|
|
Molekulárně-dynamické simulace muskarinového receptoru
Cajzl, Radim ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Pospíšil, Miroslav (oponent)
Název práce: Molekulárně-dynamické simulace muskarinového receptoru Autor: Radim Cajzl Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí bakalářské práce: RNDr. Ivan Barvík, Ph.D., Oddělení fyziky biomolekul Abstrakt: Tato práce je věnována molekulárně-dynamickým simulacím muskari- nového M2 receptoru umístěného ve fosfolipidové membráně. Nejprve jsou po- psány základní algoritmy molekulární dynamiky, které jsou aplikovány na model vzácných plynů. Následně jsou odvozeny vztahy pro výpočet volných vazebných energií prostřednictvím tzv. alchymistických transformací. Dále jsou uvedeny tri- ky pro ušetření výpočetního času v molekulárně-dynamických simulacích. Dal- ší část práce obsahuje stručný popis struktury proteinů a buněčných membrán, struktury a významu muskarinových receptorů spolu s popisem známých krysta- lových struktur muskarinového receptoru M2. Ve výsledkové části práce je popsán výpočet rozdílů vazebných volných energií několika ligandů k muskarinovému M2 receptoru. Výsledné hodnoty jsou ve shodě s experimentem. Studována byla i dynamika muskarinového M2 receptoru, zde se podařilo určit směr, který by v budoucnu mohl umožnit efektivní studium aktivačního mechanismu. V závěru je uvedena krátká diskuse využití získaných výsledků při cíleném návrhu léčiv.
|
|
|
Globalization - Challenge for France, Challenge by France
Pospíšil, Miroslav ; Perottino, Michel (vedoucí práce) ; Matějka, Ondřej (oponent)
Le mémoire Mondialisation-défi pour la France, défi par la France analyse le rapport particulier de cet état d'Europe occidentale aux dynamiques de la mondialisation. La mondialisation entendue comme processus multidimensionnel de l'intensification des interdépendances entre les États travers notamment les flux de finances, de marchandises et d'idées a pris, dans les débats publics français, une place considérable. En analysant les défis d'une approche libérale dominante dans les logiques de l'économie mondiale, le mémoire identifie les principales raisons de ce que l'on peut qualifier d'une réticence française la mondialisation. En poursuivant avec le domaine culturel et politique, le mémoire analyse les réactions que ce phénomne soulve en France. Tout en étant un défi pour la France, la mondialisation est aussi un défi par la France. Grâce une tradition universaliste, la France propose, par son engagement international, de corriger certains effets néfastes de ce processus. Notamment par sa position au sein de l'Union européenne et de l'Organisation des Nations-Unies, ainsi que par le financement d'une aide publique au développement, la France propose une approche multilatérale pour une mondialisation maitrisée. Ainsi, ce que l'on appelle la mondialisation maitrisée apparait comme une posture idéologique...
|
|
|
Charakterizace a chemická modifikace halloysitů
Vašutová, Vlasta ; Pospíšil, Miroslav (oponent) ; Hradil, David (vedoucí práce)
Vznik halloysitů je spojen se zvětráváním magmatických hornin nebo s hydrotermální alterací vulkanických hornin často na kontaktu v vápenci. Halloysit patří do skupiny kaolinitu, od kterého se liší obsahem vody v mezivrství. Vyskytuje se ve dvou základních formách, hydratované 10 ? a dehydratované 7 ?. Obecně platí, že hydratovaný halloysit vzniká ve větších hloubkách než halloysit dehydratovaný. Získané vzorky halloysitů ze světových ložisek byly charakterizovány pomocí rtg práškové difrakce, infračervené spektroskopie, chemické analýzy a vysokorozlišovací transmisní elektronové mikroskopie. Z analýz vyplývá, že hydratované halloysity jsou mineralogicky čistší než halloysity dehydratované. Typickými příměsemi ve vzorcích jsou kaolinit, křemen, cristobalit, alunit, gibbsit, v jednom případě i draselná slída. U všech vzorků byla také stanovena kationtová výměnná kapacita (CEC), která byla provedena metodou interakce vzorku s komplexem Ag-thiomočovina (AgTU). Koncentrace stříbra v roztoku před a po interakci byly stanoveny pomocí atomové absorpční spektrometrie (AAS). Hodnoty CEC závisejí výrazně na poměru pevné a kapalné fáze při reakci. Pro halloysity je proto třeba pracovat s poměrem P:K alespoň 1:20. Pro účely experimentů s porfyrinem byly nakonec vybrány dva čisté hydratované halloysity s nejvyšší CEC,...
|
|
| |
|
|
Molecular simulations in structure analysis of intercalates
Veteška, Marek ; Pospíšil, Miroslav (vedoucí práce) ; Beneš, Ludvík (oponent)
Interkalací pyrentetrasulfonové kyseliny do hydrotalcitových vrstev byly získány vzorky, jejichž struktura se analýzou difraktogramu nedá jednoznačně určit. V závislosti na relativní vlhkosti se značně lišilo množství mezivrstevné vody a struktura vzorku. Pro vyřešení struktur byly vytvořeny vhodné postupy a minimalizační strategie v molekulárně mechanických a molekulárně dynamických simulacích, které byly založeny na experimentálních výsledcích z rtg. difrakce. Pro nalezení vhodných iniciálních modelů byl vytvořen postup k použití programu supramol, určeného k deterministickému procházení prostoru možných konformací struktury. Iniciální modely z programu supramol byly následně minimalizovány v programu Cerius2 v silovém poli Universal a případně optimalizovány molekulární dynamikou. Bylo spočítáno uspořádání pyrentetrasulfonových kyselin a vody v mezivrství hydrotalcitu pro tři různé vzorky s následujícími mezirovinnými vzdálenostmi: Vzorek 1 připravený při RH = 0%: 9,83A; vzorek 2 při RH = 84%: 13,63A; vzorek 3 při RH = 40%-50%: 11,74A a 12,81A. Výsledky u těchto struktur prokázaly značnou variabilitu uspořádání molekul v mezivrství. Vzorek 3 se jeví jako neustálený.
|
|
|
Webová aplikace pro vyhledávání panoramat
Pospíšil, Miroslav ; Čadík, Martin (oponent) ; Brejcha, Jan (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je vytvořit webový front-end, který umožňuje lokalizaci místa na fotografii v horách. Fotografie pro lokalizaci mohou být do aplikace nahrány přímo, nebo mohou být použity fotografie z webové služby Flickr. Služba Flickr je integrována v aplikaci pomocí Flickr API. Pro lokalizaci vybrané fotografie je využito horizontu hor. Pro jeho poloautomatickou detekci s asistencí uživatele je implementováno speciální uživatelské rozhraní s využitím segmentačního algoritmu GrabCut. Lokalizaci zajišťuje serverový back-end, se kterým je navrhovaná aplikace integrována. Výsledky lokalizace pro detekovaný horizont jsou webovou aplikací vizualizovány ve formě zarovnaných křivek horizontu s jejich pozicí zobrazenou pomocí Google Maps API. Výsledná, plně funkční aplikace byla testována moderovaným testem s uživateli. V tomto testování si aplikace vedla velmi dobře. I přes nedostatky, které test identifikoval, je aplikace snadno použitelná.
|
|
|
Model lineárního transpondéru
Pospíšil, Miroslav ; Ondráš, Radek (oponent) ; Baran, Ondřej (vedoucí práce)
Diplomová práce pojednává o problematice družicových transpondérů. V první části práce jsou popsány základy družicové komunikace, definice satelitních služeb, frekvenční pásma a družicové orbity. Náplň druhé části práce tvoří rozbor satelitních transpondérů. Jsou zde popsány transparentní transpondéry a transpondéry s vlastním zpracováním. V poslední části je uveden návrh transpondéru a jeho simulace v komunikačním řetězci.
|
|
|
Šumový generátor
Pospíšil, Miroslav ; Kubásek, Radek (oponent) ; Fiala, Pavel (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce „Šumový generátor“ je návrh a sestrojení šumového generátoru. První část práce je zaměřena na popis náhodných signálů. V druhé části jsou obvodové realizace šumových generátorů. Ve třetí části je příklad využití šumových generátorů v mikrovlnných senzorech. A ve čtvrté části je navržený šumový generátor a provedená měření.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.