|
|
Biologická diverzita buněk karcinomu mléčné žlázy ve vztahu k citlivosti na protinádorovou léčbu
Netíková, Irena ; Veselý, Pavel (vedoucí práce) ; Květina, Jaroslav (oponent) ; Abrahámová, Jitka (oponent)
Biologická diverzita nádorových buněk karcinomu mléčné žlázy byla studována v in vitro podmínkách metodou expozice cytotoxickému působení zevních agens. Pro testování byly nejprve použity primární buňky karcinomů mléčné žlázy a maligních výpotků, individuálně odebrané pro experimentální stanovení chemorezistence po krátkodobé kultivaci s cytostatiky standardním MTT testem. V několika dostupných případech byla sledována relace ke klinickému průběhu nádorového onemocnění. U 4 ze 7 vzorků byla pozorována dobrá korelace s výsledky terapie. Dále bylo MTT testem na buňkách primárních nádorů a na linii EM-G3 zjišťováno, jaký vliv má kombinace dvou cytostatik v jedné kultivační jamce na viabilitu buněk a jaké jsou možnosti chemosenzitizace tamoxifenem. Pro modelové řešení vývoje diverzifikace populace maligních buněk byla využita nová buněčná linie EM-G3, která byla v naší laboratoři zachycená a ustavená z kultivovaného vzorku primárního mamárního nádoru pro MTT test. Buňky linie EM-G3 reprezentují unikátní, spontánně imortalizovanou klonální buněčnou linii, prokazatelně odvozenou z premaligních progenitorů karcinomu prsu a schopnou částečně diferencovat in vivo. Linie byla detailně charakterizována pomocí řady cytologických i molekulárně biologických technik. Mnohobarevná fluorescenční in situ hybridizace...
|
|
|
Biologické chování a vybrané molekulární charakteristiky epiteliálních buněk propagovaných in vitro z normální a nádorové tkáně mléčné žlázy žen
Krásná, Luboslava ; Veselý, Pavel (vedoucí práce) ; Křepela, Evžen (oponent) ; Červinka, Miroslav (oponent)
Byla vyvinuta kultivační metoda, která dovoluje pravidelně z normální i nádorové tkáně mléčné žlázy žen získávat a in vitro propagovat heterogenní populace epiteliálních buněk. Metoda využívá feeder-layer tvořený ozářenými 3T3 buňkami, který umožňuje klonální růst i jednotlivých izolovaných epiteliálních buněk. Dosahuje proto vysokého procenta úspěšnosti při zakládání kultur ze vzorků všech velikostí, včetně vzorku získaného perkutánní biopsií tenkou jehlou, jehož objem je 0.01 cm3. Kultivované buňky mají vysokou proliferační kapacitu. Profilem exprimovaných cytokeratinů i expresí EMA a ESA proteinů potvrzují příslušnost к luminální a myoepiteliální frakci epiteliálních buněk mléčné žlázy. V kulturách dochází к diferenciaci buněk, která se projevuje změnou jejich morfologie, změnou exprese proteinů a organizací buněk do třírozměrných struktur. Karcinomy mléčné žlázy jsou tvořeny téměř výhradně buňkami fenotypově shodnými s diferencovanými luminálními buňkami, vyznačujícími se především silnou expresí K19. Popsaný kultivační systém jako první umožnil proliferaci luminálních buněk z normální i nádorové mamární tkáně ve více pasážích in vitro, a to i v přítomnosti myoepiteliálních buněk. Bylo zjištěno, že kultivačními podmínkami lze ovlivnit rovnováhu mezi luminálními a myoepiteliálními buňkami, dočasně...
|
|
| |
|
|
Genetic factors in lymphoproliferative malignancies Focus on CHEK2 gene in lymphomas with comparison to distinct solid tumors
Havránek, Ondřej ; Trněný, Marek (vedoucí práce) ; Papajik, Tomáš (oponent) ; Veselý, Pavel (oponent)
Genetic factors in lymphoproliferative malignancies. Focus on CHEK2 gene in lymphomas with comparison to distinct solid tumors. MUDr. Ondřej Havránek Abstrakt dizertační práce: Úvod: Gen CHEK2 (checkpoint kinase 2) se významně podílí na regulaci signální kaskády oprav dvouřetězcových zlomů DNA a kromě jiných interaguje i s proteinem p53. U nosičů mutací genu CHEK2 bylo prokázáno zvýšené riziko vzniku řady maligních nádorů, ale jeho vztah k riziku vzniku non-Hodgkinských (NHL) a Hodgkinských (HL) lymfomů není znám. Nejčastějším polymorfismem genu TP53 R72P se u NHL zabývalo několik studií, u HL nebyl zatím zkoumán. Metody: Mutační analýza celé kódující sekvence genu CHEK2 byla provedena u 340 pacientů s NHL a analýza oblasti kódující FHA (forkhead-assodiated) doménu proteinu CHEK2 u 298 pacientů s HL. Výsledky byly porovnány s našimi analýzami CHEK2 u karcinomů prsu, kolorekta a pankreatu. U pacientů s lymfomy byl také určen genotyp polymorfizmu R72P genu TP53. Analýza byla provedena pomocí denaturační vysoce účinné kapalinové chromatografie. Výsledky: Četnost mutací v oblasti kódující FHA doménu genu CHEK2 (exon 2 a 3) byla signifikantně vyšší u pacientů s NHL i HL (19 z 340 - 5,6% a 17 z 298 - 5,7%) než u kontrolní nenádorové populace (19 z 683 - 2,8%; p = 0,03 a 0,04). Alterace v uvedené oblasti zvyšovaly...
|
|
|
Online Algorithms for Packet Scheduling
Veselý, Pavel ; Sgall, Jiří (vedoucí práce) ; Stein, Clifford (oponent) ; Englert, Matthias (oponent)
V této práci studujeme rozvrhovací algoritmy pro abstraktní modely sít'ového přepínače, v nichž přicházejí pakety do bufferu přepínače, aby byly odeslány skrz výstupní port. Počet paketů přicházejících do bufferu je však příliš veliký a některé tak nemohou být odeslány. Pakety mají prioritu danou váhou a cílem algoritmu je maximalizovat propustnost systému, tedy celko- vou váhu odeslaných paketů. Algoritmus nicméně nezná pakety, které přijdou v budoucnu, a nedosáhne tedy optimální propustnosti. Proto provádíme kom- petitivní analýzu a její zjemnění, jež analyzují chování online algoritmů v nejhorších případech. V první části práce se zaměříme na jednoduchý online rozvrhovací model s pakety jednotkové délky s termíny, zvaný Bounded-Delay Packet Scheduling. Navrhneme optimální φ-kompetitivní deterministický algoritmus pro tento problém, kde φ ≈ 1.618 je zlatý řez. Algoritmus je založen na detailním roz- boru struktury optimálních rozvrhů paketů v bufferu, zvaných plány. Dále se zaměříme na semi-online algoritmy s tzv. lookaheadem, který umožňuje algoritmu vidět pakety přicházející v nejbližší budoucnosti. Ukážeme algorit- mus s lookaheadem pro instance, v nichž každý paket může být rozvrhnut pouze...
|
|
|
Molekulární podstata etiologie toxického působení fluoropyrimidinů se zaměřením na palmární-plantární erytrhodysesthesii a použití potenciálních antidot
Hartinger, Jan ; Veselý, Pavel (vedoucí práce) ; Květina, Jaroslav (oponent) ; Brábek, Jan (oponent)
(teze): Palmární-plantární erythrodysesthesie (PPE) je nežádoucí účinek doprovázející antineoplastickou terapii při podávání 5-fluorouracilu formou kontinuální infuse, případně při dlouhodobé terapii kapecitabinem (proléčivo 5-FU). V nejzávažnějších případech PPE znemožňuje další pokračování v potřebné terapii. V léčbě a prevenci tohoto nežádoucího účinku je používána lokální aplikace uridinu ve formě 10 % masti, nicméně tento postup nebyl dosud ověřen randomizovanými studiemi a není všeobecně přijímán. PPE je způsobena s největší pravděpodobností přímým vlivem cytostatika na kůži dlaní a plosek nohou. Toxicita 5-FU je zprostředkována především jeho inkorporací do RNA a inhibicí thymidylát synthasy (TS), která vyústí v poruchu synthesy DNA. U odlišných typů buněk mají tyto mechanismy pro rozvoj toxicity 5-FU různý význam. Při hledání specifického antidota v terapii PPE je proto nezbytné zjistit jaký molekulární mechanismus toxicity 5-FU se uplatňuje u keratinocytů. Jako nejvhodnější látky pro použití v lokální terapii PPE jsme vybrali pyrimidinové nukleosidy, především uridin, který je ve formě 10 % uridinové masti v této indikaci využíván v několika onkologických centrech ve Střední Evropě. Jako prostředek pro zjištění mechanismu působení 5-FU jsme dále testovali účinek kalciumfolinátu (CF), který...
|
|
|
Inspektor webových stránek
Mansurov, Alexandr ; Mareš, Martin (vedoucí práce) ; Veselý, Pavel (oponent)
Cílem této práce je vyvinout nástroj pro automatickou kontrolu webových strá- nek. V práci jsme vytvořili rozšiřitelný systém, který ověřuje provázanost odkazů a syntax HTML a CSS. K tomu jsme integrovali již existující nástroje a knihovny do jedné aplikace pomocí pluginů. Nástroj hledá odkazy v HTML a sitemaps. Podporuje také robots.txt včetně implementace crawl-delay a nalezení sitemap. Průběh kontrol se zadává konfiguračními pravidly. Kategorizace pluginů umožňuje ovlivňovat běh aplikace a její výstup. Kontrolujeme provázanost jak klasických hypertextových odkazů, tak odkazů přes jiné HTML značky (obrázky, rámce, kaskádové styly, skripty). Zároveň detekujeme kanonické adresy a přesměrování, duplikáty v obsahu, nebo použití nesémantických značek a atributů. Výslednou aplikaci lze snadno rozšířit o další druhy kontrol. 1
|
|
|
Searching trails in maps
Drahovský, Robin ; Pangrác, Ondřej (vedoucí práce) ; Veselý, Pavel (oponent)
Táto práca popisuje návrh a implementáciu aplikácie, ktorá dokáže vyhľadávať najkratšie cesty v reálnych mapových podkladoch a zároveň berie do úvahy výškové dáta. Vyhľadávanie je rýchle a dá sa prispôsobiť potrebám užívateľa bez nutnosti znova vytvoriť graf, čo túto aplikáciu odlišuje od väčšiny mapových aplikácií, ktoré povoľujú užívateľovi pracovať iba s predpripravenými profilmi vyhľadávania. Okrem vyhľadávania aplikácia umožňuje vygenerovať vysoko kompaktný graf z mapových dát v OSM formáte, ktorý umožňuje rýchly prístup k informáciám potrebným na hľadanie najkratšej cesty. Aplikácia taktiež dokáže vykresliť mapové dáta, s vlastným štýlom vykresľovania a kontúrami, ale vie aj zobraziť mapu zo serverov projektu OpenStreetMaps.
|
|
|
Molekulární podstata etiologie toxického působení fluoropyrimidinů se zaměřením na palmární-plantární erythrodysesthesii a použití potenciálních antidot
Hartinger, Jan ; Veselý, Pavel (vedoucí práce) ; Květina, Jaroslav (oponent) ; Brábek, Jan (oponent)
(teze): Palmární-plantární erythrodysesthesie (PPE) je nežádoucí účinek doprovázející antineoplastickou terapii při podávání 5-fluorouracilu formou kontinuální infuse, případně při dlouhodobé terapii kapecitabinem (proléčivo 5-FU). V nejzávažnějších případech PPE znemožňuje další pokračování v potřebné terapii. V léčbě a prevenci tohoto nežádoucího účinku je používána lokální aplikace uridinu ve formě 10 % masti, nicméně tento postup nebyl dosud ověřen randomizovanými studiemi a není všeobecně přijímán. PPE je způsobena s největší pravděpodobností přímým vlivem cytostatika na kůži dlaní a plosek nohou. Toxicita 5-FU je zprostředkována především jeho inkorporací do RNA a inhibicí thymidylát synthasy (TS), která vyústí v poruchu synthesy DNA. U odlišných typů buněk mají tyto mechanismy pro rozvoj toxicity 5-FU různý význam. Při hledání specifického antidota v terapii PPE je proto nezbytné zjistit jaký molekulární mechanismus toxicity 5-FU se uplatňuje u keratinocytů. Jako nejvhodnější látky pro použití v lokální terapii PPE jsme vybrali pyrimidinové nukleosidy, především uridin, který je ve formě 10 % uridinové masti v této indikaci využíván v několika onkologických centrech ve Střední Evropě. Jako prostředek pro zjištění mechanismu působení 5-FU jsme dále testovali účinek kalciumfolinátu (CF), který...
|
|
|
Zálohovací systém
Setnička, Jiří ; Mareš, Martin (vedoucí práce) ; Veselý, Pavel (oponent)
Přehled existujících přístupů k zálohování dat a zvážení jejich předností s ohledem na použití. S uvážením předchozího poté popis souběžně s touto prací vzniklého zálohovacího systému FenixBackup jako souborově orientovaného, schopného si držet více historických verzí a pracujícího s rozdílovými zálohami. V závěru je nastíněn možný směr, kterým se může vývoj systému ubírat. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.