|
| |
|
|
Translokáza proteinů do mitosomů Giardia intestinalis.
Fixová, Ivana ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Během transformace bakteriálního endosymbiota do podoby dnešní mitochondrie se musel de novo vytvořit membránový aparát pro import proteinů do nové organely. Redukované mitochondrie parazitického prvoka Giardia intestinalis zvané mitosomy představují výjimečný buněčný model pro studium těchto základních transportních procesů. V rámci této práce se proto pokusím charakterizovat motorový komplex, který pohání proteinový transport, a také vlastní translokační kanál ve vnitřní mitosomální mebráně. K tomuto cíli využiji přítomnost námi objevených membránových komponent Pam16 a Pam18, které tvoří jádro motorového komplexu, a které by podle analogie z kvasinkové a savčí mitochondrie měly fyzicky spolupracovat s dosud neznámým translokačním kanálem. Ten je u všech známých eukaryotických organismů tvořen Tim23 proteinem a okolo vytvořeným komplexem (TIM23 komplex). Absence tohoto proteinu v genomu G. intestinalis i v našich proteomických analýzách ukazuje na přítomnost zcela nového, nebo naopak naprosto původního-bakteriálního proteinu. Z molekulárního hlediska tak máme v rukách zjednodušený mitochondriální model.
|
|
|
Úloha nepřekládaných oblastí mRNA v Giardia intestinalis.
Najdrová, Vladimíra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Giardia intestinalis je anaerobní jednobuněčný patogen, původce nemoci známé jako giardióza. Doposud máme pouze omezené informace o regulaci genové exprese u tohoto organismu, výjimkou jsou informace o pravděpodobném přepínání exprese povrchových antigenů. V předkládané práci jsme se zaměřili na možnou úlohu 3' nepřekládaných oblastí (3'UTR) mRNA, které zprostředkovávají stabilitu i lokalizaci mRNA transkriptů. K sledování a objasnění úloh 3' UTR využíváme RNA vazebné proteiny rodiny PUF, které se podílejí na kontrole transkriptů jejich represí, aktivací nebo degradací. Tyto výhradně eukaryotické proteiny jsou vysoce konzervované. Každý z proteinů obsahuje v C-koncové oblasti konzervativní doménu, která specificky váže 3'UTR v mRNA. Podařilo se nám identifikovat pět různých PUF proteinů v genomu G. intestinalis (GiPUF), prokázat jejich přirozenou expresi v trofozoitech G. intestinalis a lokalizovat všech pět GiPUF proteinů v cytoplasmě. GiPUF 2, GiPUF3 a GiPUF5 navíc vykazují afinitu k povrchu ER. V proteinových sekvencích jsme identifikovali C-koncovou vazebnou doménu u všech GiPUF proteinů. Nejvíce konzervovaný GiPUF4 obsahuje 8 vazebných míst, navíc téměř identických s vazebnými místy lidského PUF proteinu PUM1, kvasinkového PUF3p, FBF1 C. elegans, PUM D. melanogaster a PUF1 P. falciparum, což...
|
|
|
Metoda FISH a její využití v protistologii
Frenclová, Martina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je technika, která umožňuje lokalizaci a identifikaci specifické sekvence nukleotidů v DNA, popřípadě RNA, které jsou pak následně viditelné pod mikroskopem. FISH spočívá nejprve v denaturaci dané nukleové kyseliny, a to buď vysokými teplotami nebo působením denaturačních činidel jako je například formamid, čímž dojde k oddělení řetězců. Po následném navozením reasociačních podmínek dojde podle pravidel komplementarity k navázání značené krátké próby na vyšetřované vlákno DNA či RNA, tento proces se nazývá hybridizace. K hybridizaci dochází in situ, tedy přímo ve vyšetřovaném vzorku. Próby mohou být značeny buď přímo pomocí fluorescenčních barviček a nebo nepřímo, kdy je próba značena haptenem, kteýá je následně detekována pomocí značených protilátek nebo streptavidinu. FISH má velké množství aplikací v molekulární biologii a lékařské vědě. V laboratorním výzkumu v protistolgii může být FISH využita například k mapování chromozomálních genů, ke studiu evoluce genomu, analýze jaderné organizace nebo pro potvrzení původu sekvence DNA. Klíčová slova: FISH, fluorescence, sonda, identifikace buněk, environmentální studie
|
|
|
Metoda FISH a její využití v protistologii
Frenclová, Martina ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Fluorescenční in situ hybridizace (FISH) je technika, která umožňuje lokalizaci a identifikaci specifické sekvence nukleotidů v DNA, popřípadě RNA, které jsou pak následně viditelné pod mikroskopem. FISH spočívá nejprve v denaturaci dané nukleové kyseliny, a to buď vysokými teplotami nebo působením denaturačních činidel jako je například formamid, čímž dojde k oddělení řetězců. Po následném navozením reasociačních podmínek dojde podle pravidel komplementarity k navázání značené krátké próby na vyšetřované vlákno DNA či RNA, tento proces se nazývá hybridizace. K hybridizaci dochází in situ, tedy přímo ve vyšetřovaném vzorku. Próby mohou být značeny buď přímo pomocí fluorescenčních barviček a nebo nepřímo, kdy je próba značena haptenem, kteýá je následně detekována pomocí značených protilátek nebo streptavidinu. FISH má velké množství aplikací v molekulární biologii a lékařské vědě. V laboratorním výzkumu v protistolgii může být FISH využita například k mapování chromozomálních genů, ke studiu evoluce genomu, analýze jaderné organizace nebo pro potvrzení původu sekvence DNA. Klíčová slova: FISH, fluorescence, sonda, identifikace buněk, environmentální studie
|
|
|
Regulace genové exprese u anaerobních parazitických protist a využití poznatků v praxi
Brzoň, Ondřej ; Zubáčová, Zuzana (vedoucí práce) ; Horváthová, Lenka (oponent)
Vzhledem ke svému významu pro každou buňku je dnes regulace genové exprese často studovaná na všech svých úrovních. Na druhou stranu, informace o regulaci genové exprese u protist jsou prozatím omezeny prakticky pouze na několik modelových organismů. Z anaerobních protist se jedná zejména o tři druhy parazitující u člověka: Trichomonas vaginalis, Entamoeba histolytica a Giardia intestinalis. Teprve v poslední době se výzkum rozšířil i na některé další organismy (např. Entamoeba invadens nebo některé druhy rodu Spironucleus). Tato práce se zabývá regulací genové exprese na úrovni struktury promotorových oblastí genů kódujících proteiny a využitím těchto poznatků při konstrukci transfekčních systémů, které jsou jedním z nejefektivnějších a nejsilnějších nástrojů studia molekulární a buněčné biologie.
|
|
|
Úloha nepřekládaných oblastí mRNA v Giardia intestinalis.
Najdrová, Vladimíra ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Giardia intestinalis je anaerobní jednobuněčný patogen, původce nemoci známé jako giardióza. Doposud máme pouze omezené informace o regulaci genové exprese u tohoto organismu, výjimkou jsou informace o pravděpodobném přepínání exprese povrchových antigenů. V předkládané práci jsme se zaměřili na možnou úlohu 3' nepřekládaných oblastí (3'UTR) mRNA, které zprostředkovávají stabilitu i lokalizaci mRNA transkriptů. K sledování a objasnění úloh 3' UTR využíváme RNA vazebné proteiny rodiny PUF, které se podílejí na kontrole transkriptů jejich represí, aktivací nebo degradací. Tyto výhradně eukaryotické proteiny jsou vysoce konzervované. Každý z proteinů obsahuje v C-koncové oblasti konzervativní doménu, která specificky váže 3'UTR v mRNA. Podařilo se nám identifikovat pět různých PUF proteinů v genomu G. intestinalis (GiPUF), prokázat jejich přirozenou expresi v trofozoitech G. intestinalis a lokalizovat všech pět GiPUF proteinů v cytoplasmě. GiPUF 2, GiPUF3 a GiPUF5 navíc vykazují afinitu k povrchu ER. V proteinových sekvencích jsme identifikovali C-koncovou vazebnou doménu u všech GiPUF proteinů. Nejvíce konzervovaný GiPUF4 obsahuje 8 vazebných míst, navíc téměř identických s vazebnými místy lidského PUF proteinu PUM1, kvasinkového PUF3p, FBF1 C. elegans, PUM D. melanogaster a PUF1 P. falciparum, což...
|
|
|
Chromosomes of parasitic protist Trichomonas vaginalis
Zubáčová, Zuzana ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Alsmark, Cecília (oponent) ; Vanáčová, Štěpánka (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Program: Biomedicína/Parazitologie Abstrakt disertační práce Chromosomy parazita Trichomonas vaginalis Mgr. Zuzana Zubáčová Školitel: Prof. RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. Abstrakt Sekvenování genomů a přidružené proteomické studie způsobily převrat ve výzkumu v oblasti molekulární parazitologie. Postupující sekvenování jak parazitických, tak i volně žijících druhů umožňuje srovnávací a fylogenetické studie, a je rovněž zdrojem důležitých dat pro pochopení jejich základní biologie a identifikaci nových cílů terapie parazitárních nákaz. Sekvenování DNA parazita Trichomonas vaginalis překvapivě odhalilo u tohoto lidského patogena genom o velikosti až ~160 Mb. Zjistilo se, že expanze genomu je výsledkem zmnožení repetitivních sekvencí, specifických genových rodin a duplikací rozsáhlých částí genomu. Analýzou obsahu jaderné DNA u 9 příbuzných druhů trichomonád pomocí průtokové cytometrie jsem zjistila, že expanze velikosti genomu není specifická jen pro T. vaginalis, ale i ostatní druhy se vyznačují velkými genomy (86-177 Mb). Největší genomy mají zástupci rodů Trichomonas a Tritrichomonas, nejmenší genom jsme zjistili u druhu Tetratrichomonas gallinarum. Velikosti genomů trichomonád pozitivně korelovaly s objemy jejich buněk. Nepozorovali jsme korelaci mezi velikosti...
|
|
|
Translokáza proteinů do mitosomů Giardia intestinalis.
Fixová, Ivana ; Doležal, Pavel (vedoucí práce) ; Zubáčová, Zuzana (oponent)
Během transformace bakteriálního endosymbiota do podoby dnešní mitochondrie se musel de novo vytvořit membránový aparát pro import proteinů do nové organely. Redukované mitochondrie parazitického prvoka Giardia intestinalis zvané mitosomy představují výjimečný buněčný model pro studium těchto základních transportních procesů. V rámci této práce se proto pokusím charakterizovat motorový komplex, který pohání proteinový transport, a také vlastní translokační kanál ve vnitřní mitosomální mebráně. K tomuto cíli využiji přítomnost námi objevených membránových komponent Pam16 a Pam18, které tvoří jádro motorového komplexu, a které by podle analogie z kvasinkové a savčí mitochondrie měly fyzicky spolupracovat s dosud neznámým translokačním kanálem. Ten je u všech známých eukaryotických organismů tvořen Tim23 proteinem a okolo vytvořeným komplexem (TIM23 komplex). Absence tohoto proteinu v genomu G. intestinalis i v našich proteomických analýzách ukazuje na přítomnost zcela nového, nebo naopak naprosto původního-bakteriálního proteinu. Z molekulárního hlediska tak máme v rukách zjednodušený mitochondriální model.
|
|
|
Buněčné funkce tail-anchored proteinů.
Martincová, Eva ; Zubáčová, Zuzana (oponent) ; Doležal, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce je souhrnem dosavadních poznatků o biogenezi tail-anchored proteinů. Jedná se o velmi různorodou skupinu transmembránových proteinů, jež jsou v současnosti intenzivně studovány. Tato skupina je definována na základě struktury a orientace v membráně, nesdílí tedy žádné funkční podobnosti. Jsou zde popsány jejich základní funkce, struktura a buněčná lokalizace. Důraz je kladen především na unikátní mechanismy transportu a na způsoby determinace cílových kompartmentů buňky - endomembránového systému a vnější mitochondriální membrány. Zvláštní kapitola je věnována VAP proteinům, což je konzervovaná rodina tail-anchored proteinů, vyskytující se u všech eukaryotických organizmů. Závěrem jsou uvedeny výsledky a plány studia těchto proteinů u lidského parazita Giardia intestinalis v laboratoři zabývající se biogenezí organel.
|
host ::
RSS.