|
|
Algoritmy pro detekci anomálií v datech z klinických studií a zdravotnických registrů
Bondarenko, Maxim ; Blaha, Milan (oponent) ; Schwarz, Daniel (vedoucí práce)
Daná diplomová práce se zabývá problematikou detekci anomálií v datech z klinických studií a zdravotnických registrů. Cílem práce je provedení literární rešerše problematiky kvality dat ve zdravotnickém výzkumu a realizace vlastního algoritmu detekce anomálních záznamů založeného na metodách strojového učení v reálných klinických datech z běžících nebo uzavřených klinických studií či registrů. V praktické části je popsán realizovaný algoritmus detekce, který se skládá z několika častí: import datového souboru z informačního systému, předzpracování a transformace importovaných datových záznamů s proměnnými různých datových typů na numerické vektory, využití známých statistických metod pro detekce outlierů a hodnoceni kvality a přesnosti algoritmu. Výsledkem zpracování algoritmu je vektor parametrů obsahujících anomálií, který má usnadnit práci správci dat. Tento algoritmus je navřen pro rozšíření palety funkcí informačního systému (CLADE-IS) o automatické monitorování kvality dat detekcí anomálních záznamů.
|
|
| |
|
| |
|
|
Signální dráhy a geny regulující zrání oocytů prasete
Blaha, Milan ; Procházka, Radek (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent) ; Petr, Jaroslav (oponent)
Znovuzahájení meiózy a expanzi kumulu indukované gonadotropiny v preovulačních folikulech předchází exprese genů amfiregulin (AREG) a epiregulin (EREG), které patří do rodiny epidermálního růstového faktoru (EGF), v buňkách stěnové granulózy i kumulu. V podmínkách in vitro jsou tyto peptidy produkovány i kumulárními buňkami při stimulaci folikuly stimulujícím hormonem (FSH). FSH i peptidy podobné EGF stimulují znovuzahájení meiózy a expanzi kumulu v podmínkách in vitro aktivací široké signální sítě v kumulárních buňkách. Za účelem definovat signální dráhy, které řídí FSH- a AREG-indukovanou expanzi kumulu a znovuzahájení meiózy, byly prasečí komplexy oocyt-kumulus (COC) kultivovány se specifickými inhibitory proteinkináz. Výsledky dokumentují, že pro znovuzahájení meiózy indukované FSH (nikoliv AREG) jsou důležité PKA a MAPK14. Aktivita EGFR a MAPK3/1 je důležitá u obou způsobů stimulace. Za účelem charakterizovat efekty FSH a EGF-like peptidů na genovou expresi v kumulárních buňkách byly analyzovány transkriptomy těchto buněk pomocí mikročipů. FSH i AREG+EREG zvýšily expresi genů spojených s regulací proliferace, srážením krve a remodelací extracelulární matrix. FSH (na rozdíl od AREG+EREG) také zvýšil expresi genů kódujících klíčové transkripční faktory spojené s plodností samic. Produkce...
|
|
|
Signální dráhy a geny regulující zrání oocytů prasete
Blaha, Milan
Znovuzahájení meiózy a expanzi kumulu indukované gonadotropiny v preovulačních folikulech předchází exprese genů amfiregulin (AREG) a epiregulin (EREG), které patří do rodiny epidermálního růstového faktoru (EGF), v buňkách stěnové granulózy i kumulu. V podmínkách in vitro jsou tyto peptidy produkovány i kumulárními buňkami při stimulaci folikuly stimulujícím hormonem (FSH). FSH i peptidy podobné EGF stimulují znovuzahájení meiózy a expanzi kumulu v podmínkách in vitro aktivací široké signální sítě v kumulárních buňkách. Za účelem definovat signální dráhy, které řídí FSH- a AREG-indukovanou expanzi kumulu a znovuzahájení meiózy, byly prasečí komplexy oocyt-kumulus (COC) kultivovány se specifickými inhibitory proteinkináz. Výsledky dokumentují, že pro znovuzahájení meiózy indukované FSH (nikoliv AREG) jsou důležité PKA a MAPK14. Aktivita EGFR a MAPK3/1 je důležitá u obou způsobů stimulace. Za účelem charakterizovat efekty FSH a EGF-like peptidů na genovou expresi v kumulárních buňkách byly analyzovány transkriptomy těchto buněk pomocí mikročipů. FSH i AREG+EREG zvýšily expresi genů spojených s regulací proliferace, srážením krve a remodelací extracelulární matrix. FSH (na rozdíl od AREG+EREG) také zvýšil expresi genů kódujících klíčové transkripční faktory spojené s plodností samic. Produkce...
|
|
|
Metody molekulární a buněčné biologie ve výuce na středních školách
Blaha, Milan ; Ehler, Edvard (vedoucí práce) ; Pavlasová, Lenka (oponent)
Výuka buněčné a molekulární biologie je omezována finančními a materiálními limity i nedostatkem odborného vzdělání. Tyto problémy mohou být překonány spolupráci školy s vědeckou institucí nebo univerzitou. Vědci vyučují ve vybraných kurzech pořádaných pod záštitou střední školy, případně umožňují žákům vyššího sekundárního vzdělávání stáže na svých pracovištích. Prvním cílem této práce je popsat vlastnosti letní školy, které její účastnici považují za klíčové. Druhým cílem je provést čtyři laboratorní cvičení zaměřená na molekulární biologii v rámci zájmového kroužku vzniklého při gymnáziu. Výsledky kvalitativního šetření provedeného mezi účastníky letní školy ukázaly na význam lidí stejného zájmu. Žákovské hodnocení laboratorních úloh uskutečněných v zájmovém kroužku ukázalo, že tyto úlohy jsou proveditelné a žáky pozitivně přijímány. Práce rovněž poukazuje na význam spolupráce mezi školou a akademickou sférou. Klíčová slova: molekulární biologie, DNA, střední školy, nadaní žáci
|
|
|
Signální dráhy a geny regulující u prasete zrání oocytů a expanzi kumulu indukované gonadotropiny
Blaha, Milan ; Němcová, Lucie (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
V podmínkách in vitro jsou meotické zrání prasečích oocytů a expanze kumulu indukovány FSH a peptidy rodiny EGF (AREG a EREG). FSH a tyto peptidy způsobují expresi genů spojených s expanzí kumulu (HAS2, PTGS2 a TNFAIP6). Za účelem zjistit signální dráhy, které kontrolují expanzi kumulu indukovanou FSH nebo AREG, prasečí komplexy oocyt-kumulus (COC) byly ošetřeny specifickými inhibitory proteinkináz. Inhibitory MAPK3/1, MAPK14 a ERBB1 signifikantně redukovaly expresi HAS2, PTGS2 a TNFAIP6. Tyto inhibitory rovněž snížily expresi AREG a EREG indukovanou FSH a LH v buňkách stěnové granulózy. Inhibitor PKA překvapivě neměl efekt na expresi AREG v COC, ale snížil expresi TNFAIP6 indukovanou AREG. Inhibitor PI3K zvýšil expresi AREG a PTGS2, ale snížil expresi EREG, HAS2 a TNFAIP6. Anlog cGMP (8-CPT-cGMP) neovlivnil expresi genů spojených s expanzí kumulu. Nicméně blokoval spontánní meiotickou maturaci prasečích oocytů a jeho efekt byl eliminován FSH. Klíčová slova: expanze kumulu, geny spojené s expanzí kumulu, meiotická maturace, FSH, amfiregulin, cGMP
|
|
|
Jakost a bezpečnost transuzních přípravků - studium kritických aspektů jakosti a významných prvků řízení jakosti
Zimová, Renata ; Bláha, Milan (vedoucí práce) ; Gašová, Zdenka (oponent) ; Turek, Petr (oponent)
Jakost a bezpečnost transfuzních přípravků - studium kritických aspektů jakosti a významných prvků řízení jakosti. Přípravky vyrobené z krve (transfuzní přípravky i krevní deriváty) představují zvláštní skupinu léčivých přípravků, která přináší řadu specifik (nebezpečí alergických reakcí, přenosu infekcí aj. reakcí nebo příhod). Cílem práce bylo proto vytipovat kritické body procesu z hlediska zajištění přípravy bezpečných a kvalitních transfuzních přípravků na úrovni posledních poznatků medicíny. Sekundárním cílem bylo analyzovat, zda inspekce SÚKLu, zpřísnění požadavků a implementace legislativy EU mají vliv na kvalitu práce zařízení transfuzní služby (ZTS) a zda existuje vztah mezi vybranými charakteristikami ZTS (velikost a typ zařízení) a kvalitou práce, což je v současné době žhavým problémem v diskusích o restrukturalizaci transfuzní služby). Autorka analyzovala vlastní poznatky získané v průběhu 126 inspekcí SVP (správné výrobní praxe) u ZTS v ČR a při absolvovaných studijních a inspekčních pobytech v zahraničí Přehled zjištěných výsledků: Nejčastější a nejdůležitější nedostatky (klíčové a kritické body) při výrobě transfuzních přípravků jsou parametry zahrnuté do oblasti Dokumentace, Pracovníci a Prostory a zařízení (z celkového počtu šlo o 25,9/17,7/17,7% nedostatků ). Nejnižší počet nedostatků...
|
|
| |
|
|
Vliv EGF- like peptidů na komplexy oocyt-kumulus
Blaha, Milan ; Krylov, Vladimír (oponent) ; Němcová, Lucie (vedoucí práce)
Ovariální cyklus je u savců řízen adenohypofyzálními hormony FSH a LH. Uvádí se, že FSH je důležitý pro růst folikulů, LH zodpovídá za jejich konečný růst, syntézu estrogenů, ovulaci, počáteční vývoj žlutého tělíska a krátce (do nástupu choriového gonadotropinu) za sekreci progesteronu. Ačkoliv kumulární buňky a oocyt exprimují jen velmi málo receptorů pro luteinizační hormon, LH způsobuje v podmínkách in vivo expanzi kumulu a znovuzahájení meiózy. Účinek LH je totiž zprostředkován peptidy podobnými epidermálnímu růstovému faktoru (EGF) - amfiregulinem (AREG), epiregulinem (EREG) a betacelulinem (BTC). Prekurzory těchto peptidů jsou exprimovány v buňkách stěnové granulózy, kde jsou v důsledku LH-stimulace uvolňovány vlastní EGF-like peptidy působením metaloproteáz. Následující práce je literárním přehledem, jehož cílem je představit úlohu EGF-like peptidů v širším kontextu molekulárních mechanismů řídících pozdní fáze folikulogeneze a meiotické zrání oocytů.
|
host ::
RSS.