|
|
Temperátní flóra Patagonie a specifické aspekty její evoluce
Koubek, Matěj ; Ptáček, Jan (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Patagonie je jednou z mála oblastí jižní polokoule s temperátním klimatem, a proto představuje unikátní prostředí pro studium evoluce místní flóry. Patagonské rostliny vykazují podobně jako jejich protějšky z mírného pásma severní polokoule vyšší míru výskytu polyploidie. Polyploidie je mezi rostlinami široce rozšířený stav, jenž hraje klíčovou roli v adaptaci druhu na různé extrémní stresové podmínky. Klimatické charakteristiky, zalednění či například vulkanická činnost jsou faktory ovlivňující distribuci organismů. Tato práce se zaměřuje na studium patagonské flóry, zejména pak na alpínské a stepní druhy a na jejich biogeografii v závislosti na klimatu a geologii této oblasti. Dále se věnuje vztahu mezi polyploidií a tímto rozšířením. Konkrétně se tato práce věnuje široce rozšířenému modelovému druhu Azorella prolifera, který vykazuje tři ploidní úrovně. Nicméně o výskytu jednotlivých cytotypů máme nulové znalosti. Rozšíření a vlastnosti polyploidů nejsou na jižní polokouli studovány na dostatečné úrovni. Pouze zlomek prací zabývající se touto problematikou se zaměřuje konkrétně na patagonské rostliny. Komplexnější porozumění tomuto tématu může vést k lepšímu pochopení evolučních aspektů patagonské flóry a podobných oblastí.
|
|
|
Evolution of the genus Arabidopsis in its centre of diversity
Šrámková, Gabriela
Předpokladem pro řešení obecných otázek týkajících se vývoje vnitrodruhové variability v prostoru a čase je znalost rozložení variability v rámci areálu druhu. Velkým krokem kupředu byl rozvoj molekulárních metod, které umožnily řešení různých evolučních otázek za využití přirozených populací modelových druhů a jejich blízkých příbuzných. Ačkoli jsou volně žijící příbuzní Arabidopsis thaliana v centru pozornosti rostlinných evolučních biologů a molekulárních genetiků již dlouhou dobu, rozložení jejich genetické diverzity a fenotypové variability v přirozených populacích jsou často přehlíženy. Předkládaná práce se zaměřuje na jedny z nejstudovanějších modelových druhů v čeledi Brassicaceae, druh Arabidopsis halleri a druhový komplex A. arenosa, jejichž příslušníci jsou hojně využíváni pro studium ekologie, fyziologie a evoluce i molekulárních základů fytoremediace nebo paralelní adaptace. Cílem studie bylo zjistit vnitrodruhovou variabilitu na ploidní úrovni, odhalit fylogenetické vztahy a prostorové rozložení genetické diverzity v celém areálu výskytu a navrhnout nový taxonomický koncept založený na zjištěné vnitrodruhové variabilitě. Výsledků bylo dosaženo pomocí DNA průtokové cytometrie, několika molekulárních metod (AFLP, SSR, sekvenování cpDNA a single/low-copy genů, ddRADSeq, celogenomové...
|
|
|
Vznik a udržování cytotypů s lichou ploidní úrovní v heteroploidním systému a jejich příspěvek k heteroploidnímu toku genů u vytrvalých invazních druhů
Dýbová, Markéta ; Slovák, Marek (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Polyploidie je jedním z klíčových faktorů v evoluci cévnatých rostlin. Polyploidní cytotypy jsou od svých diploidních protějšků většinou reprodukčně izolované, existuje však možnost výměny genů mezi různými ploidiemi/druhy prostřednictvím heteroploidního toku genů. Tato výměna může být zprostředkována pomocí lichých a aneuploidních cytotypů, které se vyvinuly hybridizací, ale také de novo, fúzí redukovaných a neredukovaných gamet. Primárním zaměřením práce je zhodnotit poznatky o vzniku lichých cytotypů v heteroploidních systémech a zhodnotit jejich příspěvek k výměně genů mezi danými ploidiemi. Zvláštní důraz je kladen na tok genů mezi vyššími úrovněmi ploidie v komplexech vytrvalých invazních druhů, mechanismy umožňující jejich udržení v populaci a důsledky jejich dlouhodobého přetrvávání mezi ploidními (druhovými) hybridizacemi na jejich invazní potenciál. Klíčová slova: lichá ploidní úroveň, invazní rostliny, hybridizace, životní formy
|
|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
|
|
Evolution of the genus Arabidopsis in its centre of diversity
Šrámková, Gabriela ; Marhold, Karol (vedoucí práce) ; Greimler, Josef (oponent) ; Mártonfi, Pavol (oponent)
Předpokladem pro řešení obecných otázek týkajících se vývoje vnitrodruhové variability v prostoru a čase je znalost rozložení variability v rámci areálu druhu. Velkým krokem kupředu byl rozvoj molekulárních metod, které umožnily řešení různých evolučních otázek za využití přirozených populací modelových druhů a jejich blízkých příbuzných. Ačkoli jsou volně žijící příbuzní Arabidopsis thaliana v centru pozornosti rostlinných evolučních biologů a molekulárních genetiků již dlouhou dobu, rozložení jejich genetické diverzity a fenotypové variability v přirozených populacích jsou často přehlíženy. Předkládaná práce se zaměřuje na jedny z nejstudovanějších modelových druhů v čeledi Brassicaceae, druh Arabidopsis halleri a druhový komplex A. arenosa, jejichž příslušníci jsou hojně využíváni pro studium ekologie, fyziologie a evoluce i molekulárních základů fytoremediace nebo paralelní adaptace. Cílem studie bylo zjistit vnitrodruhovou variabilitu na ploidní úrovni, odhalit fylogenetické vztahy a prostorové rozložení genetické diverzity v celém areálu výskytu a navrhnout nový taxonomický koncept založený na zjištěné vnitrodruhové variabilitě. Výsledků bylo dosaženo pomocí DNA průtokové cytometrie, několika molekulárních metod (AFLP, SSR, sekvenování cpDNA a single/low-copy genů, ddRADSeq, celogenomové...
|
|
|
Mikroevoluční procesy v rodu Dactylorhiza
Neuwirthová, Eliška ; Urfus, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Rešerše se zabývá mikroevolučními mechanismy v rodě Dactylorhiza Neck. ex Nevski, které utvářely a dále utvářejí dnešní podobu taxonu. Obsahem je taxonomický úvod, fenotypová charakteristika a příklady působení hybridizačních a polyploidizačních událostí na vybraných druhových agregátech rodu: D. maculata a D. incarnata, které obsahují diploidní i tetraploidní linie. Hybridizace a polyploidizace (zejména allopolyploidizace) je původem mnoha linií v rodu, které jsou různého stáří a vznikají i recentně. Zejména allopolyploidi jsou ovšem často špatně rozlišitelní jak morfologicky, tak geneticky. Situaci značně komplikují nekonzistentní taxonomická pojetí druhů v tomto rodě.
|
|
|
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Tato bakalářská práce shrnuje dostupné informace o aktuálně používaných metodách next-generation sekvenování (NGS), které v posledních letech zažilo velký rozmach. Výhodou nových metod je zisk velkého množství dat za mnohonásobně nižší cenu za osekvenovanou bázi oproti Sangerově metodě, avšak analýza těchto dat skýtá různá úskalí. I když je v dnešní době již možné sekvenovat celé genomy jednotlivých organismů, pro fylogenetiku, která je postavena na studiu mnoha jedinců, zůstává tento přístup značně náročný. Proto v posledních letech vzniklo množství přístupů, jak účinně redukovat genom, např. sekvenování transkriptomu (RNA-Seq), cílené obohacení (target enrichment), restrikční metody (RAD-Seq, RLL, GBS), mělké sekvenování (genome skimming) a další. Každá z těchto metod má však několik výhod i nevýhod, které ovlivňují jejich využitelnost ve fylogenetických analýzách. Dále se práce zabývá polyploidní speciací a specifiky studia fylogeneze u polyploidních rostlin - výběrem vhodných markerů, následným zpracováním dat a fylogenetickými analýzami. Poslední část je pak věnovaná mé budoucí práci na polyploidním rodu Curcuma L.
|
|
|
Reprodukční systémy a hybridizace u Cystopteris fragilis agg.
Ptáček, Jan ; Urfus, Tomáš (vedoucí práce) ; Šrámková, Gabriela (oponent)
Cystopteris fragilis agg. je taxonomicky velmi komplikovaná skupina izosporických kapradin. Z celého komplexu se na území Evropy udává výskyt 4 druhů (C. fragilis, C. dickieana, C. alpina a C. diaphana), které jsou si morfologicky velmi podobné a jejich rozlišení na jednotlivé druhy je stále do jisté míry nedořešené. Tato variabilita je dána zejména procesy polyploidizace a hybridizace, které se společně podílí na výsledné retikulátní evoluci celého komplexu. Celou situaci komplikuje apomiktické rozmnožování pomocí apogamie, které je velmi běžným jevem u kapradin a v minulosti bylo zaznamenáno i u C. fragilis. Pro studium reprodukčních systémů se využívá kultivací gametofytů a sporofytů, které nám umožní sledovat celý životní cyklus. Představeny jsou i pilotní výsledky a metody, které budou použity v navazující diplomové práci.
|
host ::
RSS.