|
|
Synthesis and characterization of binding ligands for the study of targeted lysosomal protein degradation
Sidej, Natan ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Baszczyňski, Ondřej (oponent)
Cílená degradace proteinů je novým konceptem chemické biologie, jehož základy byly položeny zhruba před 20 lety. Ústřední myšlenka konceptu spočívá v tom, že namísto potlačování aktivity vybraných proteinů pomocí jejich nízkomolekulárních inhibitorů můžeme sestrojit molekulární nástroje, kterými hostitelský organismus dokážeme donutit ke zničení těchto cílových proteinů prostřednictvím jeho přirozených degradačních drah. Tato diplomová práce se zabývá přípravou biokompatibilních polymerních konjugátů zvaných "iBodies", které budou použity pro indukci cílené lysosomární degradace dvou modelových enzymů, fibroblastového aktivačního proteinu α a glutamátkarboxypeptidasy II. V rámci této práce byly standardními metodami organické syntézy připraveny a následně plně charakterizovány celkem čtyři nízkomolekulární ligandy. První dva jsou deriváty mannosa-6-fosfonátu, které slouží jako spouštěče degradace proteinů skrze buněčnou endosomální-lysosomální degradační dráhu. Zbylé dva jsou známými a potentními inhibitory vybraných modelových enzymů, které budou v rámci této práce využity jako cílící ligandy. Připravené sloučeniny byly následně použity pro syntézu celkem osmi poly-N-(2- hydroxypropyl)methakrylamidových konjugátů zvaných iBodies. Tyto polymerní konjugáty byly následně plně charakterizovány...
|
|
| |
|
|
Sekretované proteasy motolice jaterní a jejich interakce s endogenním inhibitorem
Buša, Michal ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Motolice jaterní (Fasciola hepatica) je jeden z nejvýznamnějších parazitů hospodářských zvířat, který infikuje i člověka. Proteolytický systém motolic je klíčový pro jejich interakci s hostitelem a proto představuje potenciální molekulární cíl pro vývoj nových vakcín. Diplomová práce byla zaměřena na proteasy sekretované dospělci F. hepatica a nový proteasový inhibitor FheCy2 z rodiny cystatinů. Proteolytická aktivita sekretovaných proteas byla analyzována pomocí: (a) chromogenních proteinových substrátů a fluorogenních peptidových substrátů, (b) selektivních proteasových inhibitorů, (c) fluorescenční aktivitní značky umožňující vizualizaci proteas. Tyto výsledky ukázaly, že sekretované proteasy jsou cysteinové proteasy papainové rodiny, které patří mezi katepsiny typu L a B. V enzymologických testech bylo prokázáno, že FheCy2 je účinným inhibitorem těchto proteas. Lze předpokládat, že FheCy2 se účastní fyziologické regulace endogenních proteas sekretovaných dospělci F. hepatica, což z něj činí atraktivní protein pro vakcinační studii. Klíčová slova: motolice jaterní, katepsiny, proteolytická aktivita, substrátová specifita, inhibitory proteas
|
|
|
Hodnocení antifungální aktivity inhibitorů proteas z hlíz bramboru (Solanum tuberosum L.)
REISEROVÁ, Jana
Tato diplomová práce se zabývá inhibitory proteas izolovaných z hlíz bramboru hlíznatého (Solanum tuberosum L.) a hodnocením jejich antifungálních vlastností. Teoretická část pojednává o inhibitorech proteas, které mají antifungální účinek. Jako materiál pro izolaci inhibitorů proteas pomocí separačních technik byly použity odrůdy Adéla, Ornella a Eurostarch. Proteinové frakce byly testovány proti vybraným mikroskopickým houbám rodu Rhizoctonia a rodu Fusarium, které jsou významnými patogeny v zemědělství. Jejich aktivita byla vyhodnocena a statisticky zpracována.
|
|
|
Separace vybraných frakcí kyselých proteinů z hlíz brambor (Solanum tuberosum L.) pomocí chromatografických technik
LORENC, František
Tato diplomová práce pojednává o kyselých proteinech obsažených v hlízách bramboru hlíznatého (Solanum tuberosum L.), respektive jejich separaci pomocí chromatografických technik. Jako materiál byly zvoleny hlízy dvou odrůd kulturních brambor, Adéla a Westamyl. Ze získané a zakoncentrované hlízové šťávy byly pomocí chromatografie na gravitačních kolonách odstraněny bazické a většina proteinů patatinového komplexu. V následujícím kroku byla provedena chromatografie na aniontové a hydroxyapatitové koloně na systému vysokorychlostní kapalinové chromatografie (FPLC). Na aniontové koloně se podařilo separovat proteinové frakce zahrnující proteiny v rozsahu 15-60 kDa u odrůdy Adéla a 15-100 kDa u odrůdy Westamyl. V největší míře byly u obou odrůd zachyceny proteiny o velikosti 15 kDa a 20 kDa. V posledním kroku byla provedena hmotnostní spektrometrie, pomocí které se podařilo identifikovat vybrané proteinové frakce.
|
|
|
Hodnocení antifungální aktivity vybraných peptidových frakcí izolovaných z hlíz brambor vůči houbám rodu Fusarium spp.
REISEROVÁ, Jana
Tématem bakalářské práce je hodnocení antifungální aktivity vybraných peptidových frakcí izolovaných z hlíz brambor vůči houbám rodu Fusarium sup. Cílem teoretické části této práce je zpracování přehledu proteinů izolovaných z bramborové hlízy (Solanum tuberosum L.), krátký popis rodu Fusarium, druhů F. solani a F. oxysporum, popis základních mechanismů obrany rostlin proti houbám a přehled antifungálních proteinů. V experimentální části bude hodnocena antifungální aktivita u vybraných proteinových frakcí z hlízy Solanum tuberosum L. vůči F. solani a F. oxysporum, které byly připraveny pomocí separačních technik.
|
host ::
RSS.