|
|
Mechanismy integrace papilomavirového genomu do lidského chromozomu
Frčková, Tereza ; Šmahelová, Jana (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Lidské papilomaviry (HPV) jsou malé neobalené DNA viry, které mohou být příčinou malignit v lidské populaci. Nejčastěji jsou kauzálně spojeny s karcinomy v anogenitální oblasti mužů i žen, ale také s částí karcinomů v oblasti hlavy a krku. V infikovaných buňkách se genom HPV vyskytuje primárně ve formě cirkulární molekuly, tzv. episomu. V některých případech dojde k linearizaci genomu HPV a jeho následné integraci do lidského genomu. Tento proces má vliv na chování buněk a přispívá k imortalizaci a nádorové transformaci. Integrace genomu HPV je ovlivněna řadou virových i buněčných faktorů, které mají vliv na stabilitu genomu HPV v buňce. Vzájemné interakce virových a buněčných proteinů často mohou navodit aktivaci DNA opravných mechanismů buňky, které virus využívá pro svoji replikaci. K integraci virového genomu dochází také s větší pravděpodobností u určitých typů HPV. Dalším faktorem je i místo infekce, kde došlo k nádorové transformaci.
|
|
|
Terapeutické využití bakteriofágů a jejich modifikace
Vaško, Michal ; Fraiberk, Martin (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Bakteriofágy tvoria rozsiahlu skupinu vírusov, ktorých hostiteľom sú baktérie, a sú jednými z najviac rozšírených organizmov. Od ich objavenia boli používané na liečbu ochorení spôsobovaných baktériami ale vývoj antibiotík znížil ich využívanie. V súčasnej dobe vzniká stále viac bakteriálnych kmeňov nesúcich multirezistenciu voči antibiotikám a pozornosť je preto opäť viac smerovaná na využívanie bakteriofágov. Použitie prirodzených bakteriofágov má ale určité limitácie, ako je napríklad príliš široký alebo naopak príliš úzky rozsah rozpoznávaných baktérií alebo nízka efektivita a pod. ktoré molekulárne modifikácia bakteriofágov môže prekonať. Táto práca stručne popisuje ich terapeutické využitie v bakteriofágovej terapii. Hlavná časť práce je zameraná na možné metódy získavania modifikovaných fágov a následné použitie takto pripravených fágov, charakteristických konkrétnymi upravenými vlastnosťami, nie len ako presné baktericídne činidlo ale aj ako nástroj na zlepšenie aktivity antibiotík, transport liečiv, diagnostiku a prípravu vakcín. Existuje veľa štúdií popisujúcich zlepšenie alebo zmenu vlastností bakteriofágov docielené ich modifikáciou. Ich klinické využitie je zatiaľ stále nízke kvôli nízkemu počtu in vivo experimentov.
|
|
|
Vliv deaminasy adenosinu v RNA na virovou infekci eukaryotických buněk
Kubů, Martin ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Dvouvláknová RNA, molekula běžně se v buňkách nevyskytující, je typickým znakem virových infekcí. Tato molekula také slouží jako substrát enzymů skupiny ADAR, které způsobují konversi adenosinu na inosin, který je obvykle následně rozpoznáván buněčnou mašinérií jako guanosin. Kromě této editační aktivity interagují enzymy skupiny ADAR i s různými buněčnými proteiny, jako například s komplexem Dicer a s protein kinázou R, což spolu s editací dsRNA ovlivňuje replikaci virů. V této práci jsou zpracovány informace o antivirální aktivitě enzymů skupiny ADAR a jejich vlivu na infekci vybraných, zejména lidských, virů.
|
|
|
Pseudotypování u bakulovirů
Zobalová, Eliška ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Bakuloviry jsou obalené DNA viry, které infikují larvální stadia členovců, především hmyzu. Bakuloviry mají široké použití v biotechnologiích. Jsou využívány jako biologické pesticidy a expresní vektory pro produkci proteinů v hmyzích buňkách. Jsou však schopny vstupovat i do savčích buněk a dopravovat geny pro expresi řízenou z promotorů, které jsou v příslušných buňkách aktivní. Rekombinací nebo pseudotypováním mohou vznikat bakuloviry, které mají vyšší schopnost transdukce nebo rozeznávají specifické savčí buňky. Tato bakalářská práce podrobně popisuje fenomém pseudotypovaní u virů a shrnuje publikovaná data o využití pseudotypovaných bakulovirů pro genovou terapii a vakcinace.
|
|
|
Ptačí polyomaviry
Škvára, Petr ; Fraiberk, Martin (vedoucí práce) ; Forman, Martin (oponent)
Ptačí polyomaviry jsou malé neobalené viry čeledi Polyomaviridae, které způsobují akutní infekci s vysokou mortalitou u napadených ptáků. Oproti ostatním polyomavirům jde o zcela odlišnou patogenezi, neboť většina polyomavirů nezpůsobuje akutní onemocnění. Hlavním záměrem této práce je shrnutí dostupných informací o jednotlivých ptačích polyomavirech a jejich následným porovnáním mezi sebou. Zároveň tato práce mezi sebou srovnává ptačí a savčí polyomaviry. Důraz je kladen především na poznatky týkající se organizace genomu, struktury a funkce virem kódovaných proteinů, ale také patogeneze a epidemiologie ptačích polyomavirů. Ve výsledku bylo zjištěno, že i přestože ptačí polyomaviry sdílí společné znaky polyomavirů, často se od ostatních liší v konzervovaných sekvencích, hostitelskou specifitou nebo právě patogenitou. Zavedením současného přehledu informací o ptačích polyomavirech, by tak mohlo pomoci pochopit důležitost těchto virů v oblasti výzkumu. Klíčová slova: ptačí polyomaviry, taxonomie, genom, virové proteiny, patogeneze
|
|
|
Studium vlastností virových kapsidových proteinů a vývoj rekombinantních vakcín a diagnostických komponent založených na umělých virových strukturách
Fraiberk, Martin ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Hubálek Kalbáčová, Marie (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
Cílem této studie bylo vytvořit systém pro snadnou produkci různých veterinárních chimérických vakcín založených na stabilních strukturách myšího polyomaviru (MPyV). Systém je určen pro antigeny, které jsou problematické z hlediska produkce nebo stability. Nejprve byly navrženy univerzální vektory pro bakulovirovou produkci chimérických, viru podobných částic (VLPs) nebo pentamer založených na hlavním kapsidovém proteinu VP1 MPyV, k jejich využití jako vakcíny proti jiným patogenům. Různé strategie použité v této studii jsou založené na: A) vystavení vybraných imunogenních epitopů na povrchu VLPs MPyV jejich inzercí do povrchové smyčky proteinu VP1, B) inzerci cizorodých peptidů a proteinů dovnitř VLPs nebo C) fúzi cizorodého proteinu nebo jeho částí s C-koncem proteinu VP1, a tedy vytvoření pentamer chimérického proteinu. Kandidátní vakcinační antigeny proti prasečímu cirkoviru typu 2 (PCV2), původci systémových chorob spojených s PCV2 (PCV2-SD), který způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech prasat, byly připraveny pomocí zkonstruovaných vektorů. Všechny kandidátní vakcíny byly po imunizaci myší schopny indukovat produkci protilátek proti kapsidovému proteinu PCV2. Kandidátní vakcína VarC založená na fúzním kapsidovém proteinu MPyV a PCV2 dokázala indukovat produkci protilátek s nejvyšší...
|
|
|
Chimérické antigenní receptory (CAR) v léčbě nádorů
Fejtková, Martina ; Macková, Jana (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Chimérický antigenní receptor (CAR) je uměle vytvořený receptor T-lymfocytů skládající se z extracelulární části vázající antigen, tvořené jednořetězcovou protilátkou, transmembránové oblasti a intracelulární signální domény spouštějící aktivaci buňky. Má tedy přednosti cílené specifity monoklonální protilátky a zároveň schopnost aktivovat T-lymfocyty svými aktivačními kostimulačními doménami. T-lymfocyt nesoucí CAR je schopen vyhledat a eliminovat cílovou buňku s daným povrchovým antigenem a zároveň aktivovat i ostatní složky imunitního systému produkcí cytokinů. CAR T-lymfocyty představují obrovský potenciál v léčbě hematologických malignit a výzkum přináší i nové úspěchy v modifikaci CARů pro eliminaci solidních nádorů.
|
|
|
Retrográdní signalizace mezi mitochondriemi a jádrem u kvasinek.
Podholová, Kristýna ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Retrográdní dráha je signální dráha probíhající mezi mitochondriemi a jádrem. Pomocí retrográdní dráhy se kvasinkové buňky Saccharomyces cerevisiae vyrovnávají se zhoršujícími se podmínkami pro život jako je vyčerpání bohatých zdrojů živin a přechod na chudé zdroje živin, pokles mitochondriálního membránového potenciálu, ztráta mitochondriální DNA a s tím spojená nefunkčnost citrátového cyklu. Většina těchto podmínek je spojena se stárnoucí populací. Mezi klíčové proteiny retrográdní dráhy patří RTG proteiny zahrnující transkripční faktor Rtg1p/Rtg3p a cytoplazmatický protein Rtg2p. Retrográdní dráha je složitě regulovaná pomocí několika negativních a pozitivních regulátorů včetně TOR dráhy, která negativně reguluje retrográdní dráhu. Mezi cílové geny retrográdní dráhy patří geny pro enzymy citrátového cyklu, pro peroxisomální enzymy, pro transportéry a pro další enzymy anaplerotických drah. Pomocí retrográdní odpovědi se buňka snaží upravit svůj metabolismus tak, aby byla schopná překonat nepříznivé podmínky prostředí, v němž žije. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vývoj imunitní odpovědi proti lidskému cytomegaloviru
Písková, Lucie ; Žůrková, Kamila (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Lidský cytomegalovirus (HCMV) je starobylý virus s dvouvláknovou DNA patřící do podčeledi β Herpesvirinae a je všudypřítomný v lidských populacích. Jako u jiných herpesvirů vede primární HCMV infekce k celoživotní latenci a periodicky dochází ke zpětné reaktivaci viru z latence. Přenos tohoto viru závisí na přímém kontaktu mezi lidmi. U imunokompetentních jedinců je primární HCMV infekce většinou asymptomatická, ale reaktivovaný virus je hlavním důvodem nemocí u jedinců se sníženou obranyschopností včetně pacientů s AIDS a příjemců alogenních transplantátů. Tato práce se zabývá HCMV a jeho koexistencí s imunitním systémem hostitele. Dále obsahuje informace o komplikacích způsobených HCMV u pacientů po orgánových transplantacích nebo po transplantacích hematopoetických kmenových buněk.
|
|
|
Konformační změny proteinových membránových senzorů
Sklenářová, Petra ; Konopásek, Ivo (vedoucí práce) ; Fraiberk, Martin (oponent)
Tato práce je zaměřena na stavbu a funkci prokaryotických signálních systémů. V bakteriích se nacházejí tři typy signálních systémů: jednokomponentové, dvoukomponentové a tříkomponentové systémy. Tyto tři systémy se od sebe liší zejména stavbou a počtem proteinů a domén, které jsou jejich součástí. Zabývala jsem se zejména dvoukomponentovými systémy u bakterií, i když byl jejich výskyt potvrzen i u nižších eukaryot. Prokaryotické dvoukomponentové systémy jsou hlavními prostředky, kterými bakterie rozpoznávají různé podněty z prostředí a reagují na ně. U bakterií jsou dosud popsány dva typy dvoukomponentových systémů. Prvním je základní systém a druhým systém složený. Oba typy dvoukomponentových systémů obsahují dva nepostradatelné proteiny: histidin kinázu a odpovídající regulátor. Liší se však doménovou stavbou proteinů a mechanizmem přenosu signálu. U základního systému přenos probíhá ve dvou krocích, u složeného celkem ve čtyřech krocích. Vždy je však princip stejný, jde o přenesení fosfátové skupiny z histidin kinázy na odpovídající regulátor, který je tímto signálem aktivován a může regulovat transkripci DNA.
|
host ::
RSS.