|
|
Bonding and non-bonding interaction potentials for simulations of coarse-grained protein models
Pavlíková, Markéta ; Nová, Lucie (vedoucí práce) ; Bačová, Petra (oponent)
Skládáníproteinůje proces transformace aminokyselinového řetězce do unikátní 3D struktury. Struktura proteinu je dána jeho aminokyselinovou sekvencí. Porozuměníprocesu skládáníproteinůa proteinové dynamiky je klíčové, protože funkce proteinu je úzce spjata s jeho strukturou a dynamikou. Tyto procesy lze zkoumat pomocí molekulárních simulací. Zhrubené modely, které se používají v molekulárních simulacích, nabízejí výhodný kompromis mezi výpočetní efektiv- itou a přesností. Pro použití těchto modelů je nezbytný dobře nastavený force field neboli silové pole. Silové pole zahrnuje jak vazebné, tak nevazebné inter- akčnípotenciály, které jsou odvozeny z atomistických simulacínebo ze známých, experimentálně určených proteinových struktur. V rámci této bakalářské práce byly takové potenciály získány z více než 4500 struktur z databáze PDB. 1
|
|
|
Computer Simulation Methods of Soft Matter
Kazakov, Aleksandr ; Uhlík, Filip (vedoucí práce) ; Bačová, Petra (oponent) ; Jirsák, Jan (oponent)
iv UNIVERZITA KARLOVA Přírodovědecká fakulta Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Disertační práce Počítačové Simulační Metody pro Soft Matter by MS. Aleksandr D. KAZAKOV Abstrakt Tato dizertační práce je věnována teoretickému studiu hydrogelů za různých podmínek a implementování nových simulačních přístupů pro materiály založené na polymerech a uhlíku. Hydrogely byly modelovány za přítomnosti vícemocných iontů v dobrém roz- pouštědle a za různých koncentracích jednomocných solí a různých hodnot pH- pK ve špatném rozpouštědle. Soutěž mezi elektrostatickou repulzí a hydrofobním jevem vedla v případě slabých polyelektrolytů k přechodu prvního řádu. Studie ukázala jak využít a vyladit přechod vzhledem k parametrům. Byla implementována nová hybridní MC-SCF metoda, která kombinuje Scheu- tjensovu-Fleerovu metodu středního pole a zhrubené modely řízené metodou Monte Carlo. Studie poskytla srovnání s oběma přístupy. Rodina fullerenů se sudým počtem atomů uhlíku n = 20-80 byla popsána meto- dou DFT a výsledky následně naučeny konvoluční neuronovou sítí. Studie ukázala dramatické snížení výpočetních nároků při použití neuronové sítě. Tato práce je relevatní pro návrh nových funkčních materiálů na bázi polymerů i pro rozšíření existujích zde diskutovaných...
|
|
| |
|
|
Linear semiflexible polyelectrolytes in solutions
Bačová, Petra ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Lísal, Martin (oponent)
Název: Lineární semiflexibilní polyelektrolyty v roztocích Řešitel: Petra Bačová Ústav: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Školitel: Doc. Ing. Zuzana Limpouchová, CSc. E-mail školitele: zl@vivien.natur.cuni.cz Konzultant: Mgr. Peter Košovan, PhD. Abstrakt: V předložené diplomové práci jsem se zabývala využitím MD simulací při studiu chování nabitých polymerů (polyelektrolytů) v roztocích. Velká část polyelektrolytových řetězců je semiflexibilní a narozdíl od neutrálních polymerů můžeme jejich ohebnost ovlivňovat kvalitou rozpouštědla, například změnou iontové síly. Flexibilitu řetězce můžeme popsat pomocí persistentní délky. Diplomová práce ukazuje, jak je možné vyjádřit persistentní délku z orientační korelační funkce, jejíž hodnota pro studovaný systém klesá dvojexpo- nenciálně. To znamená, že ohebnost řetězce lze popsat dvěma příspěvky, přičemž v diplo- mové práci se zabývám zejména jedním znich, který lze vyjádřit pomocí elektrostatické persistentní délky. Vliv přidané soli na konformaci řetězce je studován v rámci Debye- Hückelovy aproximace. Výsledky MD simulací jsou porovnány s OSF teorií a s variačními výpočty podle Manghiho a Netze. Předložená práce popisuje...
|
|
|
Facebook a volby. Analýza sebeprezentace českých politických stran před volbami do Poslanecké sněmovny 2010
Báčová, Petra ; Marcelli, Miroslav (vedoucí práce) ; Nováková, Martina (oponent)
Volby do Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR, které proběhly 28. a 29. května 2010, byly nazývány facebookovými volbami. Politická uskupení totiž v tomto období poprvé výrazně využila pro své kampaně sociální síť Facebook. V diplomové práci s názvem Facebook a volby. Analýza sebeprezentace českých politických stran před volbami do Poslanecké sněmovny 2010 se zabýváme sémiotickou analýzou facebookových účtů vybraných politických stran a jejich předsedů. Své facebookové prezentace měly v monitorovaném období Občanská demokratická strana, Česká strana sociálně demokratická, TOP 09, Věci veřejné, Křesťanská a demokratická unie - Československá strana lidová a Strana zelených. Komunistická strana Čech a Moravy na Facebooku oficiálně zaregistrována nebyla. Analyzovali jsme též facebookové stránky Mirka Topolánka (ODS), Petra Nečase (ODS), Jiřího Paroubka (ČSSD), Karla Schwarzenberga (TOP 09), Radka Johna (VV), Cyrila Svobody (KDU-ČSL) a Ondřeje Lišky (SZ). Facebook označujeme za virální sociální síť. Analyzujeme ho jako kyberprostor s ambivalentní strukturou, která ovlivňuje způsob komunikačního procesu před volbami. Rizomatickou mapu Facebooku srovnáváme s topologií virtuální kavárny. Čtenáři rovněž předkládáme komparaci s egocentrickou strukturou monitorovaného sociowaru. Dále pomocí teorie politického...
|
|
|
Dieudonné as an example of new antisemitism in France
Bačová, Petra ; Matějka, Ondřej (vedoucí práce) ; Tomalová, Eliška (oponent)
Práca sa zameriava na objasnenie špecifických znakov nového antisemitizmu vo Francúzsku a jeho odlíšenie od predošlých vĺn antisemitizmu. Aktuálnosť témy spočíva v značnom náraste antisemitsky motivovaných činov, ako aj v náraste emigrácie francúzskych židov do Izraela. Zameriava sa na tri hlavné znaky a to je v prvom rade spojenie nového antisemitizmu s populáciou moslimských prisťahovalcov, v druhom rade zakrývanie antisemitizmu antisionizmom a nakoniec zmena ukotvenia nového antisemitizmu na politickom spektre. Súčasťou práce je štúdia tvorby Dieudonného M'bala M'bala, známeho francúzskeho komika, ktorý je často kritizovaný za antisemitské prejav a výroky. Na jeho umeleckej a politickej dráhe sa následne snažím ukázať prvky nového antisemitizmu, ktoré som si stanovila v prvej časti.
|
|
|
Facebook a volby. Analýza sebeprezentace českých politických stran před volbami do Poslanecké sněmovny 2010
Báčová, Petra ; Marcelli, Miroslav (vedoucí práce) ; Nováková, Martina (oponent)
Volby do Poslanecké sněmovny Parlamentu ČR, které proběhly 28. a 29. května 2010, byly nazývány facebookovými volbami. Politická uskupení totiž v tomto období poprvé výrazně využila pro své kampaně sociální síť Facebook. V diplomové práci s názvem Facebook a volby. Analýza sebeprezentace českých politických stran před volbami do Poslanecké sněmovny 2010 se zabýváme sémiotickou analýzou facebookových účtů vybraných politických stran a jejich předsedů. Své facebookové prezentace měly v monitorovaném období Občanská demokratická strana, Česká strana sociálně demokratická, TOP 09, Věci veřejné, Křesťanská a demokratická unie - Československá strana lidová a Strana zelených. Komunistická strana Čech a Moravy na Facebooku oficiálně zaregistrována nebyla. Analyzovali jsme též facebookové stránky Mirka Topolánka (ODS), Petra Nečase (ODS), Jiřího Paroubka (ČSSD), Karla Schwarzenberga (TOP 09), Radka Johna (VV), Cyrila Svobody (KDU-ČSL) a Ondřeje Lišky (SZ). Facebook označujeme za virální sociální síť. Analyzujeme ho jako kyberprostor s ambivalentní strukturou, která ovlivňuje způsob komunikačního procesu před volbami. Rizomatickou mapu Facebooku srovnáváme s topologií virtuální kavárny. Čtenáři rovněž předkládáme komparaci s egocentrickou strukturou monitorovaného sociowaru. Dále pomocí teorie politického...
|
|
| |
|
|
Linear semiflexible polyelectrolytes in solutions
Bačová, Petra ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Lísal, Martin (oponent)
Název: Lineární semiflexibilní polyelektrolyty v roztocích Řešitel: Petra Bačová Ústav: Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Školitel: Doc. Ing. Zuzana Limpouchová, CSc. E-mail školitele: zl@vivien.natur.cuni.cz Konzultant: Mgr. Peter Košovan, PhD. Abstrakt: V předložené diplomové práci jsem se zabývala využitím MD simulací při studiu chování nabitých polymerů (polyelektrolytů) v roztocích. Velká část polyelektrolytových řetězců je semiflexibilní a narozdíl od neutrálních polymerů můžeme jejich ohebnost ovlivňovat kvalitou rozpouštědla, například změnou iontové síly. Flexibilitu řetězce můžeme popsat pomocí persistentní délky. Diplomová práce ukazuje, jak je možné vyjádřit persistentní délku z orientační korelační funkce, jejíž hodnota pro studovaný systém klesá dvojexpo- nenciálně. To znamená, že ohebnost řetězce lze popsat dvěma příspěvky, přičemž v diplo- mové práci se zabývám zejména jedním znich, který lze vyjádřit pomocí elektrostatické persistentní délky. Vliv přidané soli na konformaci řetězce je studován v rámci Debye- Hückelovy aproximace. Výsledky MD simulací jsou porovnány s OSF teorií a s variačními výpočty podle Manghiho a Netze. Předložená práce popisuje...
|
host ::
RSS.