|
|
Detekce mikroorganismů v půdě metodou CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization)
Krištůfek, Václav ; Kasalický, Vojtěch ; Chroňáková, Alica ; Elhottová, Dana ; Němec, Jan
Pro detekci půdních mikroorganismů byla na pracovišti Ústavu půdní biologie zavedena metoda CARD-FISH (Catalyzed Reporter Deposition - Fluorescence in situ Hybridization). CARD-FISH je relativně nová molekulární metoda pro zjištění podílu jednotlivých skupin mikroorganismů pomocí oligonukleotidových sond. Oproti klasické metodě FISH využívá enzymatické aktivity k zesílení signálu a tím umožňuje výrazně kvalitnější detekci mikroorganismů v půdě nebo organických substrátech. Metodou bylo poprvé sledováno složení bakteriálního společenstva datované vrstvy kupy netopýřího guána z jeskyně Domica (NP Slovenský kras). Bylo stanoveno procentické zastoupení těchto skupin mikroorganismů: bakterie (většina bakterií, .i.Planktomycetales, Verrucomicrobiales./i.), archaea, actinobacteria, proteobacteria, .i.Cytophaga-Flavobacter./i.-Bacteroidetes, sfingobacteria.
|
|
|
Změny mikrobiálního společenstva způsobené pasáží trávicím traktem žížal
Němcová, Anna ; Pižl, Václav ; Elhottová, Dana
Selektivní vliv podmínek trávicího traktu žížal se podílí na redukci nebo stimulaci různých mikrobiálních skupin. Pasáž půdy zažívacím traktem žížaly obecně podporuje zvýšení celkové aktivní mikrobiální biomasy. Počet kultivovatelných bakterií přítomných ve střevě žížaly průkazně nevzrůstá ve srovnání s okolním půdním prostředím, ale dochází ke změnám v druhové bohatosti. Obvykle se během pasáže částečně mění také zastoupení mikrobiálních skupin. Pasáž trávicím traktem a exkrece do půdy může dlouhodobě ovlivnit i funkci významných mikrobiálních skupin. Cílem příspěvku je shrnout přehled kvantitativních a kvalitativních charakteristik doprovodné mikroflóry těchto významných zástupců půdní makrofauny.
|
|
|
Kultivace bakterií z netopýřího guána
Petrásek, Jiří ; Elhottová, Dana ; Krištůfek, Václav ; Kováč, L.
Netopýří guano představuje důležitý zdroj organických látek v oligotrofních jeskyních. Vysoký obsah chitinu, který pochází z nestrávených zbytků těl hmyzu v potravě netopýrů, způsobuje, že se guano rozkládá velmi pomalu. V průběhu času se v blízkosti netopýřích kolonií vytváří kopy guana staré i několik stovek let. Netopýří guano tak představuje unikátní prostředí, ve kterém panují specifické podmínky a tomu odpovídá také složení bakteriálního společenstva. V rámci této studie byla plotnovou metodou pomocí šesti kultivačních médií sledována bakteriální společenstva guana z jeskyně Domica a z Ardovské jeskyně (NP Slovenský kras). Celkové počty kultivovatelných aerobních bakterií v guanu byly hodnoceny pomocí růstu na zpevněném komplexním médiu TSBA (Becton & Dickinson). Celkové počty kultivovatelných anaerobních bakterií byly sledovány pomocí DifcoTM Anaerobic Agar (Becton & Dickinson) a krevního agarového média (Shadler + 5% beranní krev, Oxoid).
|
|
|
GPC půdních huminových kyselin a fulvokyselin z Trojmezí
Šestauberová, Martina ; Novák, František
U vzorků huminových kyselin (HK) a fulvokyselin (FK), izolovaných z jednotlivých půdních horizontů podzolové půdy smrkového lesa na Trojmezí (Šumava, 48°46´25¨ sev. š., 13°51´04¨ vých. d.), byla pomocí gelové chromatografie stanovena molekulová hmotnost M.sub.r./sub. a průměrná molekulová hmotnost M.sub.w./sub.. Pro vysokomolekulární frakci HK bylo zjištěno rozmezí molekulových hmotností 380 – 569 kDa, pro hlavní frakci HK 6,7 – 31,4 kDa, u FK se hodnoty pohybovaly mezi 1,8 – 3,3 kDa. Z výsledků byl patrný klesající trend M.sub.r./sub. s rostoucí hloubkou, rovněž podíl vysokomolekulární frakce HK se směrem dolů snižoval. HK izolovaná z horizontu B.sub.h./sub. neobsahovala vysokomolekulární frakci a její molekulová hmotnost se blížila hodnotám stanoveným u fulvokyselin.
|
|
| |
host ::
RSS.