|
| |
|
|
Studium interakce C-konce DNA-vazebné domény FOXO4 s DNA
Zusková, Iva ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Teisinger, Jan (oponent)
Forkhead transkripční faktory jsou strukturně příbuzné molekuly obsahující přibližně 110 aminokyselin-velkou konzervovanou DNA-vazebnou doménu známou jako forkhead doména. Protein FOXO4 náleží do podskupiny "O" forkhead transkripčních faktorů. Zástupci podskupiny FOXO forkhead transkripčních faktorů se podílejí na mnoha důležitých biologických procesech. FOXO faktory se účastní kontroly metabolismu, buněčného cyklu, apoptózy a ochrany vůči oxidativnímu stresu. DNA-vazebná doména členů FOXO se skládá ze tří α-helixů (H1, H2 a H3), tří β-vláken (S1, S2 a S3) a dvou flexibilních ohybů (nazývaných jako křídla W1 a W2). Úloha ohybu W2 při vazbě FOXO na DNA je nejasná. Ohyb W2 pravděpodobně interaguje s oblastí DNA předcházející hlavní vazebný motiv FOXO faktorů. Spekuluje se, že vazebná afinita DNA-vazebné domény FOXO4 k DNA roste s obsahem A-T párů v oblasti DNA předcházející hlavní vazebný motiv. Pro ověření této hypotézy byla exprimována a purifikována DNA-vazebná doména FOXO4 a byla určena její vazebná afinita ke třem různým DNA duplexům lišících se obsahem A-T párů v oblasti před hlavní vazebnou sekvencí. Vazebná afinita byla určena pomocí měření změn stacionární anisotropie fluorescence. Toto stanovení neukázalo žádné signifikantní rozdíly mezi vazebnou afinitou DNA-vazebné domény FOXO4 k DNA o...
|
|
|
Stanovení konstant stability komplexů s nabitými cyklodextriny kapilární zónovou elektroforézou
Beneš, Martin ; Zusková, Iva (vedoucí práce) ; Dubský, Pavel (oponent)
Martin Beneš Stanovení konstant stability komplexů nabitých cyklodextrinů kapilární zónovou elektroforézou Abstrakt V rámci této diplomové práce byly určeny konstanty stability kationtového cyklodextrinu PABCD s neutrálními analyty. Veliká pozornost byla věnována faktorům, které tato stanovení metodou ACE ovlivňují. Bez ohledu na přístup ke stanovení samotných konstant se jeví jako vhodný a jednoduchý způsob nastavení průměrné teploty roztoku v kapiláře na požadovanou hodnotu 25řC snížením teploty chlazení kapiláry na základě sledování signálu vodivostního detektoru. Dále byl demonstrován vliv měnící se viskozity a iontové síly prostředí v důsledku přídavku PABCD do základního elektrolytu. Jako vhodná a jednoduchá korekce experimentálních dat na změnu viskozity prostředí se jeví korekce pomocí relativního viskozitního koeficientu prostředí, který je určen měřením viskozitního koeficientu přímo v separační kapiláře. Iontovou sílu prostředí můžeme zohlednit dvěma způsoby: provádět experimenty v systému s konstantní iontovou silou, nebo dodatečně určit závislost aktuální pohyblivosti nabitého cyklodextrinu na iontové síle prostředí a pomocí této naměřená data ze systému s proměnlivou iontovou silou korigovat. V případě, že se jedná o ionogenní ligandy, u nichž je příspěvek k iontové síle prostředí relativně...
|
|
| |
|
| |
|
|
Antioxidační účinky analogů složek nukleových kyselin.
Procházková, Eliška ; Mertlíková Kaiserová, Helena (vedoucí práce) ; Zusková, Iva (oponent)
Reaktivní formy kyslíku (ROS) se v určité míře přirozeně vyskytují v organismu a mají zde např. signalizační a antimikrobiální funkce. Vznikne-li nerovnováha mezi tvorbou a zánikem ROS, hovoříme o oxidačním stresu. Ten je převážně chápán jako nepříznivý stav způsobující oxidační poškození biomolekul (lipidy, proteiny, nukleové kyseliny). Oxidační stres provází řadu tzv. civilizačních chorob a může být navozen také v důsledku farmakoterapie (nežádoucí účinky některých léčiv). Možnosti ovlivnění oxidačního stresu pomocí antioxidantů jsou stále předmětem intenzivního výzkumu. Analogy složek nukleových kyselin představují strukturně bohatou skupinu látek s významným farmakologickým potenciálem. Zatímco jejich protivirové či cytostatické účinky jsou popsány velmi detailně, informace o jejich potenciálně antioxidačních vlastnostech se v literatuře objevují pouze sporadicky. Předmětem této práce bylo zkoumání antioxidační aktivity ve skupině 126 analogů nukleotidů, nukleosidů a nukleobazí s cílem popsat strukturní motivy, které jsou za ni zodpovědné. Bylo použito několika metodických přístupů: 1) stanovení schopnosti látek zhášet ABTS radikál in vitro (metoda TEAC), 2) vliv látek na proces lipidové peroxidace a 3) schopnost látek ovlivňovat hladinu ROS na buněčné úrovni pomocí fluorescenční sondy...
|
|
|
Studium mechanismu rozpoznávání DNA transkripčním faktorem FOXO4
Zusková, Iva ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Bouřa, Evžen (oponent)
Forkhead transkripční faktor FOXO4 se podílí na kontrole řady buněčných dějů, jako jsou např. metabolismus, buněčný cyklus, apoptóza, oprava poškozené DNA či ochrana vůči oxidativnímu stresu. Krystalová struktura DNA-vazebné domény tohoto proteinu s navázanou DNA ukázala, že FOXO4 interaguje s DNA podobně jako jiné forkhead proteiny. DNA- vazebný povrch je tvořen zejména helixem H3, který se váže do velkého žlábku molekuly DNA, a dále N-koncovým segmentem a flexibilními ohyby na C-konci domény. Nicméně řada otázek, zejména ohledně mechanismu regulace specifičnosti při rozpoznávání DNA a úlohy jednotlivých částí domény v tomto procesu, zůstává stále nejasná. V rámci této diplomové práce byla studována interakce DNA-vazebné domény FOXO4 s DNA o různých sekvencích. Tento protein a řada jeho mutantů byla exprimována a purifikována a interakce s DNA byly studovány pomocí metod fluorescenční spektroskopie a resonance povrchového plasmonu. Výsledky těchto experimentů ukázaly, že nukleotidová sekvence na 5′ konci od hlavního vazebného motivu ovlivňuje stabilitu komplexu DNA-vazebné domény FOXO4:DNA. Dále se podařilo objasnit význam jednotlivých aminokyselin FOXO4, které se podílejí na vazbě na DNA, na stabilitě výsledného komplexu.
|
|
|
Ionic effects and online preconcentration techniques in separation systems
Boublík, Milan ; Zusková, Iva (vedoucí práce) ; Tůma, Petr (oponent) ; Vigh, Gyula (oponent)
Online prekoncentrační techniky v kapilární elektroforéze (CE) zvyšují citlivost detekce elektroforetických separací a jsou tak předmětem zájmu mnohých výzkumných skupin. Z tohoto důvodu je návrh nových prekoncentračních technik a jejich teoretický popis žádoucí pro jejich širší využití. Jedním z faktorů ovlivňujících separační podmínky je iontová síla separačních systémů. V rámci této disertační práce byly navrženy nové prekoncentrační techniky a popsány efekty iontové síly v separačních systémech CE a hydrofilní kapalinové interakční chromatografie (HILIC). Současně zde bylo představeno a popsáno 14 nových pI markerů pro isoelektrickou fokusaci (IEF). První část této disertační práce se zabývá návrhem nových prekoncentračních technik a jejich teoretickým popisem. Jsou zde prezentovány dvě prekoncentrační techniky. První z nich je založena na mechanismu sweepingu pomocí neutrálního komplexačního činidla, zatímco druhá využívá pH rozhraní, která jsou vytvořena systémovými zónami. Obě techniky jsou popsány jak teoreticky pomocí numerických simulací, tak experimentálně. Tyto techniky byly také aplikovány pro prekoncentraci účinné látky v komerčně dostupném léčivu a pro směs strukturně podobných analytů. Pro metodu využívající prekoncentraci pomocí systémových zón byl vytvořen diagram umožňující...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.