|
|
Phylogenomics, genome size evolution and repeat dynamics in the genus Amomum Roxb. (Zingiberaceae)
Hlavatá, Kristýna ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Haevermans, Thomas (oponent) ; Zedek, František (oponent)
Amomum Roxb. s.l. (černý kardamom) je složitý rod v čeledi zázvorovitých (Zingiberaceae) v podčeledi Alpinioideae, který podle některých vymezení zahrnuje i skupiny druhů považované za samostatné rody, jako je např. rod Elettariopsis Baker. Dosavadní fylogenetické výzkumy nedokázaly objasnit ani pozici rodu Amomum v podčeledi Alpinioideae, ani vztah mezi rodem Amomum a ostatními rody, jako je Elettariopsis. V této práci bylo Amomum podrobeno detailní morfologické analýze s použitím co největšího počtu vzorků, spolu s fylogenetickou analýzou. Amomum bylo nově vymezeno, bylo ustanoveno Amomum s.s. a tři nové rody, tři rody byly obnoveny a Elettariopsis byl včleněn do rodu Amomum. Mezitím bylo popsáno několik nových druhů a dva byly epitypifikovány. S použitím sekvenování nové generace (next-generation sequencing; Hyb-Seq) byla získána dobře podpořená fylogeneze založená na jaderných genech, která prokázala v rodu existenci čtyř cladů (A, B, C, D); clade D, původní rod Elettariopsis, se dále dělí na tři subclady (D1 - D3). Fylogeneze založená na chloroplastové DNA tuto strukturu podpořila, ale doplňující fylogeneze založené na ribosomálním cistronu (rDNA) se od té založené na nukleárních genech odlišovaly; to poukazuje na potenciální nevhodnost často používaného markeru ITS při rekonstrukci hlubších...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kolář, Filip (oponent)
Cílem této práce je zhodnotit dosavadní poznatky o evoluci velikosti genomu a podrobněji se věnovat jeho studiu ve fylogenetickém kontextu. U krytosemenných rostlin nacházíme široké rozpětí C-hodnot (1C = 0,63 pg ? 1C = 127,4 pg), ovšem s modální hodnotou rovnou 0,6 pg. O mechanismech a charakteru evoluce velikosti rostlinného genomu stále nevíme mnoho, ale každým rokem se cíli úspěšně přibližujeme. Existují již desítky prací zabývající se dynamikou velikosti genomu menší taxonomické skupiny a na čtyřech z nich demonstruji možné přístupy. Studium v rámci vyšších taxonomických skupin, jako jsou čeledi, je obtížné a o to cennější. Již započal výzkum evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae, jehož součástí by se měla stát i má diplomová práce zabývající se tribem Globbeae.
|
|
| |
|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
|
| |
|
|
Evoluce velikosti genomu v rodě Globba (Zingiberaceae)
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Zedek, František (oponent)
Variabilita velikosti genomu dosahuje u rostlin několika řádů i v rámci poměrně příbuzných skupin. Studiem velikosti genomu ve fylogenetickém kontextu je dosahováno zajímavých výsledků charakterizující evoluci jednotlivých skupin rostlin. V tomto směru doposud nebyly zkoumány tropické rostliny. Tropický rod Globba (cca 100 druhů) patří do ekonomicky významné čeledi Zingiberaceae. Centrum diverzity rodu se nachází v Thajsku, ale rozšíření sahá od východní Indie a jižní Číny až po Indonésii a Filipíny. Jedná se o polyploidní komplex s výskytem dvou cytotypů v rámci jednoho druhu (2n = 32 a 2n = 48) charakteristickým minimálně ve třech ze sedmi rozlišovaných sekcí. Cílem této práce byla rekonstrukce fylogeneze skupiny, zjištění role polyploidie a zhodnocení evoluce velikosti genomu rodu Globba ve fylogenetickém kontextu, k čemuž bylo využito moderních biosystematických metod (průtoková cytometrie, počítání chromozómů, sekvenování jaderných a chloroplastových DNA úseků). Ke zpracování a vyhodnocení dat bylo použito četných softwarů a statistických metod. Velikost genomu byla v této skupině měřena poprvé. Z 87 jedinců byla nejmenší velikost genomu naměřena u druhu Globba nuda (2C = 1,11 pg). Největší velikost genomu byla zjištěna u druhu Globba sp. E20110277 (2C = 3,84 pg). Průměrná hodnota činila 2C =...
|
|
|
Homoploid hybrid speciation in closely related taxa of wetland plants
Píšová, Soňa ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Albach, Dirk Carl (oponent) ; Koutecký, Petr (oponent)
7 Souhrn Mokřadní rostliny sdílí několik společných vlastností jako je klonalita, opylování větrem a samoopylování, které usnadňují hybridizaci, zvláště u komplexů blízce příbuzných taxonů. V této práci byl zkoumán komplex čtyř poddruhů Sparganium erectum a komplex 14 druhů rodu Bolboschoenus za účelem odhalení hybridizace a ověření původu předpokládaných hybridů. První část práce se zabývá všeobecným úvodem k hybridizaci, procesu s velkým evolučním dopadem, a několika jejími obecnými důsledky, které jsou zde široce diskutovány a doplněny konkrétními příklady. Zároveň jsou zde představeny studované taxony stejně jako hlavní výsledky tří článků, které jsou následně diskutovány. Druhá část práce obsahuje tři články o hybridizaci v komplexu Sparganium erectum (první článek) a v rodě Bolboschoenus (druhý článek, středoevropské druhy; třetí článek, 14 druhů z celého světa). K objasnění fylogenetických vztahů mezi taxony a ověření spolehlivosti morfologických znaků odlišujících taxony a jejich hybridy bylo použito AFLP (polymorfismus délek amplifikovaných fragmentů), sekvenování jaderné a chloroplastové DNA, analýza velikosti genomu a morfologické analýzy. Ve výsledcích bylo jasně ukázáno odlišení jednotlivých taxonů a jejich stabilních hybridů s přechodnými morfologickými znaky a sdílenou genetickou informací. U...
|
host ::
RSS.