|
|
Analysis of single-cell genomic data of Saccinobaculus sp.
Gajdošová, Petra ; Treitli, Sebastian Cristian (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Pokrok v metodách jednobuněčné genomiky a metagenomiky nám umožňuje prozk- oumat nekultivovatelné organizmy mnohem podrobněji. V této práci se zaměřujeme na sestavení genomu a genetický kód druhu Saccinobaculus ambloaxostylus ze skupiny oxymonád, který obývá zadní střevo dřevožravých švábů rodu Cryptocercus. Pomocí celogenomové amplifikace jsme získali sekvenční data tří vybraných buněk S. ambloax- ostylus. Získaná data byla použita k sestavení genomu za použití programu SPAdes. Sestavený genom byl následně rozdělen do přihrádek "košů" a dekontaminován, abychom odstranili potenciální bakteriální nebo eukaryotickou kontaminaci. Po dekontaminaci a opětovném sestavení genomu jsme získali genom s celkovou délkou ∼417Mbp, který byl distribuován mezi ∼185 tisíc fragmentů. I přes to, že jsme získali jenom částečný genom s předpokládanou úplností 13,71%, jsme se pokusili určit genetický kód, který používá S. ambloaxostylus. K tomu jsme vymodelovali 33 genů z různých metabolických drah. Porovnáním genových modelů a konzervovaných úseků u homologických proteinů příbuzných oxymonád jsme odhadli, jaké aminokyseliny kódují kanonické stop kodony. Naše výsledky naznačují, že tento organizmus používá genetický kód č. 6 známý napřík- lad u nálevníků, ve kterém jsou stop kodony UAA a UAG přeloženy jako glutamin....
|
|
|
Morfologická, ultrastrukturní a molekulární charakterizace nových izolátů rodu Anaeramoeba (Metamonada: Anaeramoebae)
Pavlátová, Magdaléna ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Anaeramoebae je kmen mořských anaerobních améb a améboflagelátů, který se řadí do superskupiny Metamonada. Dosud byl zastoupen pouze šesti volně žijícími druhy patřícími do jediného rodu Anaeramoeba. V této práci je morfologicky charakterizováno pět nových izolátů s měňavkami zástupců kmene Anaeramoebae, přičemž v jednom z izolátů se vyskytoval i bičíkovec. Tři izoláty byly charakterizovány i ultrastrukturně. Ukázalo se, že prokaryotické organismy, které jsou v symbiotickém vztahu se všemi dosud známými zástupci rodu Anaeramoeba, jsou v buňkách umístěny třemi různými způsoby. Dále byla studována vzdálenost mezi jádrem a acentriolárním centrozomem, která se liší u jednotlivých druhů. Ze tří izolátů se podařilo získat sekvenci genu pro 18S rRNA, na základě které byla provedena fylogenetická analýza. U zbylých dvou izolátů se gen pro 18S rRNA nepodařilo osekvenovat, ovšem podle morfologických a ultrastrukturních znaků se dá předpokládat jejich příbuznost k druhu A. ignava. Fylogenetickou analýzou vyšlo najevo, že jeden z izolátů svou sekvencí spadá do komplexu A. flamelloides a že dva z izolátů zastupují nový druh rodu Anaeramoeba, který má ze všech dosud známých druhů nejmenší buňky. Klíčová slova: Metamonada, Anaeramoebae, anaerobní měňavky, morfologie, ultrastruktura, taxonomie
|
|
|
Mitochondrie Trimastix pyriformis
Novák, Lukáš ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
2013 DIPLOMOVÁ PRÁCE Lukáš Novák Abstrakt Volně žijící mikroaerofilní prvok Trimastix pyriformis je blízce příbuzný oxymonádám, které představují největší eukaryotický taxon bez známé mitochondrie. Na rozdíl od oxymonád byla v buňce T. pyriformis záhadná redukovaná mitochondrie nalezena. V EST datech T. pyriformis byla identifikována řada genů, jejichž produkty mohou být lokalizovány v mitochondrii. Jsou mezi nimi geny pro všechny komponenty systému štěpení glycinu, [FeFe]hydrogenázy a typicky mitochondriální protein Cpn60. Za účelem lokalizace těchto proteinů jsme provedli experimenty. Naše výsledky ukazují, že systém štěpení glycinu je skutečně lokalizován v mitochondrii. Výsledky experimentů provedených s cílem lokalizovat dvě hydrogenázy také naznačují mitochondriální lokalizaci. Nejsou ale zcela přesvědčivé. Pokus o lokalizaci Cpn60 selhal. Dále jsme identifikovali několik nových genů v transkriptech T. pyriformis a Monocercomonoides sp. (Oxymonadida). Jde o geny kódující komponenty SUF systému syntézy FeS center a peroxidázu rubrerythrin. Klíčová slova: Trimastix, Monocercomonoides, mitochondrie, hydrogenozom, mitozom, hydrogenáza, systém štěpení glycinu, SUF systém.
|
|
|
Genome Assembly and Annotation of Biparental Bee Ceratina nigrolabiata
Fraňková, Tereza ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Obourodičovská péče je u blanokřídlého hmyzu málo prozkoumaný fenomén. Tento typ péče byl objeven a popsán z etologického hlediska u včely druhu Ceratina nigrolabiata v České republice. Jelikož ale obourodičovská péče není u hmyzu častým jevem, nedostatek genomických studií tohoto chování komplikuje porozumnění vzniku obourodičovské péče a její podstaty na genomické a fyziologické úrovni. Tato diplomová práce se zabývá analýzou genomu včely C. nigrolabiata. Obsahuje shrnutí známého rodičovského chování napříč hmyzem, charakteristiku včel rodu Ceratina, popis využitých genomických metod studia genomu a vytyčuje kandidátní geny pro připravovanou transkriptomickou studii obourodičovské péče této včely. Klíčová slova: obourodičovská péče, genomika, Hymenoptera, Insecta, Ceratina, kyjorožky
|
|
|
Fylogenetické postavení rodu Polymastix a jeho prokaryotických symbiontů
Kubánková, Aneta ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Skupina Polymastigidae je jednou z pěti čeledí oxymonád (Metamonada, Preaxostyla). Zahrnuje drobné bičíkovce obývající trávící trakt hmyzu. V posledních letech byla získána molekulárně-fylogenetická data, která monofyletičnost této skupiny zpochybňují. Typovým rodem čeledi Polymastigidae je Polymastix. Fylogenetické postavení tohoto rodu zatím nebylo studováno, ačkoliv by právě tato informace mohla významně napomoci objasnit příbuzenské vztahy v rámci zmíněné skupiny. Tato práce poskytuje první sekvenční data zástupců tohoto rodu, která jsme získali pomocí metody single-cell genomové amplifikace a následné celogenomové sekvenace na Illumina HiSeq X Ten (Macrogene) ze tří jedinců P. melolonthae obývajících zadní střevo larvy tiplic. Fylogenetické analýzy založené na genu pro 18S rRNA, EF-1α a HSP90 přinesly dvě zhruba stejně pravděpodobné hypotézy o postavení tohoto rodu v rámci celé skupiny Oxymonadida. První z nich umisťuje rod Polymastix do nejbližší příbuznosti s rodem Streblomastix, dle druhé hypotézy je nejpříbuznější Termitimonas travisae. Charakteristickým znakem tohoto prvoka jsou ektosymbiotické bakterie napojené na jeho povrch. Tyto byly nutně amplifikovány a sekvenovány společně se svým hostitelem, což nám umožnilo získat data i pro tyto organizmy. Identifikace eubakteriálních symbiontů...
|
|
|
Diversity and host specificity of intestinal protists of cockroaches and termites (Blattodea)
Soviš, Matyáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Švábi (Blattodea) jsou morfologicky i ekologicky různorodá skupina hmyzu, obývající nejrůznější biotopy. Někteří z nich, včetně části silně odvozené skupiny termitů (Isoptera), se živí dřevem rostlin v různých stádiích rozkladu. Celulóza je ale pro většinu švábů a termitů obtížně stravitelná, proto jim s jejím zpracováním pomáhají symbiotičtí střevní prvoci, pocházející převážně z exkavátních linií Parabasalia a Preaxostyla. Ve své práci shrnuji poznatky o diverzitě organismů, žijících v zadním střevě švábů a termite, a o hostitelské specifitě nejvýznamnějších vývojových linií symbiotických prvoků. Klíčová slova: Blattodea, Isoptera, zadní střevo, hostitelská specifita, diverzita, prvok, Parabasalia, Oxymonadida
|
|
|
Mitochondrion-related organelles in diplomonads
Stoklasa, Michal ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Řád Diplomonadida zahrnuje parazitické i volně žijící prvoky, kteří se přizpůsobili prostředí s nedostatkem kyslíku. Jejich mitochondriální organely (hydrogenosom nebo mitosom) jsou redukované, neobsahují Krebsův cyklus nebo elektron-transportní řetězec a některé metabolické dráhy (jako například tvorba ATP pomocí oxidativní fosforylace) jsou zde modifikované nebo úplně chybí. Hlavními rozdíly mezi těmito dvěma organelami je hydrogenosomální produkce vodíku díky enzymu zvaném hydrogenáza a absence tvorby ATP substrátovou fosforylací v mitosomech. Nejvíce prostudované jsou mitosomy lidského patogena Giardia intestinalis a hydrogenosomy parazita lososů Spironucleus salmonicida. Tato práce byla zaměřena na střevního parazita skalár Spironucleus vortens a volně žijícího prvoka Hexamita sp. s cílem identifikovat typ jejich mitochondriálních organel, u kterých zatím není jasné, jestli mají spíše metabolismus hydrogenosomu či mitosomu. Oba prvoci byli pozorováni transmisní elektronovou mikroskopií, pomocí které byly detekovány dvoumembránové váčky, patrně jejich mitochondriální organely. Dále byla připravena homologní protilátka proti hydrogenáze a hydrogenázové maturáze HydE u S. vortens. Hydrogenáza byla pomocí western blotu a imunofluorescenční mikroskopie detekována v cytosolu tohoto prvoka. Na druhou...
|
|
|
Mitochondrie Trimastix pyriformis
Novák, Lukáš ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
2013 DIPLOMOVÁ PRÁCE Lukáš Novák Abstrakt Volně žijící mikroaerofilní prvok Trimastix pyriformis je blízce příbuzný oxymonádám, které představují největší eukaryotický taxon bez známé mitochondrie. Na rozdíl od oxymonád byla v buňce T. pyriformis záhadná redukovaná mitochondrie nalezena. V EST datech T. pyriformis byla identifikována řada genů, jejichž produkty mohou být lokalizovány v mitochondrii. Jsou mezi nimi geny pro všechny komponenty systému štěpení glycinu, [FeFe]hydrogenázy a typicky mitochondriální protein Cpn60. Za účelem lokalizace těchto proteinů jsme provedli experimenty. Naše výsledky ukazují, že systém štěpení glycinu je skutečně lokalizován v mitochondrii. Výsledky experimentů provedených s cílem lokalizovat dvě hydrogenázy také naznačují mitochondriální lokalizaci. Nejsou ale zcela přesvědčivé. Pokus o lokalizaci Cpn60 selhal. Dále jsme identifikovali několik nových genů v transkriptech T. pyriformis a Monocercomonoides sp. (Oxymonadida). Jde o geny kódující komponenty SUF systému syntézy FeS center a peroxidázu rubrerythrin. Klíčová slova: Trimastix, Monocercomonoides, mitochondrie, hydrogenozom, mitozom, hydrogenáza, systém štěpení glycinu, SUF systém.
|
host ::
RSS.