|
| |
|
| |
|
|
Polymerní systémy pro dopravu siRNA
Blažková, Jana ; Pechar, Michal (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Proces RNA interference (RNAi) je přirozený jev, při kterém dochází prostřednictvím malých dvouřetězcových RNA molekul (dsRNA) k posttranskripční regulaci exprese genů. "Small interfering RNA" (siRNA) je malá dsRNA, kterou můžeme využít pro cílené umlčování genů, jakožto alternativní terapeutickou léčbu geneticky podmíněných onemocnění. Pro in vivo aplikaci je nutné siRNA ochránit před degradací, abychom zajistili její efektivní dopravení do cílových buněk pomocí sofistikovaných vektorů. Tato práce je zaměřená především na na popis nevirových vektorů na bázi kladně nabitých polymerů, tvořících s siRNA polyelektrolytové komplexy (polyplexy), a povrchově modifikujících hydrofilních polymerů zajišťující ochranu vektoru během transportu v krvi.
|
|
|
Candidate genes screening for prostate cancer
Semaneková, Viera ; Mareš, Jaroslav (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Karcinóm prostaty je považovaný za jeden z hlavných medicínskych problémov v mužskej populácii, pretože ide o najčastejšie diagnostikovaný zhubný nádor u mužov. Zároveň je to karcinóm s druhou najvyššou mortalitou spomedzi všetkých diagnostikovaných zhubných ochorení v ČR (ÚZIS). Jediným spoľahlivým diagnostickým biomarkerom je v súčasnosti PSA (prostate specific antigen; prostatický špecifický antigén), ktorého hladina je v prípade karcinómu prostaty zvýšená. Táto diplomová práca sa zaoberá štúdiom zmien v expresii génov v karcinóme prostaty, ktoré sú, podľa najnovšej literatúry, spájané s progresiou nádoru a mohli by mať prognostický význam. Ide o gény: VCL (vinculin; vinkulín), SHB (Src homology 2 binding protein) a OCT3 (organic cation transporter 3; transportér 3 katiónov organických zlúčenín). Práca metodicky zahŕňala spracovanie 82 zozbieraných vzoriek prostatického tkaniva a to formou izolácie mRNA. Následne bola použitá metóda RT-PCR k získaniu cDNA, potom elektroforetické spracovanie cDNA a štatistické vyhodnotenie výsledkov. Bola porovnaná relatívna expresia jednotlivých génov vo vzorkách karcinómu prostaty a vo vzorkách BPH (benign prostatic neoplasia; benígna prostatická hyperplázia). Pri génoch SHB a OCT3 bola zistená nižšia expresia vo vzorkách karcinómu prostaty, pri VCL nebol...
|
|
| |
|
|
Ustavení a změny polarity v průběhu buněčného cyklu Saccharomyces cerevisiae
Luxová, Pavla ; Malcová, Ivana (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Buněčnou polaritu lze definovat jako asymetrickou organizaci a distribuci biomolekul, buněčných organel a struktur, která je důležitá pro řadu buněčných procesů a její vytvoření je esenciální pro zdravý vývoj všech organismů. Tato práce se zaměřuje na hlavní mechanismy založení buněčné polarity, jejího udržení a změn v průběhu buněčného cyklu u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, která je jedním z preferovaných modelových organismů. Pro přesnou determinaci místa, kde následně vznikne nová buňka, jsou určujícím prvkem prostorové značky nahromaděné v místě předchozího dělení. K jejich rozpoznání jsou zapotřebí Rho GTPázy, které působí na své efektory a tím ovlivňují aktinový cytoskelet a septiny. Tyto struktury jsou nezbytné pro polarizovaný růst pupene. Růst a vývoj pupene je provázaný a regulovaný spolu s buněčným cyklem, na jehož konci se pupen oddělí, čímž vznikne nová buňka. Proces zrodu nové, mladé buňky, která je schopná projít mnohem větším počtem dělení než zbývají její matce, je novou výzvou ke studiu polarity z hlediska stárnutí buněk.
|
|
|
Molekulární mechanismy tvorby a vývoje kolonií přírodních kmenů Saccharomyces cerevisiae
Šťovíček, Vratislav ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Hašek, Jiří (oponent) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Kvasinky jsou schopny tvořit širokou škálu mnohobuněčných útvarů, které umožňují přežívání populací v nehostinných a často se měnících podmínkách okolí. Příkladem takových společenství jsou útvary tvořící se na různých površích jako například biofilmy, spojené často s infekcemi v lidském těle, a kolonie. Tato práce se zabývá studiem vzniku a vývoje komplexních strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae, které jsou charakteristickým rysem kmenů izolovaných ze svého přirozeného prostředí. Svou architekturou a vlastnostmi se zásadně liší od prostorově nediferencovaných kolonií většiny laboratorních kmenů a v mnoha ohledech naopak připomínají biofilmy patogenních kvasinek. Populace kvasinkových buněk využívají specifických vývojových procesů indukovaných komunikačními mechanizmy k synchronizaci raných fází svého vývoje. Tvorba specifické trojrozměrné architektury kolonií je umožněna přítomností extracelulární hmoty a adhezivního proteinu Flo11p, jež se podílejí na stabilitě a integritě útvaru. Na ochraně kolonií se podílejí funkčně a prostorově diferencované populace buněk s využitím různých mechanizmů jako je například přítomnost membránových pump odstraňujících toxické látky či produkce zmíněné extracelulární hmoty plnící rovněž funkci selektivně propustné bariéry. Charakteristickým rysem přírodních...
|
|
|
Vlastnosti DNA vazebných mutant proteinů CSL
Teska, Mikoláš ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Signální dráha Notch hraje klíčovou roli ve vývoji a životě mnohobuněčných organismů. Proteiny CSL jsou klíčovou součástí dráhy Notch, kde zprostředkovávají regulaci cílových genů. Objev CSL-homologních proteinů v kvasinkách nastolil otázku ohledně jejich funkce v jednobuněčných organismech před vznikem kanonické Notch dráhy. CSL-homologní proteiny v kvasinkách jsou konzervovány v částech, které jsou důležité pro vazby na DNA, a prokázalo se, že tyto proteiny se vážou na CBF1-vazebné elementy in vitro. V kvasince Schizosaccharomyces pombe hrají paralogy CSL (Cbf11 a Cbf12) protichůdné role v buněčné adhezi a v koordinaci buněčného a jaderného dělení. Kvasinkové proteiny CSL mají oproti proteinům CSL u metazoa dlouhé a vnitřně nestrukturované N-koncové domény. V této studii jsme zkoumali funkční význam těchto N-koncových částí CSL proteinů pomocí jejich úplného odstranění. U nově vytvořených zkrácených variant proteinů Cbf11 a Cbf12 v S. pombe jsme pozorovali absenci jejich vazby na próbu RBP, kterou rozpoznávají proteiny CSL. Odstranění N-terminálních částí proteinů CBF u S. pombe vedlo ke změně v buněčné lokalizaci. Původně silná jaderná lokalizace u proteinů Cbf divokého typu se odstraněním N- koncových částí změnila na smíšenou lokalizaci v cytoplazmě a jádře. Overexprese nevazebných mutací genu...
|
|
|
Molekulární mechanismy tvorby a vývoje kolonií přírodních kmenů Saccharomyces cerevisiae
Šťovíček, Vratislav
Kvasinky jsou schopny tvořit širokou škálu mnohobuněčných útvarů, které umožňují přežívání populací v nehostinných a často se měnících podmínkách okolí. Příkladem takových společenství jsou útvary tvořící se na různých površích jako například biofilmy, spojené často s infekcemi v lidském těle, a kolonie. Tato práce se zabývá studiem vzniku a vývoje komplexních strukturovaných kolonií Saccharomyces cerevisiae, které jsou charakteristickým rysem kmenů izolovaných ze svého přirozeného prostředí. Svou architekturou a vlastnostmi se zásadně liší od prostorově nediferencovaných kolonií většiny laboratorních kmenů a v mnoha ohledech naopak připomínají biofilmy patogenních kvasinek. Populace kvasinkových buněk využívají specifických vývojových procesů indukovaných komunikačními mechanizmy k synchronizaci raných fází svého vývoje. Tvorba specifické trojrozměrné architektury kolonií je umožněna přítomností extracelulární hmoty a adhezivního proteinu Flo11p, jež se podílejí na stabilitě a integritě útvaru. Na ochraně kolonií se podílejí funkčně a prostorově diferencované populace buněk s využitím různých mechanizmů jako je například přítomnost membránových pump odstraňujících toxické látky či produkce zmíněné extracelulární hmoty plnící rovněž funkci selektivně propustné bariéry. Charakteristickým rysem přírodních...
|
|
|
Interakce patogennich kvasinek rodu Candida s bakterii Pseudomonas aeruginosa
Mynářová, Lenka ; Hodek, Petr (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Patogenní kvasinky rodu Candida a bakterie Pseudomonas aeruginosa jsou oportunistickými patogeny, které se často vyskytují v lidské mikroflóře jako neškodní komenzálové. Pro zdravého člověka nepředstavují hrozbu, avšak pro jedince s oslabenou imunitou mohou znamenat velké zdravotní riziko. Cystická fibróza (CF) je geneticky podmíněná, nevyléčitelná nemoc, která je mimo jiné příčinou snížené obranyschopnosti pacienta. Velká část nemocných cystickou fibrózou prodělává chronické infekce plic způsobené bakterií P. aeruginosa. Ta však může být doprovázena právě patogenními kandidami, které, stejně jako pseudomonáda, kolonizují dýchací soustavu pacienta nebo různé plastové povrchy (např. katetry). Proto je užitečné sledovat způsob jejich interakce jak v těle hostitele, tak in vitro. Kandidy i pseudomonáda sekretují celou škálu proteinových virulentních faktorů a stejně tak i malé molekuly, které slouží jako mediátory komunikace mezi mikroorganismy. Proto jsme se rozhodly testovat možnosti koexistence dvou zástupců rodu Candida (C. albicans, C. parapsilosis) s bakterií P. aeruginosa ve třech různých, chemicky definovaných, kapalných médiích. Testovaly jsme životaschopnost různých druhů a analyzovaly jsme proteiny sekretované do média. Mezi proteiny sekretovanými pseudomonádou jsme nalezly některé hydrolytické...
|
host ::
RSS.