|
|
Strukturní charakterizace modelového zástupce hemových kyslíkových senzorů
Tajovská, Eva ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Jednou z podskupin hemoproteinů jsou hemové senzory plynů, které jsou schopny detekovat dvouatomové plynné molekuly ve svém bezprostředním okolí. Po navázání molekuly plynu na atom železa hemu v senzorové doméně těchto proteinů nebo naopak po její disociaci z tohoto atomu dochází k přenosu signálu ze senzorové domény do domény funkční a následně k regulaci důležitých buněčných funkcí. Pochopení mechanismu působení těchto senzorů je klíčové pro případné ovlivnění jejich funkce. Taková znalost by pak následně umožnila využití senzorů plynů jako terapeutických cílů pro vývoj antibiotik nové generace, pokud vezmeme v úvahu jejich přítomnost v patologických bakteriích. Předkládaná diplomová práce se zabývá modelovým zástupcem senzorových hemoproteinů detekujících plyny, kyslíkovým senzorem EcDOS z E. coli, a jeho apoformou, EcDOS His77Ala. Oba proteiny byly připraveny rekombinantní expresí a purifikací a následně spektrofotometricky charakterizovány. Pomocí gelové permeační chromatografie byl stanoven oligomerní stav EcDOS Fe(III), EcDOS Fe(II)-O2 a EcDOS His77Ala za různých podmínek (různé způsoby temperování preparátu, přítomnost substrátu c-di-GMP atd.). Dále byla studována strukturní dynamika EcDOS Fe(III), EcDOS Fe(II)-O2 a EcDOS His77Ala pomocí metody HDX-MS. Klíčová slova: hem, hemové senzorové...
|
|
|
Specific heme interaction modulates the conformational dynamics and function of p53
Sergunin, Artur ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Tumor supresor p53 je jedním z nejvíce studovaných proteinů v souvislosti s rakovinou a mechanismem jejího vzniku. Obecná funkce p53 spočívá v transkripční regulaci celé řady genů, které různými způsoby ovlivňují velké množství buněčných procesů. Nedávné studie odhalily vztah mezi p53 a homeostázou železa v buňce. Konkrétně, bylo ukázáno, že p53 je schopen interagovat s molekulou hemu a tato interakce vede ve výsledku k narušení DNA- vazebných schopností p53 a podporuje jeho proteazomální degradaci. Tato práce se zabývá podrobným popisem vazby molekuly hemu na p53. Za tímto účelem jsme izolovali dvě formy proteinu p53, bez hemu a s navázaným hemem. Zjistili jsme, že se liší konformační dynamika obou forem s tím, že forma s hemem vykazuje vyšší stupeň flexibility. Taktéž jsme potvrdili dřívější práce, že hem reaguje s p53 specificky a této interakce se účastní cysteinový zbytek. Nicméně, bylo zjištěno, že vazba hemu žádným způsobem nenarušuje oligomerní stav p53 a ani jeho přirozenou schopnost vázat zinek. Nakonec jsme ukázali, že p53 s navázaným hemem má značně narušené DNA-vazebné schopnosti v porovnání s p53 bez hemu. Klíčová slova: hem, senzorové proteiny, protein p53, transkripční faktor, vnitřně neu- spořádané proteiny
|
|
| |
|
|
Studium vlastností protinádorových léčiv ellipticinu, etoposidu a doxorubicinu ve formě nanočástic
Lengálová, Alžběta ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Možnosti protinádorové léčby, které jsou v současné době dostupné, jsou nedostačující a vyžadují zdokonalení. Jednou ze strategií pro zlepšení protinádorové terapie je použití nanočástic. Enkapsulací léčiv do nanotransportérů dojde ke zvýšení efektivity působení léčiva na nemocnou tkáň a snížení nežádoucích vedlejších účinků. Pro posouzení možného uplatnění této technologie byly v této práci studovány dvě formy nanočástic: uhlíkové nanotrubice (multi-walled carbon nanotubes, MWCNT) a apoferritin. Zjišťováno bylo, zda jsou daná cytostatika (ellipticin, etoposid a doxorubicin) na tyto nanotransportéry vázána a jak jsou z nich uvolňována, a to zejména v závislosti na pH. Vzhledem k tomu, že pH nádorových buněk je nižší než je pH buněk zdravých, bylo by výhodné, aby byla léčiva z nanočástic uvolňována při tomto nižším pH, zatímco při pH fyziologickém by k uvolnění léčiva nedocházelo. Ze získaných výsledků vyplývá, že v případě ellipticinu skutečně při pH 5.0 dochází k jeho postupnému uvolňování z nanotrubic MWCNT i apoferritinu, zatímco při pH 7.4 je jeho interakce s nanočásticemi stabilní. Ellipticin uvolněný z nanotrubic MWCNT je aktivován mikrosomálními enzymy na reaktivní metabolity (13- hydroxyellipticin a 12-hydroxyellipticin), které tvoří adukty s DNA. Získané výsledky naznačují, že obě...
|
|
|
Comparison of the determination of hormones (Follicle stimulating hormone, Luteinizing hormone, Prolactin, Testosterone, Progesteron) by two analytical systems. Converting accredited method and its verification.
Kucejová, Soňa ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Mrízová, Iveta (oponent)
Analytický systém ARCHITEC i2000SR bol verifikovaný podľa požiadaviek laboratória ÚLBLD VFN a 1. LF UK v Prahe. Ako výkonnostné parametre verifikácie analytických postupov pre testosterón, progesterón, luteinizačný hormón, folikuly stimulujúci hormón a prolaktín boli vyhodnotené opakovateľnosť, medziľahlá precíznosť a neistota merania. Namerané výsledky kontrolných vzoriek Lyphochek sa zhodovali s hodnotami, ktoré uviedol výrobca. Opakovateľnosť: variačné koeficienty testosterónu pre Lyphochek 1 6,81%, pre Lyphochek 3 6,40%, progesterónu 2,4% a 1,8%, luteinizačného hormónu 5,38% a 1,89%, folikuly stimulujúceho hormónu 5,12% a 3,24%, prolaktínu 1,45% a 1,83%. Medziľahlá precíznosť: variačné koeficienty testosterónu pre Lyphochek 1 6,02%, Lyphochek 2 3,60%, Lyphochek 3 3,07%, progesterónu 7,9%, 4,9% a 5,8%, luteinizačného hormónu 4,50%, 5,51% a 5,83%, folikuly stimulujúceho hormónu 4,00%, 3,72% a 4,87%, prolaktínu 4,60%, 4,20% a 5,00%. Neistota merania: testosterón 6,02%, progesterón 7,9%, luteinizačný hormón 5,83%, folikuly stimulujúci hormón 4,87%, prolaktín 5,00%. Analytický systém ARCHITECT i2000SR bol porovnaný s dovtedy používaným systémom ADVIA Centaur, aby sa zistilo či je možné previesť metódy Centaur Testosterón, Progesterón, Luteinizačný hormón, Folikuly stimulujúci hormón a Prolaktín na systém...
|
|
|
Posouzení efektivity laboratorních testů pro stanovení exokrinní funkce pankreatu
Šubčíková, Lenka ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Milichovský, Jan (oponent)
Chronická pankreatitida je velmi komplexní onemocnění s obtížnou diagnostikou. V současné době je diagnostika a klasifikace chronické pankreatitidy založena hlavně na zobrazovacích metodách. V této práci byly porovnávány výsledky dvou nepřímých testů exokrinní pankreatické funkce s rozdílným uspořádáním. Byla stanovována elastáza 1 ve stolici ELISA metodou s monoklonální protilátkou, jako představitel jednoduchého screeningového testu a dynamika a kinetika exokrinní pankreatické sekrece pomocí dechového testu s 13 C značeným substrátem. Testy byly prováděny na skupině čtyř dobrovolníků do dobu půl roku s frekvencí jeden měsíc. Byla sledována vzájemná variabilita a korelace prováděných testů. Dále byla statisticky zpracována data z těchto testů u pacientů s podezřením na chronickou pankreatitidu poskytnutá v anonymizované formě pracovištěm Ústavu laboratorní biochemie a laboratorní diagnostiky. Prokázali jsme, že nepřímé funkční testy a stanovení pankreatických enzymů spolu nekorelují a proto oba tyto laboratorní testy mají svůj specifický význam především v diagnostice exokrinni pankreatické nedostatečnosti.
|
|
|
Příprava rekombinantního kathepsinu C z krevničky střevní
Illichová, Hana ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Krevničky rodu Schistosoma způsobují závažné parazitární onemocnění schistosomózu v oblastech tropů a subtropů. Kathepsin C (EC 3.4.14.1) je trávicí cysteinová proteasa krevniček, která se svou dipeptidylaminopeptidasovou aktivitou účastní degradace hemoglobinu z krve hostitele. Tento enzym je pro metabolismus krevniček nezbytný a představuje potenciální molekulární cíl pro vývoj chemoterapeutik pro léčbu schistosomózy. Kathepsin C krevniček nebyl dosud detailně studován a bakalářská práce se soustředí na vývoj expresních systémů pro produkci rekombinantního kathepsinu C ze Schistosoma mansoni (SmCC). V kvasinkách Pichia pastoris byl SmCC exprimován ve formě inaktivního prekurzoru (zymogenu) a byla analyzována jeho proteolytická stabilita. Dále byl připraven expresní systém v prvokovi Leishmania tarentolae, pro který byly navrženy čtyři odlišné konstrukty umožňující optimalizovat produkci SmCC.
|
|
|
Studium a podjednotky lidského translačního iniciačního faktoru 3 (eIF3) metodou RNA interference.
Peclinovská, Lucie ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Iniciace translace je klíčovým krokem proteosyntézy, který umožňuje regulaci genové exprese. Regulace na úrovni přepisu mRNA je nejrychlejším možným mechanismem. Celý proces je ovlivňován mnoha iniciačními faktory. Jedním z eukaryotických iniciačních faktorů, který participuje na celé řadě procesů během iniciace translace je eIF3. Za jeho velice efektivní, a pro iniciaci translace nezbytnou, alespoň v kvasinkách, byla označena největší podjednotka p170, též nazývaná eIF3a. Tato práce si klade za cíl, utvořit komplexní náhled na eIF3a, přičemž hodlá vycházet z poznatků nabytých sledováním této podjednotky v Saccharomyces cerevisiae. Snížení exprese eIF3a, které umožňuje pozorovat vliv této podjednotky pomocí různých experimentů v porovnání s kontrolní skupinou, je "navozeno" metodou RNA interference. Na eIF3a je zde nahlíženo z pohledu i) životaschopnosti buněk metodou využívající 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-difenyl- -tetrazolium bromid (MTT testu) ; ii) sleduje se vliv podjednotky na celkovou expresi proteinu inkorporací 35 S-methioninu a iii) v neposlední ředě je v této práci ukázán vliv snížené exprese eIF3a na tvorbu polysomů.
|
|
|
Isolace a charakterisace katechol 1,2-dioxygenasy kvasinky Candida tropicalis
Jechová, Jana ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
Kvasinka Candida tropicalis je mikroorganismus vykazující vysokou toleranci vůči fenolu a silnou schopnost jej degradovat. Tato kvasinka je schopná využít fenol jako zdroj uhlíku a energie, aniž by produkovala sekundární polutant. Z kvasinky C. tropicalis byla isolována katechol-1,2-dioxygenasa. K purifikaci bylo využito chromatografie na DEAE Sepharose a gelové permeační chromatografie na Sephadexu G-100. Uvedeným postupem byl získán homogenní enzym. Enzymová aktivita byla sledována pomocí HPLC (úbytek katecholu a nárůst cis,cis-mukonátu). Na základě měření aktivity při různých teplotách bylo určeno teplotní optimum, jeho hodnota je 30řC. Kinetické charakteristiky byly studovány při různém pH. Hodnota Km a Vmax byla 0,52 mM a 17,2 nM/min pro úbytek katecholu a 0,34 mM a 12,6 nM/min pro nárůst cis,cis-mukonové kyseliny při optimálním pH reakce, pH 7,6.
|
|
|
Ekonomický aspekt vyšetřování funkce štítné žlázy
Stehlíková, Petra ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Hýsková, Veronika (oponent)
V roce 2011 bylo vydáno Doporučení pro laboratorní diagnostiku funkčních a autoimunitních onemocnění štítné žlázy, jehož cílem je doporučit praktickým lékařům správný postup při výběru parametrů pro vyšetřování funkce štítné žlázy a najít tak způsob, jak ušetřit peníze na zbytečných vyšetřeních, které by nemocnice mohly využít v jiné oblasti. K ověření, zda lékaři dodržují tato doporučení, byl použit soubor pacientů VFN v Praze získaný za rok 2011, který byl statisticky vyhodnocen. Sledovanými parametry byly tyreotropin (TSH), volný trijódtyronin (FT3), celkový trijódtyronin (T3), volný tyroxin (FT4), celkový tyroxin (T4), protilátky proti tyreiodální peroxidáze (anti - TPO), protilátky proti tyreoglobulinu (anti - Tg), tyreoglobulin (Tg) a tyroxin vážící globulin (TBG), z nichž základní testem by měl být podle doporučení TSH a při jeho hodnotách mimo referenční meze pak má následovat test FT4, případně stanovení protilátek. Další parametry jsou pro prvotní vyšetření nadbytečné, některé se dnes již nepoužívají nebo by je měly vyšetřovat pouze kliniky specializované v oblasti endokrinologie. Bylo zjištěno, že mnoho lékařů tato zbytečná vyšetření stále objednává. Jen za jeden rok bylo provedeno při vyšetřování funkce štítné žlázy 13,8 % nadbytečných stanovení parametrů z celkového počtu 44 415 vyšetření, v...
|
host ::
RSS.