|
|
Studium (bio)molekulových interakcí a enzymových reakcí kapilárními elektroforetickými metodami
Růžička, Martin ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Mikšík, Ivan (oponent) ; Křížek, Tomáš (oponent)
Nekovalentní interakce se podílejí na většině procesů v živých organismech. Sílu interakce mezi (bio)molekulami lze charakterizovat pomocí vazebné konstanty příslušných komplexů, k jejímuž stanovení je možno využít řadu fyzikálně-chemických metod. Z nich metody kapilární elektroforézy disponují několika přednostmi: (1) interakce probíhají mezi volnými molekulami ve vodném roztoku bez nutnosti jejich immobilizace, (2) krátká doba analýzy, (3) velmi malá spotřeba zkoumaných molekul, a (4) snadná automatizace analýz. V rámci této disertační práce byly vyvinuty metody afinitní kapilární elektroforézy s částečným plněním (PF-ACE) pro zkoumání interakce mezi oligonukleotidy dvouvláknové DNA a dobře charakterizovaným interkalátorem ethidium bromidem jako modelovou sloučeninou. Následně byly v těchto podmínkách stanoveny vazebné konstanty komplexů oligofenylenových derivátů s DNA oligonukleotidy. Metoda PF-ACE byla optimalizována pro sledování enantioselektivních interakcí mezi helquaty a vybranými chirálními kyselými aromatickými analyty. Bylo identifikováno několik látek, jejich enantiomery byly pomocí helquatů jakožto chirálních selektorů odděleny. Kapilární elektroforéza byla použita jako separační analytická metoda při sledování štěpení peptidových substrátů rhomboidními proteasami. Metoda byla...
|
|
|
Chromatographic characterization of polyaniline-coated stationary phases
Taraba, Lukáš ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Pacáková, Věra (oponent) ; Srbek, Jan (oponent)
(CZ) Tato dizertační práce se zabývá fyzikálně-chemickou charakterizací stacionárních fází potažených polyanilinem. V první části byly chemickou polymerizací anilinium(1+) chloridu in-situ modifikovány povrchy sorbentů na bázi čistého silikagelu a silikagelu s navázanou oktadecylovou skupinou. Jejich následná systematická charakterizace byla provedena s použitím modelu lineárních vztahů solvatačních energií v HILIC módu kapilární kapalinové chromatografie. Dále bylo k popisu vlastností modifikovaných materiálů použito několik běžných fyzikálně-chemických technik. Modifikované sorbenty byly ve formě suspenzí naplněny do kapilárních kolon. Retenční interakce probíhající mezi analytem a separačním systémem byly zhodnoceny na základě retenčních dat pro množství různých analytů. Výsledky ukázaly, že polyanilinový povlak měl významný vliv na retenci podporující interakce pro obě stacionární fáze. Předpokládaný smíšený retenční mechanismus byl prokázán pro obě stacionární fáze. Druhá část se zabývá zkoumáním separačního potenciálu stacionární fáze potažené polyanilinem v různých chromatografických módech. Pro strukturně podobné látky byly zkonstruovány křivky retenčních faktorů závislé na podílu organického modifikátoru v mobilní fázi. Získané výsledky ukázaly, že tato stacionární fáze je použitelná ve...
|
|
|
Chromatografická charakterizace iontově výměnné kolony
Seidlová, Bára ; Sobotníková, Jana (vedoucí práce) ; Křížek, Tomáš (oponent)
Při charakterizaci zvolené iontově výměnné kolony Phenosphere™ SCX byl zvolen následující postup. Nejdříve byla vybrána sada biologicky zajímavých analytů, která obsahovala několik bazických léčiv; konkrétně pět tricyklických antidepresiv (TCA), anestetikum prokain a látku s antimalarickým a antiarytmickým účinkem - chinidin. Pro tuto řadu bazických látek byly optimalizovány separační podmínky na charakterizované iontově výměnné koloně Phenosphere™ SCX. Byl studován vliv složení mobilní fáze, tedy vliv použitého pufru a jeho koncentrace, pH pufru a vliv přídavku organického modifikátoru (v tomto případě methanolu) na chromatografické chování vybraných léčiv. Za optimalizovaných chromatografických podmínek pro analýzu bazických léčiv pak byla iontově výměnná kolona charakterizována pomocí metody LSER (model lineárních vztahů solvatační energie). Bylo zjištěno chromatografické chování sady testovacích látek se známými hodnotami molekulárních deskriptorů a následně provedena vícenásobná lineární regrese mezi retenčními faktory testovacích látek a jejich molekulárními deskriptory. Výsledky vícenásobné lineární regrese byly diskutovány a poté byly vyhodnoceny interakce přispívající k retenci analytů na studované kationtově výměnné koloně Phenosphere™ SCX. Klíčová slova: HPLC, iontově výměnná...
|
|
|
Studie vlivu protaminu na nepřímé elektroforetické stanovení heparinu
Petrák, Ondřej ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubíčková, Anna (oponent)
Cílem této bakalářské práce bylo studium interakcí heparinu a protaminu v prostředí kapilární zónové elektroforézy pomocí jejich vlivu na velikost plochy píku tetraargininu. Byla použita křemenná kapilára o vnitřním průměru 50 µm a celkové délce 50 cm. Efektivní délka kapiláry byla 41,5 cm a vzorek byl dávkován na dlouhý konec kapiláry. Byl optimalizován způsob dávkování jednotlivých zón, vhodné složení základního elektrolytu bylo již známo z předešlých experimentů, na které tato práce navazovala. Základní elektrolyt byl složen z 0,1 M roztoku kyseliny trihydrogenfosforečné a 0,1% roztoku hydroxyethylcelulózy. Vzorek byl dávkován hydrodynamicky tlakem 5,0 kPa po dobu 120 s. Následně byla stejným tlakem po dobu 90 s dávkována zóna základního elektrolytu. Poslední dávkovanou zónou byla zóna tetraargininu o koncentraci 1 mg/ml, která byla dávkována hydrodynamicky tlakem 5,0 kPa po dobu 3 s. Posledním krokem bylo vložení separačního napětí 30 kV po dobu 30 s. Tetraarginin byl detegován při λ = 200 nm. Byly změřeny vlivy samotného heparinu/ protaminu a jejich směsí v různých vzájemných poměrech. Bylo ověřeno, že se zvyšující se koncentrací heparinu dochází k poklesu plochy píku tetraargininu. Nově bylo zjištěno, jaký vliv na velikost tohoto účinku má přítomnost protaminu. Zde došlo k překvapivému...
|
|
|
Vývoj metody UHPLC pro studium stability venetoclaxu
Máchalová, Jitka ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Tato práce se zabývá vývojem chromatografické metody pro stanovení venetoclaxu a kontrolu jeho čistoty pomocí techniky UHPLC. Venetoclax je nízkomolekulární inhi- bitor antiapoptického proteinu Bcl-2, který hraje důležitou roli při regulaci apoptózy a při vzniku hematologické malignace. Venetoclax se tedy používá pro léčbu chronické lymfocytární leukemie. Kvůli problematické rozpustnosti analytu byl jako rozpouště- dlo vzorku zvolen 10mM vodný roztok H3PO4 : ACN s 40% objemovým zastoupením acetonitrilu. Dále byla nalezena optimální kombinace stacionární a mobilní fáze. Optimalizace byla prováděna především s ohledem na faktor chvostování píku vene- toclaxu a jeho rozlišení od nečistoty eluující v jeho těsné blízkosti. V optimalizované metodě byla použita kolona Acquity UPLC BEH Phenyl (100 × 2,10 mm; 1,7 µm) a jako mobilní fáze směs pufru (10mM H3PO4/NH3 o pH 2,5) s přídavkem 0,5% trifluoroctové kyseliny a ACN. Součástí validace metody bylo testování přesnosti, opa- kovatelnosti, meze detekce a kvantifikace, linearity a lineárního dynamického rozsahu, robustnosti metody a testování stability vzorku. Opakovatelnost retenčního času byla 0,07 % a opakovatelnost plochy píku byla 0,45 %. Hodnota meze detekce metody byla 1,6 · 10−5 mg mm−1 a hodnota meze kvantifikace byla 5,4 · 10−5 mg mm−1 . Linearita...
|
|
|
Stanovení tryptaminu a tryptofanu v biologickém materiálu pomocí kapilární elektroforézy
Šimonová, Alice ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Taraba, Lukáš (oponent)
Cílem této bakalářské práce byl vývoj metody pro stanovení tryptaminu a tryptofanu v biologickém materiálu pomocí kapilární elektroforézy. Celková délka křemenné kapiláry s vnitřním průměrem 75 m byla 50,5 cm a efektivní délka 8,5 cm, dávkování vzorku probíhalo na krátkém konci kapiláry. Bylo optimalizováno složení základního elektrolytu, způsob dávkování a on-line prekoncentrace. Základním elektrolytem byla octová kyselina o koncentraci 1,6 mol/l, vzorek se dávkoval hydrodynamicky tlakem 5 kPa po dobu 5 s a separace probíhala při napětí -30 kV. Detekce analytů probíhala při 220 nm a vnitřního standardu anilinu při 200 nm. Doba separace trvala jen 2 minuty, což je hlavní výhodou stanovení. Mez detekce pro tryptamin je 0,002 mmol/l a pro typtofan 0,001 mmol/l, mez stanovitelnosti pro tryptamin je 0,006 mmol/l a pro tryptofan 0,005 mmol/l. Opakovatelnost ploch píků a migračních časů standardů o koncentraci 0,045 mmol/l vztažených na vnitřní standard anilin poskytla hodnoty relativních směrodatných odchylek menší než 5 %. Použitelnost optimalizované metody byla otestována na listech tabáku virginského a na kultivačním mediu oomycety Pythium oligandrum. Klíčová slova tryptofan, tryptamin, kapilární elektroforéza
|
|
|
Nepřímé stanovení heparinu kapilární elektroforézou
Filounová, Barbora ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubíčková, Anna (oponent)
Heparin je směs sulfatovaných polysacharidů s negativním nábojem. Jde o látku, která je v organismu velmi důležitá a zásadním způsobem zasahuje do jeho fyziologie. Hlavní funkce heparinu v těle je protisrážlivá - zabraňuje tomu, aby došlo k úplnému sražení krve. Zásahem do koagulační kaskády jeho antikoagulační efekt vyrovnává hemokoagulační efekt. V některých případech je třeba do této rovnováhy zasáhnout farmakologicky, kdy se aplikuje heparin ve formě sodné nebo vápenaté soli ve fyziologickém roztoku jako antikoagulační přípravek. Sledování hladiny heparinu v krvi nebo plasmě má svá úskalí. Dodnes používané metody jsou založeny na jednoduchém principu měření času potřebného k vzniku sraženiny krve ve vzorku - vyhodnocení je prováděno vzhledem k porovnávacím roztokům. Tyto metody jsou relativně nepřesné, nedají se použít v "on-line" uspořádání a jsou velmi ovlivňovány celkovým zdravotním stavem pacienta. V rámci této práce byly převzaty a ověřeny některé ze základních principů metody afinitní kapilární elektroforézy, kde byl heparin sledován nepřímo pomocí úbytku píku protaminu. Protamin se používá jako antidotum heparinu, protože s ním tvoří stabilní komplex. V této práci byl složitější protamin nahrazen dobře definovaným tetraargininem, jelikož arginin je v protaminu nejhojněji zastoupená...
|
|
|
Preparation and characterization of polyaniline-coated stationary phases doped with silver
Pátereková, Viktória ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Sobotníková, Jana (oponent)
Táto práca sa venuje príprave polyanilýnových stacionárnych fáz dopovaných striebrom s využitím pre HPLC. Boli napolymerizované polyanilínom potiahnuté stacionárne fázy s rôznym prídavkom AgNO3. Niektoré z nich boli podrobené sedimentácii Ag, v iných bolo AgNO3 pridané až po polymerizácii. Stacionárne fázy boli skúmané elektrónovým mikroskopom, atómovou absorpčnou spektroskopiou, Ramanovou spektroskopiou a infračervenou spektroskopiou s Fourierovskými transformáciami. Kolóny naplnené pripravenými stacionárnymi fázami boli porovnané s polyanilínovou kolónou bez prídavku striebra separáciou zmesi pozostávajúcej z kofeínu, teobromínu a teofilínu v troch chromatografických módoch (NP-čistý ACN, HILIC-98/2 (v/v) ACN/voda a RP-20/80 (v/v) ACN/voda) pri prietoku 5 µL/min s UV detekciou 265 nm a podobne separáciou zmesi 2'-aminoacetofenónu, 3'-aminoacetofenónu a 4'-aminoacetofenónu v rovnakých chromatografických módoch, pri prietoku 5 µL/min až na mód RP, kedy bol použitý prietok 10 µL/min na urýchlenie separácie. Polyanilínom potiahnuté kolóny dopované striebrom vykázali inú selektivitu v RP móde zmesi kofeínu, teobromínu a teofilínu oproti polyanilínom potiahnutých kolón bez prídavku striebra. Ďalej boli kolóny otestované s použitím jednoduchého chromatografického testu, ktorým boli charakterizované z...
|
|
|
Vývoj metody pro stanovení loadingu aminokyselin při syntéze peptidů na pevné fázi
Mácha, Hynek ; Nesměrák, Karel (vedoucí práce) ; Křížek, Tomáš (oponent)
Byla vyvinuta jednoduchá metoda pro stanovení loadingu aminokyselin při syntéze peptidů na pevné fázi. Metoda je aplikovatelná na nejběžnější typ syntézy využívající chránicí skupiny FMOC a piperidinu jakožto deprotekčního činidla. Oba produkty deprotekce jsou separovány metodou HPLC a stanoveny pomocí UV detektoru za použití interního standardu. Metoda poskytuje pravdivé hodnoty, které byly ověřeny nezávislou metodou. Relativní směrodatná odchylka metody je 1,52 %. Metoda je výrazně přesnější než metody dosud publikované a umožnuje stanovení z odpadu syntézy. Díky použití interního standardu neklade nároky na přesnost ředění nebo známé objemy.
|
|
| |
host ::
RSS.