|
|
Rekombinantní příprava DNA vazebné domény transkripčního faktoru TEAD1 pro studium jeho interakcí s DNA
Kúdelová, Veronika ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Proteiny TEAD patří do významné rodiny transkripčních faktorů, které se během vývoje organismu podílí na regulaci jeho růstu a diferenciace buněk prostřednictvím aktivace exprese nejrůznějších genů. Tato rodina sdílí dvě vysoce konzervovaná místa, a to TEA DNA vazebnou doménu, po které tyto proteiny získaly název, a doménu, pomocí níž transkripční faktory váží další koaktivátory. Protože TEAD proteiny nejsou samy o sobě schopné transkripce, interagují s řadou koaktivátorů, které umožňují regulovat transkripci požadovaného genu. Poruchou regulace aktivity TEAD proteinů může docházet ke vzniku nádorových onemocnění. Proto v dnešní době hrají proteiny rodiny TEAD nemalou roli při vývoji nových protinádorových léčiv. Jedním ze způsobů inhibice těchto proteinů je zabránění jejich vazbě na DNA, tedy blokace aktivního místa v DNA vazebné doméně. Tato bakalářská práce se zabývá rekombinantní expresí zmíněné DNA vazebné domény transkripčního faktoru TEAD1, která je prodloužená o aminokyseliny v nestrukturované oblasti. Po nalezení vhodných podmínek produkce bylo přistoupeno k produkci ve velkém objemu následované purifikací a ověřením identity proteinu. Nakonec byla potvrzena schopnost interakce produkovaného proteinu s DNA. Připravený protein bude tedy možné využít ke studiu způsobů jeho interakce s DNA,...
|
|
|
Structure and dynamics of mouse C-type lectin-like receptors.
Wallenfels, Lucie ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent) ; Šebela, Marek (oponent)
NK buňky jsou schopné rychle rozpoznat buňky infikované virem nebo také nádorové buňky a podílí se na regulaci odpovědí adaptivní imunity, proto představují velmi důležitou součást přirozené imunity. Funkce NK buněk jsou zajišťovány souhrou mezi jejich receptory, které dohromady vytváří složitý regulační systém. Vyřešení struktury jednotlivých receptorů by mohlo přispět k porozumění NK- buněčné biologie. Předkládaná dizertační práce je věnována řešení struktury inhibičního receptoru C-lektinového typu (CTLR) Nkrp1b, především je pak zaměřena na ty části jeho struktury (krček, smyčka a oligomerní stav), které mohou ovlivnit celkovou konformaci receptoru a také jeho interakce. Vazba receptoru Nkrp1b s jeho ligandem, proteinem Clr-b, je imunologicky významná, jelikož nezávisle reguluje aktivitu NK buněk a monitoruje změny, které nejsou detekovatelné cytotoxickými T lymfocyty. Aby mohly být studovány jednotlivé strukturní charakteristiky proteinu Nkrp1b, byly připraveny dvě jeho varianty: celá ektodoména a ligand-vazebná doména postrádající krček. S využitím několika různých technik hmotnostní spektrometrie v kombinaci s homologním modelováním a molekulární dynamikou byla navržena struktura receptoru Nkrp1b včetně jeho monomerního a dimerního uspořádání. Dále byl zkoumán oligomerizační stav receptoru...
|
|
|
Multifunkční kulturní centrum "Creative City" Brno
Iermolovych, Ganna ; Novák, Petr (oponent) ; Vojtová, Lea (vedoucí práce)
Diplomová práce představuje návrh přestavby a nástavby bývalé vazební věznice na ul. Cejl, Soudní a Bratislavská pro kulturní, komerční a výrobní účely a formování multifunkčního kulturního centra "Creative City" Brno. Návrh zahrnuje přestavbu dvou pater původního objektu na ul. Soudní, zbouraní přístavby ke káznici a novostavbu s podzemním parkováním na ul. Bratislavská, přístavba na ul. Cejl patří jinému majiteli a zůstává ve stávajícím stavu. Před stavbou na ul. Bratislavské je vytvořeno male náměstí, které je propojené s vnitřními dvory, které spojují novou a starou budovu s okolím. Hlavní účel stavby – centrum kreativních profesí, poskytuje jak pracovní a vystavovací plochy (ateliéry, kanceláře, konferenční haly), tak i bydleni (hostel nebo pronajímatelné bytové jednotky). Hlavní záměr – vytvořit zajímavé prostředí pro tvůrčí profese a vytvořit nové společenské centrum.
|
|
|
Regulace aktivity aspartátových a serinových proteas pomocí selektivních přirozených inhibitorů
Srp, Jaroslav ; Mareš, Michael (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent) ; Bařinka, Cyril (oponent)
Proteasy se účastní řady významných fyziologických procesů a jejich nedostatečná kontrola je spojena s řadou patologií. Přirozené inhibitory představují účinný nástroj pro regulaci jejich aktivity. Disertační práce se zaměřuje na živočišné a rostlinné inhibitory aspartátových a serinových proteas a přináší identifikaci, biochemickou charakterizaci a strukturní popis jejich mechanismu inhibice. Rostlinné inhibitory z Kunitzovy rodiny jsou produkované jako obranné proteiny s unikátní schopností blokovat široké spektrum proteas. V této práci byl s využitím metod funkční proteomiky popsán trávicí proteolytický systém mandelinky bramborové, herbivorního škůdce lilkovitých rostlin. Byl podán přímý důkaz, že trávicí aspartátové a serinové proteasy tohoto herbivora jsou efektivně blokovány pomocí dvou Kunitzových inhibitorů (nazývaných PCDI a PSPI), které jsou produkované v lilku brambor. Pomocí strukturní analýzy byly na molekulách PCDI a PSPI identifikovány nové typy reaktivních center pro inhibici aspartátových proteas typu katepsinu D a serinových proteas typu trypsinu a chymotrypsinu. Popis reaktivního centra na PCDI inhibitoru společně s krystalovou strukturou trávicí proteasy typu katepsinu D mandelinky bramborové umožnilo vysvětlit mechanismus jejich vzájemné interakce. Pro lidský katepsin D byly...
|
|
|
Rekombinantní příprava proteinu RhoA s afinitní sondou.
Filipová, Barbora ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Šulc, Miroslav (oponent)
Počet střevních infekcí spojených s užíváním antibiotik u lidí rapidně roste. Virulentní toxiny C. difficile, Yersinií a mnoha dalších bakterií cílí na protein RhoA. Jedná se o GTPasu, která je součástí signálních buněčných drah a její hlavní funkcí je regulace aktinového cytoskeletu. Zmíněné toxiny činí tento protein nefunkčním, což může vést až k fatální destrukci buňky. V dnešní době je diagnostika popsaných infekcí nedostačující. Využití proteinových čipů a hmotnostní spektrometrie k určení modifikace proteinu RhoA se jeví jako možný způsob stanovení těchto střevních bakteriálních onemocnění. A proto je cílem této práce rekombinantně připravit kýžený protein RhoA s navázanou afinitní sondou, která bude sloužit k jeho imobilizaci na biočip. Takto připravený protein bude dále využit v diagnostice popsaných onemocnění.
|
|
|
Studie jednovláknových DNA biofyzikálními metodami
Svoboda, Jakub ; Schneider, Bohdan (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
DNA je základní funkční molekula všech domén života. Jednou z jejích charakteristických vlastností je asociace do tvorby dvouvláknové šroubovice. Přesto může i jednovláknová DNA tvořit nekanonické struktury jako například vlásenky, triplexy nebo tetraplexy. Mezi zajímavé jednovláknové sekvence patří REP elementy. Tyto úseky DNA jsou zástupcem bakteriálních transpozonů tzv. inserčních sekvencí, které se vyskytují ve velkém počtu kopií v široké škále bakteriálních organismů. Tato práce se zabývá studiem struktury a charakterizací vybraných REP sekvencí. Jsou předkládány výsledky měření oligonukleotidů se sekvencemi REP elementů spektrální metodou cirkulárního dichroismu, kalorimetrickým měřením a strukturní analýzy jejich monokrystalů difrakcí paprsků X. Klíčová slova Jednovláknová DNA, krystalografie, cirkulární dichroismus, kalorimetrie, transpozony, REP elementy, inserční sekvence.
|
|
|
Radikálové značení proteinů jako nástroj validace biologických terapeutik
Binar, Michal ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Ječmen, Tomáš (oponent)
Hmotnostní spektrometrie a techniky s ní spojené jsou velice důležitým a užitečným nástrojem při studiu struktury proteinů. Jednou z těchto technik je i kovalentní značení proteinů, které je možné použít ke zkoumání přístupnosti jejich povrchu a jejich dynamiky obecně. Přestože již byla pro tuto metodu vyvinuta spousta činidel, většina z nich je limitována jejich schopností selektivně reagovat jen s omezeným počtem aminokyselin, většinou lysinem, argininem nebo tyrosinem a neselektivní metody, jako rychlá fotochemická oxidace proteinů, jsou velice náročné a nákladné. Z toho důvodu existuje stále snaha o vývoj nových metod kovalentního značení. Touto novou metodou by mohla být trifluormethylace, která je stále více používanou technikou modifikace organických molekul a jejíž možný potenciál jsme se proto rozhodli studovat. V této práci jsme použili novou skupinu formálně elektrofilních činidel, která je vytvořena na bázi cyklického hypervalentního jodidového jádra. Tato skupina tzv. Togniho činidel byla použita jako nástroj radikálového značení proteinů. Jako modelový protein byla vybrána lidská karbonická anhydrasa, jejíž struktura je velice dobře prostudována. Modifikovaný protein byl analyzován přístupem bottom up pomocí kombinace kapalinové chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie s...
|
|
| |
|
|
Univerzální inkluzivistická soteriologie (pavlovského typu?) dle Pierra Teilharda de Chardin
Novák, Petr ; Houkal, Jan (vedoucí práce) ; Bouma, David (oponent)
Bakalářská práce rozpracovává téma ontologického a funkcionálního významu osoby Ježíše Krista podle francouzského filosofa a přírodovědce Pierra Teilharda de Chardin. V současnosti je jeho teologický přínos oceňován i papeži Benediktem XVI. a Františkem. Mnoho jeho myšlenek a geniálních spisů však bylo v katolickém předkoncilním diskurzu za jeho života cenzurováno a zakazováno. Všechny jeho hlavní práce byly vydány posmrtně. Stále však zůstává kontroverzním autorem. Práce si klade za cíl posoudit, zda je možné považovat funkcionální christologii Teilharda de Chardin za univerzální inkluzivistickou soteriologii pavlovského typu. Základem a referenčním rámcem pro komparaci jsou protopavlovské spisy Nového zákona (především List Římanům, První list Korintským a List Filipským). Inkluzivistické pojetí spásy v díle Teilharda de Chardin se tak může stát východiskem pro ekumenický dialog mezi jednotlivými křesťanskými denominacemi, kterým je apoštol Pavel společný. Klíčová slova christologie, inkluzivizmus, Pierre Teilhard de Chardin, soteriologie, Svatý Pavel
|
|
|
Studium molekulárních mechanismů regulace signálních proteinů
Kylarová, Salome ; Obšilová, Veronika (vedoucí práce) ; Mikšík, Ivan (oponent) ; Novák, Petr (oponent)
CZ Předložená práce se zabývá studiem regulačních mechanismů dvou důležitých signálních proteinkinas a slibných cílů terapeutického zásahu, ASK1 a CaMKK2. Proteinkinasa ASK1 je důležitým členem MAP3K proteinkinasové rodiny. Pod vlivem různých stresových podnětů jako je oxidativní stres se ASK1 spolupodílí na iniciaci signální kaskády, která vede k aktivaci MAP kinas JNK a p38. Funkce ASK1 je spojována s apoptosou a proto je její regulace klíčová v patogenezi mnoha onemocnění včetně rakoviny, neurodegenerace a kardiovaskulárních chorob. Mezi přirozené inhibitory její funkce patří thioredoxin, univerzální oxidoreduktasa, která se váže na N-konec ASK1, kde pravděpodobně brání její oligomerizaci a následné aktivaci. Předpokládá se, že při oxidativním stresu thioredoxin disociuje na základě oxidace cysteinů v aktivním centru, ale strukturní podstata této interakce nebyla doposud objasněna. CaMKK2 se řadí mezi přední zástupce CaM kinas, která skrze aktivaci CaMKI, CaMKIV a AMPK reguluje genovou expresi nebo apoptosu. Funkce tohoto proteinu je spojována s vývojem neurologických poruch, rakoviny nebo obezity. Všechny CaM kinasy jsou aktivovány vazbou Ca2+/ kalmodulinu. Ze strukturních studií různých CaM kinas je patrné, že CaMKK2 obsahuje neobvyklé strukturní prvky, naznačující odlišný aktivační...
|
host ::
RSS.