|
| |
|
|
Functional characterization of plant EXO70 exocyst subunit isoforms and their membrane targeting mechanisms
Sekereš, Juraj ; Potocký, Martin (vedoucí práce) ; Jaillais, Yvon (oponent) ; Ischebeck, Till (oponent)
Souhrn Váčkový poutací komplex exocyst patří mezi hlavní regulátory buněčné polarity eukaryot. Tento proteinový komplex propojuje sekretorické váčky s plazmatickou membránou a reguluje vznik cis SNARE komplexu, jehož formování pohání fúzi membrány váčku s cílovou membránou. Výzkum funkce komplexu exocyst u kvasinkových a savčích buněk ukázal, že dvě z jeho osmi podjednotek, SEC3 a EXO70, poutají komplex k plazmatické membráně díky přímým interakcím se specifickými proteiny a membránovými fosfolipidy. Podjednotka exocystu EXO70 je v genomech krytosemenných rostlin kódována velkým počtem paralogů, v případě modelových rostlin huseníčku a tabáku se jedná o více než 20 genů. Rozdílné izoformy EXO70 pravděpodobně tvoří součást funkčně odlišných typů komplexu exocyst a regulují jejich zacílení do rozličných membránových domén, jelikož specifické interakce periferních membránových proteinů s různými fosfolipidy obecně přispívají k nasměrování proteinů do cílových organel a membránových domén. Tato práce se zaměřuje na funkci specifických interakcí proteinů a lipidů v rámci regulace buněčné polarity u rostlin a přispívá k objasnění rozmanitosti izoforem podjednotky exocystu EXO70 v rostlinných buňkách. Úvodní přehledné články přinášejí recentní shrnutí souhry proteinů a lipidů v ustálení membránových domén...
|
|
|
Fenotypová analýza transgenních linií tabáku jako nástroj studia genové funkce
Srba, Miroslav ; Fischer, Lukáš (vedoucí práce) ; Ovečka, Miroslav (oponent) ; Potocký, Martin (oponent)
Buněčné linie představují významný modelový systém v buněčné biologii rostlin. Dovolují jednoduché provedení cytologických analýz po nejrůznějších experimentálních ošetřeních vč. ovlivnění exprese studovaných genů. Buněčná linií tabáku BY-2 je významně upřednostňovaný model pro svoji vysokou dělivou aktivitu, schopnost efektivní synchronizace buněčného cyklu a snadnou transformovatelnost. Díky poměrně vysoké uniformitě dovoluje linie BY-2 morfologické hodnocení fenotypu na základě cytologických parametrů jako je mitotický index, viabilita, denzita a další. Předkládaná práce shrnuje zavedené metody a současné zkušenosti s prací s tabákovou linií BY-2. Jako vzorové případy hodnocení cytologických parametrů a fenotypování na buněčné úrovni jsou přeloženy vybrané výsledky dvou řešených projektů, jež byly zaměřeny na studium hybridních prolinem bohatých proteinů a na studium významu heterotrimerních G-proteinů v regulaci buněčné proliferace. V průběhu řešení těchto projektů byly optimalizovány postupy cytologického hodnocení buněčné linie BY-2. Tyto postupy zefektivňující využití tabákové linie BY-2 ve studiu genové funkce jsou v práci prezentovány.
|
|
|
The role of signaling phospholipids in the regulation of plant polar growth
Pleskot, Roman ; Potocký, Martin (vedoucí práce) ; Testerink, Christa (oponent) ; Spiwok, Vojtěch (oponent)
Polární růst patří mezi jeden z nejdůležitějších procesů ve vývoji rostlin. Pylové láčky představují vynikající experimentální systém pro studium mechanismů polárního růstu. Tento typ růstu je kontrolován přesnou časo-prostorovou koordinací molekul jako jsou např. malé GTPasy, aktinový cytoskelet, protein kinasy nebo reaktivní formy kyslíku. V této práci jsme se zaměřili na studium role dvou signálních fosfolipidů, kyseliny fosfatidové (PA) a fosfatidylinositol 4,5-bisfosfátu (PIP2), v regulaci polárního růstu rostlin. Kombinací biochemických a molekulárně- biologických metod jsme popsali zapojení PA v regulaci aktinového cytoskeletu, jehož dynamika je nezbytná pro správný růst pylových láček. Nalezli jsme přímou interakci enzymu, který produkuje PA, fosfolipasy D (PLD)β1 s aktinem a ukázali jsme, že aktin ovlivňuje aktivitu tohoto enzymu. Pomocí molekulárně-dynamických simulací jsme popsali strukturní detaily inhibice aktin-čepičku-jícího proteinu PA a navrhli jsme model pozitivní zpětné vazby v regulaci aktinové dynamiky zprostředkované PA a PLDβ1. Abychom získali informace o lokalizaci PA, připravili jsme PA-vazebnou doménu proteinu Spo20p ve fúzi s YFP a tuto doménu jsme použili jako PA-biosensor. V pylových láčkách se PA lokalizuje do subapikální oblasti a částečně se překrývá se signálem pro...
|
|
|
Existují sekvenční determinanty funkční divergence GTPáz?
Kraus, Ondřej ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Potocký, Martin (oponent)
Malé GTPázy jsou významné proteiny ovlivňující řadu buněčných dějů. Ve své práci se zabývám porovnáním pěti nejvýznamnějších proteinových rodin malých GTPáz - Arf, Rab, Ran, Ras a Rho, abych identifikoval aminokyseliny zodpovědné za velkou funkční rozdílnost jednotlivých rodin. K jejich vzájemnému porovnání jsem využil strukturní data z databáze PDB a sekvence z databáze UniProt. Pomocí programu ConSurf a programu Sca5 jsem objevil dříve nepopsané skupiny aminokyselin specifických pro jednotlivé rodiny malých GTPáz. Na příkladu malých GTPáz jsem také provedl pilotní studii použitelnosti B-faktorů jako indikátorů síly vazby v proteinové struktuře. První výsledky nejsou zcela průkazné, ale ani použitelnost B-faktorů jako indikátorů síly vazby nevylučují. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
| |
host ::
RSS.