|
|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
|
|
Využití lišejníků-možnosti využití Evropské metodiky pro mapování epifytických lišejníků
Svoboda, David ; Váňa, Jiří (vedoucí práce) ; Scheidegger, Christoph (oponent) ; Bérešová, Anna (oponent)
Využití lišejníků - možnosti využití Evropské metodiky pro mapování epifytických lišejníků David Svoboda Disertační práce shrnuje výsledky několika projektů prováděných v rámci doktorského studia a obsahuje hlavně výstupy těchto projektů - odborné články. Na začátku svého studia jsem testoval v té době zcela novou metodiku LDV (Asta et al. 2002). Po ukončení tohoto projektu následovala v roce 2004 ekologická studie středoevropských teplomilných doubrav pomocí epifytických lišejníků. Tato studie byla v následujících letech značně rozšířena a tvoří základ mé disertační práce. Mimo to se věnuji dlouhodobé spolupráci s Národním parkem České Švýcarsko, kde provádím mj. monitoring lišejníkové rekolonizace. Mezi hlavní cíle mé disertační práce patří následující: 1) Zhodnotit možnosti použití LDV metodiky v České republice pro zjištění úrovně znečištění ovzduší; 2) Porovnat výsledky získané pomocí LDV a pomocí starší kvalitativní metodiky Hawksworthe a Rose (1970). 3) Identifikovat hlavní faktory ovlivňující lišejníkovou diversitu ve středoevropských teplomilných doubravách. Zjistit případné korelace mezi vlivy přirozenými a člověkem způsobenými. 4) Analyzovat druhové složení lišejníků ve středoevropských doubravách a charakterizovat případná společenstva a druhy se vztahem k ekologické kontinuitě porostu. 5)...
|
|
| |
|
|
Food webs of glacier-fed streams.
Komárková, Julie ; Kopalová, Kateřina (vedoucí práce) ; Fuksa, Josef (oponent)
Tématem této práce jsou ekosystémy ledovcem napájených toků se zaměřením na společenstva toků, spolu s identifikací struktur potravních sítích. Ledovcové toky představují drsné prostředí z hlediska fyzikálně-chemických vlastností, s proměnlivými vodními režimy, s největším průtokem v letních měsících, a specifickými světelnými a nutričními podmínkami. Základem potravních sítí jsou fotoautotrofní producenti, jako jsou rozsivky, Chrysophyceae a sinice, spolu s chemolithotrofními bakteriemi. V ledovcová voda hostí také některé taxony hub, které jsou s heterotrofními bakteriemi hlavními rozkladači. Ze skupiny bezobratlých jsou v ledovcových tocích vodní larvy druhů Diamesa a Pseudodiamesa, dále ze skupin Ephemeroptera či Plecoptera. Tyto všežravé druhy jsou charakterizovány vysokou potravní plasticitou. Larvy filtrují nebo spásají především epilitické biofilmy, v některých případech se však mohou uchylovat k predaci. Mimo bezobratlé, v ledovcových tocích obvykle nežijí zástupci s většími tělesnými rozměry, kteří by tvořili vyšší stupně trofických úrovní. Změna klimatu s ústupem ledovců ovlivňuje vlastnosti ledovcových toků, a to například v průtoku vody a teplotě, která se neustále zvyšuje. Posuny ve stanovištních podmínkách a struktuře společenstva v tocích povede ke složitějším potravním sítím, s...
|
|
|
Udržitelnost v grafickém designu
Shalak, Hanna ; Veselá, Lenka (oponent) ; Ondrík, Jozef (vedoucí práce)
V průběhu tvorby projektu jsem zkoumala prvky designu obalů papíru A4 z hlediska udržitelnosti, ekologie a vlastností produktu. Analýza spotřebitelského chování naznačuje nedostatečnou pozornost věnovanou průmyslovým standardům výroby papíru, což přispívá k šíření tzv. „greenwashingu“ a zpomalení pokroku v řešení environmentálních problémů. Samotný obal je často vnímán pouze jako objekt určený k likvidaci. Proto jedním z hlavních cílů mé práce je zaměření se na informační složky jeho designu. Toto slouží jako základ pro předání komplexity a složitosti systému, který se skrývá za čistým papírem A4. Pro realizaci projektu jsem sbírala obaly z místních tiskáren a copycenter v Brně. To mi umožnilo získat jasnější představu o tom, kolik druhů papíru koluje ve městě, jaké typy ekoznačení používají výrobci a dodavatelé, a na základě jakých preferencí se objednává určitý druh materiálu pro tisk.
|
|
|
Návrh technologického zařízení pro asanaci dřeva napadeného lýkožroutem
Němec, Tomáš ; Osička, Karel (oponent) ; Sedlák, Josef (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na návrh technologického zařízení pro asanaci dřeva napadeného lýkožroutem smrkovým. Hlavní myšlenkou navržené technologie je spojení harvestorové těžby s chemickou asanací pomocí postřiku. Tento inovativní přístup umožňuje zvýšení efektivity asanace a snížení nákladů v porovnání s tradičními metodami, jako je ruční odkornění nebo použití zádových postřikovačů. Výsledky ukazují, že harvestor zaručuje stejnoměrné pokrytí insekticidem na každém pokáceném stromu, čímž minimalizuje riziko nedostatečné asanace. Navržená technologie rovněž snižuje počet potřebných pracovníků pro asanaci, což přispívá k dalším úsporám nákladů a zvyšuje celkovou efektivitu procesu. Práce se dále zabývá technickými aspekty navrženého zařízení, včetně detailního popisu jednotlivých komponentů, jako jsou trysky, čerpadlo, nádrže a řídicí systém. Testování prototypu zařízení prokázalo jeho vysokou účinnost a spolehlivost v různých pracovních podmínkách. Kromě technických přínosů práce, také zdůrazňuje ekologické výhody navrženého řešení, které minimalizuje negativní dopady na životní prostředí díky přesnému dávkování chemických látek a snížení potřeby ruční manipulace s napadeným dřevem. Celkově lze konstatovat, že navržené řešení je nejen ekonomicky výhodné, ale také technicky a ekologicky přínosné, a mělo by významně přispět k ochraně českých lesů před kůrovcovou kalamitou.
|
|
|
Nové technologie pro vytápění rodinných domů
Novák, Dominik ; Lachman, Jakub (oponent) ; Lisý, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá problematikou moderního vytápění v rodinných domech. Cílem této práce je seznámení s jednotlivými variantami moderních zdrojů vytápění. K tomuto problému se postupuje ve třech krocích. V první části této bakalářské práce byla zpracována teoretická část jednotlivých zdrojů na vytápění za pomocí literární rešerše. V druhé části byla provedena základní studie pro modelový rodinný dům. V poslední části bylo provedeno vyhodnocení navržených zdrojů a celkové vyhodnocení.
|
|
|
Environmentální výchova ve školní družině
Hrabíková, Adéla ; Thorovská, Alena (vedoucí práce) ; Zvírotský, Michal (oponent)
Tato bakalářská s názvem "Environmentální výchova ve školní družině" se zabývá problematikou školní družiny, environmentální výchovy a možnostmi environmentální výchovy v době mimo vyučování. V teoretické části jsou objasněny základní pojmy v oblasti školní družiny i environmentální výchovy, historie, nabízeny příklady prostředků k realizaci environmentální výchovy ve školní družině. Dále shrnuje možnosti environmentální výchovy v zahradě a důležitosti vytváření postojů k přírodě a prostředí. Praktická část nabízí školní zahradu jako nezastupitelnou ve vzdělávacím procesu a pozitivně ovlivňující postoje a znalosti studentů, ale také jako prostor pro trávení volného času ve školní družině. Nabízí příklady vhodných a nevhodných rostlin do školní zahrady a jednotlivé prvky do zahrady. Praktická část této práce nabízí možný návrh školní zahrady, popis jednotlivých částí i rostlin v zahradě a její využití pro základní školu a družinu. Popis místa a oblasti v okolí v bezprostřední blízkosti zahrady. Klíčová slova: školní družina, environmentální výchova, školní zahrada, živá příroda, ekologie
|
|
|
Genomic prediction and genome-wide association studies of metabolic networks
Schwarzerová, Jana ; Weckwerth, Wolfram (oponent) ; Ramberger,, Benjamin (vedoucí práce)
Current research on the interface of bioinformatics and ecology engineering offers potential due to the combination of laboratory analysis and advanced bioinformatics algorithms. The thesis investigates the combination of GC-MS -based metabolomic analysis for identification and quantitation of metabolites of environmental perturbations with the advanced bioinformatics approach of genome-wide association studies (GWAS). The analysis is performed using genomic prediction based on two different temperature-related growth conditions of the collected dataset from 241 Arabidopsis thaliana natural accessions (genotypes). Current challenges that arise from climate change and industrial pollution encourage fundamental research on the adaption of organisms due to environmental effects. The findings in this field may play a key role in solving associated problems for the environment. Particularly plants, which serve as net primary producers of our most vital resources, food, health and energy, represent most important research subjects in this regard. The findings presented in this thesis reveal the individual adaptation strategies to cold stress of the plant depending on its original habitate. Furthermore, the association of metabolites with GWAS revealed potential genomic regions involved in the adapation of the plant to cold temperature. While simple observations reveal only phenotype changes, changes in genotypes of organisms can be captured using this metabolic GWAS technology presented in this thesis and further utilized in industrial ecology and biotechnology. The final part of the thesis is extended by using the inverse stochastic Lyapunov Matrix equation for the obtained results using to investigate the regulation of metabolism during adaptation to cold temperature.
|
|
|
Tracing Microendolithic Ichnocenoses: A paleoecological and taphonomic approach over the Phanerozoic
Herenio Kerkhoff, Marta Leticia ; Holcová, Katarína (vedoucí práce) ; Skupien, Petr (oponent) ; Soták, Ján (oponent)
Fosilní záznam mikrobiální aktivity zvláště endolitických organizmů byl studován na šesti lokalitách z oblasti Západních Karpat v rozsahu od svrchního oligocénu po miocén (serraval). Tři lokality jsou z České republiky (Mikulov, LOM-1 a Hevlín), dvě ze Slovenska (DNV a LKŠ) a jeden vzorek je z Maďarska (tardské íly lom Rozalia). Hlavním cílem projektu bylo ověřit jak snížený obsah kyslíku ovlivní mikroendoliltické společenstva a celkovú mikrobiální aktivitu zaznamenanú v schránkách bentických foraminifer. Stupeň hypoxie byl vyjádřen poměrem oxických/dysoxických a hypoxických foraminifer definovaným jako "Benthic Foraminifera Oxygen Index", který poukázal na převahu dysoxických taxónů ve společenstvech se zřídkavými oxickými prvky. Dalším typem mikrobiální aktivity jsou biofilmy. Rentgenová spektroskopie (EDX) ukázala významné obohacení sírou, fosforem a železem ve vzorcích z biofilmů ve srovnání s okolitou horninou. Metoda pryskyřičné odlitků umožnila identifikovat ichnocenózy indikující dysfotickou až hluboce eufotickou zónu, s převahou mikrovrteb produkovaných zástupci skupin Chlorophyta, Rodophyta a heterotrofními organizmy. Mikrovrtby produkované sinicemi Euygonum nodosum a Scolecia filosa byly zjištěny na několika schránkách z lokality DNV, které musely být transportované z mělké fotické zóny....
|
host ::
RSS.