|
|
Evoluce mastigontu ve skupině Excavata
Táborský, Petr ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Až v poslední době dochází k odhalení obrovské rozmanitosti eukaryotických organizmů. Jednou z velkých skupin jsou Excavata. Zkoumání organizmů této skupiny je velmi důležité jak z teoretického, tak z praktického hlediska. Mnoho autorů se domnívá, že v této skupině leží kořen eukaryot, a svědčí pro to mnohé studie. Náleží sem i organizmy, které mají nejméně odvozený mitochondriální genom. Několik zástupců ze skupiny Excavata jsou významní lidští patogeni. V první části se práce věnuje historickému přehledu utváření taxonomické skupiny Excavata, včetně pojednání o skupině Archezoa. V další části se soustřeďuje na obecný popis mastigontu (bazální tělíska a s nimi spojený cytoskelet z mikrotubulárních i nemikrotubulárních struktur). V poslední části se práce zabývá popisem mastigontu u různě odvozených organizmů ze skupiny Excavata, které mohou být jak volně žijící, tak endobitické.
|
|
|
Molecular phylogenetics and geometric morphometrics of aerophytic green algae of Coccomyxa/Pseudococcomyxa s.l. complex
Nemjová, Katarína ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
This thesis deals with molecular diversity and shape variation of the traditionally delimited unicellular coccoid genera Coccomyxa SCHMIDLE and Pseudococcomyxa KORŠIKOV (Trebouxiophyceae, Viridiplantae). The complex of these traditional genera was found monophyletic position within the class Trebouxiophyceae on the basis of 18S rDNA sequences. Subdivision of this lineage into individual clades was based on 18S rDNA, ITS1 and ITS2 sequences. The results did not confirm delimitation of traditional genera. However, they suggest ecological differentiation of individual clades. The results of phylogenetic analyses were further supported by reconstructions of ITS2 secondary structures and analyses of the compensatory base changes (CBC) among individual clades. The mutual relationships among clades remained, however, partially unclear. Geometric morphometric variation of cell shapes illustrated pattern that was mostly not correlated with molecular data. This indicates high degree of evolutionary plasticity and possible unreliability of these morphological features in taxonomy of the group. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Sekreční systém typu II v mitochondriích Naegleria gruberi.
Krupičková, Alžběta ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
V membránách gramnegativních bakterií se nachází několik typů transportních (sekrečních) systémů, které exportují proteiny do vnějšího prostředí bakterie. Mezi takové sekreční systémy patří i sekreční systém typu II (T2SS), který transportuje sbalené proteiny přes vnější membránu. Klíčové podjednotky T2SS byly objeveny v genomech některých prvoků patřících do skupiny Discoba a Malawimonada, včetně druhů Naegleria gruberi a Malawimonas sp. str. 249. Naše experimenty ukazují, že jsou tyto podjednotky lokalizovány v mitochondrii těchto prvoků. Objev těchto genů u eukaryot je překvapivý, a pokud by v mitochondriích těchto protist fungoval T2SS jako exportní sekreční systém, jednalo by se o mitochondrii na evolučním mezistupni, která je schopna jak proteiny importovat tak exportovat. V experimentální části této práce jsme studovali, jestli a jak spolu proteiny N. gruberi a M. sp. str. 249 interagují. Prokázali jsme četné interakce mezi proteiny, které odpovídají bakteriálnímu uspořádání T2SS. K tomu jsme využili metod kvasinkového dvouhybridního systému a bakteriálního dvouhybridního systému. Dále jsme zkoumali import klíčové podjednotky T2SS, pseudopilinu, N. gruberi do vnitřní membrány mitochondrií a import sekretinu M. sp. str. 249 do vnější membrány mitochondrií.
|
|
| |
|
|
Výskyt patogenních trichomonád u koček a psů
Vobořilová, Pavlína ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Trichomonády jsou anaerobní bičíkovci zahrnující komenzální a parazitické druhy, kteří se často vyskytují v zažívacím, respiračním a urogenitálním traktu obratlovců včetně psů a koček. U těchto hostitelů byli v ústní dutině popsáni dva komenzálové Tetratrichomonas canistomae a Tetratrichomonas felistomae. V zažívacím traktu psů a koček byl pak popsán komenzál Pentatrichomonas hominis, který se také vyskytuje u jiných savců včetně lidí, a patogen Tritrichomonas foetus způsobující chronické průjmové onemocnění u koček. Ačkoli jsou trichomonády u psů a koček pravděpodobně kosmopolitně rozšířeny, jejich výskyt v České republice není znám. Cílem této studie bylo (i) rozlišit druhy trichomonád přítomných v orální dutině psů a koček a získat předběžná epidemiologická data a (ii) prokázat přítomnost Tritrichomonas foetus u psů a koček v České republice a stanovit potenciální rizikové faktory s nákazou. Přítomnost trichomonád u psů a koček byla diagnostikována kultivací a pomocí "nested" PCR. Určení trichomonád do druhu bylo provedeno na základě sekvenční a fylogenetické analýzy úseku genu ITS1-5.8SrRNA-ITS2. Dodatečně druhová příslušnost byla ověřena morfologicky. Trichomonády byly diagnostikovány u různých populací psů a koček a informace o každém zvířeti včetně zdravotního stavu byla zaznamenána do...
|
|
|
Prokaryotičtí symbionti volně žijících anaerobních protist
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Anaerobní prvoci jsou organismy obývající ředí bez přítomnosti kyslíku. Najdeme je anoxických habitatech jako jsou mořské a sladkovodní sedimenty, komunální skládky, nesmíme opomenout zástupce žijící v bachoru přežvýkavců, trávicím traktu švábů a dalších živočichů. Většinou mají anaerobní deriváty mitochondrií, často hydrogenosomy, organely produkující vodík. Metabolismus anaerobních prvoků je ve srovnání s aerobními organismy méně efektivní Časté interakce anaerobních ický my však mohou Symbiózy mezi anaerobními běžné a vznikly u zástupců mnoha anaerobních linií. žít buď endosymbioticky, uvnitř buňky hostitele, nebo ektosymbioticky, na povrchu hostitelské buňky. Dvě ekologicky významné skupiny prokaryot si dokázaly osvojit život symbiotickém vztahu volně žijícími anaerobními prvoky anogenní archebakterie, osídlující hlavně , využívají vodík nické sloučeniny k anu a síran redukující bakterie, žijící hlavně na povrchu buněk, využívají vodík a různé organické sloučeniny k redukci síranu na sulfan. Velmi málo se ví o bližším charakteru těchto vztahů druhové identitě a hostitelské specifitě prokaryotických symbiontů. Další výzkum je nutný pro pochopení fenoménu symbióz v anoxickém světě. Klíčová slova: anaerobní prvoci symbióza anogenní archebakterie síran redukující bakterie
|
|
|
Metoda FISH a její využití v protistologii
Frenclová, Martina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je technika, která umožňuje lokalizaci a identifikaci specifické sekvence nukleotidů v DNA, popřípadě RNA, které jsou pak následně viditelné pod mikroskopem. FISH spočívá nejprve v denaturaci dané nukleové kyseliny, a to buď vysokými teplotami nebo působením denaturačních činidel jako je například formamid, čímž dojde k oddělení řetězců. Po následném navozením reasociačních podmínek dojde podle pravidel komplementarity k navázání značené krátké próby na vyšetřované vlákno DNA či RNA, tento proces se nazývá hybridizace. K hybridizaci dochází in situ, tedy přímo ve vyšetřovaném vzorku. Próby mohou být značeny buď přímo pomocí fluorescenčních barviček a nebo nepřímo, kdy je próba značena haptenem, kteýá je následně detekována pomocí značených protilátek nebo streptavidinu. FISH má velké množství aplikací v molekulární biologii a lékařské vědě. V laboratorním výzkumu v protistolgii může být FISH využita například k mapování chromozomálních genů, ke studiu evoluce genomu, analýze jaderné organizace nebo pro potvrzení původu sekvence DNA. Klíčová slova: FISH, fluorescence, sonda, identifikace buněk, environmentální studie
|
|
|
Evoluce jaderných a plastidových genomů u euglenidů
Hrdá, Štěpánka ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Krajčovič, Juraj (oponent) ; Škaloud, Pavel (oponent)
Řasy tvoří rozmanitou skupinu jednoduchých fotosyntetizujících eukaryotických organismů s polyfyletickým původem. Dělí se na řasy s primárním plastidem (Archaeplastida), který tato eukaryota získala pozřením sinice, tedy prokaryota, a řasy s komplexním plastidem, které získaly plastid pozřením jiného eukaryota s primárním nebo již komplexním plastidem. Řasy s komplexním plastidem jsou chiméry obsahující geny pocházející z hostitelské buňky, a dále geny pocházející nejen z plastidu, ale také z jádra a někdy i mitochondrie endosymbionta, případně i genetický materiál pocházející od jejich předchozích stálých nebo přechodných endosymbiontů. Jednou ze skupin, která získala plastid od zelených řas, jsou krásnoočka (Euglenophyta). Tato práce se zabývá genomy tří organismů, které zastupují jednotlivé aktéry endosymbiotického procesu u euglenofyt. Jsou to původně heterotrofní hostitel ze třídy Euglenida, fototrofní endosymbiont ze třídy zelených řas Prasinophyceae a výsledný fototrofní euglenid ze skupiny Euglenophyceae. Znalost jejich genomů by měla pomoci osvětlit průběh endosymbiotického přenosu genů (EGT) při formování řas s komplexním plastidem. U zástupce fototrofních euglenidů Eutreptiella gymnastica jsme anotovali plastidový genom, který jsme publikovali jako tehdy teprve třetí ve skupině...
|
|
|
Iron-Sulfur cluster assembly in Monocercomonoides exilis
Vacek, Vojtěch ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Balk, Janneke (oponent) ; Tsaousis, Anastasios (oponent)
Při hledání mitochondrií u oxymonád jsme osekvenovali genom Monocercomonoides exilis - oxymonády izolované ze střeva činčily. Sekvenování poskytlo relativně kompletní genom, který byl důkladně prohledán na geny proteinů asociovaých s mitochondriální organelou, ale ani po intenzivním hledání se nám nepodařilo odhalit žádné věrohodné mitochondriální geny. Nepodařilo se nalézt ani geny pro ISC dráhu, která je zodpovědná za syntézu Fe-S center a je považována za esenciální funkci organel mitochondriálního původu (MRO). Namísto ní se nám podařilo najít geny pro SUF dráhu, která ji zřejmě funkčně nahradila. Bližší zkoumání SUF dráhy pomocí heterologních lokalizací naznačilo, že tato dráha je pravděpodobně lokalizována v cytosolu. In silico analýza prokázala, že proteiny SUF dráhy jsou konzervovány na úrovni sekundární a terciální struktury a že většina katalyticky významných aminokyselin a motivů je v nich přítomna. Funkčnost těchto proteinů byla nepřímo prokázána pomocí komplementací v Escherichia coli s mutovanou SUF a ISC drahou. SUF dráhu se podařilo nalézt také v transkriptomech a genomech dalších devíti zástupců skupiny Preaxostyla (anaerobních protist patřících do skupiny Metamonada). U většiny preaxostyl se nám podařilo nalézt alespoň částečnou fúzi genů pro SufD, SufS a SufU. Tato fúze je...
|
|
|
Fylogenetické postavení rodu Polymastix a jeho prokaryotických symbiontů
Kubánková, Aneta ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kolísko, Martin (oponent)
Skupina Polymastigidae je jednou z pěti čeledí oxymonád (Metamonada, Preaxostyla). Zahrnuje drobné bičíkovce obývající trávící trakt hmyzu. V posledních letech byla získána molekulárně-fylogenetická data, která monofyletičnost této skupiny zpochybňují. Typovým rodem čeledi Polymastigidae je Polymastix. Fylogenetické postavení tohoto rodu zatím nebylo studováno, ačkoliv by právě tato informace mohla významně napomoci objasnit příbuzenské vztahy v rámci zmíněné skupiny. Tato práce poskytuje první sekvenční data zástupců tohoto rodu, která jsme získali pomocí metody single-cell genomové amplifikace a následné celogenomové sekvenace na Illumina HiSeq X Ten (Macrogene) ze tří jedinců P. melolonthae obývajících zadní střevo larvy tiplic. Fylogenetické analýzy založené na genu pro 18S rRNA, EF-1α a HSP90 přinesly dvě zhruba stejně pravděpodobné hypotézy o postavení tohoto rodu v rámci celé skupiny Oxymonadida. První z nich umisťuje rod Polymastix do nejbližší příbuznosti s rodem Streblomastix, dle druhé hypotézy je nejpříbuznější Termitimonas travisae. Charakteristickým znakem tohoto prvoka jsou ektosymbiotické bakterie napojené na jeho povrch. Tyto byly nutně amplifikovány a sekvenovány společně se svým hostitelem, což nám umožnilo získat data i pro tyto organizmy. Identifikace eubakteriálních symbiontů...
|
host ::
RSS.