|
Structure of submicrocrystalline materials studied by X-ray diffraction
Matěj, Zdeněk ; Kužel, Radomír (vedoucí práce) ; Lukáš, Petr (oponent) ; Čerňanský, Marian (oponent)
Rentgenovou práškovou difrakcí byla studována struktura submikrokrystalických materiálů. Pro analýzu byla použita především metoda využívající modelování šířek a tvarů difrakčních profilů. Zkoumány byly koloidní nanočástice zlata, měděné vzorky deformované protlačováním a nanočástice oxidu titaničitého připravené různými chemickými metodami. Z charakteristické anisotropie rozšíření difrakčních profilů byly ve vzorcích mědi a zlata rozpoznány dislokace a růstové vrstevné chyby. Z difrakčních dat bylo možné určit hustoty defektů. Možnosti a omezení určování rozdělení velikostí částic pomocí difrakčních metod byly testovány na vzorcích oxidu titaničitého. Částice o velikosti 3-25 nm bylo možné charakterizovat velmi dobře, problémy se projevily pouze v případě, když vzorky obsahovaly zároveň částice velmi rozdílných velikostí. Byly vyvinuty a otestovány difrakční metody a vytvořen počítačový program, které lze používat i k analýze tenkých vrstev.
|
|
Molekulární charakterizace vybraných kmenů améb s důrazem na potenciální patogeny
KAŇKOVÁ, Hana
Jako cíle práce jsem si zvolila: vypracování literární rešerše, která bude zaměřena na volně žijící améby jako patogeny lidí a zvířat, molekulární charakterizaci vybraných sbírkových kmenů améb, kdy získám sekvence genů využívaných jako markery pro tyto organismy (SSU rDNA, ITS). Data získaná sekvenací fylogeneticky analyzovat a výsledky analýz interpretovat. V teoretické části jsem se zabývala základní morfologií potenciálně patogenních améb (akantaméb a neglérií), jejich patogenitou a krátce i možnostmi léčby jimi způsobených onemocnění (primární amébová meningoencefalitida, granulomatózní amébová meningoencefalitida, amébová keratitida). Akantaméby i neglérie (Naegleria fowleri a různé druhy akantaméb) jsou schopny invadovat lidský organismus, zejména významná je jejich schopnost pronikat do mozku, kde mohou způsobit amébovou meningoencefalitidu (onemocnění CNS). Primární amébová meningoencefalitida (PAM) je způsobena N. fowleri. Onemocnění se vyskytuje hlavně u dětí a mladých dospělých, kteří se koupali (potápěli) v trvale oteplené vodě, v níž tento druh améby nacházíme. Améba vstupuje do těla přes nosní dutinu. PAM má rychlý průběh člověk zpravidla umírá do 7 dní od projevení se prvních příznaků. Granulomatózní amébová encefalitida (GAE) je způsobena zejména druhy rodu Acanthamoeba. Onemocnění je chronického charakteru (probíhá i několik měsíců). Nalézáme ho u imunokompromitovaných lidí (diabetes, HIV/AIDS, drogová závislost apod.) Do těla se akantaméba dostane skrz poranění a do CNS putuje hematogenní cestou. Dalším onemocněním způsobeným rodem Acanthamoeba je amébová keratitida (AK). AK je zánět rohovky. Akantaméba se do oka dostane většinou prostřednictvím nedostatečně sterilizované kontaktní čočky nebo při traumatu rohovky. Léčba chorob způsobených amébami je velmi komplikovaná a ne vždy úspěšná. Rozdíly mezi akantamébami a neglériemi se týkají několika oblastí životního cyklu, velikosti a patogenity. Na rozdíl od neglérií, které jsou schopny vytvořit 3 stádia (trofozoit, bičíkovec, cysta), akantaméby přecházejí jen mezi dvěma stádii (trofozoit, cysta). Trofozoit akantaméb (12-35 ?m) je v porovnání s tím neglériovým (15-25 ?m) o něco větší. Nejvýraznější rozdíly jsou vidět na cystách, které jsou u akantaméb nepravidelného tvaru, zatímco u neglérií kulovité a hladké. V praktické části své práce jsem se pokusila zodpovědět několik otázek, zejména blíže určit, do kterých genotypů resp. druhů patří mnou studované améby a zjistit bližší údaje o jejich potenciální patogenitě, geografickém rozšíření atp. V metodické části jsem popsala postup kultivace vybraných améb, získávání DNA, průběh PCR, elektroforézu a softwarové zpracování výsledných sekvencí. Pro kultivaci jsem používala klasický nevýživný agar a améby sklízela po jejich vizuální kontrole. Průběh PCR byl standardní s využitím specifických primerů a termocykleru. Výsledný PCR produkt jsem použila pro elektroforézu. Po vyřezání odpovídajících proužků gelu, jsem je odeslala na sekvenaci do specializované firmy (Macrogen). Výsledné sekvence jsem prohlédla a ty s kvalitním signálem zpracovala pomocí programů SeqMan, ClustalX, BioEdit. Pro fylogenetickou analýzu jsem využila programů Paup, RAxML a MrBayes. Podařilo se mi získat celkem 9 sekvencí genu pro SSU rRNA akantaméb a jednu sekvenci negleriové ITS. Pomocí fylogenetické analýzy jsem získala fylogenetické stromy, které jsem začlenila do kapitoly výsledky. Na kapitolu výsledky jsem navázala v diskusi. Nastínila jsem problém při získávání neglériových sekvencí a navrhla některá řešení. V další části diskuse jsem se věnovala podrobnější analýze fylogenetických stromů. Některé z mnou získaných sekvencí vykazují blízkou příbuznost se sekvencemi odvozenými z akantaméb izolovaných z pacientů s AK z různých oblastí světa, což naznačuje, že rozšíření některých potenciálně nebezpečných linií améb je globální. Neglériové sekvence jsou více omezeny prostředím, ale existují zde i výjimky.
|
|
Epididymal maturation – a crucial step in the post-testicular sperm development
Postlerová, Pavla ; Pohlová, Alžběta ; Zigo, Michal ; Jonáková, Věra
Mammalian spermatozoa after their development in testis undergo the post-testicular maturation in epididymis where acquire their fertilization ability and competence of movement. The epididymis is tissue with very active fluid-absorbing and fluid-secreting activity. Epididymal fluid contains ions and small molecules, proteins, glycoproteins and enzymes. The surface of spermatozoa is exposed directly to the epididymal fluid, and the sperm plasma membrane is significantly changed. Some testicular proteins are altered, masked, or replaced by new proteins/glycoproteins of epididymal origin. Several proteins produced by epididymis have been described in various mammalian species and shown to be associated with spermatozoa suggesting a role in the sperm maturation and/or sperm-egg binding and fusion. We isolated proteins from fluid, tissue and sperm of boar epididymis, and separated them by chromatographic and electrophoretic methods. We searched for known proteins using panel of antibodies and tested proteins of epididymal fluid for binding abilities. In the epididymis, we found proteins described as proteins of seminal plasma and associated with the sperm surface, such as spermadhesins, beta-microseminoprotein and acrosin inhibitor. These proteins were detected in epididymal sperm, fluid and tissue. We showed that some epididymal proteins may bind the spermatozoa and change the binding sites on the sperm surface. We determined and identified some proteins from boar epididymal fluid with affinity to heparin, hyaluronan and zona pellucida glycoproteins. These phenomena indicate that epididymal fluid proteins bind to the sperm surface during epididymal maturation and might subsequently play role in the sperm capacitation or sperm-zona pellucida binding.
|
|
Studium změn energetického metabolismu hepatocytů: působení oxidačního stresu a trijodtyroninu
Endlicher, René ; Červinková, Zuzana (vedoucí práce) ; Kalous, Martin (oponent) ; Rauchová, Hana (oponent)
SOUHRN Studium změn energetického metabolismu hepatocytů: působení oxidačního stresu a trijodtyroninu Játra jsou životně důležitým orgánem, vzhledem ke svému postavení v cirkulaci se dostávají ve zvýšené míře do styku s řadou toxických látek, které mohou způsobit poškození hepatocytů. Mechanismy odpovědné za poškození hepatocytů jsou různé, avšak jedním z nejvýznamnějších mechanismů hepatotoxického účinku je oxidační stres způsobený zvýšenou produkcí volných radikálů. Jedním z cílů působení toxických látek je respirační řetězec mitochondrií s následným narušením energetického metabolismu buňky. Působení oxidačního stresu na buňky je velmi komplexní a jeho mechanismy nejsou dosud zcela objasněny. Cílem naší práce bylo proto sledovat dopad oxidačního stresu na energetický metabolismus hepatocytů na modelu izolovaných buněk a izolovaných mitochondrií. Hodnotili jsme vliv oxidačního stresu na aktivitu enzymů dýchacího řetězce a na funkci mitochondriálního póru přechodné permeability (MPTP - mitochondrial permeability transition pore), jehož otevření indukuje kaskádu apoptotických a nekrotických procesů. Získané výsledky prokázaly selektivní působení oxidačního stresu na aktivitu enzymů dýchacího řetězce. Tert-butylhydroperoxid (t-BHP) signifikantně inhibuje oxidaci NADH- dependentních substrátů, zatímco oxidace...
|
|
Aplikace časových profilů při lokalizaci zdrojů AE pomocí neuronových sítí
Chlada, Milan ; Blaháček, Michal ; Převorovský, Zdeněk
V současné době představují lokalizační procedury využívající umělé neuronové sítě (ANN) vysoce efektivní alternativu ke klasickým triangulačním algoritmům. Možnosti jejich aplikace jsou však z různých důvodů omezené. Hlavním problémem bývá především sběr dostatečného množství reprezentativních tréninkových dat spolu s nepřenositelností konkrétní naučené sítě na jinou úlohu. Jako řešení obou problémů byla v poslední době navržena metoda na bázi ANN, využívající tzv. časové profily. Tento nový způsob charakterizace časů příchodů signálů umožňuje učení ANN na numerických modelech a následnou aplikaci na reálných konstrukcích různých měřítek a materiálů. V příspěvku je tato nová metoda demonstrována na experimentálních datech získaných při zatěžování složité součásti letecké konstrukce a je diskutován její významný přínos pro rozšíření aplikačních možností ANN.
|
|
The Role of Human Sco1, Sco2, Surf1 and Oxa1l in the Biogenesis of the Mitochondrial Oxidative Phosphorylation System
Stibůrek, Lukáš ; Zeman, Jiří (vedoucí práce) ; Entlicher, Gustav (oponent) ; Pelouch, Václav (oponent)
The thesis was worked out in The laboratory for study of mitochondrial disorders at the Department of Pediatrics, First Faculty of Medicine, Charles University in Prague. The study of human mitochondrial biogenesis, particularly of the oxidative phosphorylation system (OXPHOS), and its pathologies has seen remarkable progress in past decade. The knowledge of the complete sequence of the human genome, together with the results of elegant yeast studies aimed at the identification of respiratory important gene products, enable us to identify and study the molecular and biochemical bases of numerous human mitochondrial pathologies. These studies not only continue to reveal the underlying molecular mechanisms of the disease etiopathogenesis but also shed completely new light on the various processes of mitochondrial assembly and function in humans. The work presented in this thesis was aimed mainly at the understanding of the various roles of mitochondrial assembly factors Sco1, Sco2, Surf1 and Oxa1l in the assembly and/or maintenance of the five multimeric complexes of the OXPHOS system. The presented data indicate that human Sco1 and Sco2 are involved, in a highly tissue-specific manner, in distinct posttranslational steps of maturation of the cytochrome c oxidase (CcO) subunit Cox2. Furthermore, both SCO...
|
|
Příprava grafenových vrstev různými metodami a charakterizace jejich vlastností
Zahradníček, Radim ; Bartošík, Miroslav (oponent) ; Lišková, Zuzana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá výrobou grafenu různými metodami. Grafen byl připraven pomocí mechanické exfoliace a chemických metod. Oxid grafenu (GO) byl nejdřív připraven modifikovanou Hummersovou metodou a rozpuštěn v roztoku isopropylalkoholu. Následně byl redukován pomocí fotoredukce, UV záření a termické redukce. Vyrobené grafenové vzorky byly charakterizovány pomocí optické mikroskopie, elektronové mikroskopie, mikroskopie atomárních sil, Ramanovy spektroskopie a rentgenové fotoelektronové spektroskopie. Výsledky měření a zhodnocení kvality výroby grafenu jsou uvedeny z této práci.
|
|
Molekulární mechanismy indukce apoptosy u nádorových buněk
Koc, Michal
Tato práce se zaměřila na studium procesů uplatňujících se v indukci apoptosy různými faktory. V našem případě jsme indukovali buněčnou smrt u nádorových buněk deprivací železa, klinicky používanými taxany (paclitaxel, docetaxel) a nově syntetizovanými fotosensitivními látkami. Z presentovaných publikací jsme získali tyto závěry. 1. Studie týkající se indukce apoptosy deprivací železa prokázaly účast odlišných signálních drah vedoucí k indukci apoptosy u myších a lidských nádorových buněk. V obou případech byla použita B lymfomová buněčná linie citlivá k deprivaci železa. U myších 38C13 buněk sensitivních k indukci apoptosy deprivací železa jsme popsali významnou část apoptotické signální dráhy. Deprivace železa u těchto buněk vede k translokaci proapoptotického proteinu Bax z cytosolu na mitochondrie, která je následována zhroucením mitochondriálního membránového potenciálu v důsledku porušení integrity vnější mitochondriální membrány, uvolněním cytochromu c z mitochondrií, aktivací kaspasy 9 a následnou aktivací kaspasy 3. U lidských buněk jsme taktéž zaznamenali indukci apoptosy deprivací železa, avšak charakterem mechanismu odlišnou od apoptosy popsané u myších 38C13 buněk. V případě lidských Raji buněk sensitivních k indukci apoptosy deprivací železa docházelo pouze k aktivaci kaspasy 3, nikoliv však k...
|
|
Analyzing the complexity of auxin-related processes and their regulation
Simon, Sibu ; Zažímalová, Eva (vedoucí práce) ; Stiborová, Marie (oponent) ; Pavlíček, Jiří (oponent)
Souhrn Rostlinný hormon (fytohormon) auxin je důležitým regulátorem růstu a vývoje rostlin. Koncentrační maxima auxinu, nutná pro regulaci vývoje rostlin, se vytvářejí na základě spolupůsobení metabolických procesů, pasivní difuse molekul auxinu přes buněčnou membránu a aktivního transportu auxinu prostřednictvím přenašečů. V naší práci jsme použili skupinu sloučenin strukturně příbuzných hlavnímu endogennímu auxinu kyselině indol-3-octové a syntetickým auxinům kyselinám 2,4-dichlor- fenoxyoctové a naftalen-1-octové. Cílem bylo charakterizovat specifitu vůči auxinům u vývojově významných procesů, jako je aktivní transport auxinu přes buněčnou membránu a "genomický (transkripční)" a "negenomický (netranskripční)" přenos auxinem neseného signálu. Kromě vlastní charakterizace fyziologické aktivity daných látek jsme chtěli přispět k pochopení komplexní regulace fyziologických procesů závislých na auxinu a případně nalézt takové látky, jejichž chování se bude u jednotlivých procesů výrazně lišit. S využitím vybraných látek spolu s dalšími molekulárními nástroji jsme analyzovali negenomický mechanismus přenosu auxinového signálu, způsob účinku styrylových FM (Fei-Mao)-barviv na dynamiku membránově lokalizovaných auxinových transportérů, a účast ostatních fytohormonů - jmenovitě cytokininů - při regulaci hladin...
|
|
Učitelovy otázky ve vyučování matematice
Růžičková, Lucie
Tato diplomová práce se zabývá různými způsoby zkoumání otázek učitelů matematiky, především s ohledem na možný vliv těchto otázek na myšlenkové procesy žáků a kvalitu osvojovaného matematického poznání. Práce má dva základní cíle: za prvé vytvořit soubor vhodných kritérií charakterizujících otázky učitelů matematiky, za druhé pak shromáždit databázi autentických komunikačních situací. Na základě provedeného empirického výzkumu jsou popsány některé komunikační jevy, které je vhodné pozorovat v hodinách matematiky pro účely studia učitelových otázek. Nedílnou součástí výsledků práce je soubor konkrétních příkladů ilustrujících výskyt jednotlivých popisovaných jevů v reálných hodinách matematiky. V závěru práce je zdůrazněna výpovědní hodnota korekčních otázek z hlediska vlivu na myšlenkové procesy žáků a je navržen směr jejich dalšího zkoumání.
|
host ::
