|
|
Assessing biochemical properties of PDE8A1: Design of experimental system in living cells"
Galica, Tomáš ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
5 Abstrakt Fosfodiesterázy sú dôležitou súčasťou signálnych dráh eukaryotických buniek. Druhý posol 3'-5'-cyklický adenozín monofosfát (cAMP) je hydrolyzovaný špecifickými fosfodiesterázami. Kontrolou hladiny cAMP v bunke fosfodiesterázy zabezpečujú vhodné prostredie pre prenos cAMP signálu. Navyše, ako odpoveď na zvýšenú hladinu cAMP, sú fosfodiesterázy aktivované proteín kinázou A (PKA), čo je vlastnosť dôležitá obzvlášť pre patričné ukončenie signálu. Fosfodiesteráza 8A (PDE8A1) je vysoko-afinitná cAMP-špecifcká fosfodiesteráza necitlivá k inhibícii pomocou IBMX. Je významný enzýmom pre cAMP signalizáciu, avšak najmä kvôli nedostupnosti PDE8A špecifického inhibítoru, jej úloha ešte nebola detailne preskúmaná ani docenená. Prezentovaná práca zahŕňa klonovanie PDE8A1, identifikáciu jej posttranslačných modifikácii, lokalizáciu na bunkovej úrovni ako aj alternatívny prístup ku skúmania fosfodiesteráz pomocou cyklázového toxínu z Bordetelly pertussis. Kľúčové slová: fosfodiesteráza, cAMP, posttranslačné modifikácie, myristoylácia, palmitoylácia, adenylátcyklázový toxín
|
|
|
Odborná kvalifikace učitelů základních škol Karlovarského kraje v návaznosti na zákon č. 563 / 2004 Sb. o pedagogických pracovnících
Mašek, Tomáš ; Koberová, Eva (vedoucí práce) ; Hrkalová, Jana (oponent)
Práce se zabývá analýzou kvalifikovanosti učitelů ZŠ Karlovarského kraje v kontextu zjištění o možnostech, potřebách a problémech VŠ studia nekvalifikovaných učitelů v kombinované formě. Hlavním cílem práce je stanovit prognózu míry naplnění podmínek uvedených zákonem č. 563/2004 Sb., v platném znění o předepsané odborné kvalifikaci učitelů ZŠ do konce roku 2014 s návrhy eliminace možných vývojových rizik. Na základě výsledků získaných analýzou kvalifikovanosti učitelů ZŠ, nabídky, podmínek a potřeb VŠ kombinovaného studia nekvalifikovaných učitelů formou dotazníkového šetření bylo možno formulovat předpověď míry kvalifikovanosti učitelů ZŠ Karlovarského kraje na úroveň 78,5 %. Z návrhů eliminace vývojových rizik je za klíčové možno považovat respektování potřeb nekvalifikovaných učitelů, intenzivní spolupráci s obcemi jako nejzastoupenějším zřizovatelem ZŠ na území kraje a zajištění účasti učitelů ZŠ v projektech operačního programu "Vzdělávání pro konkurenceschopnost" (OP VK) při otevření studií v oblasti pedagogických věd.
|
|
|
Využití nových sekvenačních technik v biomedicínském výzkumu
Přistoupilová, Anna ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Nové sekvenační techniky v blízké budoucnosti změní přístup, jakým jsou prováděny vědecké experimenty a prováděna diagnostika známých onemocnění. Umožní vznik personalizované medicíny. Smyslem této diplomové práce je podat přehled nových metodických postupů sekvenování DNA, ukázat možnosti a omezení vhodných bioinformatických nástrojů a demonstrovat přínos těchto technik pro projekty zaměřené na odhalení molekulární podstaty vzácných dědičně podmíněných onemocnění. V úvodu práce je podán přehled nových, komerčně dostupných metod sekvenace genomu (firem 454 Life Science, Applied Biosystems, Illumina, Helicos), vysvětlen princip na kterém tyto metody pracují a nastíněn směr, kterým se ubírá další vývoj na tomto poli. Úvod se dále věnuje způsobům analýzy dat, která je nedílnou součástí sekvenačních technik. V praktické části je prezentováno spektrum metod analýzy genomu, které byly úspěšně využity k určení kauzálního genu a mutací způsobujících adultní formu autozomálně dominantní neuronální ceroid lipofuscinózy (ANCL). V rámci tohoto projektu bylo využito v jedné ANCL rodině kombinace celogenomového genotypování (GeneChip® Mapping 10K 2.0 Array), vazebné analýzy (Merlin), analýzy počtu kopií genomové DNA (Genome-Wide Human SNP Array 6.0), analýzy expresních profilů (HumanRef-8 v2 Expression BeadChips) a...
|
|
|
Příprava experimentálního systému pro studium životního cyklu myšího polyomaviru
Pergner, Jiří ; Mašek, Tomáš (oponent) ; Španielová, Hana (vedoucí práce)
Příprava experimentálního systému pro studium životního cyklu myšího polyomaviru Abstrakt: Myší polyomavirus je modelovým zástupcem virové čeledi Polyomaviridae. Do této čeledi patří i některé významné lidské patogeny (BKV, JCV, Merkel cell polyomavirus). Díky některým svým vlastnostem viry z této čeledi mohou sloužit i jako vektory pro genovou terapii, nebo pro přípravu rekombinatních vakcín. Nové metodické přístupy mohou pomoci k porozumění dosud neznámých faktů ze životního cyklu myšího polyomaviru. Objasnění některých dějů životního cyklu může být důležité z hlediska možného využití polyomavirů pro terapeutické účely. Tato diplomová práce se zabývá přípravou dvou inovativních experimentálních systémů, které rozšiřují možnosti studia životního cyklu myšího polyomaviru. První část diplomové práce je zaměřena na přípravu rekombinantního myšího polyomaviru exprimujícího žlutý fluorescenční protein (EYFP) v časných fázích infekce. Takový virus může být vhodným nástrojem pro studium šíření infekce v živých buňkách metodami fluorescenční mikroskopie i průtokové cytometrie. Lze jej využít i pro studium kolokalizace nestrukturního proteinu velkého T antigenu s některými buněčnými proteiny. V druhé části diplomové práce je popsána příprava hybridní buněčné linie připravené fúzí myších a opičích buněk. Tato...
|
|
|
Úloha eIF3 v přenosu mRNA na 43S preiniciačni komplex
Beznosková, Petra ; Mašek, Tomáš (oponent) ; Valášek, Leoš (vedoucí práce)
Jedním z důležitých momentů genové exprese u eukaryot je iniciace translace, která je závislá na souhře mnoha eukaryotických iniciačních faktorů, malé (40S) a velké (60S) podjednotky eukaryotního ribosomu, mRNA a iniciační methionyl tRNA. Eukaryotický iniciační faktor 3 (eIF3), který je největší ze všech faktorů, se podílí na drtivé většině reakcí v průběhu iniciace translace. U kvasinek tvoří multifaktorový komplex (MFC) společně s eIF1,eIF5 a ternárním komplexem (TC; eIF2-GTP-Met-tRNAi Met komplex) a stimuluje formováni tzv. 43S preiniciačního komplexu. eIF3 hraje roli rovněž při nasedání mRNA na ribosom, skenování 5' nepřekládaného konce mRNA za účelem rozpoznání AUG iniciačního kodónu, a zdá se, že se významně účastní i genově-specifického regulačního mechanismu translace zvaného reiniciace, který využívá tzv. krátké otevřené čtecí rámce v 5'nepřekládané oblasti mRNA (uORF).
|
|
|
Využití kvasinek ve vývoji nových antivirotik
Dubská, Jitka ; Janderová, Blanka (oponent) ; Mašek, Tomáš (vedoucí práce)
The increase of infectious chronic diseases is the main health problem of modern civilization. These diseases, which are spread both in developing as well as industrial countries, cause more than 59% of all life ends. Statistically, the most frequent infection is hepatitis C virus (HCV) infection. Incurable hepatic illnesses such as cirrhosis and hepatocellular carcinoma are the outcomes of the HCV infection and the liver transplantation is the only successful therapeutic option for the patients in industrial countries. It is estimated that about 170 million people worldwide are chronically infected with this virus. HCV is a small coated virus with single stranded RNA genome of positive polarity. Lots of research has been done since it was discovered twenty years ago but the efficient drug is still missing. There is a strong tendency to focus the research on searching for translation initiation inhibitors in last few years, because the whole life cycle of HCV, including RNA replication, new virions assembly etc., is dependent on translation products. Nowadays there is a small group of human proteins (so called ITAFs) known for up- or down-regulate HCV and other viruses translation initiation. It is believed, that this group is much more comprehensive. The aim of this diploma work was to construct yeast...
|
|
|
Functional analysis of the TIF32-HLD-PRT1-RRM-HCR1 module of the yeast translation initiation factor 3
Herrmannová, Anna ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
The eIF3 is in yeast S. cerevisiae composed of five core essential subunits (TIF32, NIP1, PRT1, TIF34 and TIF35) and one nonessential substoichiometric subunit (HCR1), and as such represents the most complex initiation factor among all. Perhaps owing to that, it was shown to stimulate nearly all steps of the initiation pathway culminating in the formation of the 80S initiation complex at the AUG start codon on mRNA. Yeast eIF3 was also demonstrated to assemble together with the ternary complex, eIF1 and eIF5 into so called Multifactor complex that can exist free of ribosomes and whose formation greatly stimulates initiation efficiency. TIF32, the largest eIF3 subunit, was shown to make at least two critical contacts with the 40S ribosomal subunit and its middle domain, designated as the HLD, to share a significant sequence similarity with the HCR1 subunit. Experiments conducted here indicate that the TIF32-HLD and HCR1 share also some functional similarity as the recombinant HLD expressed under control of the HCR1 promoter in a domain- swapping experiment partially suppressed the slow growth phenotype of cells deleted for HCR1. In addition to the HLD, HCR1 also simultaneously interacts with the RRM domain of PRT1, which is considered to be the main scaffolding subunit of eIF3. The group of Dr. P.J....
|
|
| |
|
|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
|
|
Metodika uplatňování vybraných nástrojů zlepšování jakosti
Mašek, Tomáš ; Legát, Václav (vedoucí práce)
Teze disertační práce na téma Metodika uplatňování vybraných nástrojů zlepšování kvality, se zabývá problematikou řízení a zabezpečování kvality, neshodami a účinků nástrojů zlepšování kvality na různé typy neshod. První část práce tvoří úvod, kde je nastíněna definice kvality a její problematika dnešní doby. V části přehled o současném stavu poznání jsou podrobněji popsány jednotlivé nástroje pro zlepšování kvality, vymezení neshod a jejich řízení. Další část práce tvoří stanovené hypotézy a definování cílů práce. Čtvrtá část je věnována materiálům a metodám, které budou použity k dosažení stanovených cílů. Poslední kapitola pak představuje již dosažené dílčí a očekávané výsledky.
|
host ::
RSS.