|
|
Úloha mitochondriální DNA v reprodukci
Svobodová, Mariana ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Jelínková, Ladislava (oponent)
Bakalářská práce se zaměřuje na roli mitochondriální DNA (mtDNA) v reprodukci člověka, zejména pak popisuje rozdíly v dynamice mtDNA v oogenezi, spermatogenezi a raném vývoji embrya. Fyziologická funkce mtDNA je doplněna jejími patologiemi a jejich vlivem na fertilitu a schopnost embrya se úspěšně implantovat. Dále je v práci rozvedena možnost využití mtDNA jakožto biomarkeru při hodnocení kvality spermií, vajíček a embryí. Tyto poznatky jsou velmi podstatné zejména při asistované reprodukci, kdy je cílem vybrat nejkvalitnější embryo s vysokou schopností implantace. Práce se také krátce zmiňuje o přítomnosti volné mtDNA v krvi matky a její souvislosti s rozvojem preeklampsie. Klíčová slova: mtDNA, mitochondrie, reprodukce, (ne)plodnost
|
|
|
Optimalizace metody real-time PCR pro kvantifikaci lidské mtDNA v klinických vzorcích
LOSKOT, Martin
Tato práce se zabývá stanovením mitochondriální DNA (mtDNA) a jejím významem v patologických stavech člověka. Mitochondrie patří mezi buněčné organely eukaryotických buněk, jsou důležité zejména pro jejich energetický metabolismus a mají významnou roli v procesu stárnutí a apoptózy. Podle recentních studií se mitochondriální dysfunkce kromě mitochondriálních onemocnění podílí také na běžných onemocněních, jako jsou nemoci srdce, mozku nebo rakovina. Ukazuje se, že počet mitochondrií v buňkách koreluje se zdravotním stavem a stárnutím organismu. Buněčný obsah mtDNA se často měří jako poměr mtDNA k jaderné DNA. Měření mtDNA z periferní krve se ukazuje jako vhodný ukazatel mitochondriálních funkcí, neboť snížené množství mtDNA může korelovat se sníženou funkcí mitochondrií. Dosud nebylo objasněno, jak hladina mtDNA ovlivňuje vznik onemocnění, ale ukazuje se, že by mohla být biomarkerem pro kontrolu zdravotního stavu v čase. Praktická část popisuje přípravu vzorků z bukálních stěrů a periferní krve a metodu stanovení mtDNA pomocí real-time PCR. Výpočet počtu kopií mtDNA z naměřených hodnot a jejich vyhodnocení. V rámci optimalizace měření je uvedeno srovnání dvou různých přístupů pro diagnostiku relativního počtu kopií mtDNA.
|
|
|
Migrace v africkém sahelu pohledem genetické diverzity kontrolního úseku mitochondriální DNA
Adámková, Kristýna ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent)
Subsaharská Afrika je oblast s nejvyšší diverzitou anatomicky moderního člověka (AMČ). S využitím genetické analýzy převážně uniparentálních lokusů dokážeme postupně odkrývat migrační aktivitu člověka v minulosti. Tato práce se soustřeďuje na africký sahel. Jedná se o dlouhé, horizontálně probíhající pásmo ohraničené saharskou pouští a tropickými deštnými lesy v šířce celého kontinentu. Příznivé environmentální podmínky a chybějící geografická bariéra je vhodná nejen pro mobilní pastevce, ale i usedlé zemědělce. Tyto předpoklady vytváří v oblasti vysokou migrační aktivitu. V této práci jsem nově sekvenovala 474 vzorků mitochondriální DNA 11 populací. Populace pastevců a zemědělců pokrývaly celý sahelský pás. Intrapopulační analýza hodnotila diverzitu v rámci populace a ukázala na obecně nízké hodnoty u pasteveckých populací, zejména u pasteveckých Fulbů na západě sahelu. Interpopulační analýza odkryla větší rozdíly mezi jednotlivými populacemi než mezi populacemi sdruženými do subsistenční skupiny pastevců nebo zemědělců, v rámci regionů nebo jazyků. Práce zahrnovala populace s afroasijskou, nigerokonžskou a nilosaharskou jazykovou rodinou. Díky programu Migrate-n jsem v této práci mohla potvrdit dříve publikovanou hypotézu, že sahel funguje jako migrační koridor, a že tok genů je mezi východním a...
|
|
|
Dědičná mitochondriální onemocnění způsobená poruchou oxidativní fosforylace
Hanušová, Eva ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Dědičná mitochondriální onemocnění způsobená poruchou oxidativní fosforylace Tato bakalářská práce se zabývá problematikou dědičných mitochondriálních onemocnění, která jsou způsobena poruchami funkce enzymů účastnících se procesu oxidativní fosforylace, jinak známé i jako OXPHOS komplex. Následující rešerše čtenáře seznámí s informacemi týkajícími se genomu a struktury mitochondrií, v nichž se OXPHOS komplex uskutečňuje, a také se složením a průběhem tohoto komplexu. Uvádím zde i základní fakta o možných mutacích jaderné a mitochondriální DNA, které negativně ovlivňují funkčnost OXPHOS komplexu nebo i samotnou biogenezi mitochondrií. Práce má za cíl shrnout aktuální data o jednotlivých onemocněních - o jejich klinických projevech, etiopatogenezi, možné léčbě a prevenci a výskytu v populaci. Klíčová slova: dědičnost, mtDNA, mitochondriální onemocnění, OXPHOS komplex
|
|
|
Genetické vazby v okolí Rudého moře hodnocené pomocí mtDNA
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Rídl, Jakub (oponent)
Okolí Rudého moře je jedním z důležitých regionů, které nám umožňují poodkrýt stopy evoluce anatomicky moderního člověka. Kromě otázek souvisejících s jeho šířením z Afriky je tato oblast významná i z hlediska vzájemného vlivu afrických a arabských populací, které se po delším období vzájemné izolace a genetické diferenciace související s klimatickými změnami v pleistocénu a následným rozvojem námořních i pozemních tras v holocénu začaly dostávat do stále častějšího kontaktu. Ačkoliv byla v rámci této oblasti provedena již řada archeogenetických analýz, některé otázky týkající se pozdějšího vývoje zůstávají dosud nedostatečně zodpovězené, především z důvodu nedostatečného materiálového zastoupení. Tato práce je zaměřena na analýzu 200 sekvencí mtDNA čtyř súdánských populací - dvou populací kočovných pastevců Rašajda a Bedža žijící v těsném sousedství v okolí města Kassala a hovořící odlišnými jazyky a dvou populací z údolí Nilu žijící usedlým způsobem života. Prostřednictvím intrapopulační analýzy byla zjištěna mnohem vyšší diverzita u usedlých populací (v této práci jsou reprezentovány Núbijci a Araby). Při hodnocení interpopulační variability a genetických vzdáleností v rámci dalších 46 populací z oblasti Rudého moře bylo dále zjištěno, že ačkoliv žijí Rašajdové a Bedžové v současné době v těsném...
|
|
|
Studium exprese a maturace mitochondriálního systému oxidativní fosforylace v průběhu prenatálního vývoje savců
Mrhálková, Andrea ; Hůlková, Martina (vedoucí práce) ; Ješina, Pavel (oponent)
Postnatální adaptace novorozence na extrauterinní prostředí je kromě jiného závislá na maturaci mitochondriálního systému oxidativní fosforylace (OXPHOS). Pro proces maturace je nezbytný efektivní průběh mitochondriální biogeneze během fetálního vývoje. Nedostatečnost systému OXPHOS se podílí na mortalitě a morbiditě předčasně narozených dětí. Hlubší porozumění průběhu mitochondriální biogeneze na molekulárně genetické a biochemické úrovni je tedy důležité pro zlepšení péče o předčasně narozené děti, zvláště o kriticky nemocné novorozence. Práce vznikla v Laboratoři pro studium mitochondriálních poruch na Klinice dětského a dorostového lékařství, 1. LF UK v Praze. Studie byla zaměřena na molekulárně genetické analýzy genů kódujících podjednotky ATP syntázy a charakterizaci změn v množství mitochondriální DNA v průběhu fetálního vývoje člověka a potkana. Výsledky přispívají k pochopení procesu mitochondriální biogeneze respektive biogeneze ATP syntázy ve fetálních tkáních člověka a potkana.
|
|
|
Fylogeneze vybraných rodů gekonů Mediteránu a přilehlých oblastí
Červenka, Jan
Fylogeneze vybraných rodů gekonů Mediteránu a přilehlých oblastí Jan Červenka disertační práce Abstrakt Disertační práce, jejímž základem jsou tři již publikované práce a jeden rukopis, je zaměřena na fylogenezi vybraných rodů gekonů z oblasti Mediteránu a oblastí přilehlých. Cílovou skupinu taxonů spojuje z morfologického hlediska absence přísavných lamel na prstech a z hlediska historie výzkumu skupiny také jejich předpokládaná blízká fylogenetická příbuznost. Na problematiku studovanou v této práci byly aplikovány především metody molekulární fylogenetiky s využitím sekvenčních dat získaných z mitochondriálních genů. Morfologické znaky, u ještěrů tradičně používané, byly zkoumány zejména v souvislosti s ekologií studovaných forem. Práce umožnila první podrobnější náhled na fylogenezi zkoumaných taxonů. Ze zjištěných výsledků vyplývá, že rod Cyrtopodion, dříve považovaný za monofyletický, monofylem není, neboť rody Bunopus a Agamura tvoří jeho vnitřní skupiny. Jeho podrod Mediodactylus tvoří monofylum, nikoli však blízce příbuzné ostatním zástupcům rodu a byl povýšen na samostatný rod Mediodactylus. Enigmatický a doposud poměrně málo prozkoumaný rod Carinatogecko tvoří se všemi svými zástupci vnitřní skupinu rodu Mediodactylus. Na základě vnější morfologie a ekologických charakteristik bylo též doporučeno...
|
|
|
Populační struktura, migrace a dynamika Afriky a Arábie
Čížková, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent) ; Zrzavý, Jan (oponent)
Populační historie afrického sahelu a Arábie byla kromě interakce evolučních sil ovlivněna i šířením kulturních inovací neolitu. Odrazem těchto procesů je dnes velmi složitě strukturovaná diverzita současných populací, která je v předkládané práci prezentována prostřednictvím analýz několika genetických markerů. Cílem je podat ucelený pohled na historii demografických procesů v sahelu i Arábii, a to kombinací genetických, jazykových, subsistenčních a geografických dat získaných od lokálních populací. Studie rozsáhlého souboru mtDNA sekvencí ukázala, že Arábie byla významnou křižovatkou genového toku, a ačkoliv byla kolonizována anatomicky moderními lidmi z východní Afriky, dnešní diferenciace mezi oběma regiony je vyšší než diferenciace mezi jejich lokálními populacemi. I sahel byl v minulosti významným biokoridorem. Setkáváme se zde s populacemi různých subsistenčních strategií (kočovní pastevci a usedlí zemědělci), mezi nimiž byl genový tok značně omezen. Porovnání uniparentálně děděných lokusů u obou skupin poukazuje na odlišnou migrační aktivitu východní a západní části sahelu. Ke komplexnějšímu obrazu populační historie této oblasti přispěly také analýzy Alu elementů, které naznačily inklinaci západoafrických pastevců (Fulbů) k populacím východní Afriky. Práce ukazuje, že subsistenční...
|
|
|
Variabilita mitochondriální DNA ve vztahu k druhové identifikaci živočichů
Suchá, Františka
Mezi významné nástroje pro identifikaci živočichů patří molekulárně-genetické metody, zejména DNA barcoding. Tato práce si kladla za cíl popsat metody DNA barcodingu, zejména metody amplifikace genu cytochromoxidázy I (COI). Tyto metody byly poté využity pro identifikaci a sledování rozdílů mezi konkrétními příklady druhů z jednotlivých taxonomických skupin. K tomuto účelu byly shromážděny vzorky hmyzu z Brna a okolí a také vzorky chlupů z několika vybraných druhů domácích zvířat. Z těchto vzorků se izolovala DNA, ze které byl následně amplifikován úsek genu pro cytochromoxidázu I (COI) metodou PCR. Pro tyto účely byly použity primery LCO1490/HCO2198. Poté následovalo sekvenování a srovnání výsledků sekvenování s referenčními sekvencemi v databázích. Ze všech 40 vzorků se podařilo amplifikovat 32 vzorků, amplifikace selhala pouze u vzorků koňských žíní. Amplifikované fragmenty byly úspěšně sekvenovány a všechny sekvence se podařilo přiřadit k referenčním sekvencím v databázích.
|
|
|
Funkce proteinu p53 v mitochondriích
Magdálková, Kateřina ; Kalous, Martin (vedoucí práce) ; Žurmanová, Jitka (oponent)
Protein p53 je známý především jako tumor supresorový faktor, který reguluje expresi množství genů účastnících se regulace buněčného cyklu, oprav DNA a buněčné smrti. Řadu procesů však reguluje i mimo jádro buňky svými na transkripci nezávislými aktivitami. Za fyziologických podmínek se určité množství proteinu p53 nachází v mitochondriích, kde přispívá k udržování integrity mitochondriálního genomu. Po stresovém stimulu pak dochází k rychlé translokaci velkého množství proteinu p53 na vnější mitochondriální membránu i do mitochondriální matrix, kde se účastní indukce programované buněčné smrti, apoptózy či nekrózy. Klíčová slova: p53, mitochondrie, mtDNA, apoptóza, nekróza
|
host ::
RSS.