|
|
Numerické reprezentace proteinových sekvencí pro klasifikaci
Bartoň, Vojtěch ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
S rozmachem bioinformatiky vyvstala možnost analyzovat a~srovnávat i~rozsáhlé soubory nejen genomických, ale i~proteomických sekvencí. Byla tedy nutnost zavést numerické reprezentace sekvencí pro jejich počítačové zpracování. Reprezentace proteinových sekvencí má svá specifika a~často vyšší výpočetní náročnost, než reprezentace genomických sekvencí. V~práci je představeno několik různých metod přístupu k~numerickým reprezentacím proteinů. Vybrané metody jsou poté testovány na setu mitochondriálně kódovaných proteinů a srovnány se standardní taxonomií a s běžně používanou symbolickou reprezentací.
|
|
|
Předběžný průzkum a hodnocení budovy před rekonstrukcí
Bartoň, Vojtěch ; Stehlík, Michal (oponent) ; Cikrle, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá stavebně technickým průzkumem zděného objektu s litinovými sloupy. Stavebně technický průzkum byl proveden z důvodů plánované modernizace a přestavby objektu na bytový dům s občanskou vybaveností. Teoretická část se zabývá popisem stavebně technického průzkumu a diagnostických metod, včetně jejich vyhodnocení. Cílem je určit základní vlastnosti zděných konstrukcí a litinových sloupů. Praktická část obsahuje zpracování diagnostického průzkumu. Výsledkem praktické části je určení materiálových a geometrických vlastností konstrukce.
|
|
|
Identifikace genů ve squigglech ze sekvenace nanopórem
Talanin, Nikita ; Nykrýnová, Markéta (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Sekvenace nanopórem je nová a rychle se rozvíjející technologie, která umožňuje přímé sekvenování jednovláknové DNA a RNA v reálném čase. Výsledkem sekvenace je takzvaný squiggle, což je časová řada intenzit proudů při průchodu nukleotidů nanopórem. Identifikace genů v těchto squigglech je klíčovým krokem pro využití těchto dat v genomických studiích. Tato bakalářská práce se zabývá vývojem a testováním metody pro automatickou identifikaci genů ve squigglech ze sekvenace nanopórem. Cílem bylo vytvořit systém, který by mohl rychle a přesně identifikovat geny v squigglech, a tím podpořit další analýzy a interpretaci dat z nanopórové sekvenace. Metoda využívá konvoluční neuronové sítě (CNN), které byly úspěšně použity v mnoha jiných oblastech bioinformatiky. Pro trénování modelu byl použit velký dataset squigglů, které byly označeny podle genu, který reprezentují. Výsledky ukazují, že systém je schopen s určitou přesností identifikovat geny ve squigglech a že může být účinným nástrojem pro analýzu dat z nanopórové sekvenace.
|
|
|
Identifikace genů ve squigglech ze sekvenace nanopórem
Talanin, Nikita ; Nykrýnová, Markéta (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Sekvenace nanopórem je nová a rychle se rozvíjející technologie, která umožňuje přímé sekvenování jednovláknové DNA a RNA v reálném čase. Výsledkem sekvenace je takzvaný squiggle, což je časová řada intenzit proudů při průchodu nukleotidů nanopórem. Identifikace genů v těchto squigglech je klíčovým krokem pro využití těchto dat v genomických studiích. Tato bakalářská práce se zabývá vývojem a testováním metody pro automatickou identifikaci genů ve squigglech ze sekvenace nanopórem. Cílem bylo vytvořit systém, který by mohl rychle a přesně identifikovat geny v squigglech, a tím podpořit další analýzy a interpretaci dat z nanopórové sekvenace. Metoda využívá konvoluční neuronové sítě (CNN), které byly úspěšně použity v mnoha jiných oblastech bioinformatiky. Pro trénování modelu byl použit velký dataset squigglů, které byly označeny podle genu, který reprezentují. Výsledky ukazují, že systém je schopen s určitou přesností identifikovat geny ve squigglech a že může být účinným nástrojem pro analýzu dat z nanopórové sekvenace.
|
|
|
Comprehensive analysis of putrescine metabolism in A thaliana using GWAS, genetic risk score, metabolic modelling and data mining
Schwarzerová, Jana ; Bartoň, Vojtěch ; Walther, Dirk ; Weckwerth, Wolfram
Polyamines are known to be functionally involvedin plant responses to stress conditions. Despite a large amount ofphysiological and genetic data, the mode of action of polyamines,especially putrescine, at the molecular level still remains unclear.An increasing number of studies point to a role of putrescine instress defense of plants due to influencing the formation of reactiveoxygen species (ROS) in cellular stress conditions. Moreover,putrescine has been found to modulate abscisic acid (ABA)biosynthesis at the transcriptional level in response to lowtemperature, revealing a novel mode of action of polyamines asregulators of hormone biosynthesis. This study presents a newholistic approach towards the analysis of putrescine metabolismusing genome-wide association studies and the calculation ofgenetic risk scores extended by Boolean analysis in metabolitesnetwork as well as data mining from available databases andliterature. It can lead to a better understanding of biologicalprocesses involved in adaptation of plants to environmentalchanges.
|
|
|
Metagenomic analysis of animal gut microbioma based on diet
Spanakis, Martin ; Čejková, Darina (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis deals with the sequencing of the microbiome and its composi- tion. It focuses on the gut microbiome of animals, which differs among animals with different diets. The work describes theoretical knowledge about metagenomic analysis of the microbiome, such as sampling procedures, various sequencing methods and data processing. The practical part of the work includes the preparation of the dataset, which includes the collection of data and their preparation for the following metagenomic anal- ysis. The result of the work is the taxonomic classification of bacterial species in the samples and the analysis of their diversity according to the type of diet of individual animals.
|
|
|
Metagenomická analýza vývoje střevního mikrobiomu dětí
Zourková, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Práce pojednává o vlivu metagenomu na vývoj dítěte a o důvodech přínosnosti zkoumání následků změn lidského střevního mikrobiomu. Následně je v práci nastíněna obecná problematika mikrobiomu a historie jeho studií. Také je zde popsáno složení lidského mikrobiomu střev a souvislosti s imunitním systémem nebo například produkcí hormonů. Rovněž práce obsahuje informace o vybraných metodách analýzy metagenomu, konkrétně mikroskopické metody využívající předchozí kultivaci, hmotnostní spektrometrie a metody sekvenační. Je zde popsán také postup analýzy dat pomocí dostupných bioinformatických nástrojů, kterými byla data vhodně předzpracována. Takto vyfiltrovaná data byla připravena pro navazující profilaci metagenomu, která je v práci podrobně popsána. Na závěr práce jsou vyhodnoceny výsledky profilace, na základě kterých jsou odhadnuty průběhy změn mikrobiomu během vývoje dítěte, což je hlavním cílem této bakalářské práce.
|
|
|
Zpracování a analýza lidského plicního mikrobiomu z nanopórových sekvenačních dat
Molíková, Anna ; Bartoň, Vojtěch (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se věnuje zpracování a analýze plicního mikrobiomu z nanopórových sekvenačních dat. V úvodu čtenáře seznamuje s plicním mikrobiomem a jeho složením při zdraví i nemoci. Dále se pak věnuje jednotlivým sekvenačním technologiím se zaměřením na nanopórovou sekvenaci. Na závěr se práce zaměřuje na několik metod analýzy plicního mikrobiomu. V praktické části bakalářské práce je provedeno základní zpracování sekvenačních dat a následně jejich taxonomická analýza a nalezení genů antibiotické rezistence. Ze získaných výsledků je pak vyhodnoceno složení plicního mikrobiomu v každém ze zpracovávaných vzorků.
|
|
| |
|
|
The impact of cannabidiol consumption on oral microbiome composition
Richweissová, Viktória ; Bartoň, Vojtěch (oponent) ; Čejková, Darina (vedoucí práce)
The composition of oral microbiome plays a significant role in maintaining both oral, and overall systemic health. When in equilibrium, the oral microbiome maintains the oral cavity in health. However, certain ecological shifts in the microbiota allow pathogens to manifest and cause various oral and systemic diseases. The analysis of the oral microbiome makes it possible to define the role of its components in health and disease, and the effect of various therapeutic techniques on its composition. This bachelor's thesis investigates the possible effect of toothpaste with cannabidiol on oral microbiome. The aim of this work is the bioinformatics analysis of oral microbiome communities before and after using CBD toothpaste using pipeline QIIME 2.
|
host ::
RSS.