dusnatého a kyslíkových radikálů se sleduje dodáním vhodného substrátu, který po reakci s radikálem mění své vlastnosti. Může začít fluorescenčně zářit, změnit absorbanci roztoku nebo vytvořit viditelnou sraženinu. Další možností je využití chemiluminiscence. Cílem studia hemocytů je objasnit interakci mezi měkkýšem a jeho patogenem. 1
|
|
|
Biochemical methods as tool for study of reproductive proteins
Postlerová, Pavla ; Zigo, Michal ; Pohlová, Alžběta ; Jonáková, Věra
Study of molecular mechanisms in reproduction is essential for the understanding of this outstanding process. Our lab studies proteins secreted by reproductive organs and sperm using various biochemical methods for a long time. We have expertise in protein extraction from spermatic cells using different approaches, and by kits for proteins from the sperm surface and distinct subcellular compartments. The proteins of reproductive organ fluids are separated by chromatographic methods, such as size exclusion chromatography, high-performance liquid chromatography with reverse phase (RP-HPLC) and affinity chromatography on matrices with various ligands. Proteins are subjected to SDS- or 2D-electrophoresis for their characterization and comparison of various extraction methods, different mammalian species, and sperm in different functional development. Electrophoretically separated proteins may be transferred onto nitrocellulose membrane (Western blot) for antibody detection or binding studies with lectin-labelled ligands (lectins, polysaccharides, zona pellucida glycoproteins). We use immunoprecipitation method with specific antibody for protein determination followed by the MALDI identification. Proteins are localized by immunofluorescent techniques on/in spermatic cells and tissue sections of reproductive organs. Isolation of proteins from reproductive tissues and fluids, and the antibody detection is crucial for the studying of reproductive protein origin.
|
|
|
Analýza vybraných obsahových látek v extraktu z bezových větviček
Škeřík, Jan ; Flodrová, Dana (oponent) ; Šalplachta, Jiří (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá optimalizací a ověřením podmínek pro separaci proteinů obsažených ve větvičkách bezu černého (Sambucus nigra L.) technikou RP-HPLC. Měření probíhalo na HPLC systému s UV-VIS detektorem. Byla použita kolona Zorbax 300SB-C18 300 o rozměrech 4,6x250 mm a velikosti částic 5 mikronů. V teoretické části jsou popsány vlastnosti a využití bezu černého se zaměřením na proteiny, které obsahuje. Dále je zde uvedena základní charakteristika použité HPLC techniky a možnosti stanovení proteinů. V experimentální části jsou popsány jednotlivé kroky optimalizace HPLC metody prováděné na směsi standardních proteinů a následná aplikace této metody na reálném vzorku. V závěru jsou porovnávány analýzy vzorků odebraných v různém období.
|
|
|
Analýza glykoproteinů ze slinných žláz klíštěte \kur{Ixodes ricinus}
BUČINSKÁ, Lenka
Charakterizovala jsem nekolik potencionálních glykoproteinů z extraktů slinných žláz nenasátých a částečně nasátých samic klíštěte Ixodes ricinus použitím afinitního značení s lektiny a pomocí enzymatické deglykosylační reakce. Izolovala jsem glykoprotein specifický k lektinu GNA. Tento glykoprotein obsahuje N{--}vázanou terminální manózu připojenou Man{$\alpha$}1,3Man. Tento protein byl hmotnostní spektrometrii určen jako Karboxypeptidáza M. Dále byly izolovány dva glykoproteiny obsahující GalNAc pomocí HPA{--}afinitní chromatografie. Výsledkem MS analýzy bylo určení morčecího proteinu Trappin 12. V SŽ nasáté samice klíštěte jsem detekovala fukózu vazanou vazbami {$\alpha$}1,2, {$\alpha$}1,3 a {$\alpha$}1,6. Také přítomnost O{--}vázané fukózy je možná. Přítomnost kyseliny sialové v glykoproteinech SŽ a slinách nasáté samice klíště byla nepřímo prokázána vazbou s MAA II lektinem. Analýzou hmotnostní spekrometrie byla zjištěna N{--}terminální sekvence peptidu podobná s myším sialoadhesinem (Siglec 1). Dosavadní výsledky z MS zatím nepřispěly k potvrzení či vyvrácení přítomnosti Siglec 1. Z nenasátých SŽ samic jsme izolovali dva proteiny specifické pro značení GNA lektinem. Byly předběžně identifikovány jako protein podobný arylsulfatáze B a Sojo protein cytoskeletu klíštěte Ixodes. Přítomnost proteinů s GNA specifitou byla prokázána v granulech acinů SŽ nenasáté a částečně nasáté samice klíštěte. Přítomnost fukózy byla prokázána v granulárních buňkách acinů II a III a ve střevních buňkách a obsahu střeva klíštěte pomocí afinitního značení a reakce byla pozorována florescenčním mikroskopem.
|
host ::
RSS.