|
|
Interakce virů s buněčnými mechanismy oprav poškozené DNA
Lemberková, Eva ; Šroller, Vojtěch (vedoucí práce) ; Kadlečková, Dominika (oponent)
Pro každou buňku je zásadní zachovávat si integritu své genomové DNA. Integrita genomu je narušována vnějšími a vnitřními vlivy, které působí na buňku a poškozují její genetickou informaci. Porušení struktury nebo sekvence DNA pak zásadně ovlivňují vznikající proteiny nebo správnou segregaci chromozomů do dceřiných buněk, proto je pro buňku důležité je co nejefektivněji opravovat. Existuje mnoho mechanismů oprav DNA pro různé typy poškození. Tato práce se zaměřuje na eukaryotický MRN komplex, který je významný pro detekci a opravu dvouvláknových zlomů DNA. Mnoho čeledí virů se snaží o blokování těchto opravných mechanismů, protože jsou často v buňce aktivovány bezprostředně po infekci virem. Důvodem může být například dvouvláknový DNA genom některých virů připomínající hostitelskou DNA obsahující dvouvláknové zlomy. Buňka tedy zahájením opravných mechanismů virové DNA mnohdy inhibuje životní cyklus viru. Některé viry ale naopak využívají interakcí s jednotlivými komponentami opravných systémů ve vlastní replikaci, a přítomnost těchto proteinů je proto nezbytná k jejich rozmnožení. Klíčová slova: odpověď na poškození DNA, homologní rekombinace, nehomologní spojování konců, MRN komplex, Adenoviridae, Papillomaviridae, Herpesviridae
|
|
|
Studium integrace DNA nádorových virů
Frčková, Tereza ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Většina lidí vnímá viry především jako původce nemocí jako je rýma, chřipka nebo COVID-19. Existují ale i viry, které mohou způsobovat nádorová onemocnění. Je známo hned několik způsobů, jak viry přispívají ke vzniku nádorů. V případě lidských papilomavirů a viru Merkelových buněk se jedná o expresi onkogenů kódovaných ve virových genomech. Kromě toho může docházet k integraci viru do hostitelského genomu, což může také přispět k rozvoji karcinogeneze. V této práci byla využita metoda detekce integrované papilomavirové sekvence pomocí polymerázové řetězové reakce (DIPS PCR) pro detekci integračního zlomu u lidských papilomavirů (HPV)-pozitivních buněčných linií odvozených od karcinomu cervixu, klinických vzorků karcinomu v oblasti hlavy a krku asociovaných s HPV a klinických vzorků karcinomu z Merkelových buněk. V případě karcinomu z Merkelových buněk byla metoda DIPS PCR provedena na vzorcích pocházejících z čerstvě zmražené tkáně a z řezů vzorků nádorů zalitých v parafínu. V případě tonsilárních nádorů asociovaných s HPV se jednalo pouze o čerstvě zmraženou tkáň. Pomocí metody DIPS PCR se podařilo detekovat integrační zlomy u vzorků z čerstvě zmražené tkáně i tkáně uchovávané v parafínu. U detekce integračních zlomů genomu HPV byla vyzkoušena nová sada primerů, která byla optimalizována na...
|
|
|
Studium integrace DNA nádorových virů
Frčková, Tereza ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Většina lidí vnímá viry především jako původce nemocí jako je rýma, chřipka nebo COVID- 19. Existují ale i viry, které mohou způsobovat nádorová onemocnění. Existuje hned několik způsobů, jak viry přispívají ke vzniku nádorů. V případě lidských papilomavirů a viru Merkelových buněk se jedná o expresi onkogenů kódovaných ve virových genomech. Kromě toho může docházet k integraci viru do hostitelského genomu, což může také přispět k rozvoji karcinogeneze. V této práci byla využita metoda detekce integrované papilomavirové sekvence pomocí polymerázové řetězové reakce (DIPS PCR) pro detekci integračního zlomu u lidských papilomavirů (HPV)-pozitivních buněčných linií odvozených od karcinomu cervixu, klinických vzorků karcinomu v oblasti hlavy a krku asociovaných s HPV a klinických vzorků karcinomu z Merkelových buněk. V případě karcinomu z Merkelových buněk byla metoda DIPS PCR provedena na vzorcích pocházejících z čerstvě zmražené tkáně a z řezů vzorků nádorů zalitých v parafínu. V případě tonsilárních nádorů asociovaných s HPV se jednalo pouze o čerstvě zmraženou tkáň. Pomocí metody DIPS PCR se podařilo detekovat integrační zlomy u vzorků z čerstvě zmražené tkáně i tkáně uchovávané v parafínu. U detekce integračních zlomů genomu HPV byla vyzkoušena nová sada primerů, která byla optimalizována na...
|
|
|
Extracelulární váčky a střední T antigen myšího polyomaviru
Kropáček, Václav ; Šroller, Vojtěch (vedoucí práce) ; Brázdová, Andrea (oponent)
Tato práce se soustřeďuje na střední tumorový antigen (MT Ag) myšího polyomaviru (MPyV), potenciální důsledky jeho sekrece extracelulárními váčky (EVs) a jeho vliv na buněčnou signalizaci. MT Ag je membránově asociovaný protein schopný navodit nádorovou transformaci díky interferenci s buněčnou signální transdukcí, zejména aberantní aktivací MAP kinázové dráhy. V první části práce jsme proto navázali na předchozí pozorování provedená v rámci naší skupiny, ukazující, že střední T antigen může být sekretovaný z buněk extracelulárními váčky. Zajímalo nás, zda MT Ag může přispívat k transformaci recipientních buněk. Provedli jsme 2 typy izolace extracelulárních váčků z linií myších fibroblastů stabilně exprimujících střední T antigen (3T6MT) a prokázali jsme jeho přítomnost. Provedli jsme charakterizaci izolovaných EVs detekcí exosomálních markerů a kryo-elektronovou mikroskopií. Následně jsme vystavili recipientní buňky myších fibroblastů (3T6) izolovaným EVs a za pomoci průtokové cytometrie zjišťovali, zda došlo k internalizaci MT Ag. Zároveň jsme se pokusili detekovat, zda došlo u buněk vystavených EVs ke zvýšení hladiny fosforylace MAP kinázy Erk. Ve druhé části práce jsme se pokusili potvrdit a podrobněji analyzovat předešlé nepublikované pozorování zvýšené hladiny fosforylace jaderného faktoru...
|
|
|
Role proteinu IFI16 při virové infekci
Karchňák, Jan ; Šroller, Vojtěch (vedoucí práce) ; Poláková, Ingrid (oponent)
5 Abstrakt Viry jsou obligátními vnitrobuněčnými parazity způsobujícími širokou škálu onemocnění. Během evoluce se u všech organismů, včetně lidí, vyvinuly mnohé mechanismy, jak se s virovou infekcí vypořádat. První linie kontaktu s virovou infekcí je tvořena mimo jiné receptory přirozené imunity. Tyto proteiny zajištující detekci s molekulárních vzorů asociovaných s patogeny (PAMPs) a molekulárních vzorů asociovaných s vlastním poškozením (DAMPs). Jedním z těchto receptorů je interferonem γ indukovatelný protein 16 (IFI16), který je zodpovědný za detekci cizorodé a vlastní poškozené DNA v jádře i v cytoplazmě. Ve své struktuře obsahuje dvě DNA vazebné domény HIN, které slouží k jeho na sekvenci nezávislé vazbě na DNA a jednu PYD doménu zprostředkovávající proteinové interakce. V buňce se podílí na regulaci buněčného cyklu, diferenciace a reguluje buněčné stárnutí. Dále spouští nástup nespecifické imunitní odpovědi a svou aktivitou přímo působí jako restrikční faktor mnoha virů. V reakci na to se u virů vyvinuly mechanismy, jakými se jeho aktivitě vyhýbají, a dokonce ho využívají ve svůj prospěch. Klíčová slova: IFI16, STING, DNA detekce, interferony, restrikční faktor, receptory přirozené imunity
|
|
|
Role buněčných sensorů při virové infekci
Karchňák, Jan ; Šroller, Vojtěch (vedoucí práce) ; Poláková, Ingrid (oponent)
Viry jsou obligátními vnitrobuněčnými parazity způsobujícími širokou škálu onemocnění. Během evoluce se u všech organismů, včetně lidí, vyvinuly mnohé mechanismy, jak se s virovou infekcí vypořádat. První linie kontaktu s virovou infekcí je tvořena mimo jiné receptory přirozené imunity. To jsou zárodečně kódované proteiny zajištující detekci s patogeny asociovaných molekulárních struktur (PAMPs) a molekulárních vzorů asociovaných s vlastním poškozením (DAMPs). Jedním z těchto receptorů je γ interferonem indukovaný protein 16 (IFI16), který je zodpovědný za detekci cizorodé a vlastní poškozené DNA v jádře i v cytoplazmě. Ve své struktuře obsahuje dvě DNA vazebné domény HIN, které slouží k jeho na sekvenci nezávislé vazbě na DNA a jednu PYD doménu zprostředkovávající proteinové interakce. V buňce se podílí na regulaci buněčného cyklu, reguluje diferenciaci, má telomerázovou aktivitu a reguluje buněčné stárnutí. Dále spouští nástup nespecifické imunitní odpovědi a svou aktivitou přímo působí jako restrikční faktor mnoha virů. V reakci na to se u virů vyvinuly mechanismy, jakými se jeho aktivitě vyhýbají, a dokonce ho využívají ve svůj prospěch. Klíčová slova: IFI16, STING, DNA detekce, interferony, restrikční faktor, receptory přirozené imunity
|
|
|
Role proteinů APOBEC v karcinogenezi indukované HPV
Frolíková, Daniela ; Šmahelová, Jana (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Katalytické polypeptidy podobné enzymu, který upravuje mRNA pro apolipoprotein B (APOBEC) jsou rodina evolučně konzervovaných cytidin deamináz se schopností vazby a modifikace RNA a/nebo ssDNA. APOBEC1-4 zastávají v buňkách řadu funkcí. Zástupci podrodiny APOBEC3 způsobují restrikci cizorodých nukleových kyselin, retrotranspozonů a virů, včetně lidských papilomavirů (HPV), a mohou přispět k vyčištění infekce. Určité HPV jsou označovány jako onkogenní viry, jelikož jsou schopné prostřednictvím onkoproteinů E5, E6 a E7 indukovat imortalizaci a transformaci buněk epitelu. E6 a E7 mohou také navodit transkripci či bránit degradaci některých APOBEC3. Dochází tak k navyšování jejich hladin v buňkách. APOBEC3 působí rovněž jako buněčné mutátory, jelikož mohou během replikace či transkripce katalyzovat deaminace na dočasně vzniklé ssDNA. Deregulace APOBEC3 způsobená onkoproteiny může k mutagenezi přispět. Tato bakalářská práce se zabývá proteiny APOBEC, jejich aktivací a funkcí během HPV indukované karcinogeneze a zejména rozsahem a důsledky APOBEC3 mutací. Klíčová slova: APOBEC, mutageneze, papilomavirus, onkoproteiny, karcinogeneze
|
|
| |
|
|
Příprava expresních vektorů a virových mutant pro studium minoritních strukturních proteinů polyomavirů
Cibulka, Jakub ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Polyomaviry jsou malé neobalené DNA viry infikující ptáky a savce, včetně člověka. Jejich kapsida je tvořena hlavním kapsidovým proteinem VP1 a dvěma minoritními kapsidovými proteiny VP2 a VP3. Důležitou funkcí minoritních proteinů je pravděpodobně zprostředkování dopravy virového genomu do jádra buňky, aby mohlo dojít k úspěšné replikaci viru. Proteiny VP2 a VP3 myšího polyomaviru a viru SV40 mají schopnost vázat a perforovat buněčné membrány a má se za to, že právě tato jejich vlastnost pomáhá dopravit virový genom do jádra. V rámci této práce byly připraveny plasmidy pro produkci a vizualizaci minoritních kapsidových proteinů polyomaviru karcinomu Merkelových buněk v savčích buňkách. Tyto proteiny se svými sekvencemi výrazně liší od minoritních proteinů ostatních lidských polyomavirů i příbuzného myšího polyomaviru. Při jejich samostatné produkci v buňkách se ukázalo, že na rozdíl od proteinů VP2 a VP3 myšího polyomaviru nevykazují zřetelnou afinitu k membránám. Druhým cílem této práce byla příprava mutant myšího polyomaviru s delecemi v hydrofobních doménách proteinů VP2 a VP3, které by měly být zodpovědné za výše zmíněné membránové interakce. Tyto mutanty nebyly infekční, ale ztráta infektivity může souviset s celkovým ovlivněním produkce pozdních proteinů viru a nejen s funkcí těchto domén jako takových.
|
|
|
Experimentální a klinicky využitelné vakcíny na bázi viru vakcínie
Pilná, Hana ; Mělková, Zora (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Virus vakcinie (VACV) je obalený DNA virus patřící do rodu Orthopoxviridae. Jedná se o laboratorní virus, který nemá v přírodě známého přirozeného hostitele, a jehož přesný původ zůstává doposud neobjasněn. Jeho význam pro člověka je ovšem značný. V prvé řadě to byly právě různé kmeny VACV, které byly použity pro přípravu vakcín při eradikaci pravých neštovic. I dnes je vynakládáno nemalé úsilí na přípravu efektivnějších a bezpečnějších vakcín proti pravým neštovicím, a to mimo jiné kvůli stále existujícím obavám, že by variola virus - původce pravých neštovic - mohl být zneužit jako biologická zbraň. Pokrok v genovém inženýrství umožnil další využití potenciálu VACV jako vektoru, neboť VACV umožňuje inkorporaci cizorodé genetické informace a její expresi v hostiteli. Navíc se VACV replikuje výlučně v cytoplasmě, což snižuje riziko začlenění virové DNA do DNA hostitele. Tyto a další vlastnosti dělají z VACV ideálního kandidáta na vektor pro přípravu vakcín proti celé řadě heterologních infekčních a onkologických onemocnění. Tato práce podává přehled klinicky využívaných a některých experimentálních vakcín odvozených z VACV. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.