|
|
Fetální DNA cirkulující v mateřské plazmě a možnosti její genetické analýzy
Soukalová, Adéla ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent)
Volně cirkulující DNA je krátká, fragmentovaná DNA, vyskytující se v plazmě a séru, do kterého je uvolňována různými mechanismy. Jako první byla prokázána v tělních tekutinách u onkologických pacientů a záhy se stala biomarkerem pro neinvazivní diagnostiku. Zanedlouho došlo k detekci přítomnosti fetální cfDNA v plazmě matky a stala se předmětem klinické využitelnosti. Neinvazivní prenatální diagnostika je screeningová metoda, která pomáhá určit pravděpodobnost výskytu vrozených vad již v rané fázi těhotenství, právě s využitím fetální cfDNA. Konečné výsledky určují invazivní metody, mezi něž řadíme například aminocentézu a odběr choriových klků. Invazivní metody prenatální diagnostiky s sebou nesou riziko ztráty plodu méně než 1 %. I přes takto malé riziko je neustálá snaha vědců směřována ke zdokonalení metod neinvazivních, pomocí kterých lze detekovat aneuploidie jako Downův, či Edwardsův syndrom. Dále lze u plodu detekovat pohlaví, monogenní choroby, či Rh faktor, přičemž se využívá metod polymerázové řetězové reakce (PCR), či sekvenování nové generace.
|
|
|
Izolace DNA z dotykových stop a její forenzní analýza
Hnyková, Tereza ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Stenzl, Vlastimil (oponent)
Dotyková DNA je ve forenzní genetice ještě stále celkem novým objevem, ale využívá se velmi často jako důkazní materiál při soudních řízení. Přesto například její definice není jednotná a zdroj DNA v dotykových stopách není kompletně prozkoumán. Tato práce tedy shrnuje všechny doposud nalezené zdroje DNA v dotykových stopách. Zároveň se zevrubně zaměří i na výzkum prováděný na těchto modelově vytvářených stopách v laboratořích a jak se získané informace mohou uplatnit v reálných případech ve forenzní praxi. Na závěr budou shrnuty metody extrakce DNA a nejlepší doposud objevené metody k izolaci DNA z dotykových stop. Klíčová slova: Dotyková DNA, Dotykové stopy, Stopová DNA, Forenzní genetika, Volná DNA, Korneocyty, Extrakce DNA, Případy, Kriminalistika
|
|
|
Optimalizace digitální polymerázové řetězové reakce pro aplikaci v neinvazivní prenatální diagnostice
Šenkyřík, Pavel ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Vodička, Radek (oponent)
Digitální PCR (Polymerase Chain Reaction) je metoda umožňující absolutní kvantifikaci sekvencí DNA a proto nachází uplatnění v mnoha diagnostických disciplínách. Zaměřili jsme se na diagnostiku trisomie 21. chromosomu, která se projevuje jako Downův syndrom. Informace o genomu plodu lze získat z volné fetální DNA, která se během těhotenství uvolňuje do krevního řečiště matky z placenty. V prvním trimestru fetální DNA tvoří přibližně 5-10 % volné DNA a je tudíž vhodným cílem pro neinvazivní prenatální testování (NIPT). Potřebujeme však techniku, která je schopna rozlišit tuto relativně malou frakci volné fetální DNA a odlišit ji od volné DNA matky. Právě digitální PCR poskytuje díky širokým možnostem multiplexování různé způsoby, jak tohoto cíle dosáhnout. Zaměřili jsme se na optimalizaci multiplex reakce, která v jednom fluorescenčním kanále rozlišuje počet kopií referenčního chromosomu 18 a sledovaného chromosomu 21. Výsledné stanovení tohoto poměru nám poskytuje informaci ohledně rovnováhy mezi chromosomy a může nám tak potvrdit či vyvrátit přítomnost trisomické fetální frakce. Využitelnost navržené metody pro klinickou aplikaci jsme testovali vyšetřením vzorků DNA izolovaných z 25 vzorků plazmy těhotných se zdravými plody a z 15 vzorků plazem od těhotných s plody postiženými Downovým syndromem....
|
|
|
Detekce CNV polymorfismů v oblastech forenzně významných STR lokusů v české populaci
Salihagić, Lejla ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
DNA analýza směřující k individuální identifikaci osob je založena na vyšetření panelu polymorfismů typu STR (Short Tandem Repeats). Tyto polymorfní lokusy byly vybrány na základě široce pojatého mezinárodního testování, jsou známy frekvence jednotlivých alel napříč různými etniky. V současné době je věnována pozornost také polymorfismům zahrnujícím větší oblasti DNA - tzv. Copy Number Variants (CNVs). Dle literatury (Repnikova et al., 2013) se ukazuje, že tyto varianty mohou postihovat také oblasti forenzně významných STR lokusů, což má za následek například deleci jedné z alel. Vyšetřovaná osoba, pak není v takto postiženém lokusu homozygotem, ale hemizygotem. V opačném případě, při duplikaci jedne z alel, vzníká trialelický STR. Takovéto situace můžou pak zkreslit výsledek individuální identifikace, eventuálně také správné vyhodnocení příbuzenských vztahů. V rámci diplomové práce bude zavedena metodika založená na digital droplet PCR (ddPCR), která umožní ověření v případech, kdy z rutinně získaného DNA profilování vyplyne podezření na přítomnost třetí alely u jednoho z STR lokusů. Vzorky pro testování budou získány ve spolupráci s Kriminalistickým ústavem Praha na základě společně řešeného výzkumného projektu. Screeningu bude podrobeno 200 000 DNA profilů získaných z kontrolních vzorků -...
|
|
|
Asociačná štúdia s génom ADA a detailná charakterizácia dvoch chromozomálnych prestavieb u autizmu
Vážna, Alžběta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Ferák, Vladimír (oponent) ; Korabečná, Marie (oponent)
Autizmus postihuje až 1/150 detí a predstavuje tak závažný spoločenský problém. Je to komplexné ochorenie s jasne preukázaným genetickým komponentom, ale doteraz neobjasnenou etiológiou, na ktorú sa v súčasnosti sústreďuje intenzívny výskum. V oblasti genetiky sa skúmajú génové a chromozomálne defekty a ďalšie mechanizmy vrátane epigenetických, ktoré by mohli hrať úlohu v patogenéze. V našej práci sme sa pokúsili zreplikovať nájdenú asociáciu rizikovej alely ADA*2 s autizmom na súbore 385 českých detí. Ten bol väčší ako boli súbory pôvodne publikované. Zamerali sme sa aj na jednotlivé endofenotypy (typy autizmu, stupne mentálnej retardácie a komorbidity). Naše výsledky asociáciu autizmu s alelou ADA*2 nepotvrdili ani v kompletnom súbore, ani v žiadnej jeho podmnožine. Ďalším nálezom u autistov sú chromozomálne zmeny. Previedli sme analýzy kruhového chromozómu 17 a delécie chromozómu X u dvoch pacientok. Naše štúdie predstavujú pred nedávnom nemysliteľné prepojenie klasickej cytogenetiky s molekulárnou genetikou na úrovni sekvencie DNA. Ako prví na svete sme popísali štruktúru ľudského kruhového chromozómu. Charakterizácia defektov nám umožnila špekulovať o vplyve zúčastnených génov na fenotyp pacientov. Obidve tieto pilotné analýzy sa sústredili na veľké aberácie postihujúce desiatky génov, čo nám...
|
|
| |
|
|
MikroRNA v patogenezi AML
Koutová, Linda ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Kotyza, Jaromír (oponent)
Akutní myeloidní leukemie (AML) je značně heterogenní onemocnění, za jehož vznikem leží cytogenetické či molekulárně genetické aberace. Množství těchto změn bylo již odhaleno a jejich detekce je běžnou součástí diagnostického procesu. Mezi méně známé a pro diagnostiku zatím nepoužívané abnormality patří změny expresního profilu malých, nekódujících RNA, tzv. mikroRNA (miRNA). Tyto RNA 19-24 nukleotidů dlouhé se podílejí na regulaci exprese různých genů prostřednictvím komplementární vazby k 3'netranslatovanému konci (3'UTR) cílové messenger RNA (mRNA). Dokážou ovlivňovat klíčové procesy buňky, jako jsou diferenciace, proliferace, apoptóza. Změny v expresi různých miRNA jsou popsány u odlišných typů nádorových onemocnění. U solidních nádorů jsou obvykle detekovány z bioptických vzorků, v současnosti se věnuje velká pozornost vyšetření plazmy jako tzv. tekuté biopsie schopné podat informace o molekulárně genetických dějích v organismu. Nemalé množství studií odhalilo deregulované miRNA v kostní dřeni, plné krvi či izolovaných progenitorových buňkách (CD34+ buňky) pacientů s AML, pouze čtyři studie byly zaměřeny na analýzu plazmy. Zaměřili jsme se na vyšetření plazmy s cílem najít miRNA, jejichž hladiny se výrazně liší při záchytu AML a po prodělané chemoterapii. Z více než 750 testovaných miRNA jsme...
|
|
|
Úloha polymorfních markerů DNA v identifikaci osob a určování vybraných fenotypových znaků.
Zidkova, Anastassiya ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Drábek, Jiří (oponent) ; Hradil, Roman (oponent)
V současné době probíhá intenzivní výzkum použití genetických polymorfizmů pro analýzu degradovaných vzorků, identifikaci a určení příbuznosti. Dalším výzkumným cílem je rozšíření možností forenzní genetiky směrem k determinaci biogeografického původu a s ním spojených fenotypových charakteristik, jako barva očí, vlasů a pleti. První část předkládané práce se zabývala zpracováním studie založené na vyšet- ření populačního vzorku z České republiky pomocí sady markerů Investigator DIP- plex (QIAGEN, Německo) obsahující 30 autozomálních inzerčně-delečních polymor- fizmů. Diskriminační síla (Power of Discrimination - PD), která udává pravděpodob- nost, že dvě náhodně vybrané osoby nebudou mít stejný genotyp, pro celou sadu dosáhla hodnoty 99,9999999999%. Tato část studie dospěla k výsledku, že uvedená sada markerů je vhodná jako doplňkový panel markerů pro forenzní identifikaci a určování příbuznosti v české populaci. Druhá část předkládané práce představuje studii na středochorvatském populačním vzorku pomocí sady Mentype Argus X-8 (QIAGEN, Německo) obsahující 8 poly- morfizmů krátkých tandemových repetic na chromozómu X (X-STR) rozdělených do 4 vazebných skupin. PD celé sady...
|
|
|
Identifikace trichologického materiálu metodou High Resolution Melting vybranými SNPs ve forenzní praxi
Strobachová, Joanne ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
Analýza mitochondriální DNA (mtDNA) vlasů v telogenní fázi hraje důležitou úlohu ve forenzním vyšetřování především z důvodu, že vlasy v této fázi jsou běžným typem biologických stop zanechaných na místě činu. Tento typ stop se vyznačuje častou absencí jaderné DNA (nDNA), a proto je obvykle možná pouze analýza mtDNA. Vzhledem k časové a finanční náročnosti analýzy mtDNA však není možné tuto analýzu standardně provádět u všech relevantních vzorků. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli analyzovat mtDNA izolovanou z trichologického materiálu a identifikovat jej na základě analýzy vybraných jednobázových polymorfismů (SNPs) metodou High Resolution Melting (HRM). Abychom potvrdili robustnost metody HRM u různého typu biologického materiálu jednotlivce, byl analyzován trichologický materiál v anagenní a telogenní fázi. Z celkového množství pěti vybraných SNP markerů se podařila optimalizace analýzy tří SNP lokalizovaných na mtDNA. U SNP pozice C14766T se potvrdila možnost analýzy trichologického materiálu v anagenní a telogenní fázi. Možnost analýzy SNP C7028T a G3010A je potvrzena pouze u trichologického materiálu v anagenní fázi. Analýzou vybraných SNP markerů pomocí námi optimalizované metody HRM se prokázala nezávislost genotypizační metody na typu biologického materiálu jedince a pro užití těchto SNP byl...
|
|
|
Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice
Paulasová, Petra ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Téma: Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice Chromosomové abnormality jsou jednou z hlavních příčin vrozených vad, poruch fertility a/nebo lidské infertility. Přibližně 40-50% lidských plodů je chromosomově abnormálních. Chromosomové abnormality jsou příčinou asi 6% potratů v prvním trimestru těhotenství a vyskytují se u přibližně u 0,6% živě narozených dětí. Většina těchto CA má svůj původ v gametogenezi a vzniká poruchou procesu meiosy. Každá gameta je finálním a originálním produktem meiosy, nesoucí originální chromosomovou výbavu. Cytogenetické vyšetření gamet představuje proto důležitý úkol z hlediska porozumění mechanismu, původu a etiologie výše zmíněných chromosomových abnormalit. V tomto ohledu vyšetření gamet však představuje technicky náročný úkol. Moje Ph.D. práce je zaměřena na rozvoj nových technik pro detekci chromosomových abnormalit v gametách a embryích. Vyvinuli jsme PNA-FISH metodu jako alternativu ke konvenční FISH a PRINS metodě, pro rychlou, účinnou a robustní in situ detekci chromosomových abnormalit v lidských gametách, polárních tělíscích a blastomerách. S použitím přímo značených PNA sond pro chromosomy 1, 4, 9, 16, X a Y jsme provedli jednoduchou i vícebarevnou PNA-FISH metodu. Tato práce potvrzuje efektivitu multibarevné PNA-FISH reakce jako...
|
host ::
RSS.